BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-167K02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 87,348,044 - 87,475,139
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040213, LOC100039794, EG665338, Sp110
Upstream genenone
Downstream geneSp140, Sp100, A630001G21Rik, Cab39, Itm2c, 4933407L21Rik, Gpr55, Spata3, 2810459M11Rik, Psmd1, Htr2b, Armc9, B3gnt7, EG383538, Ncl, Snord82, Nmur1, 1700019O17Rik, LOC100040414, Ptma, Pde6d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-167K02.bB6Ng01-167K02.g
ACCDH959072DH959073
length1,1171,097
definitionDH959072|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167K02, 5' end.DH959073|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167K02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,474,008 - 87,475,139)(87,348,044 - 87,349,164)
sequence
gaattccttgtgtcctcagtctgataagactttattgaaagcctggttca
tatggaacgtgtgagatattttcagccacttcaactgtagcaatctccct
tctacaccttgtgacactctctttctaacttgtaacagttgcagaaggca
tgagtcattgcaattcctagacatagcctccccataatatgcaaaccatt
atcacaaggtgccgcccagtgttcgtttcctcctctgggtatccaggctc
attacacaccaactaaacgggggcaggtgggtgcaatacaggatcttagt
tgatggtgagagcacaagaaacaaacagccttctcaggagacagctcctt
taattggagcagaagaaaggccatttatatctttggggaatgggtagagg
cttttgaggggaatagacatcattgaccagagccagggttctgggaatgc
cttatttgcatgaagaggaatcccaggtgcttgccaaatgtgaccttata
aggagagaggaagttgaacctgtaacctggctgctaggctaaagggccac
ctcagggttggcagaggttgggagtgtaaggctacgtggacctggacgtg
caggcccagggcaggaaaggaacagtcctattcctgctggtctcaaaatg
agattttgggggtttggatataccttgacttctgtcttgacacacacaca
cacctgccccagttgcatggctccccagctccacaataggggcaccagca
atatgacacggaggcaagcttcaaacctgagtttgatcaccagaacccaa
gtaaatgtggaaggagaaaactgactgcacagagttgacctctgacctcc
atgtatgactgtggcgagtgctcattcccatagtaataaataaagggttt
gtttgtttgttttttctaatacacaccaaacatcacagggatgaccatgt
atgggttttgcctggagaggatgatggaaaaagaaatggggaagggactg
agaggagagcttgggcttagtctaagtaaaggggagagttaccttatcac
taaggaaaacttaaaggggagtggtttgtggagctcgtttctcttccaca
ctattgatactagatac
gaattccatcggttgcatgtggagggggagaaggacctgggaaggaaagt
ggtccagcagtcagctgatacagcaaaccaccaagactgatgcagaagga
ccgacttctcctgaaggcagaaatggccctgggcacagaacggttggcct
tgtcaccttgctacttcccttctccaactcactcacccagcccagtcctc
aagcatgtctcatggctgtccctcagatggccacaagaaggtaggaattc
cttctgaacaggtgtcctagtgcaactctctaaacatacccacccagtct
atataagaagttaaagccctagaatgctgcccaagactgtagagcactta
cctaccactagagagcactgtgggtccctcttgacactggaagctaaaag
gaactagtgaggccttttaagggaacaggaatcctctcgatggctgtcat
caaacacaagtaacatgagagtcaagcaagaacagaagtaagtctatcag
agaactaagagtggcaaagaacaacaagccaaacgctcttgcttaggcac
gtgtgttggagggctctttatgcgggcaaaaggtctcttttagctgttgg
ccacacgtttcaagcctcccagccagtgtaatgaagtggctgagatgtgc
tctgtgttgtgagctggaagagacctgtgtggcctcatttcttatttaac
caggttgggtctggtagcaggcccaggttaagtgtcccactgctggctca
gacatgtctgctggaccttcccatctccaaaaatgcttcagtttacttgg
agaagctcaagaacaaggattccaggaggaaccacaaattacagggggct
tttggaactgatagagaaattttgattgtacagtgtttcaggactgaatc
tgacattttttagataggttctcactatgtagcccagctgcctgagtccc
tgtaatcacctccctctgctctcactgctgggatgagtgtgtgctaccat
cattcccagctgagagtctgctttagctactaattatccactggtgctga
tgctatacaacactttgctagcattcatctgtcatgcaatatatttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_87474008_87475139
seq2: B6Ng01-167K02.b_42_1158 (reverse)

