BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-158G17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 193,514,766 - 193,655,100
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLpgat1, Nek2
Upstream geneEG666975, Rps6kc1, Angel2, Vash2, LOC100039445, LOC666987, 9630055N22Rik, 1700022P22Rik, Tatdn3, Nsl1, 9130211I03Rik, 4933417M04Rik, Atf3, Nenf, 2310028N02Rik, Ppp2r5a, LOC100039501, LOC667044, Dtl, Ints7
Downstream gene4930557M11Rik, Slc30a1, 3322402L07Rik, LOC100042611, Traf5, Traf5, LOC100042625, Rcor3, Kcnh1, Hhat
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-158G17.bB6Ng01-158G17.g
ACCDH952371DH952372
length1,1351,071
definitionDH952371|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158G17, 5' end.DH952372|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158G17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(193,653,961 - 193,655,100)(193,514,766 - 193,515,842)
sequence
gaattctcactccttgcggtgttctctttgctttccccgtggaaatgaac
cttcttcttcatggctgaggatggaagatcaagttctttacaaagagaaa
gaaaaggatctgagttacctgagatcaactacatcacacagatcaaagag
ctgacctatccactgattcctgtgagatgctctctgggacaagtgatcag
ggactcctcggagctggagttgcaggcaggagggctgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgccgggcaggagggactcacactggctgttacta
tcacagtactgacatcagtcacagctgatttaaaaaggactgaccagcat
ccagattaggttcccatggtgggtgggagggtgcacacgtgtatattgca
gtagttgatttcatagtacatgattttacatttacccagtagctataatt
catgaagtcttaactccaatgctgctgcttgtcctcaggaagaacagggt
ggtggcttaaataatggcctcataggctcatatatttgaatgctcagtca
ccaggcattggcactgattgaaaaggaggaagaggtatggccttgcttga
ggaaatcccagcagatggagatgtagctctcagcgacttcatcagcactg
cccccgccaccgtgctccccaccatgatggtcatggactgaacctctgaa
attgtaagccagccccagataaatgctttctcttttaagaattgccgggg
tcatggtgcatcctcacagcaatagagcagtgactaagacaagcagtgtg
tgctcttaatgacgagctatctctctagccaagtgccatcccctttcttt
tggactgtcttgaactcactatgtctaataggctggtctcaactcacagc
aaatcaagtgctgggataacagacttatactaccatggctgttaagccac
agttcctactatgactgaggtgtgacagttttaaaataccaggaattttg
cttgaaaataaagaggaaatatagttttgggtcacatactgtcttaaggg
tttctttgctgggaaaagacacatgacaccggctacgcttacaaggaatt
taacctggggctggcttaaagggtagagattagtc
gaattctccgtttaccagtttttgttgtgcaaaccttgttccttaattta
aaactgttggttaagtaaaaatggctacagtctattcctggggagtctag
agggaggtgggtctttgaattacctggttgagtgggggaaaagagagagt
atgaggaagagaaaggagaaggtgccatgagaagagaagtattatgagca
cggccaggagaaacagcaagtatctggggtacatggctgtggagggagcc
aggccagcagttagaaaagttgattaggggttatcccccagtaactgtaa
aaggcaaataaaataaccataatctgagtctaatttatttgtaagctagt
cggggataagcataactttggttctactaaaggcactgttagctcacaca
cagtgctgtgtttggaagaaaccatggcttctatacactgagactgtaag
atttgtggtagctcaaaataaccactgttgtaaaaagttaagtaaatgtc
aagatgttcttttcccagaatttgcctccggtccttaagtttacctgcta
agagatagtcctctgattgtttagaaaagcctatccaatgtctctggtcc
ttaagtctgcccccttaatgcagttaaaggttagccaatgataaactgcc
agccctaaactgtgactgagaactgctctaaaaaatgtattaaagatgtg
tgctttagctactttggggtcacttccatcccgatttcaggacgacccca
gcatgctggatcaataaacctcttgcattttgcatggatctctgtctttg
cgtctctgtgagtgggacatcccggacgtaaggcttttcagatcttatag
gacctatttctcccaccaagttcagagcagtgtatggatgctagggaaac
gtttactctgctttctacctggctcgtttttcaggttttaaatttggatt
attcatacatgggtgcaaatataatgtggactttccttggtctgctagct
ctcaaataatgatatgagacctctatcataggatgcttaaggccttgctt
ggctgtgtcataactagctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_193653961_193655100
seq2: B6Ng01-158G17.b_49_1183 (reverse)

seq1  GACTAAATCTCTACACCTGTAAGCCAGCCCCAAGTTAAATACCCTTTGTA  50
      |||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||  |||||
seq2  GACT-AATCTCTAC-CCTTTAAGCCAGCCCCAGGTTAAATTCC--TTGTA  46

seq1  AGCGTCGCCGTTGTCATAGTGTCTCTTCCCAGCAATGAAACCC-TAAGAC  99
      ||||| |||| |||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||||
seq2  AGCGTAGCCGGTGTCAT-GTGTCTTTTCCCAGCAAAGAAACCCTTAAGAC  95

