BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-171F05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 106,521,799 - 106,676,344
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041134, Cdh20
Upstream geneLOC383546
Downstream geneRnf152, LOC100041985, Pign, LOC666249, 2310035C23Rik, LOC100042023
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-171F05.bB6Ng01-171F05.g
ACCGA000242GA000243
length1,0771,065
definitionB6Ng01-171F05.b B6Ng01-171F05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,521,799 - 106,522,874)(106,675,282 - 106,676,344)
sequence
gaattcactctgtagaccaggctggtctcgaactcaggaatctgccttcc
tctgcctcccaagtgtgccaccactgcccggctctaatttttaacttaaa
acaaaagcttaagatttcttaatttactcactagcacacaggtttgtgcc
tgtgtattttaaaaccttgactgtcaaacttgaaagtagacaaatatgac
ctgggatatgcacagaggagctcgtttccagatgattcaaggatgctgtg
tgtacaaaaggagaactgaatccccagtgggaactctaatgtagatcaaa
ttaactgtatctgcaacagtttaagagtagtagaaggaaggagaattgta
atcaaattatattgtattagaaaagaatctaaatttaattaaaagaaaaa
aaattatgggttaaaaaaaaaacccaaagggaacagacagaacccagttt
tatttaagaatcttttccttggggtagagaatgatgtggaaggacagaag
gtagggggcagtggaggacaggaaagaaagaaggtagaggaagtaaaggg
gggagaaaaagactatttacatcaagactgacccattgacaagtgaatgc
tctcaaacatagctgtgtgcacattgttctatgtcgtcactggtctaggt
tttgatgctaaagttattaatttcagatatcaaatacactcgattaggac
caaatgcattttaaaatacaaatatgtgcactaattaagtatgattttct
ttttaaacaatttaaaaaggagtaggaggaagaacaatccagtttgctgg
ccaagttctattctggaataattaaaatctgcctgtttaaatttctattt
catgaattccactcactactggagtttttgtttcatttcctgttctaagg
accacttttctaaaacctttgtgcctttgacttcaatcagatgacactct
gcagcaattcaaatgagattttaaaagattactgtatgttgatgatgtat
ataaattatattcagttaaaatatcaagttcagctttgattccagagcct
ttaaagtatatacaaatgttttatact

gaattctatcccaagtggttcctgtcagaccttctgtgtttgtattcctc
tgttttgtgtaagaatccagtaacctctttgtaccttgctgatgtgtcac
ccaacttccctattttcttctgtataaaaagtttgatgcttgatttgaca
aattacattcagattctacacaacctctcctgtgtgcatctgtctgtcat
ttcatccaacgctttgtccacctgcgactagagacacgttccacaccaac
aaaggggcccagagggtctgcagcaattgtcctaagtggtatggtattat
tagcaagtagacagggatgctgtgacatgttctctttcgagtaaggtact
gtaccagaaaataagtagggtaagacatgagcagccatgggactttgaga
accattgctagaaggaggcagtgcaattgagtagttccatgatgttgggc
cttgggtcttgagttggaaacatgcctacattgaacgatctcttgtgccc
ttgtttcagcatgtgtagtatgatagtatcatggacaggagactacggag
gtaatgtacagaagactctcaactcatcatttgggccagaagtaatggaa
taattaaacgatggtttttattgttggattttctttcttgcttgaggtga
tatattttagtttgacatgagctaatatttagaagtgccaaagaagtaca
tagcacgcccatgttacattttttttgtgtgtttaaagaaacaaccctat
gcaacttggttgcccaatgtcagccagctccagaaatgacaccatgtcct
ctgtacctagcttcctgaaatagtccaccaagatgagatgctgaactgcc
aagtagattaattttcaatgactactcaaggttttttattcccaaaaatg
agtatgactcacatttttagactgaaataaatgtttccaatatcctatag
tgagcggcatgtaagctaaaggtatgcacttgaaacactcaaactgaaaa
tgtcaacagagatgtacctggtccaacagatgtaaattgtttactcacag
aatttggataaatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_106521799_106522874
seq2: B6Ng01-171F05.b_44_1120

seq1  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGTCTCGAACTCAGGAATCTGCCTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGTCTCGAACTCAGGAATCTGCCTTCC  50

seq1  TCTGCCTCCCAAGTGTGCCACCACTGCCCGGCTCTAATTTTTAACTTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAAGTGTGCCACCACTGCCCGGCTCTAATTTTTAACTTAAA  100

seq1  ACAAAAGCTTAAGATTTCTTAATTTACTCACTAGCACACAGGTTTGTGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGCTTAAGATTTCTTAATTTACTCACTAGCACACAGGTTTGTGCC  150

