BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-170P05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 187,476,692 - 187,635,290
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG629032, LOC666714, Hlx1, Mosc1, Mosc2, LOC100039079, C130074G19Rik, Mark1, Iars2, Bpnt1, Eprs, 9630028B13Rik, LOC100039138, Slc30a10, 5033404E19Rik
Downstream geneLOC677785, Lyplal1, Tgfb2, Rrp15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-170P05.bB6Ng01-170P05.g
ACCDH961537DH961538
length1,1571,064
definitionDH961537|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170P05, 5' end.DH961538|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170P05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(187,634,141 - 187,635,290)(187,476,692 - 187,477,767)
sequence
gaattccagagaatctactaatattttaatacatcagtttaccaagattg
taggatacaatgtcaatgcagaacagcaggttgcatttttatatattaac
atgggatatttaatggttaaaaattatgtgctcagaattgaaatgttata
aaaggtataaaacttaaaaatatacaaaatttatagaaaaagaaaaaatt
taccataatgaaataagtgtaaaggtgtaacttacgtataaattgtaaga
ctcaatgttaatgtcacctctccagatgtacctctagattaaaggcagtc
tcagaaatctcttgtagattgtatcaaactggtttcagaatttaacatac
agaaaggccaaaagaactgaatagtaaaagcatttgtgcacaaaatctta
aggaaaactgtctgtctcatattcagacttcttaccaaaatctcctgtga
acagtcacagactcttcaacaagacatgagaaaatcaagtccaacaatat
atagaaaggatgaggacaaaatctggtggtatttatctcagaagtgcaag
atgggagagggacccagtgagatgccaaggtgcttgccaccaagcctgat
gaaatgaggtatcgccagacctccacacacacgctgtggcatgtgaatgc
ctgtatattctctctgtctctgtctttacatattctctctctgtctatct
atatcccccccccccacacacacacacagggattacacacacatgcactt
acaataaatacagatataaatatccagtgtacaaaacccccatggtcctg
gtcagaagatacgctcatgctaatgcaggctgcacttagggcactgacta
gactgggtgttttcctggaggctctgagggacagtctgcaaattcatagt
cctcttggcacaacccgggttcctgacagtctcagaacccaggtgagctc
ttccttctggctttgggaagccagttgcacggattctcgagtaaaacttc
atcgtcttagacttctatcaagtctatgcttagaatctggactttcacct
ttattccttcaatctctttttaaaaaaaactaaaatatcaagggttaagc
acaaaacggaactgccacaaacatgctatatgtttaagttagtgaataga
atagata
gaattcacggctggtagcacctgggcaaatattgcaccatgccccatgga
gacccagagattcccaaaatggacagatacttttaaaaaaggacctctaa
acagtgtgactttgctgtactttacaggactcttaataataagtgcttta
tccttaagaggtctctttcctaggatgttatgaaagagctctgctgtaat
tgaaacccactccctttgtttcgtgtctgcagacatgaaaggccattgac
tggcactcacgttttagagactctttactttgacaaaggatgttaagaga
gtcctttagtatctaattccagtgtctttaactgtaacctttcatcatta
cacaagaggaaggtttctagacaggcatgctgtcattatgggttccctaa
gagcatagtcttaagacctctcagatttccaggccttgatgtcctgaaga
ggttttgacatccccatgtcttgatttcatccaatgttgggttttccaaa
actgtggtaaagatgtttaacatgagagctacccccttaacagttttcca
gtgtacagtcctgcattgttcactctaagcatggtgatagagagcagatc
tctggaactgacttcctttgagtaactgaaattttacgttagcctttgtt
aagggcaggttgcaccacacatatatttccagtgatgtaaacgtcttctc
ttgtagctttcaccaagctcagctatgagcagtggggccatctggatcat
cttggctgcgatacttttagtaaaagagaaatgataaccctgactttcgc
tgccatggttagacggttcagcagagagggagataattaatcttatgcaa
cacacatgactggaaattttgaaagacttaagacattctaaggtggtgaa
cagatcctcttgctgctcagccctttgctttcaacccttaggaaagagtg
aaccccaggcggatccaattacttgtctgccaatgattatctaagtatcc
tttgataatccgtaatccctctccccccacactcctctcatgtagattgc
ttgggttttgttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_187634141_187635290
seq2: B6Ng01-170P05.b_47_1203 (reverse)

seq1  TATCTA----ATTCACTAACTACAACATATAGCATGTTTGT-GCAGTTCT  45
      ||||||    |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  TATCTATTCTATTCACTAACTTAAACATATAGCATGTTTGTGGCAGTTCC  50

seq1  G-TTTGTGCTTAACCCTTGGATATTTAGTTTTTTTTTAAAAAGAGATTGA  94
      | |||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTGCTTAACCCTT-GATATTTTAGTTTTTTTTAAAAAGAGATTGA  99