seq1  AGTTATGTGA-CCAAAACTATATTT-CTCTATATTTTCAAGCAAAATTCC  147
      || ||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  AG-TATGTGACCCAAAACTATATTTCCTCTTTATTTTCAAGCAAAATTCC  144

seq1  TGGTATTTTAAAACTGTCACACCTCAGTCATAGTAGGAACTGTGGCTTAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTTTAAAACTGTCACACCTCAGTCATAGTAGGAACTGTGGCTTAA  194

seq1  CAGCCATGGTAGTATAAGTCTGTTATCCCAGCACTTGATTTGCTGTGAGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGCCATGGTAGTATAAGTCTGTTATCCCAGCACTTGATTTGCTGTGAG-  243

seq1  TTGAGACCAGCCTATTAGACATAGTGAGTTCAAGACAGTCCAAAAGAAAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGACCAGCCTATTAGACATAGTGAGTTCAAGACAGTCCAAAAGAAAG  293

seq1  GGGATGGCACTTGGCTAGAGAGATAGCTCGTCATTTAAGAGCACACACTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGGATGGCACTTGGCTAGAGAGATAGCTCGTCA-TTAAGAGCACACACTG  342

seq1  CTTGTCTTAGTCACTGCTCTATTGCTGTGAGGATGCACCATGACCCCGGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTTAGTCACTGCTCTATTGCTGTGAGGATGCACCATGACCCCGGC  392

seq1  AATTCTTAAAAGAGAAAGCATTTATCTGGGGCTGGCTTACAATTTCAGAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTAAAAGAGAAAGCATTTATCTGGGGCTGGCTTACAATTTCAGAG  442

seq1  GTTCAGTCCATGACCATCATGGTGGGGAGCACGGTGGCGGGGGCAGTGCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTCCATGACCATCATGGTGGGGAGCACGGTGGCGGGGGCAGTGCT  492

seq1  GATGAAGTCGCTGAGAGCTACATCTCCATCTGCTGGGATTTCCTCAAGCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAGTCGCTGAGAGCTACATCTCCATCTGCTGGGATTTCCTCAAGCA  542

seq1  AGGCCATACCTCTTCCTCCTTTTCAATCAGTGCCAATGCCTGGTGACTGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATACCTCTTCCTCCTTTTCAATCAGTGCCAATGCCTGGTGACTGA  592

seq1  GCATTCAAATATATGAGCCTATGAGGCCATTATTTAAGCCACCACCCTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCAAATATATGAGCCTATGAGGCCATTATTTAAGCCACCACCCTGT  642

seq1  TCTTCCTGAGGACAAGCAGCAGCATTGGAGTTAAGACTTCATGAATTATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTGAGGACAAGCAGCAGCATTGGAGTTAAGACTTCATGAATTATA  692

seq1  GCTACTGGGTAAATGTAAAATCATGTACTATGAAATCAACTACTGCAATA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTGGGTAAATGTAAAATCATGTACTATGAAATCAACTACTGCAATA  742

seq1  TACACGTGTGCACCCTCCCACCCACCATGGGAACCTAATCTGGATGCTGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACGTGTGCACCCTCCCACCCACCATGGGAACCTAATCTGGATGCTGG  792

seq1  TCAGTCCTTTTTAAATCAGCTGTGACTGATGTCAGTACTGTGATAGTAAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCTTTTTAAATCAGCTGTGACTGATGTCAGTACTGTGATAGTAAC  842

seq1  AGCCAGTGTGAGTCCCTCCTGCCCGGCACACACACACACACACACACACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTGTGAGTCCCTCCTGCCCGGCACACACACACACACACACACACA  892

seq1  CACACACAGCCCTCCTGCCTGCAACTCCAGCTCCGAGGAGTCCCTGATCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACAGCCCTCCTGCCTGCAACTCCAGCTCCGAGGAGTCCCTGATCA  942

seq1  CTTGTCCCAGAGAGCATCTCACAGGAATCAGTGGATAGGTCAGCTCTTTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCCCAGAGAGCATCTCACAGGAATCAGTGGATAGGTCAGCTCTTTG  992

seq1  ATCTGTGTGATGTAGTTGATCTCAGGTAACTCAGATCCTTTTCTTTCTCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGTGATGTAGTTGATCTCAGGTAACTCAGATCCTTTTCTTTCTCT  1042

seq1  TTGTAAAGAACTTGATCTTCCATCCTCAGCCATGAAGAAGAAGGTTCATT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAGAACTTGATCTTCCATCCTCAGCCATGAAGAAGAAGGTTCATT  1092

seq1  TCCACGGGGAAAGCAAAGAGAACACCGCAAGGAGTGAGAATTC  1140
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACGGGGAAAGCAAAGAGAACACCGCAAGGAGTGAGAATTC  1135

seq1: chr1_193514766_193515842
seq2: B6Ng01-158G17.g_67_1137

seq1  GAATTCTCCGTTTACCAGTTTTTGTTGTGCAAACCTTGTTCCTTAATTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCGTTTACCAGTTTTTGTTGTGCAAACCTTGTTCCTTAATTTA  50

