BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169G06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 53,347,773 - 53,498,547
singlet/doubletdoublet
Overlap genePms1, LOC671024, Ormdl1, Osgepl1, Asnsd1, EG627858, EG627866, LOC100042162
Upstream geneLOC546735, Nab1, LOC546736, Gm553, LOC100042094, EG433305, 5330401P04Rik, 2210010L05Rik, Inpp1, Hibch, 1700019D03Rik, Gdf8, 1700019A02Rik
Downstream geneDnahc7, Stk17b, Hecw2, 4930511H11Rik, Gtf3c3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169G06.bB6Ng01-169G06.g
ACCDH960381DH960382
length1,0871,167
definitionDH960381|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169G06, 5' end.DH960382|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169G06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,497,165 - 53,498,547)(53,347,773 - 53,348,954)
sequence
gaattcctgtcaaggtctgagtttattaggctgaaaagccaggttataag
cacacagtgaggggaaatagggaggggctgagggggaattaacaaagaac
aaagaagtaggcatctgggggacatgaaggctgaattctgactgcaggca
agaggcaccctgagtcttatctcaggaatgtagattcctccttaacagcc
cggggtatcaagctgggctcagcacataactcaggtccttagaagtcttg
ggaatcaagaagagataaggaagaggggacaataattcaaacttttaggg
tcttaggtgccaggaaggggtagggaggaggaggtgactggttcctaaca
caaggccatttggcttattagggtgggaaactgcgaaaggcttactttct
catggtatggtctccaacacatatttcaattcacaacagtagcaaagtta
cagttataaagtaacaacgaaataatgttatggttgggggtcaccacaac
atgagaaactgaattaaagggctgcagcactaggaaggttgagaaccact
gagtcagaaattggagtttgccaagctttccaatgctatagtttagagaa
attggaaagattcttgctaagtcaccagtaggaaaatgagatgggctcat
agtttcccttaaaatgtaatagttatagtatcttattgatggaagaaaca
tgtagggtagaaagtactaaggtatgcagtgttcagagtcatttgtaaaa
taaagagcttctggccacagttctatcattctgaactgtaaacaaagggc
aaatccatcagctctcaataagaaacttgtcagatgccagttaatgagcg
tctctgagctcaaataaatgttgtgggaatttgcactgattagaaaagca
tgcatagaaaaaaaacacgggcttttctcctgcctttgagaagatggctg
ccataacgagtctgaaatcttgctactgacagatctcatttacaagccta
atgctggaatgatcagattgctagccactgaaaggtctatcatctggtga
gcttgattgctgccacaagttgactaaccttggggag
gaattcactgagtaaacctcaatcttgcattgattctcctgtgtgttagc
tcctgagcactagaattaaaggtgtacatatggcagggagggggctttac
atctgcttttatttatgcctaacttcagaaaatatttcgggaagattagc
ttgacaacacgtaactcctttagaaagctaagaagagctttgttgctgtt
gttatttgggggaagagaccaaaaaaactgtaaaaacaaaacaaacaagc
aaaatactctaagaacttccttaattccacacaactaactatatatttaa
acaatgaactgaacctaaggaatctagttgtatacaaaatgataatgcaa
agcacaaaacaaaaagtcagtttatgattctttctcaggcaatagaagag
cagctgtcatgtgaagagctagtaactgcggcagaagtgaggacgggcac
tgtaacaattatgccaggattgtagataagcttctgagaagaggataact
taataattcaccaatacttatgtcaacatgaagacaaagctgactggcac
agcaggaaaacagaccaacggtcaaaacccaggtcttaaagtctttattg
aagcaaacttaaattcctctgcaaaaacaagacactgcctagaaaaatgg
tgagatgggtcactggtttgttccaaggatcaaagtaagaagtttataaa
cactaggcatggataaaggcacagaaaaggacagacaaggatagaggagt
actgtaatgaagccaactactttgtatattagcagcagaaaacaaacaaa
caaacaaactaggcatagaggtacatacatagctacaatcctaggtcttc
gaggctgaggtaagaagatgaagcgttcaaagcagtccgtgcttaatagc
aagattctattggggggagtaaatatcataaatggtaattactattttct
gataccggaaactgaacccagtgctttgcaaatgctctttggcgggtaga
cttgaacttactctgtaggccagtcagacctgatctgcatctctacctca
gcctccaagtaatggaaatcacagctgtgttcatcagacaggactacaaa
tgtactgtatatatggtgttgaattcttaattgggagcacagtgggattt
gttatctaaactacaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_53497165_53498547
seq2: B6Ng01-169G06.b_47_1133 (reverse)