seq1  TGTGTATTTTAAAACCTTGACTGTCAAACTTGAAAGTAGACAAATATGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATTTTAAAACCTTGACTGTCAAACTTGAAAGTAGACAAATATGAC  200

seq1  CTGGGATATGCACAGAGGAGCTCGTTTCCAGATGATTCAAGGATGCTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATATGCACAGAGGAGCTCGTTTCCAGATGATTCAAGGATGCTGTG  250

seq1  TGTACAAAAGGAGAACTGAATCCCCAGTGGGAACTCTAATGTAGATCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAAAAGGAGAACTGAATCCCCAGTGGGAACTCTAATGTAGATCAAA  300

seq1  TTAACTGTATCTGCAACAGTTTAAGAGTAGTAGAAGGAAGGAGAATTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGTATCTGCAACAGTTTAAGAGTAGTAGAAGGAAGGAGAATTGTA  350

seq1  ATCAAATTATATTGTATTAGAAAAGAATCTAAATTTAATTAAAAGAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATTATATTGTATTAGAAAAGAATCTAAATTTAATTAAAAGAAAAA  400

seq1  AAATTATGGGTTAAAAAAAAAACCCAAAGGGAACAGACAGAACCCAGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATGGGTTAAAAAAAAAACCCAAAGGGAACAGACAGAACCCAGTTT  450

seq1  TATTTAAGAATCTTTTCCTTGGGGTAGAGAATGATGTGGAAGGACAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAGAATCTTTTCCTTGGGGTAGAGAATGATGTGGAAGGACAGAAG  500

seq1  GTAGGGGGCAGTGGAGGACAGGAAAGAAAGAAGGTAGAGGAAGTAAAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGGGCAGTGGAGGACAGGAAAGAAAGAAGGTAGAGGAAGTAAAGGG  550

seq1  GGGAGAAAAAGACTATTTACATCAAGACTGACCCATTGACAAGTGAATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAAAAGACTATTTACATCAAGACTGACCCATTGACAAGTGAATGC  600

seq1  TCTCAAACATAGCTGTGTGCACATTGTTCTATGTCGTCACTGGTCTAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAACATAGCTGTGTGCACATTGTTCTATGTCGTCACTGGTCTAGGT  650

seq1  TTTGATGCTAAAGTTATTAATTTCAGATATCAAATACACTCGATTAGGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGCTAAAGTTATTAATTTCAGATATCAAATACACTCGATTAGGAC  700

seq1  CAAATGCATTTTAAAATACAAATATGTGCACTAATTAAGTATGATTTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCATTTTAAAATACAAATATGTGCACTAATTAAGTATGATTTTCT  750

seq1  TTTTAAACAATTTAAAAAGGAGTAGGAGGAAGAACAATCCAGTTTGCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAACAATTTAAAAAGGAGTAGGAGGAAGAACAATCCAGTTTGCTGG  800

seq1  CCAAGTTCTATTCTGGAATAATTAAAATCTGCCTGTTTAAA-TTCTATTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCAAGTTCTATTCTGGAATAATTAAAATCTGCCTGTTTAAATTTCTATTT  850

seq1  CATGAATTCCACTCACTACTGGAGTTTTTGTTTCATTTCCTGTTCTAAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATTCCACTCACTACTGGAGTTTTTGTTTCATTTCCTGTTCTAAGG  900

seq1  ACCAC-TTTCTAAAACC-TTGTGCCTTTGAC-TCCATCAGATGACACTCT  946
      ||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||
seq2  ACCACTTTTCTAAAACCTTTGTGCCTTTGACTTCAATCAGATGACACTCT  950

seq1  GCAGCAATTCAAATGAGA-TTTAAAAGATACTTGTATGTTGATGATGTAT  995
      |||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAATTCAAATGAGATTTTAAAAGATTACTGTATGTTGATGATGTAT  1000

seq1  ATAAAATTATATTCAGTTAAAATATCAAGTTCAGCTTTGATTCCAGAGCT  1045
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AT-AAATTATATTCAGTTAAAATATCAAGTTCAGCTTTGATTCCAGAGCC  1049

seq1  TTTAAAAGTATATTACAAATGTTTTTATACT  1076
      ||| |||||||| |||||||| |||||||||
seq2  TTT-AAAGTATA-TACAAATG-TTTTATACT  1077


seq1: chr1_106675282_106676344
seq2: B6Ng01-171F05.g_65_1129 (reverse)

seq1  ATATTTAT-CAAATTCTGTG-TAAAACAATTTACATCTGGT-GACCAAGT  47
      |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||| | ||||| ||
seq2  ATATTTATCCAAATTCTGTGAGTAAACAATTTACATCTGTTGGACCAGGT  50

