BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-181G11
Chromosome1 (Build37)
Map Location 75,674,986 - 75,797,457
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneStk36, Ttll4, Cyp27a1, Prkag3, Wnt6, Wnt10a, LOC100042901, Cdk5r2, Fev, Cryba2, Ccdc108, Ihh, Nhej1, Slc23a3, 1810031K17Rik, BC038286, Zfand2b, Abcb6, Atg9a, D1Ertd161e, Stk16, Tuba4a, A630095N17Rik, Dnajb10, Ptprn, Resp18, Dnpep, Des, Speg, Gmppa, Accn4, D1Bwg1363e, A230078I05Rik, AW822216, Inha, Stk11ip, Slc4a3, LOC100039069, LOC383531
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-181G11.bB6Ng01-181G11.g
ACCGA007574GA007575
length1,1651,100
definitionB6Ng01-181G11.b B6Ng01-181G11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,796,280 - 75,797,457)(75,674,986 - 75,676,063)
sequence
gaattcatcaaactgaaaggtgaatcttgctgctgtgggcttcaaatcta
attcctgatgttcggtggtttgaataagagtggcccccatagggtcatgt
atttgaatgcttagtcaccaaggagtggaactgagtgagaaggactagaa
agattaggaagtgtggccttcttggaggagatgtgtgtcactggggattg
gctttgaggtttcaaaagtctacaccaggcccaatctctttctctgccta
ctgcctacagatcgggatataaagctctcagcttagtgctccagcaccat
gcctgtcttctccctgccacaatgatcatagactaaccctctgaagctgt
aagcaagctcctaagtaaatgcttccttttataagaagttgccttggtca
tggtgccttttcatggcagcagacagtgactaagacatggtaactgaaaa
gtaaaagctactagaagtattatgaaactgacctttggttttatgactat
aaagtggaatctgaagcacatgtggccacagtttcggtggggttgcaatt
gttaatccttctcagtttgtacttaaaatgtatcaaggaaatggaaaatt
ttcaaagacatggaaagagaaactgctctgtcactcctatctctaccctt
ttcccccctctccgaaagctttatgatgctaattattcttctctgtcaag
acactggatgaggcttcctgtgactgtgacaaagcatctgaaataattat
cttaaaaggaagaaaggttcactttgaatcatgtttcagtccacatagtt
gcttagtaccacagtatatcatgtcatatatcatatatcataccatatca
tatactacatgatatcatatcatgacaaaagcatatggcctaagaagctg
ctcatcaagatagagataaggagaggtgcaggaagtaccaagggacatag
tgagctagagccaggctctctcaataacctctcaagagcacacccacaat
gacctaacttcttctctctcaaaggctggagaccaagcttcaactcgtga
ttctttgggggagcatttttagacttagaatatagcactagtaaacattt
tgtaagaaaaactagtcatgcaatagcttagaatcatgttcccgagtggc
ctgggattttacttc
gaattctctcacaggcttgtgtcagctccctgatactgctgtctgggggt
tatgtgaaggaggtcttccctttgatctctgtagatcacagagaggcata
gacctttgagcagcagtgtttcagagccgggctttatggcttttgtattt
ttcttttggctgttccaggggaagtgctcactgaagctgtgagcatcttt
tgtgacagtttcccatagggtgtaaatgtaccttgccacccaccttgaga
aggttgttatttatttatctatttggcacttgaaagtaaaacaaagtact
agtgccattaatggaaagctagacttttctcttttgctggtacccgtgac
aggttcattgatgctgtcccaggctgctcgccccttttcaaactgcaact
tttaagctcattactctttggtggattaattcctgatgctcccctttgac
actctctttacttgcactgacagagcgcaatgctgccaggtcccctctcc
cccactatgtcggagctgatgccttgatcctttccccccttcacgaacgg
acaggtacatctgggcaaaccttcagtatgcacctggtggttcaggcctc
acggacccagctttaagcctctttgatgtcctaactgcctcgtgttctca
acgctcagtgtttcttttcttttctcaagagactgcttttggaaactttt
tacaagggcatggaacaaattttgcttcatctgtcatagggtggagggtc
atctaggacagtgtggaaggcccaagccaagggggagctgccagagagtg
agttctgattcccaacactgcttattttatttttgtgtgtggtatgtgtg
tgtgtagttgtatgtgcatgtctgggctgacaagaataaggaagacatta
gagcctggttctatcacctttttctattctcttgggaggcagagtatctc
atagagccctggagaattgctcatgtttgggcttaggctggcctgactag
cataggccaaaagatctttcctgatttctgccctccttccccaactcatg
actctcgctactgggtatgccaggtatgcctgtggcaccacctgaacttt