seq1  CTCCCCAAGTTAGCTTTAACCTCATGACAAAATTATAGTCCTGCAAATAA  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AATGACAGATTTAGAGACTTGAAGTTTCCTAAAAGCTAGTTTGTGATAGG  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AATGGCCCAGTTTTTGGAAGAGGGACCTGCTGGTTTACCTGCACAGGTAA  150
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACATGGCTGTCTGTTAGCACTGGACGGTAGGTCCAGTTAGGAATATGAGC  200
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ATCTCTCCCGAAGAGAAGAGAAGCTAGATTCCACAATTTCACTTTTCAGA  250
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CTATAACAGAGCAAAACTTACTTGCTTCGCAACAGGAGACTAGAACT-CC  299
                                                   || ||
seq2  ---------------------------------------------CTCCC  5

seq1  CAAGGTAAAGTCAGACTGTGCCAGCAATCAGGCTCACCAGATGATAGACC  349
      ||||||  |||||   |||| ||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CAAGGT-TAGTCAACTTGTGGCAGCAATCAAGCTCACCAGATGATAGACC  54

seq1  TATCAGT-GCTAGCAATCTGATCATTCCAGCATTAGGCTTGTAAAATGAG  398
      | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTCAGTGGCTAGCAATCTGATCATTCCAGCATTAGGCTTGT-AAATGAG  103

seq1  ATCTGTCAGTAGCAAAGATTTCAGACTCGTTATGGCAGCCATCTTCTCAA  448
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCAGTAGC-AAGATTTCAGACTCGTTATGGCAGCCATCTTCTCAA  152

seq1  AGGCAGGAGAAAAGCCCGTGTTTTTTTTCTATGCATGCTTTTCTAATCAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGAGAAAAGCCCGTGTTTTTTTTCTATGCATGCTTTTCTAATCAG  202

seq1  TGCAAATTCCCACAACATTTATTTGAGCTCAGAGACGCTCATTAACTGGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATTCCCACAACATTTATTTGAGCTCAGAGACGCTCATTAACTGGC  252

seq1  ATCTGACAAGTTTCTTATTGAGAGCTGATGGATTTGCCCTTTGTTTACAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGACAAGTTTCTTATTGAGAGCTGATGGATTTGCCCTTTGTTTACAG  302

seq1  TTCAGAATGATAGAACTGTGGCCAGAAGCTCTTTATTTTACAAATGACTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAATGATAGAACTGTGGCCAGAAGCTCTTTATTTTACAAATGACTC  352

seq1  TGAACACTGCATACCTTAGTACTTTCTACCCTACATGTTTCTTCCATCAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACTGCATACCTTAGTACTTTCTACCCTACATGTTTCTTCCATCAA  402

seq1  TAAGATACTATAACTATTACATTTTAAGGGAAACTATGAGCCCATCTCAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATACTATAACTATTACATTTTAAGGGAAACTATGAGCCCATCTCAT  452

seq1  TTTCCTACTGGTGACTTAGCAAGAATCTTTCCAATTTCTCTAAACTATAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTACTGGTGACTTAGCAAGAATCTTTCCAATTTCTCTAAACTATAG  502

seq1  CATTGGAAAGCTTGGCAAACTCCAATTTCTGACTCAGTGGTTCTCAACCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGAAAGCTTGGCAAACTCCAATTTCTGACTCAGTGGTTCTCAACCT  552

seq1  TCCTAGTGCTGCAGCCCTTTAATTCAGTTTCTCATGTTGTGGTGACCCCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGTGCTGCAGCCCTTTAATTCAGTTTCTCATGTTGTGGTGACCCCC  602

seq1  AACCATAACATTATTTCGTTGTTACTTTATAACTGTAACTTTGCTACTGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATAACATTATTTCGTTGTTACTTTATAACTGTAACTTTGCTACTGT  652

seq1  TGTGAATTGAAATATGTGTTGGAGACCATACCATGAGAAAGTAAGCCTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATTGAAATATGTGTTGGAGACCATACCATGAGAAAGTAAGCCTTT  702

seq1  CGCAGTTTCCCACCCTAATAAGCCAAATGGCCTTGTGTTAGGAACCAGTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGTTTCCCACCCTAATAAGCCAAATGGCCTTGTGTTAGGAACCAGTC  752

seq1  ACCTCCTCCTCCCTACCCCTTCCTGGCACCTAAGACCCTAAAAGTTTGAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTCCTCCCTACCCCTTCCTGGCACCTAAGACCCTAAAAGTTTGAA  802

seq1  TTATTGTCCCCTCTTCCTTATCTCTTCTTGATTCCCAAGACTTCTAAGGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTCCCCTCTTCCTTATCTCTTCTTGATTCCCAAGACTTCTAAGGA  852

seq1  CCTGAGTTATGTGCTGAGCCCAGCTTGATACCCCGGGCTGTTAAGGAGGA  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTTATGTGCTGAGCCCAGCTTGATACCCCGGGCTGTTAAGGAGGA  902

seq1  ATCTACATTCCTGAGATAAGACTCAGGGTGCCTCTTGCCTGCAGTCAGAA  1248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACATTCCTGAGATAAGACTCAGGGTGCCTCTTGCCTGCAGTCAGAA  952

seq1  TTCAGCCTTCATGTCCCCCAGATGCCTACTTCTTTGTTCTTTGTTAATTC  1298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCCTTCATGTCCCCCAGATGCCTACTTCTTTGTTCTTTGTTAATTC  1002

seq1  CCCCTCAGCCCCTCCCTATTTCCCCTCACTGTGTGCTTATAACCTGGCTT  1348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCAGCCCCTCCCTATTTCCCCTCACTGTGTGCTTATAACCTGGCTT  1052

seq1  TTCAGCCTAATAAACTCAGACCTTGACAGGAATTC  1383
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCCTAATAAACTCAGACCTTGACAGGAATTC  1087

seq1: chr1_53347773_53348954
seq2: B6Ng01-169G06.g_66_1232

seq1  GAATTCACTGAGTAAACCTCAATCTTGCATTGATTCTCCTGTGTGTTAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAGTAAACCTCAATCTTGCATTGATTCTCCTGTGTGTTAGC  50

seq1  TCCTGAGCACTAGAATTAAAGGTGTACATATGGCAGGGAGGGGGCTTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGCACTAGAATTAAAGGTGTACATATGGCAGGGAGGGGGCTTTAC  100

seq1  ATCTGCTTTTATTTATGCCTAACTTCAGAAAATATTTCGGGAAGATTAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTTTTATTTATGCCTAACTTCAGAAAATATTTCGGGAAGATTAGC  150

seq1  TTGACAACACGTAACTCCTTTAGAAAGCTAAGAAGAGCTTTGTTGCTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAACACGTAACTCCTTTAGAAAGCTAAGAAGAGCTTTGTTGCTGTT  200

seq1  GTTATTTGGGGGAAGAGACCAAAAAAACTGTAAAAACAAAACAAACAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTGGGGGAAGAGACCAAAAAAACTGTAAAAACAAAACAAACAAGC  250

seq1  AAAATACTCTAAGAACTTCCTTAATTCCACACAACTAACTATATATTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACTCTAAGAACTTCCTTAATTCCACACAACTAACTATATATTTAA  300

seq1  ACAATGAACTGAACCTAAGGAATCTAGTTGTATACAAAATGATAATGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGAACTGAACCTAAGGAATCTAGTTGTATACAAAATGATAATGCAA  350

