BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173A15
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,216,470 - 82,268,444
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIrs1
Upstream gene9430031J16Rik, EG621020, LOC433328, EG665145
Downstream geneRhbdd1, Col4a4, Col4a3, 5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614, 4930544G21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173A15.bB6Ng01-173A15.g
ACCGA001495GA001496
length8581,042
definitionB6Ng01-173A15.b B6Ng01-173A15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,267,587 - 82,268,444)(82,216,470 - 82,217,502)
sequence
gaattccattctgtatttgcttttgaagttcagtgagtaacatgttcaaa
gtaatacagtgtgtattctaggctcaattgacagcaattctttcataaga
cattatttgagggctgagtctggtggttcaagcccaaatcccagcatttg
agaaatagaagtaggtgcatctctatgagatccaggccagcttgatcaac
attgtgagttctagaccagccagggttatctagtgagtccctacctcaaa
aatggccactaaataacatcatttggcatttcagatatgaaaactaaagc
taagacccaaacaaatgtacccataacagtaaaataaaaagttttctctt
tttgtataaatccataactatccaagtcttaccacataacaatattgtct
tattttaagcagagattcagttctgtgggccctcttcaggctcttgatat
ttatgctaattactaaaacttagaaatatttcccaacgggtatgcatcag
ttattaagggaggtggcttctctctatagccacactgttggtaagtttca
aatgcttggtggaacaagaatgccattgggtagatcctgtttgttgtatc
taggtatgaaaggaatgaaggttgcactgtctattttagagaacagtatg
ggaaacacccaggcaggttatcatctgtaaactagaacctacctgttgaa
cacagagatttgcctaatgccattacttgtctgacatcagatgagtctgg
gcattgtgttaaatatctctacttgcagcacattaaacttttgtatttgc
tgtacctgaagtgagctgaactcagctttcagaagttcgtgtagtgagtg
gtgggggg
gaattcctcagtctttgcctcccatttagctgtgggagtcttggtatttc
aacacgtggatttatgtgggttctgggaactcaaacctatagggtctcat
acctactgagccacctccctaagccaagtgtcctgagatttcctgttccc
tctttagctgccccaatgtccttccactaaaacccagaaaagcaaccatc
ttgtcaccccagaggtcatttctttctcctttgaactaccctggtgtttc
atctttgcctcacaaggatcttatctctttttgccccgtggtatgttgct
tgtgtgattgcacagacagaatagggggaaagcctgttgattgtagagac
agacacatccaaggacagaaggcaggtccatctttcacttggtgggtggc
cttgggaaaacaccaactcctaggagcctccaatgttttgttttagcaaa
acaaaaaattgtcctctctctcagaaccggtttgagaatttgaaataata
tacacaaaacagtgcttggtagagtgcaaaagaaaagcagtcagttttat
tcggattgtgactggtggtgttattctagttatttcttatactctctaat
tatttattcccttcttcaacagagatgtcttgattgcaagttatgtgtca
ggcagtaggcaccacatggaaatagcacagagagcttcagatgtacagag
ggaaagggaaaagacaaacaattggagacagagagctgcagatgaagatg
atgctgggagagaaactaagaaacaagatgtacaaggataaggagaggct
gctgcaggcaggaacacttggggctgagaacaggccaaggaggaaacacc
tgccagggaggtgctccaaccctgcagggccccgctggcctgaggacctg
caatgggtttcattcccacttgacctgggaatctgtgggaaagcattgct
tcgtctgggtgtgctctcagaaatctgtctgccaattgccgtctgcctcc
cacggagatgctacccagccagctggcacttcggattctgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_82267587_82268444
seq2: B6Ng01-173A15.b_48_905 (reverse)

seq1  CCCCCCACCACTCACTACACGAACTTCTGAAAGCTGAGTTCAGCTCACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCACCACTCACTACACGAACTTCTGAAAGCTGAGTTCAGCTCACTT  50

seq1  CAGGTACAGCAAATACAAAAGTTTAATGTGCTGCAAGTAGAGATATTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTACAGCAAATACAAAAGTTTAATGTGCTGCAAGTAGAGATATTTAA  100