seq1  ACATCTCTGTTGACA-TTTCAGTTTTGAAGTGTTTCAGTTGCATTACTTT  96
      ||||||||||||||| |||||||||   |||||||||  |||||  ||||
seq2  ACATCTCTGTTGACATTTTCAGTTT--GAGTGTTTCAAGTGCATACCTTT  98

seq1  AGCCTACATGCCGCTCAACTATAGGATATTGGAAACATTTATTTCAGTCT  146
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTACATGCCGCTC-ACTATAGGATATTGGAAACATTTATTTCAGTCT  147

seq1  AAAAATGTGAGTCATACTCATTTTTGGAAAT-AAAAACCTTGAGTAGTCA  195
      ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTGAGTCATACTCATTTTTGGGAATAAAAAACCTTGAGTAGTCA  197

seq1  TTTGAAAATTAATCTACTTGGCAGTTCAGCATCTCATCTTGGTGGACTAT  245
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTGAAAATTAATCTACTTGGCAGTTCAGCATCTCATCTTGGTGGACTAT  246

seq1  TTCAGGAAGCTAGGTACAGAGGACATGGTGTCATTTCTGGAGCTGGCTGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGAAGCTAGGTACAGAGGACATGGTGTCATTTCTGGAGCTGGCTGA  296

seq1  CATTGGGCAACCAAGTTGCATAGGGTTGTTTCTTTAAACACAC-AAAAAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CATTGGGCAACCAAGTTGCATAGGGTTGTTTCTTTAAACACACAAAAAAA  346

seq1  ATGTAACATGGGCGTGCTATGTACTTCTTTGGCACTTCTAAATATTAGCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACATGGGCGTGCTATGTACTTCTTTGGCACTTCTAAATATTAGCT  396

seq1  CATGTCAAACTAAAATATATCACCTCAAGCAAGAAAGAAAATCCAACAAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCAAACTAAAATATATCACCTCAAGCAAGAAAGAAAATCCAACAAT  446

seq1  AAAAACCATCGTTTAATTATTCCATTACTTCTGGCCCAAATGATGAGTTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCATCGTTTAATTATTCCATTACTTCTGGCCCAAATGATGAGTTG  496

seq1  AGAGTCTTCTGTACATTACCTCCGTAGTCTCCTGTCCATGATACTATCAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTTCTGTACATTACCTCCGTAGTCTCCTGTCCATGATACTATCAT  546

seq1  ACTACACATGCTGAAACAAGGGCACAAGAGATCGTTCAATGTAGGCATGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACACATGCTGAAACAAGGGCACAAGAGATCGTTCAATGTAGGCATGT  596

seq1  TTCCAACTCAAGACCCAAGGCCCAACATCATGGAACTACTCAATTGCACT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAACTCAAGACCCAAGGCCCAACATCATGGAACTACTCAATTGCACT  646

seq1  GCCTCCTTCTAGCAATGGTTCTCAAAGTCCCATGGCTGCTCATGTCTTAC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTTCTAGCAATGGTTCTCAAAGTCCCATGGCTGCTCATGTCTTAC  696

seq1  CCTACTTATTTTCTGGTACAGTACCTTACTCGAAAGAGAACATGTCACAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTTATTTTCTGGTACAGTACCTTACTCGAAAGAGAACATGTCACAG  746

seq1  CATCCCTGTCTACTTGCTAATAATACCATACCACTTAGGACAATTGCTGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTGTCTACTTGCTAATAATACCATACCACTTAGGACAATTGCTGC  796

seq1  AGACCCTCTGGGCCCCTTTGTTGGTGTGGAACGTGTCTCTAGTCGCAGGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTCTGGGCCCCTTTGTTGGTGTGGAACGTGTCTCTAGTCGCAGGT  846

seq1  GGACAAAGCGTTGGATGAAATGACAGACAGATGCACACAGGAGAGGTTGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAAGCGTTGGATGAAATGACAGACAGATGCACACAGGAGAGGTTGT  896

seq1  GTAGAATCTGAATGTAATTTGTCAAATCAAGCATCAAACTTTTTATACAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAATCTGAATGTAATTTGTCAAATCAAGCATCAAACTTTTTATACAG  946

seq1  AAGAAAATAGGGAAGTTGGGTGACACATCAGCAAGGTACAAAGAGGTTAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATAGGGAAGTTGGGTGACACATCAGCAAGGTACAAAGAGGTTAC  996

seq1  TGGATTCTTACACAAAACAGAGGAATACAAACACAGAAGGTCTGACAGGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCTTACACAAAACAGAGGAATACAAACACAGAAGGTCTGACAGGA  1046

seq1  ACCACTTGGGATAGAATTC  1063
      |||||||||||||||||||
seq2  ACCACTTGGGATAGAATTC  1065


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |