BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178G17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 37,348,265 - 37,499,706
singlet/doubletdoublet
Overlap geneInpp4a, 6330578E17Rik, Unc50
Upstream geneArid5a, 4632411B12Rik, 4930533C12Rik, Lman2l, Cnnm4, Cnnm3, Ankrd23, Ankrd39, Sema4c, 1700024G10Rik, BC050210, EG623414, Cox5b, Actr1b, 4933424G06Rik, Zap70, Tmem131, EG241053, A230074B11Rik, 4921511C04Rik, Cnga3
Downstream geneMgat4a, 2010300C02Rik, Tsga10, EG623661, Mitd1, Mrpl30, Gm776, 2300002O18Rik, Txndc9, EG666434, Eif5b, Rev1, EG329123, Aff3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178G17.bB6Ng01-178G17.g
ACCGA005413GA005414
length1,1441,046
definitionB6Ng01-178G17.b B6Ng01-178G17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,348,265 - 37,349,407)(37,498,670 - 37,499,706)
sequence
gaattcactaggaagatgtaacaagacagacacatggtacctgctaagca
caggtaaccagccacgtggcagaatgtaggttaaaataagttgtgattct
agtcggagaagagcctagctatatggccaaggtatttgtaaatagatttg
agactgatccttatttctgggagcgtggggctgggaggaagaatcaggac
ttaagttcaatacccatgtgtgaggattaaagatgtttggcatcttcccc
agcggctggcattaagatcatgccatccattccccgaactaagttactcc
atattgtgtagaagagtgattgctcagactgtgcctttttgacaagcaac
ttttgactctgctttgaggatggaggaagactatggacctcagcgaacat
gtcaacatctgtcagcacaacctacgtggcacagactgataaaatagatt
gtttctcaaagtaggaaagaggtcaccttataaatttatcagggtggatt
gggactgcaggagcacatagggtattaaaattatctcaggaaaagcaggc
ttgaggacttatgggacataccaccatgaggaaagaggatagattccctc
agaaggaggaggagacataccacccccatctcctgtcatctgactccctg
acctgcatgcagcagggactaacaggcagggaactcctgactatgccagg
ggagcagccaagctgggtttctgcttttgacatatcctattccaattgtt
tctacctgtcttctgacttgcctatctgtacctgttctccgtctatctgt
cagttagctcctctgggctccatctgtccttttgcctctgcagatggact
ctaacacttctcaaacctgtgacccacatcagcctgattggcaagaagtg
tcttcagaaaccttccagatttgccatctgaagcgaaacttctggtttct
ttggaaagtcagttatgtcaattaatgtttgctgaggcacacaggtgaaa
cgatgtcttgctaagcagaacccaagaaaggactcatgacgaacgagtgt
aaataagacccttacagaaagtgggagctagagcatgatttgcttggctc
tggcctcactgatccttactaacaattagcctgtactgggttca
gaattccccctttccccatgagctagttcctggtgcctggaacacgcctg
agccttggcaggctcggttggcatctggattaactagccaggttgctcac
atctctctcctagcgatgtctgcctactatcctgccgtgcacgggcacac
acacactccgtgtctagtcttcattgtgtgtggtgtgtgttctccaatac
actccaggctctggaggccagctctcctgtcttccatcacatcaggcgct
ctcctgctccctcagtgccagttgcttcctcctcttgtgcccagttcagc
actagactattggaaacagatgtttccaatagattttgtgggagccctgg
aggttgatgaggatgaagacgggggaggtgaagacagagtgcttagaact
gtaaagtgttcatccacattatcccttggaggccaccaaccgactttcac
ccacatagtgaataggaaaagtgtcaaatgcagtactaattatatctgtg
aaataggtcatagttggtatcggtgggtatttcacatagcccagactcta
gagcagtgctggcctctacagaagccacaaaacacatctgttgaaatgaa
aagttgagttggcagcctttggagtgctcagtggccacatggccagcagc
caccatattggatcctaggaatatgggacatcgacatcacggtgggaggt
tctgctggatgtgtaaacatgagcattctagaaaggagtagtaatgtatc
ctgctgctgtggttaaaaatagacctatggattcatcgtagtgcaggtga
aggtgtgtgttttggtggacagtcaagattacccggctacatgttagtgt
catcccttctttcccagcatgcattgcttcgggatcctcaagaaggtacg
tttgaaaagcatgagaagtgaaatgccggaatggatggttcgcttggtag
gtcagacgtgtgttatgtcccatcagagtgtggtctgaactgatgttctt
gaagtccattggttcttgatatcattcgttaataagattaggtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_37348265_37349407
seq2: B6Ng01-178G17.b_45_1188

seq1  GAATTCACTAGGAAGATGTAACAAGACAGACACATGGTACCTGCTAAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAGGAAGATGTAACAAGACAGACACATGGTACCTGCTAAGCA  50

seq1  CAGGTAACCAGCCACGTGGCAGAATGTAGGTTAAAATAAGTTGTGATTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAACCAGCCACGTGGCAGAATGTAGGTTAAAATAAGTTGTGATTCT  100