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_75796280_75797457
seq2: B6Ng01-181G11.b_47_1211 (reverse)

seq1  GAAGATAAAAACCCAGGCCACTCTGGGACCAATTGATTCTAAGCCTATGG  50
      |||| ||||| |||||||||||| |||| ||  |||||||||| |||| |
seq2  GAAG-TAAAATCCCAGGCCACTC-GGGAACA--TGATTCTAAG-CTATTG  45

seq1  CCATTGACTTAGTTTTCTCTTACAAAATGGTTTACCTAGTGCTATATCTT  100
      |   |||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||  |
seq2  C--ATGAC-TAGTTTT-TCTTACAAAAT-GTTTA-CTAGTGCTATATTCT  89

seq1  AGGTCT-AAAATGCT-CCCCAAAGAACCACGAGTTGAAGGCTTGGTCTCC  148
      | |||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGTCTAAAAATGCTCCCCCAAAGAATCACGAGTTGAA-GCTTGGTCTCC  138

seq1  AGCCTTTGAGAGGAGAAGGAAGTTAGGTCATTGTGGGTGTGCTCTTGAGA  198
      ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTGAGA-GAGAA-GAAGTTAGGTCATTGTGGGTGTGCTCTTGAGA  186

seq1  GGTTATTGAGAGAGCCTGGCTCTAGCTCACTATGTCCCTTGGTACTTCCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATTGAGAGAGCCTGGCTCTAGCTCACTATGTCCCTTGGTACTTCCT  236

seq1  GCACCTCTCCCTTATCTCTATCTTGATGAGCAGCTTCTTAGGCCATATGC  298
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTCT-CCTTATCTCTATCTTGATGAGCAGCTTCTTAGGCCATATGC  285

seq1  TTTTGTCATGATATGATATCATGTAGTATATGATATGGTATGATATATGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCATGATATGATATCATGTAGTATATGATATGGTATGATATATGA  335

seq1  TATATGACATGATATACTGTGGTACTAAGCAACTATGTGGACTGAAACAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGACATGATATACTGTGGTACTAAGCAACTATGTGGACTGAAACAT  385

seq1  GATTCAAAGTGAACCTTTCTTCCTTTTAAGATAATTATTTCAGATGCTTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAAAGTGAACCTTTCTTCCTTTTAAGATAATTATTTCAGATGCTTT  435

seq1  GTCACAGTCACAGGAAGCCTCATCCAGTGTCTTGACAGAGAAGAATAATT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGTCACAGGAAGCCTCATCCAGTGTCTTGACAGAGAAGAATAATT  485

seq1  AGCATCATAAAGCTTTCGGAGAGGGGGGAAAAGGGTAGAGATAGGAGTGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCATAAAGCTTTCGGAGAGGGGGGAAAAGGGTAGAGATAGGAGTGA  535

seq1  CAGAGCAGTTTCTCTTTCCATGTCTTTGAAAATTTTCCATTTCCTTGATA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAGTTTCTCTTTCCATGTCTTTGAAAATTTTCCATTTCCTTGATA  585

seq1  CATTTTAAGTACAAACTGAGAAGGATTAACAATTGCAACCCCACCGAAAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTAAGTACAAACTGAGAAGGATTAACAATTGCAACCCCACCGAAAC  635