seq1  CACAATGCCCAGACTCATCTGATGTCAGACAAGTAATGGCATTAGGCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGCCCAGACTCATCTGATGTCAGACAAGTAATGGCATTAGGCAAA  150

seq1  TCTCTGTGTTCAACAGGTAGGTTCTAGTTTACAGATGATAACCTGCCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTTCAACAGGTAGGTTCTAGTTTACAGATGATAACCTGCCTGG  200

seq1  GTGTTTCCCATACTGTTCTCTAAAATAGACAGTGCAACCTTCATTCCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCCCATACTGTTCTCTAAAATAGACAGTGCAACCTTCATTCCTTT  250

seq1  CATACCTAGATACAACAAACAGGATCTACCCAATGGCATTCTTGTTCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCTAGATACAACAAACAGGATCTACCCAATGGCATTCTTGTTCCAC  300

seq1  CAAGCATTTGAAACTTACCAACAGTGTGGCTATAGAGAGAAGCCACCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATTTGAAACTTACCAACAGTGTGGCTATAGAGAGAAGCCACCTCC  350

seq1  CTTAATAACTGATGCATACCCGTTGGGAAATATTTCTAAGTTTTAGTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATAACTGATGCATACCCGTTGGGAAATATTTCTAAGTTTTAGTAAT  400

seq1  TAGCATAAATATCAAGAGCCTGAAGAGGGCCCACAGAACTGAATCTCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATAAATATCAAGAGCCTGAAGAGGGCCCACAGAACTGAATCTCTGC  450

seq1  TTAAAATAAGACAATATTGTTATGTGGTAAGACTTGGATAGTTATGGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATAAGACAATATTGTTATGTGGTAAGACTTGGATAGTTATGGATT  500

seq1  TATACAAAAAGAGAAAACTTTTTATTTTACTGTTATGGGTACATTTGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAAAAAGAGAAAACTTTTTATTTTACTGTTATGGGTACATTTGTTT  550

seq1  GGGTCTTAGCTTTAGTTTTCATATCTGAAATGCCAAATGATGTTATTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTTAGCTTTAGTTTTCATATCTGAAATGCCAAATGATGTTATTTAG  600

seq1  TGGCCATTTTTGAGGTAGGGACTCACTAGATAACCCTGGCTGGTCTAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATTTTTGAGGTAGGGACTCACTAGATAACCCTGGCTGGTCTAGAA  650

seq1  CTCACAATGTTGATCAAGCTGGCCTGGATCTCATAGAGATGCACCTACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAATGTTGATCAAGCTGGCCTGGATCTCATAGAGATGCACCTACTT  700

seq1  CTATTTCTCAAATGCTGGGATTTGGGCTTGAACCACCAGACTCAGCCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCTCAAATGCTGGGATTTGGGCTTGAACCACCAGACTCAGCCCTC  750

seq1  AAATAATGTCTTATGAAAGAATTGCTGTCAATTGAGCCTAGAATACACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATGTCTTATGAAAGAATTGCTGTCAATTGAGCCTAGAATACACAC  800

seq1  TGTATTACTTTGAACATGTTACTCACTGAACTTCAAAAGCAAATACAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTACTTTGAACATGTTACTCACTGAACTTCAAAAGCAAATACAGAA  850

seq1  TGGAATTC  858
      ||||||||
seq2  TGGAATTC  858

seq1: chr1_82216470_82217502
seq2: B6Ng01-173A15.g_71_1112

seq1  GAATTCCTCAGTCTTTGCCTCCCATTTAGCTGTGGGAGTCTTGGTATTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAGTCTTTGCCTCCCATTTAGCTGTGGGAGTCTTGGTATTTC  50

seq1  AACACGTGGATTTATGTGGGTTCTGGGAACTCAAACCTATAGGGTCTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACGTGGATTTATGTGGGTTCTGGGAACTCAAACCTATAGGGTCTCAT  100

seq1  ACCTACTGAGCCACCTCCCTAAGCCAAGTGTCCTGAGATTTCCTGTTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACTGAGCCACCTCCCTAAGCCAAGTGTCCTGAGATTTCCTGTTCCC  150

seq1  TCTTTAGCTGCCCCAATGTCCTTCCACTAAAACCCAGAAAAGCAACCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAGCTGCCCCAATGTCCTTCCACTAAAACCCAGAAAAGCAACCATC  200