seq1  GTATCTAGATATCAAGTTAGGTGTGGGAAGAGAAACGAGCTTCCCCAAAC  50
      |||||||| ||||||  || |||| ||||||||||||||| ||| |||||
seq2  GTATCTAG-TATCAA--TA-GTGT-GGAAGAGAAACGAGC-TCCACAAAC  44

seq1  CACTCCCCTTTTAAGTTTCCCCTTAGTGATAAGGTAACTCTCCCCTTTAC  100
      |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCCC-TTTAAGTTT-TCCTTAGTGATAAGGTAACTCTCCCCTTTAC  92

seq1  TTAGGCCTAAGGCCCAAGCTCTCCTTCCTCAGTCCCTTCCCCATTTTCTT  150
      ||| | |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||
seq2  TTA-GACTAA-GCCCAAGCTCTCCT--CTCAGTCCCTTCCCCA-TTTCTT  137

seq1  TTTCCGTTCATCCTCTCCAGGTAAAACCCATACATGGTCATCCCTGTGAT  200
      |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCC-ATCATCCTCTCCAGGCAAAACCCATACATGGTCATCCCTGTGAT  186

seq1  GTTTGGTGTGTATTTAGAAAAAACAAACAAACAAACCCTTTATTTATTAC  250
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGTGTGTA-TTAGAAAAAACAAACAAACAAACCCTTTATTTATTAC  235

seq1  TATGGGAATGAGCACTCGCCACAGTCACACATGGAGGTCAGAGGTCAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGAATGAGCACTCGCCACAGTCATACATGGAGGTCAGAGGTCAACT  285

seq1  CTGTGCAGTCAGTTTTCTCCTTCCACATTTACTTGGGTTCTGGTGATCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCAGTCAGTTTTCTCCTTCCACATTTACTTGGGTTCTGGTGATCAA  335

seq1  ACTCAGATTTGAAGCTTGCCTCTGTGCCATATTGCTGGTGCCCCTATTGT  400
      |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGTTTGAAGCTTGCCTCCGTGTCATATTGCTGGTGCCCCTATTGT  385

seq1  GGAGCTGGGGAGCCATGCAACTGGGGCAGGTGTGTGTGTGTGTCAAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGGGGAGCCATGCAACTGGGGCAGGTGTGTGTGTGTGTCAAGACA  435

seq1  GAAGTCAAGGTATATCCAAACCCCCAAAATCTCATTTTGAGACCAGCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAAGGTATATCCAAACCCCCAAAATCTCATTTTGAGACCAGCAGG  485

seq1  AATAGGACTGTACCTTTCCTGCCCTGGGCCTGCACGTCCAGGTCCATGGA  550
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
seq2  AATAGGACTGTTCCTTTCCTGCCCTGGGCCTGCACGTCCAGGTCCACGTA  535

seq1  GCCTTACACTCCCAACCTCTGCCAACCCTGAGGTGGCCCTTTAGCCTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCCTTACACTCCCAACCTCTGCCAACCCTGAGGTGGCCCTTTAGCCTAGC  585

seq1  AGCCAGGTTACAGGTTCAACTTCCTCTCTCCTTATAAGGTCACATTTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGTTACAGGTTCAACTTCCTCTCTCCTTATAAGGTCACATTTGGC  635

seq1  AAGCACCTGGGATTCCTCTTCACGCAAATAAGGCATTCCCAGAACCCTGG  700
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACCTGGGATTCCTCTTCATGCAAATAAGGCATTCCCAGAACCCTGG  685

