BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165H14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 57,715,597 - 57,838,832
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2810022L02Rik
Upstream geneSatb2, EG329160, 9130024F11Rik, LOC100042869, LOC383509, 1700066M21Rik, 1110034B05Rik, 9430016H08Rik, LOC667339
Downstream geneKctd18, Sgol2, Aox1, Aox3, Aox4, Aox3l1, EG628262, Bzw1, Clk1, Ppil3, Nif3l1, Orc2l, BC049806, Ndufb3, EG667397, Als2cr12, Cflar, LOC100042431
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165H14.bB6Ng01-165H14.g
ACCDH957523DH957524
length8521,105
definitionDH957523|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165H14, 5' end.DH957524|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165H14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,715,597 - 57,716,446)(57,837,731 - 57,838,832)
sequence
gaattcatgaattgataatggtgattaatgggaaatcacatgcaaagctt
gttttaatttacctggtcatgtaacctgtactacagagagatgtgaactt
ccagccagagaaaacaaagaatgtccagactatctgatgaattttagtcc
ccaggaaaagaagtgcaaattcactacttcaagaaaacaaaacaccttaa
gtgatagaaatcagtgtagccaagtaaggattgtagctttgaacacagac
tggcctagactccagcaaagagaaatgaataatgaatacttgatctgcag
tcatcaccaataagtgtttgaaggaggacttatgtggaatcaggcaaatt
gagcttcttgtgtccaaaaagtcatcgatttctccaatgtgctacttttg
aaaaatgatccttgaaaaacataactatatcaaaatttatgccttgaaca
gtgacctgaaatgcactcatttattgaaataatatttattgagcaaatat
tatatagtaggacatatgccaagtagtgagaacaaaagcaatgtgtttaa
aaaaaaaaaggctcatgctaaagaaacagtccagtggcaaagacatggct
gctgagaaaactcgcacactatgatgggacaccatgaaaattgcttatta
gcatcctggtgttttgttgttgatttgtttgttttgttttgtttttgctg
ttttgctataatgaattaacctgggaggaataaaatgcattctagtacaa
tggcagtattaggtatctggaaggcctggcattcttttcctggacatcca
gaaatagaaacatcttttatgtttcttgagatagaacggggggggggggg
gg
gaattcactagtgtgttgttgctgctgttgctgttgttgtttctggaaca
gtgaggctgtgggtctttcacacacctgtggcattcacctgaccatcgag
gacctgttgctcctctgcagaatcattgtcacagggagttcgctagctag
cagtgtttccgtggtcagtgtctatacaactgatagatgttttcagagac
actgtgcaccactcctagggtgctgtgcagaaaagcaggagccctggggt
cagacagcaagcagagcatcccacacttagcaacttttcagtcagtcaag
ttctctgacttccttgagctctagtgttcctttctcaaaagggggtataa
actccagcttgcaagctcattgtcaagttgaagcgagtggatttgtaagt
gataaagctagctatattcagttggttctggatccgaaccaggtgccact
aacaatgagctagtactttgccacagtaccttgttcattgcagagaatta
aacaatcgaccttttaaatggcgaagtatatttttgtatcctttcttcag
cagagagcatatttggttccagcactcaaactgcctgagtttagtgcatc
ctttataaattgctatcaacttttctagacttctattttgctcttcggta
aaatggggctaaaatgaacttactagcaccatttgaggacaaatggacat
agtatgtgtaactaagtaagacactgccttataaagtctgtttgcataca
tgagtgacaggtgtttcccacctcataaaatggaacaatccatttacagc
gtaatgtacagctttccatgaaacctcaagtctgaggttggtacccactg
ctcctacttttagagtccatgaggatggctgtatagaatcagcccagggc
tctgtattaacagcatgtgtatgcatttccaggactccagtggaggctct
gggtagttgtcccacctttggctgacttagagccacaatctgagcaacct
catttcttactggggcaagtgtcagcttttgtgacatcatcttgcaggag
gctcttctgaacattctgaaggggttggggcacataccagaggcacactg
gtcgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_57715597_57716446
seq2: B6Ng01-165H14.b_48_898

seq1  GAATTCATGAATTGATAATGGTGATTAATGGGAAATCACATGCAAAGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAATTGATAATGGTGATTAATGGGAAATCACATGCAAAGCTT  50