seq1  AGTCGGAGAAGAGCCTAGCTATATGGCCAAGGTATTTGTAAATAGATTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGGAGAAGAGCCTAGCTATATGGCCAAGGTATTTGTAAATAGATTTG  150

seq1  AGACTGATCCTTATTTCTGGGAGCGTGGGGCTGGGAGGAAGAATCAGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGATCCTTATTTCTGGGAGCGTGGGGCTGGGAGGAAGAATCAGGAC  200

seq1  TTAAGTTCAATACCCATGTGTGAGGATTAAAGATGTTTGGCATCTTCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTCAATACCCATGTGTGAGGATTAAAGATGTTTGGCATCTTCCCC  250

seq1  AGCGGCTGGCATTAAGATCATGCCATCCATTCCCCGAACTAAGTTACTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGCTGGCATTAAGATCATGCCATCCATTCCCCGAACTAAGTTACTCC  300

seq1  ATATTGTGTAGAAGAGTGATTGCTCAGACTGTGCCTTTTTGACAAGCAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTGTAGAAGAGTGATTGCTCAGACTGTGCCTTTTTGACAAGCAAC  350

seq1  TTTTGACTCTGCTTTGAGGATGGAGGAAGACTATGGACCTCAGCGAACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGACTCTGCTTTGAGGATGGAGGAAGACTATGGACCTCAGCGAACAT  400

seq1  GTCAACATCTGTCAGCACAACCTACGTGGCACAGACTGATAAAATAGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACATCTGTCAGCACAACCTACGTGGCACAGACTGATAAAATAGATT  450

seq1  GTTTCTCAAAGTAGGAAAGAGGTCACCTTATAAATTTATCAGGGTGGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCAAAGTAGGAAAGAGGTCACCTTATAAATTTATCAGGGTGGATT  500

seq1  GGGACTGCAGGAGCACATAGGGTATTAAAATTATCTCAGGAAAAGCAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTGCAGGAGCACATAGGGTATTAAAATTATCTCAGGAAAAGCAGGC  550

seq1  TTGAGGACTTATGGGACATACCACCATGAGGAAAGAGGATAGATTCCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGACTTATGGGACATACCACCATGAGGAAAGAGGATAGATTCCCTC  600

seq1  AGAAGGAGGAGGAGACATACCACCCCCATCTCCTGTCATCTGACTCCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAGGAGGAGACATACCACCCCCATCTCCTGTCATCTGACTCCCTG  650

seq1  ACCTGCATGCAGCAGGGACTAACAGGCAGGGAACTCCTGACTATGCCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCATGCAGCAGGGACTAACAGGCAGGGAACTCCTGACTATGCCAGG  700

seq1  GGAGCAGCCAAGCTGGGTTTCTGCTTTTGACATATCCTATTCCAATTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGCCAAGCTGGGTTTCTGCTTTTGACATATCCTATTCCAATTGTT  750

seq1  TCTACCTGTCTTCTGACTTGCCTATCTGTACCTGTTCTCCGTCTATCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTGTCTTCTGACTTGCCTATCTGTACCTGTTCTCCGTCTATCTGT  800

seq1  CAGTTAGCTCCTCTGGGCTCCATCTGTCCTTTTGCCTCTGCAGATGGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAGCTCCTCTGGGCTCCATCTGTCCTTTTGCCTCTGCAGATGGACT  850

seq1  CTAACACTTCTCAAACCTGTGACCCACATCAGCCTGATTGGCAAGAAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACACTTCTCAAACCTGTGACCCACATCAGCCTGATTGGCAAGAAGTG  900

seq1  TCTTCAGAAACCTTCCAGATTTGCCATCTGAAGCGAAACTTCTGGTTTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGAAACCTTCCAGATTTGCCATCTGAAGCGAAACTTCTGGTTTCT  950

seq1  TTGGAAAGTCAGTTATGTCAATTAATGTTTTGCTGAGGCACACAGGTGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAAGTCAGTTATGTCAATTAATG-TTTGCTGAGGCACACAGGTGAA  999

seq1  AGGATGTCTTGCTAAAGCAG-ACACAAGAAAGGACTCATGACGAAGGAGT  1049
      | ||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACGATGTCTTGCT-AAGCAGAACCCAAGAAAGGACTCATGACGAACGAGT  1048

seq1  GTAAATAAGACCC-TACAGAAAGTGGGAGCTAGAGCATTGGTTTGCTTTG  1098
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |
seq2  GTAAATAAGACCCTTACAGAAAGTGGGAGCTAGAGCA-TGATTTGCTTGG  1097

seq1  CTCT-GCCTCACTGTTCTTCACTAACAATTTACCTGTACT-GGTTCA  1143
      |||| ||||||||| || | ||||||||||  |||||||| ||||||
seq2  CTCTGGCCTCACTGATCCTTACTAACAATTAGCCTGTACTGGGTTCA  1144