seq1  CTCTGGTCAATGATGTCTATTCCCCTCAAAAGCCTCTACCCATTCCCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTCAATGATGTCTATTCCCCTCAAAAGCCTCTACCCATTCCCCAA  735

seq1  AGATATAAATGGTCTTTCTTCTGCTCCAATTAAAGGAGCTGTCTCCTGAG  800
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAAATGGCCTTTCTTCTGCTCCAATTAAAGGAGCTGTCTCCTGAG  785

seq1  AAGGCTGTTTGTTTCTTGTGCTCTCACCATCAACCAAGATCCTGTATTGC  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGGCTGTTTGTTTCTTGTGCTCTCACCATCAACTAAGATCCTGTATTGC  835

seq1  ACCCACCTGCCCCCGTTTAGTTGGTGTGTAATGAGCCTGGATACCCAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACCTGCCCCCGTTTAGTTGGTGTGTAATGAGCCTGGATACCCAGAG  885

seq1  GAGGAAACGAACACTGGGCGGCACCTTGTGATAATGGTTTGCATATTATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAACGAACACTGGGCGGCACCTTGTGATAATGGTTTGCATATTATG  935

seq1  GGGAGGCTATGTCTAGGAATTGCAATGACTCATGCCTTCTGCAACTGTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCTATGTCTAGGAATTGCAATGACTCATGCCTTCTGCAACTGTTA  985

seq1  CAAGTTAGAAAGAGAGTGTCACAAGGTGTAGAAGGGAGATTGCTACAGTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTAGAAAGAGAGTGTCACAAGGTGTAGAAGGGAGATTGCTACAGTT  1035

seq1  GAAGTGGCTGAAAATATCTCACACGTTCCATATGAACCAGGCTTTCAATA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGCTGAAAATATCTCACACGTTCCATATGAACCAGGCTTTCAATA  1085

seq1  AAGTCTTATCAGACTGAGGACACAAAGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGTCTTATCAGACTGAGGACACAAGGAATTC  1117

seq1: chr1_87348044_87349164
seq2: B6Ng01-167K02.g_68_1164

seq1  GAATTCCATCGGTTGCATGTGGAGGGGGAGAAGGACCTGGGAAGGAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCGGTTGCATGTGGAGGGGGAGAAGGACCTGGGAAGGAAAGT  50

seq1  GGTCCAGCAGTCAGGTGATACAGCAAACCACCAAGACTGATGCAGAAGGA  100
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAGCAGTCAGCTGATACAGCAAACCACCAAGACTGATGCAGAAGGA  100

seq1  CCAACTTCTCCTGAAGGCAGAAATGGCCCTGGGCACAGAACGGTTGGCCT  150
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGACTTCTCCTGAAGGCAGAAATGGCCCTGGGCACAGAACGGTTGGCCT  150

seq1  TGTCACCTTGGCTACTTCCCTTCTCCAACTCACTCACCCAGCCCAGTCCT  200
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCTT-GCTACTTCCCTTCTCCAACTCACTCACCCAGCCCAGTCCT  199

seq1  CAAGCATGTCTCATGGCTGTCCCTCAGATGGCCACAAGAAGGTAGGAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATGTCTCATGGCTGTCCCTCAGATGGCCACAAGAAGGTAGGAATT  249

seq1  CCTTCTGAACAGGTGTCCTAGTGCAACTCTCTAAACAT----ACCCAGTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||
seq2  CCTTCTGAACAGGTGTCCTAGTGCAACTCTCTAAACATACCCACCCAGTC  299

seq1  TATATAAGAAGTTAAAGCCCTAGAATGCTGCCCAAGACTGTAGAGCACTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAGAAGTTAAAGCCCTAGAATGCTGCCCAAGACTGTAGAGCACTT  349