seq1  AGGAAATAAAGGTGAAAGT-CAGATTCTAAGCATAAGACTTGATAG-AGT  142
      ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  AGG-AATAAAGGTGAAAGTCCAGATTCTAAGCAT-AGACTTGATAGAAGT  147

seq1  CTAAGACGATGAAGTTTTACTCGAGAATCCGTGCAACTGGCTTCCCAAAG  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACGATGAAGTTTTACTCGAGAATCCGTGCAACTGGCTTCCCAAAG  197

seq1  CCAGAAGGAAGAGCTCACCTGGGTTCTGAGACTGTCAGGAA-CCGGGTTG  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCAGAAGGAAGAGCTCACCTGGGTTCTGAGACTGTCAGGAACCCGGGTTG  247

seq1  TGCCAAGAGGACTATGAATTTGCAGACTGTCCCTCAGAGCCTCCAGG-AA  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGCCAAGAGGACTATGAATTTGCAGACTGTCCCTCAGAGCCTCCAGGAAA  297

seq1  ACACCCAGTCTAGTCAGTGCCCTAAGTGCAGCCTGCATTAGCATGAGCGT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCAGTCTAGTCAGTGCCCTAAGTGCAGCCTGCATTAGCATGAGCGT  347

seq1  ATCTTCTGACCAGGACCATGGGGGTTTTGTACACTGGATATTTATATCTG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTGACCAGGACCATGGGGGTTTTGTACACTGGATATTTATATCTG  397

seq1  TATTTATTGTAAGTGCATGTGTGTGTAATCCCTGTGTGTGTGTGTGGGGG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTGTAAGTGCATGTGTGTGTAATCCCTGTGTGTGTGTGTGGGGG  447

seq1  GGGGGGATATAGATAGACAGAGAGAGAATATGTAAAGACAGAGACAGAGA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGATATAGATAGACAGAGAGAGAATATGTAAAGACAGAGACAGAGA  497

seq1  GAATATACAGGCATTCACATGCCACAGCGTGTGTGTGGAGGTCTGGCGAT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATACAGGCATTCACATGCCACAGCGTGTGTGTGGAGGTCTGGCGAT  547

seq1  ACCTCATTTCATCAGGCTTGGTGGCAAGCACCTTGGCATCTCACTGGGTC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATTTCATCAGGCTTGGTGGCAAGCACCTTGGCATCTCACTGGGTC  597

seq1  CCTCTCCCATCTTGCACTTCTGAGATAAATACCACCAGATTTTGTCCTCA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCCATCTTGCACTTCTGAGATAAATACCACCAGATTTTGTCCTCA  647

seq1  TCCTTTCTATATATTGTTGGACTTGATTTTCTCATGTCTTGTTGAAGAGT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCTATATATTGTTGGACTTGATTTTCTCATGTCTTGTTGAAGAGT  697

seq1  CTGTGACTGTTCACAGGAGATTTTGGTAAGAAGTCTGAATATGAGACAGA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACTGTTCACAGGAGATTTTGGTAAGAAGTCTGAATATGAGACAGA  747

seq1  CAGTTTTCCTTAAGATTTTGTGCACAAATGCTTTTACTATTCAGTTCTTT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTCCTTAAGATTTTGTGCACAAATGCTTTTACTATTCAGTTCTTT  797

seq1  TGGCCTTTCTGTATGTTAAATTCTGAAACCAGTTTGATACAATCTACAAG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTTCTGTATGTTAAATTCTGAAACCAGTTTGATACAATCTACAAG  847

seq1  AGATTTCTGAGACTGCCTTTAATCTAGAGGTACATCTGGAGAGGTGACAT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTCTGAGACTGCCTTTAATCTAGAGGTACATCTGGAGAGGTGACAT  897

seq1  TAACATTGAGTCTTACAATTTATACGTAAGTTACACCTTTACACTTATTT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTGAGTCTTACAATTTATACGTAAGTTACACCTTTACACTTATTT  947

seq1  CATTATGGTAAATTTTTTCTTTTTCTATAAATTTTGTATATTTTTAAGTT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGGTAAATTTTTTCTTTTTCTATAAATTTTGTATATTTTTAAGTT  997

seq1  TTATACCTTTTATAACATTTCAATTCTGAGCACATAATTTTTAACCATTA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACCTTTTATAACATTTCAATTCTGAGCACATAATTTTTAACCATTA  1047

seq1  AATATCCCATGTTAATATATAAAAATGCAACCTGCTGTTCTGCATTGACA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCCCATGTTAATATATAAAAATGCAACCTGCTGTTCTGCATTGACA  1097

seq1  TTGTATCCTACAATCTTGGTAAACTGATGTATTAAAATATTAGTAGATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATCCTACAATCTTGGTAAACTGATGTATTAAAATATTAGTAGATTC  1147

seq1  TCTGGAATTC  1150
      ||||||||||
seq2  TCTGGAATTC  1157

seq1: chr1_187476692_187477767
seq2: B6Ng01-170P05.g_69_1132

seq1  GAATTCACGGCTGGTAGCACCTGGGCAAATATTGCACCATGCCCCATGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACGGCTGGTAGCACCTGGGCAAATATTGCACCATGCCCCATGGA  50