seq1  GTTTTAATTTACCTGGTCATGTAACCTGTACTACAGAGAGATGTGAACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAATTTACCTGGTCATGTAACCTGTACTACAGAGAGATGTGAACTT  100

seq1  CCAGCCAGAGAAAACAAAGAATGTCCAGACTATCTGATGAATTTTAGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCAGAGAAAACAAAGAATGTCCAGACTATCTGATGAATTTTAGTCC  150

seq1  CCAGGAAAAGAAGTGCAAATTCACTACTTCAAGAAAACAAAACACCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAAAGAAGTGCAAATTCACTACTTCAAGAAAACAAAACACCTTAA  200

seq1  GTGATAGAAATCAGTGTAGCCAAGTAAGGATTGTAGCTTTGAACACAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAGAAATCAGTGTAGCCAAGTAAGGATTGTAGCTTTGAACACAGAC  250

seq1  TGGCCTAGACTCCAGCAAAGAGAAATGAATAATGAATACTTGATCTGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTAGACTCCAGCAAAGAGAAATGAATAATGAATACTTGATCTGCAG  300

seq1  TCATCACCAATAAGTGTTTGAAGGAGGACTTATGTGGAATCAGGCAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCACCAATAAGTGTTTGAAGGAGGACTTATGTGGAATCAGGCAAATT  350

seq1  GAGCTTCTTGTGTCCAAAAAGTCATCGATTTCTCCAATGTGCTACTTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCTTGTGTCCAAAAAGTCATCGATTTCTCCAATGTGCTACTTTTG  400

seq1  AAAAATGATCCTTGAAAAACATAACTATATCAAAATTTATGCCTTGAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGATCCTTGAAAAACATAACTATATCAAAATTTATGCCTTGAACA  450

seq1  GTGACCTGAAATGCACTCATTTATTGAAATAATATTTATTGAGCAAATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTGAAATGCACTCATTTATTGAAATAATATTTATTGAGCAAATAT  500

seq1  TATATAGTAGGACATATGCCAAGTAGTGAGAACAAAAGCAATGTGTTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGTAGGACATATGCCAAGTAGTGAGAACAAAAGCAATGTGTTTAA  550

seq1  AAAAAAAAAGGCTCATGCTAAAGAAACAGTCCAGTGGCAAAGACATGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAGGCTCATGCTAAAGAAACAGTCCAGTGGCAAAGACATGGCT  600

seq1  GCTGAGAAAACTCGCACACTATGATGGGACACCATGAAAATTGCTTATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAAAACTCGCACACTATGATGGGACACCATGAAAATTGCTTATTA  650

seq1  GCATCCTGGTGTTTTGTTGTTGATTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCTGGTGTTTTGTTGTTGATTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGCTG  700

seq1  TTTTGCTATAATGAATTAACCTGGGAGGAATAAAATGCATTCTAGTACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTATAATGAATTAACCTGGGAGGAATAAAATGCATTCTAGTACAA  750

seq1  TGGCAGTATTAGGTATCTGGAAGGCCTGGCATTCTTTTCCTGGACATCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTATTAGGTATCTGGAAGGCCTGGCATTCTTTTCCTGGACATCCA  800

seq1  GAAATAGAAACATCTTTTATG-TTCTTGAGATAGAACGGGGGGGGGGGGG  849
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGAAACATCTTTTATGTTTCTTGAGATAGAACGGGGGGGGGGGGG  850

seq1  G  850
      |
seq2  G  851

seq1: chr1_57837731_57838832
seq2: B6Ng01-165H14.g_67_1171 (reverse)

seq1  GCGACCCAGTGTGCCTCTGGTTTGTG-CCCAACCCC-TCAGAATGCTCAG  48
      |||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||
seq2  GCGA-CCAGTGTGCCTCTGGTATGTGCCCCAACCCCTTCAGAATGTTCAG  49

seq1  AAGAGCCTCCTGCAAGATGAATGTCACAAAAGCTGACACTTG-CCCAGTA  97
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAGAGCCTCCTGCAAGATG-ATGTCACAAAAGCTGACACTTGCCCCAGTA  98

seq1  AGAAATGAGGTTGCTCAGATTGTGGCTCT-AGTCAGCC-AAGGTGGGAC-  144
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| 
seq2  AGAAATGAGGTTGCTCAGATTGTGGCTCTAAGTCAGCCAAAGGTGGGACA  148