seq1  AGCACAAAACAAAAAGTCAGTTTATGATTCTTTCTCAGGCAATAGAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAAAACAAAAAGTCAGTTTATGATTCTTTCTCAGGCAATAGAAGAG  400

seq1  CAGCTGTCATGTGAAGAGCTAGTAACTGCGGCAGAAGTGAGGACGGGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTCATGTGAAGAGCTAGTAACTGCGGCAGAAGTGAGGACGGGCAC  450

seq1  TGTAACAATTATGCCAGGATTGTAGATAAGCTTCTGAGAAGAGGATAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACAATTATGCCAGGATTGTAGATAAGCTTCTGAGAAGAGGATAACT  500

seq1  TAATAATTCACCAATACTTATGTCAACATGAAGACAAAGCTGACTGGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATTCACCAATACTTATGTCAACATGAAGACAAAGCTGACTGGCAC  550

seq1  AGCAGGAAAACAGACCAACGGTCAAAACCCAGGTCTTAAAGTCTTTATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAAAACAGACCAACGGTCAAAACCCAGGTCTTAAAGTCTTTATTG  600

seq1  AAGCAAACTTAAATTCCTCTGCAAAAACAAGACACTGCCTAGAAAAATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAACTTAAATTCCTCTGCAAAAACAAGACACTGCCTAGAAAAATGG  650

seq1  TGAGATGGGTCACTGGTTTGTTCCAAGGATCAAAGTAAGAAGTTTATAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGGGTCACTGGTTTGTTCCAAGGATCAAAGTAAGAAGTTTATAAA  700

seq1  CACTAGGCATGGATAAAGGCACAGAAAAGGACAGACAAGGATAGAGGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGGCATGGATAAAGGCACAGAAAAGGACAGACAAGGATAGAGGAGT  750

seq1  ACTGTAATGAAGCCAACTACTTTGTATATTAGCAGCAGAAAACAAACAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAATGAAGCCAACTACTTTGTATATTAGCAGCAGAAAACAAACAAA  800

seq1  CAAACAAACTAGGCATAGAGGTACATACATAGCTACAATCCTAGGTCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAACTAGGCATAGAGGTACATACATAGCTACAATCCTAGGTCTTC  850

seq1  GAAGGCTGAGGTAAGAAGATGAAGCGTTCAAAGCAGTCCGTGCTTAATAG  900
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-AGGCTGAGGTAAGAAGATGAAGCGTTCAAAGCAGTCCGTGCTTAATAG  899

seq1  CAAGATTCTATTGGGGGGAGTAAAATATCATAAATGGTAATTACTATTTT  950
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATTCTATTGGGGGGAGT-AAATATCATAAATGGTAATTACTATTTT  948

seq1  CTGATACCGGAAACTGAACCCAGTGCTTTGCATATGCCTCCTTTTGGCCG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||  
seq2  CTGATACCGGAAACTGAACCCAGTGCTTTGCAAATG-CTC--TTTGGC--  993

seq1  GGTTAGACTTGAACTTACTCTGTAGGCCAGTCAGGACCTGATCTTGCCAT  1050
      || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||   
seq2  GGGTAGACTTGAACTTACTCTGTAGGCCAGTCA-GACCTGATC-TGC--A  1039

seq1  TCTCCTACCTCAGCCTCCAAAGTAGTGGAAATCACAAGCCTGTG-TCATC  1099
      ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||   ||||| |||||
seq2  TCT-CTACCTCAGCCTCC-AAGTAATGGAAATCACA--GCTGTGTTCATC  1085

seq1  AGGACA-GACTACAAATGTACTGTAT-TATGGTGTGAGATCATTATGTAG  1147
      | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||   ||  |||  | |
seq2  A-GACAGGACTACAAATGTACTGTATATATGGTGTTGAATTCTTAATTGG  1134

seq1  AAGCACAGTGGGAATTTGTTA-CTAATACTAACAAT  1182
       ||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||
seq2  GAGCACAGTGGG-ATTTGTTATCTAA-ACT-ACAAT  1167