seq1  TTGTCACCCCAGAGGTCATTTCTTTCTCCTTTGAACTACCCTGGTGTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCACCCCAGAGGTCATTTCTTTCTCCTTTGAACTACCCTGGTGTTTC  250

seq1  ATCTTTGCCTCACAAGGATCTTATCTCTTTTTGCCCCGTGGTATGTTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGCCTCACAAGGATCTTATCTCTTTTTGCCCCGTGGTATGTTGCT  300

seq1  TGTGTGATTGCACAGACAGAATAGGGGGAAAGCCTGTTGATTGTAGAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGATTGCACAGACAGAATAGGGGGAAAGCCTGTTGATTGTAGAGAC  350

seq1  AGACACATCCAAGGACAGAAGGCAGGTCCATCTTTCACTTGGTGGGTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACATCCAAGGACAGAAGGCAGGTCCATCTTTCACTTGGTGGGTGGC  400

seq1  CTTGGGAAAACACCAACTCCTAGGAGCCTCCAATGTTTTGTTTTAGCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGAAAACACCAACTCCTAGGAGCCTCCAATGTTTTGTTTTAGCAAA  450

seq1  ACAAAAAATTGTCCTCTCTCTCAGAACCGGTTTGAGAATTTGAAATAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAATTGTCCTCTCTCTCAGAACCGGTTTGAGAATTTGAAATAATA  500

seq1  TACACAAAACAGTGCTTGGTAGAGTGCAAAAGAAAAGCAGTCAGTTTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAAACAGTGCTTGGTAGAGTGCAAAAGAAAAGCAGTCAGTTTTAT  550

seq1  TCGGATTGTGACTGGTGGTGTTATTCTAGTTATTTCTTATACTCTCTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGATTGTGACTGGTGGTGTTATTCTAGTTATTTCTTATACTCTCTAAT  600

seq1  TATTTATTCCCTTCTTCAACAGAGATGTCTTGATTGCAAGTTATGTGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTCCCTTCTTCAACAGAGATGTCTTGATTGCAAGTTATGTGTCA  650

seq1  GGCAGTAGGCACCACATGGAAATAGCACAGAGAGCTTCAGATGTACAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTAGGCACCACATGGAAATAGCACAGAGAGCTTCAGATGTACAGAG  700

seq1  GGAAAGGGAAAAGACAAACAATTGGAGACAGAGAGCTGCAGATGAAGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGGAAAAGACAAACAATTGGAGACAGAGAGCTGCAGATGAAGATG  750

seq1  ATGCT-GGAGAGAAACTAAG-AACAAGATGTACAAGGATAAGGAGAGGCT  798
      ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGGAGAGAAACTAAGAAACAAGATGTACAAGGATAAGGAGAGGCT  800

seq1  GCTGCAGGCAGGAACACTT-GGGCTGAGAACAGGCCAAGGAGGAAACACC  847
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGGCAGGAACACTTGGGGCTGAGAACAGGCCAAGGAGGAAACACC  850

seq1  TGCAAGGGAGGTGCTCCAACCCTGCAGGGCCCCGCTGGCCTGAGGACCTG  897
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGGAGGTGCTCCAACCCTGCAGGGCCCCGCTGGCCTGAGGACCTG  900

seq1  CAATGGGTTTCATTCCCACTGGACCTGGGGAATCTGTGGGAAAGCATGGC  947
      |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  CAATGGGTTTCATTCCCACTTGACCT-GGGAATCTGTGGGAAAGCATTGC  949

seq1  -TCG-CTGGGTGTG--CTCAGAATTCTGTCTGCC-ATTG-CGTCTGCCTC  991
       ||| |||||||||  ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||
seq2  TTCGTCTGGGTGTGCTCTCAGAAATCTGTCTGCCAATTGCCGTCTGCCTC  999

seq1  CCAGGGAGATGTCACCCAG-CAGCTGGCACTCGGGATTCTGTG  1033
      ||| |||||||  |||||| |||||||||||  ||||||||||
seq2  CCACGGAGATGCTACCCAGCCAGCTGGCACTTCGGATTCTGTG  1042