seq1  AAACTGTTGGTTAAGTAAAAATGGCTACAGTCTATTCCTGGGGAGTCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTTGGTTAAGTAAAAATGGCTACAGTCTATTCCTGGGGAGTCTAG  100

seq1  AGGGAGGTGGGTCTTTGAATTACCTGGTTGAGTGGGGGAAAAGAGAGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGTGGGTCTTTGAATTACCTGGTTGAGTGGGGGAAAAGAGAGAGT  150

seq1  ATGAGGAAGAGAAAGGAGAAGGTGCCATGAGAAGAGAAGTATTATGAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGAAGAGAAAGGAGAAGGTGCCATGAGAAGAGAAGTATTATGAGCA  200

seq1  CGGCCAGGAGAAACAGCAAGTATCTGGGGTACATGGCTGTGGAGGGAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCAGGAGAAACAGCAAGTATCTGGGGTACATGGCTGTGGAGGGAGCC  250

seq1  AGGCCAGCAGTTAGAAAAGTTGATTAGGGGTTATCCCCCAGTAACTGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGCAGTTAGAAAAGTTGATTAGGGGTTATCCCCCAGTAACTGTAA  300

seq1  AAGGCAAATAAAATAACCATAATCTGAGTCTAATTTATTTGTAAGCTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAATAAAATAACCATAATCTGAGTCTAATTTATTTGTAAGCTAGT  350

seq1  CGGGGATAAGCATAACTTTGGTTCTACTAAAGGCACTGTTAGCTCACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGATAAGCATAACTTTGGTTCTACTAAAGGCACTGTTAGCTCACACA  400

seq1  CAGTGCTGTGTTTGGAAGAAACCATGGCTTCTATACACTGAGACTGTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTGTGTTTGGAAGAAACCATGGCTTCTATACACTGAGACTGTAAG  450

seq1  ATTTGTGGTAGCTCAAAATAACCACTGTTGTAAAAAGTTAAGTAAATGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGGTAGCTCAAAATAACCACTGTTGTAAAAAGTTAAGTAAATGTC  500

seq1  AAGATGTTCTTTTCCCAGAATTTGCCTCCGGTCCTTAAGTTTACCTGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTTCTTTTCCCAGAATTTGCCTCCGGTCCTTAAGTTTACCTGCTA  550

seq1  AGAGATAGTCCTCTGATTGTTTAGAAAAGCCTATCCAATGTCTCTGGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAGTCCTCTGATTGTTTAGAAAAGCCTATCCAATGTCTCTGGTCC  600

seq1  TTAAGTCTGCCCCCTTAATGCAGTTAAAGGTTAGCCAATGATAAACTGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCTGCCCCCTTAATGCAGTTAAAGGTTAGCCAATGATAAACTGCC  650

seq1  AGCCCTAAACTGTGACTGAGAACTGCTCTAAAAAATGTATTAAAGATGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTAAACTGTGACTGAGAACTGCTCTAAAAAATGTATTAAAGATGTG  700

seq1  TGCTTTAGCTAC-TTGGGGTCACTTCCATCCCGATTTCAGGACGACCCCA  749
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAGCTACTTTGGGGTCACTTCCATCCCGATTTCAGGACGACCCCA  750

seq1  GCATGCTGGATCAATAAACCTCTTGCATTTTGCATGGATCTCTGTCTTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTGGATCAATAAACCTCTTGCATTTTGCATGGATCTCTGTCTTTG  800

seq1  CGTCTCTGTGAGTGGGACATCCCGGACGTAAGGCTTTTCAGATCTTATAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTCTGTGAGTGGGACATCCCGGACGTAAGGCTTTTCAGATCTTATAG  850

seq1  GACCTA-TTCTCCCACCAAGTTCAGAGCAGTGTATGGATGCTAGGGAAAC  898
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTATTTCTCCCACCAAGTTCAGAGCAGTGTATGGATGCTAGGGAAAC  900

seq1  GTTTACCCTGCTTTCTACCTGGCTCGTTTTTCAGGCTTTAAATTTGGATT  948
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTTTACTCTGCTTTCTACCTGGCTCGTTTTTCAGGTTTTAAATTTGGATT  950

seq1  ATTCCATACAATGGGTGCAAATTATAATGT-GAC-TTCCTTGGTCTGCTA  996
      ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||
seq2  ATT-CATAC-ATGGGTGCAAA-TATAATGTGGACTTTCCTTGGTCTGCTA  997

seq1  GCTCTCAAATAATGATATGGAGACCTCTTATTAATTAT-GAATGCTTAAG  1045
      |||||||||||||||||| |||||||||     || || | |||||||||
seq2  GCTCTCAAATAATGATAT-GAGACCTCT-----ATCATAGGATGCTTAAG  1041

seq1  GCCTTTGCTTGGGCTTGTTCATAACTAGCTCT  1077
      ||| |||||| ||||   ||||||||||||||
seq2  GCC-TTGCTT-GGCTGTGTCATAACTAGCTCT  1071