seq1  TGTGGCCACATGTGCTTCAGATTCCACTTTATAGTCATAAAACCAAAGGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCACATGTGCTTCAGATTCCACTTTATAGTCATAAAACCAAAGGT  685

seq1  CAGTTTCATAATACTTCTAGTAGCTTTTACTTTTCAGTTACCATGTCTTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCATAATACTTCTAGTAGCTTTTACTTTTCAGTTACCATGTCTTA  735

seq1  GTCACTGTCTGCTGCCATGAAAAGGCACCATGACCAAGGCAACTTCTTAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGTCTGCTGCCATGAAAAGGCACCATGACCAAGGCAACTTCTTAT  785

seq1  AAAAGGAAGCATTTACTTAGGAGCTTGCTTACAGCTTCAGAGGGTTAGTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAAGCATTTACTTAGGAGCTTGCTTACAGCTTCAGAGGGTTAGTC  835

seq1  TATGATCATTGTGGCAGGGAGAAGACAGGCATGGTGCTGGAGCACTAAGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATCATTGTGGCAGGGAGAAGACAGGCATGGTGCTGGAGCACTAAGC  885

seq1  TGAGAGCTTTATATCCCGATCTGTAGGCAGTAGGCAGAGAAAGAGATTGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGCTTTATATCCCGATCTGTAGGCAGTAGGCAGAGAAAGAGATTGG  935

seq1  GCCTGGTGTAGACTTTTGAAACCTCAAAGCCAATCCCCAGTGACACACAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTGTAGACTTTTGAAACCTCAAAGCCAATCCCCAGTGACACACAT  985

seq1  CTCCTCCAAGAAGGCCACACTTCCTAATCTTTCTAGTCCTTCTCACTCAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCAAGAAGGCCACACTTCCTAATCTTTCTAGTCCTTCTCACTCAG  1035

seq1  TTCCACTCCTTGGTGACTAAGCATTCAAATACATGACCCTATGGGGGCCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTCCTTGGTGACTAAGCATTCAAATACATGACCCTATGGGGGCCA  1085

seq1  CTCTTATTCAAACCACCGAACATCAGGAATTAGATTTGAAGCCCACAGCA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATTCAAACCACCGAACATCAGGAATTAGATTTGAAGCCCACAGCA  1135

seq1  GCAAGATTCACCTTTCAGTTTGATGAATTC  1178
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGATTCACCTTTCAGTTTGATGAATTC  1165

seq1: chr1_75674986_75676063
seq2: B6Ng01-181G11.g_65_1164

seq1  GAATTCTCTCACAGGCTTGTGTCAGCTCCCTGATACTGCTGTCTGGGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCACAGGCTTGTGTCAGCTCCCTGATACTGCTGTCTGGGGGT  50

seq1  TATGTGAAGGAGGTCTTCCCTTTGATCTCTGTAGATCACAGAGAGGCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGAAGGAGGTCTTCCCTTTGATCTCTGTAGATCACAGAGAGGCATA  100

seq1  GACCTTTGAGCAGCAGTGTTTCAGAGCCGGGCTTTATGGCTTTTGTATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTGAGCAGCAGTGTTTCAGAGCCGGGCTTTATGGCTTTTGTATTT  150

seq1  TTCTTTTGGCTGTTCCAGGGGAAGTGCTCACTGAAGCTGTGAGCATCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTGGCTGTTCCAGGGGAAGTGCTCACTGAAGCTGTGAGCATCTTT  200

seq1  TGTGACAGTTTCCCATAGGGTGTAAATGTACCTTGCCACCCACCTTGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACAGTTTCCCATAGGGTGTAAATGTACCTTGCCACCCACCTTGAGA  250

seq1  AGGTTGTTATTTATTTATCTATTTGGCACTTGAAAGTAAAACAAAGTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTTATTTATTTATCTATTTGGCACTTGAAAGTAAAACAAAGTACT  300