seq1  ACCTACCACTAGAGAGCACTGTGGGTCCCTCTTGACACTGGAAGCTAAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACCACTAGAGAGCACTGTGGGTCCCTCTTGACACTGGAAGCTAAAA  399

seq1  GGCACTAGTGAGGCCTTTTAAGGGAACAGGAATCCTCTCGATGGCTGTCA  446
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTAGTGAGGCCTTTTAAGGGAACAGGAATCCTCTCGATGGCTGTCA  449

seq1  TCAAACACAAGTAACATGAGAGTCAAGCAAGAACAGAAGTAAGTCTATCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACACAAGTAACATGAGAGTCAAGCAAGAACAGAAGTAAGTCTATCA  499

seq1  GAGAACTAAGAGTGGCAAAGAACAACAAGCCAAACGCTCTTGCTTAGGCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTAAGAGTGGCAAAGAACAACAAGCCAAACGCTCTTGCTTAGGCA  549

seq1  CGTGTGTTGGAGGGCTCTTTATGCGGGCAAAAGGTCTCTTTTAGCTGTTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGTTGGAGGGCTCTTTATGCGGGCAAAAGGTCTCTTTTAGCTGTTG  599

seq1  GCCACACGTTTCAAGCCTCCCAGCCAGTGTAATGAAGTGGCTGAGATGTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACGTTTCAAGCCTCCCAGCCAGTGTAATGAAGTGGCTGAGATGTG  649

seq1  CTCTGTGTTGTGATCTGGAAGAGACCTGTGTGGCCTCATTTCTTATTTAA  696
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGTTGTGAGCTGGAAGAGACCTGTGTGGCCTCATTTCTTATTTAA  699

seq1  CCAGGTTGGGTCTGGTAGCAGGCCCAGGTTAAGTGTCCCACTGCTGGCTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTTGGGTCTGGTAGCAGGCCCAGGTTAAGTGTCCCACTGCTGGCTC  749

seq1  AGACATGTCTGCTGGACCTTCCCATCTCCAAAAATGCTTCAGTTTACTTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGTCTGCTGGACCTTCCCATCTCCAAAAATGCTTCAGTTTACTTG  799

seq1  GAGAAGCTCAAGAACAAGGATTCCAGGAGGAACCACAAATTACAGGGGGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCTCAAGAACAAGGATTCCAGGAGGAACCACAAATTACAGGGGGC  849

seq1  TTTTGGAACTGATAGAGAAATTTTGATTGTACAGTGTTTCAGGACTGAAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAACTGATAGAGAAATTTTGATTGTACAGTGTTTCAGGACTGAAT  899

seq1  CTGACATTTTTTTAGATAGGTTCTCACTATGTAGCCCAGGCTGGCCTGGA  946
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  
seq2  CTGACA-TTTTTTAGATAGGTTCTCACTATGTAGCCCA-GCT-GCCTG--  944

seq1  GGTCCCTGAAATCCACCTCCCTCTGCCTCTCCACTGCTGGGAATGAAGGT  996
       ||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||  ||
seq2  AGTCCCTGTAAT-CACCTCCCTCTG-CTCT-CACTGCTGGG-ATGA--GT  988

seq1  GTGTGCTACCATTCATTCCCAGCCTGAGAAGTTCCTTGCTTTTTAAGGCT  1046
      ||||||||||| |||||||||| ||||| |||    ||||||     |||
seq2  GTGTGCTACCA-TCATTCCCAG-CTGAG-AGT---CTGCTTT----AGCT  1028

seq1  ACTTAATATTCCACTGTGTGCTGTATGCTTATACAACACTTTGCTTAGCC  1096
      || ||||  ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||| |
seq2  AC-TAATTATCCACTG-GTGCTG-ATGC-TATACAACACTTTGC-TAG-C  1072

seq1  ATTCATCTGTCATGGATAATATTTT  1121
      |||||||||||||| |  |||||||
seq2  ATTCATCTGTCATGCAATATATTTT  1097