seq1  GACCCAGAGATTCCCAAAATGGACAGATACTTTTAAAAAAGGACCTCTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGAGATTCCCAAAATGGACAGATACTTTTAAAAAAGGACCTCTAA  100

seq1  ACAGTGTGACTTTGCTGTACTTTACAGGACTCTTAATAATAAGTGCTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTGACTTTGCTGTACTTTACAGGACTCTTAATAATAAGTGCTTTA  150

seq1  TCCTTAAGAGGTCTCTTTCCTAGGATGTTATGAAAGAGCTCTGCTGTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAAGAGGTCTCTTTCCTAGGATGTTATGAAAGAGCTCTGCTGTAAT  200

seq1  TGAAACCCACTCCCTTTGTTTCGTGTCTGCAGACATGAAAGGCCATTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACCCACTCCCTTTGTTTCGTGTCTGCAGACATGAAAGGCCATTGAC  250

seq1  TGGCACTCACGTTTTAGAGACTCTTTACTTTGACAAAGGATGTTAAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTCACGTTTTAGAGACTCTTTACTTTGACAAAGGATGTTAAGAGA  300

seq1  GTCCTTTAGTATCTAATTCCAGTGTCTTTAACTGTAACCTTTCATCATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTAGTATCTAATTCCAGTGTCTTTAACTGTAACCTTTCATCATTA  350

seq1  CACAAGAGGAAGGTTTCTAGACAGGCATGCTGTCATTATGGGTTCCCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGAGGAAGGTTTCTAGACAGGCATGCTGTCATTATGGGTTCCCTAA  400

seq1  GAGCATAGTCTTAAGACCTCTCAGATTTCCAGGCCTTGATGTCCTGAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATAGTCTTAAGACCTCTCAGATTTCCAGGCCTTGATGTCCTGAAGA  450

seq1  GGTTTTGACATCCCCATGTCTTGATTTCATCCAATGTTGGGTTTTCCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGACATCCCCATGTCTTGATTTCATCCAATGTTGGGTTTTCCAAA  500

seq1  ACTGTGGTAAAGATGTTTAACATGAGAGCTACCCCCTTAACAGTTTTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGTAAAGATGTTTAACATGAGAGCTACCCCCTTAACAGTTTTCCA  550

seq1  GTGTACAGTCCTGCATTGTTCACTCTAAGCATGGTGATAGAGAGCAGATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACAGTCCTGCATTGTTCACTCTAAGCATGGTGATAGAGAGCAGATC  600

seq1  TCTGGAACTGACTTCCTTTGAGTAACTGAAATTTTACGTTAGCCTTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAACTGACTTCCTTTGAGTAACTGAAATTTTACGTTAGCCTTTGTT  650

seq1  AAGGGCAGGTTGCACCACACATATATTTCCAGTGATGTAAACGTCTTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCAGGTTGCACCACACATATATTTCCAGTGATGTAAACGTCTTCTC  700

seq1  TTGTAGCTTTCACCAAGCTCAGCTATGAGCAGTGGGGCCATCTGGATCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCTTTCACCAAGCTCAGCTATGAGCAGTGGGGCCATCTGGATCAT  750

seq1  CTTGGCTGCGATACTTTTAGTAAAAGAGAAATGATAACCCTGACTTTCGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTGCGATACTTTTAGTAAAAGAGAAATGATAACCCTGACTTTCGC  800

seq1  TGCCATGGTTAGACGGTTCAGCAGAGAGGGAGATAATTAATCTTATGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGGTTAGACGGTTCAGCAGAGAGGGAGATAATTAATCTTATGCAA  850

seq1  CACACATGACTGGAAATTTTGAAAGACTTAAGACATTCTAAGGTGGTGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGACTGGAAATTTTGAAAGACTTAAGACATTCTAAGGTGGTGAA  900

seq1  CAGATCCTCTTGCTGCTCAAGCCCTTTGCTTTCAACCCTTAGGAAAGAGT  950
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCTCTTGCTGCTC-AGCCCTTTGCTTTCAACCCTTAGGAAAGAGT  949

seq1  GAACCCCAGGCGGATCCAATTAACTTGTCTGCCATTGATTTATCTAAAGT  1000
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||
seq2  GAACCCCAGGCGGATCCAATT-ACTTGTCTGCCAATGA-TTATCT-AAGT  996

seq1  ATCCTTTTGATAATCTGTAATACCCTCTCCCCCCACACTTCCCTCTCCAT  1050
      |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||| |||
seq2  ATCC-TTTGATAATCCGTAAT-CCCTCTCCCCCCACACT--CCTCT-CAT  1041

seq1  GTAGATTTTGCTTGTGTTTTTGTTGT  1076
      |||||  ||||||| | |||||||||
seq2  GTAGA--TTGCTTG-GGTTTTGTTGT  1064