seq1  AGTGCCATTAATGGAAAGCTAGACTTTTCTCTTTTGCTGGTACCCGTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCATTAATGGAAAGCTAGACTTTTCTCTTTTGCTGGTACCCGTGAC  350

seq1  AGGTTCATTGATGCTGTCCCAGGCTGCTCGCCCCTTTTCAAACTGCAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCATTGATGCTGTCCCAGGCTGCTCGCCCCTTTTCAAACTGCAACT  400

seq1  TTTAAGCTCATTACTCTTTGGTGGATTAATTCCTGATGCTCCCCTTTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGCTCATTACTCTTTGGTGGATTAATTCCTGATGCTCCCCTTTGAC  450

seq1  ACTCTCTTTACTTGCACTGACAGAGCGCAATGCTGCCAGGTCCCCTCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTTTACTTGCACTGACAGAGCGCAATGCTGCCAGGTCCCCTCTCC  500

seq1  CCCACTATGTCGGAGCTGATGCCTTGATCCTTTCCCCCCTTCACGAACGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTATGTCGGAGCTGATGCCTTGATCCTTTCCCCCCTTCACGAACGG  550

seq1  ACAGGTACATCTGGGCAAACCTTCAGTATGCACCTGGTGGTTCAGGCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTACATCTGGGCAAACCTTCAGTATGCACCTGGTGGTTCAGGCCTC  600

seq1  ACGGACCCAGCTTTAAGCCTCTTTGATGTCCTAACTGCCTCGTGTTCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGACCCAGCTTTAAGCCTCTTTGATGTCCTAACTGCCTCGTGTTCTCA  650

seq1  ACGCTCAGTGTTTCTTTTCTTTTCTCAAGAGACTGCTTTTGGAAACTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTCAGTGTTTCTTTTCTTTTCTCAAGAGACTGCTTTTGGAAACTTTT  700

seq1  TACAAGGGCATGGAACAAATTTTGCTTCATCTGTCATAGGGTGGAGGGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGGGCATGGAACAAATTTTGCTTCATCTGTCATAGGGTGGAGGGTC  750

seq1  ATCTAGGACAGTGTGGAAGGCCCAAGCCAAGGGGGAGCTGCCAGAGAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGGACAGTGTGGAAGGCCCAAGCCAAGGGGGAGCTGCCAGAGAGTG  800

seq1  AGTTCTGATT-CCAACACTGCTTATTTTATTTTTGTGTGTGGTATGTGTG  849
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGATTCCCAACACTGCTTATTTTATTTTTGTGTGTGGTATGTGTG  850

seq1  TGTGTAG-TGTATGTGCATGTCTGGGCTGACAAGAAT-AGGAAGACATTA  897
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTGTAGTTGTATGTGCATGTCTGGGCTGACAAGAATAAGGAAGACATTA  900

seq1  GAGCCTGG-TCTATCAC--TTTTCTATTCTCT--GGAGGCAGAGTATCTC  942
      |||||||| ||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGGTTCTATCACCTTTTTCTATTCTCTTGGGAGGCAGAGTATCTC  950

seq1  ATAGAG-CCTGGAG-ATTGC-CATGTTTGG--CTAGGCTGG-CTGACTAG  986
      |||||| ||||||| ||||| |||||||||   |||||||| ||||||||
seq2  ATAGAGCCCTGGAGAATTGCTCATGTTTGGGCTTAGGCTGGCCTGACTAG  1000

seq1  CA-AGGCC-AGAGATC-TTCCTGA-TTCTGCCCTCCTCCCCCACCCCAAG  1032
      || ||||| | ||||| ||||||| |||||||||||| ||||| | || |
seq2  CATAGGCCAAAAGATCTTTCCTGATTTCTGCCCTCCTTCCCCAACTCATG  1050

seq1  ACTCT-GC-ACTGGGTATG-CAGGTATGCCTGTGGCCACACCTG-ACTTT  1078
      ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |||||
seq2  ACTCTCGCTACTGGGTATGCCAGGTATGCCTGTGGCACCACCTGAACTTT  1100