seq1: chr1_37498670_37499706
seq2: B6Ng01-178G17.g_66_1111 (reverse)

seq1  CACACCTAATCTT-TTTACCAATGATTTCAAGAACCAAT-GATTTCAAGA  48
      ||||||||||||| || || |||||| |||||||||||| || |||||||
seq2  CACACCTAATCTTATTAACGAATGATATCAAGAACCAATGGACTTCAAGA  50

seq1  ACCTTTGTTCA-AACACACTCTGAT-GGACATAACACACGTCTAACCTA-  95
      || |  ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| 
seq2  ACATCAGTTCAGACCACACTCTGATGGGACATAACACACGTCTGACCTAC  100

seq1  CAAGCGAAACCATCCAT--CCGCA-TTCACTTCTCATGCTTTTCAAACGT  142
      |||||| ||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCG-AACCATCCATTCCGGCATTTCACTTCTCATGCTTTTCAAACGT  149

seq1  ACC-TCTTGAGGATCCCGAAGCAATGCATGCTGGG-AAGAA-GGATGACA  189
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  ACCTTCTTGAGGATCCCGAAGCAATGCATGCTGGGAAAGAAGGGATGACA  199

seq1  CTAACATGTAGCCGGGTAATCTTGACTGTCCCACCAAAACACACACCTTC  239
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATGTAGCCGGGTAATCTTGACTGT-CCACCAAAACACACACCTTC  248

seq1  ACCTGCACTACGATGAATCCATAGGTCTATTTTTAACCACAGCAGCAGGA  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCACTACGATGAATCCATAGGTCTATTTTTAACCACAGCAGCAGGA  298

seq1  TACATTACTACTCCTTTCTAGAATGCTCATGTTTACACATCCAGCAGAAC  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTACTACTCCTTTCTAGAATGCTCATGTTTACACATCCAGCAGAAC  348

seq1  CTCCCACCGTGATGTCGATGTCCCATATTCCTAGGATCCAATATGGTGGC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACCGTGATGTCGATGTCCCATATTCCTAGGATCCAATATGGTGGC  398

seq1  TGCTGGCCATGTGGCCACTGAGCACTCCAAAGGCTGCCAACTCAACTTTT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGCCATGTGGCCACTGAGCACTCCAAAGGCTGCCAACTCAACTTTT  448

seq1  CATTTCAACAGATGTGTTTTGTGGCTTCTGTAGAGGCCAGCACTGCTCTA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAACAGATGTGTTTTGTGGCTTCTGTAGAGGCCAGCACTGCTCTA  498

seq1  GAGTCTGGGCTATGTGAAATACCCACCGATACCAACTATGACCTATTTCA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGGGCTATGTGAAATACCCACCGATACCAACTATGACCTATTTCA  548

seq1  CAGATATAATTAGTACTGCATTTGACACTTTTCCTATTCACTATGTGGGT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATAATTAGTACTGCATTTGACACTTTTCCTATTCACTATGTGGGT  598

seq1  GAAAGTCGGTTGGTGGCCTCCAAGGGATAATGTGGATGAACACTTTACAG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCGGTTGGTGGCCTCCAAGGGATAATGTGGATGAACACTTTACAG  648

seq1  TTCTAAGCACTCTGTCTTCACCTCCCCCGTCTTCATCCTCATCAACCTCC  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGCACTCTGTCTTCACCTCCCCCGTCTTCATCCTCATCAACCTCC  698

seq1  AGGGCTCCCACAAAATCTATTGGAAACATCTGTTTCCAATAGTCTAGTGC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCCCACAAAATCTATTGGAAACATCTGTTTCCAATAGTCTAGTGC  748

seq1  TGAACTGGGCACAAGAGGAGGAAGCAACTGGCACTGAGGGAGCAGGAGAG  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTGGGCACAAGAGGAGGAAGCAACTGGCACTGAGGGAGCAGGAGAG  798

seq1  CGCCTGATGTGATGGAAGACAGGAGAGCTGGCCTCCAGAGCCTGGAGTGT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTGATGTGATGGAAGACAGGAGAGCTGGCCTCCAGAGCCTGGAGTGT  848

seq1  ATTGGAGAACACACACCACACACAATGAAGACTAGACACGGAGTGTGTGT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAGAACACACACCACACACAATGAAGACTAGACACGGAGTGTGTGT  898

seq1  GTGCCCGTGCACGGCAGGATAGTAGGCAGACATCGCTAGGAGAGAGATGT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCGTGCACGGCAGGATAGTAGGCAGACATCGCTAGGAGAGAGATGT  948

seq1  GAGCAACCTGGCTAGTTAATCCAGATGCCAACCGAGCCTGCCAAGGCTCA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAACCTGGCTAGTTAATCCAGATGCCAACCGAGCCTGCCAAGGCTCA  998

seq1  GGCGTGTTCCAGGCACCAGGAACTAGCTCATGGGGAAAGGGGGAATTC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTGTTCCAGGCACCAGGAACTAGCTCATGGGGAAAGGGGGAATTC  1046