seq1  ACTACCCAGAGCCTCCACTGGAGTCCTGGAAATGCATACACATGCTGTTA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCCAGAGCCTCCACTGGAGTCCTGGAAATGCATACACATGCTGTTA  198

seq1  ATACAGAGCCCTGGGCTGATTCTATACAGCCATCCTCATGGACTCTAAAA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAGCCCTGGGCTGATTCTATACAGCCATCCTCATGGACTCTAAAA  248

seq1  GTAGGAGCAGTGGGTACCAACCTCAGACTTGAGGTTTCATGGAAAGCTGT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGCAGTGGGTACCAACCTCAGACTTGAGGTTTCATGGAAAGCTGT  298

seq1  ACATTACGCTTGTAAATGGATTGTTCCATTTTATGAGGTGGGAAACACCT  344
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTACGC-TGTAAATGGATTGTTCCATTTTATGAGGTGGGAAACACCT  347

seq1  GTCACTCATGTATGCAAACAGACTTTATAAGGCAGTGTCTTACTTAGTTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTCATGTATGCAAACAGACTTTATAAGGCAGTGTCTTACTTAGTTA  397

seq1  CACATACTATGTCCATTTGTCCTCAAATGGTGCTAGTAAGTTCATTTTAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACTATGTCCATTTGTCCTCAAATGGTGCTAGTAAGTTCATTTTAG  447

seq1  CCCCATTTTACCGAAGAGCAAAATAGAAGTCTAGAAAAGTTGATAGCAAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTTTACCGAAGAGCAAAATAGAAGTCTAGAAAAGTTGATAGCAAT  497

seq1  TTATAAAGGATGCACTAAACTCAGGCAGTTTGAGTGCTGGAACCAAATAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAGGATGCACTAAACTCAGGCAGTTTGAGTGCTGGAACCAAATAT  547

seq1  GCTCTCTGCTGAAGAAAGGATACAAAAATATACTTCGCCATTTAAAAGGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTGCTGAAGAAAGGATACAAAAATATACTTCGCCATTTAAAAGGT  597

seq1  CGATTGTTTAATTCTCTGCAATGAACAAGGTACTGTGGCAAAGTACTAGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTGTTTAATTCTCTGCAATGAACAAGGTACTGTGGCAAAGTACTAGC  647

seq1  TCATTGTTAGTGGCACCTGGTTCGGATCCAGAACCAACTGAATATAGCTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTTAGTGGCACCTGGTTCGGATCCAGAACCAACTGAATATAGCTA  697

seq1  GCTTTATCACTTACAAATCCACTCGCTTCAACTTGACAATGAGCTTGCAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATCACTTACAAATCCACTCGCTTCAACTTGACAATGAGCTTGCAA  747

seq1  GCTGGAGTTTATACCCCCTTTTGAGAAAGGAACACTAGAGCTCAAGGAAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGTTTATACCCCCTTTTGAGAAAGGAACACTAGAGCTCAAGGAAG  797

seq1  TCAGAGAACTTGACTGACTGAAAAGTTGCTAAGTGTGGGATGCTCTGCTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAACTTGACTGACTGAAAAGTTGCTAAGTGTGGGATGCTCTGCTT  847

seq1  GCTGTCTGACCCCAGGGCTCCTGCTTTTCTGCACAGCACCCTAGGAGTGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTGACCCCAGGGCTCCTGCTTTTCTGCACAGCACCCTAGGAGTGG  897

seq1  TGCACAGTGTCTCTGAAAACATCTATCAGTTGTATAGACACTGACCACGG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGTGTCTCTGAAAACATCTATCAGTTGTATAGACACTGACCACGG  947

seq1  AAACACTGCTAGCTAGCGAACTCCCTGTGACAATGATTCTGCAGAGGAGC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTGCTAGCTAGCGAACTCCCTGTGACAATGATTCTGCAGAGGAGC  997

seq1  AACAGGTCCTCGATGGTCAGGTGAATGCCACAGGTGTGTGAAAGACCCAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTCCTCGATGGTCAGGTGAATGCCACAGGTGTGTGAAAGACCCAC  1047

seq1  AGCCTCACTGTTCCAGAAACAACAACAGCAACAGCAGCAACAACACACTA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCACTGTTCCAGAAACAACAACAGCAACAGCAGCAACAACACACTA  1097

seq1  GTGAATTC  1102
      ||||||||
seq2  GTGAATTC  1105