BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-181M02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 98,026,200 - 98,158,960
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383603, Tmem157, LOC100041686, Rnu7-ps2, St8sia4
Downstream geneGm1833, Slco4c1, EG329217, Slco6b1, LOC670708, LOC623430, Slco6c1, EG634331
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-181M02.bB6Ng01-181M02.g
ACCGA007832GA007833
length4721,090
definitionB6Ng01-181M02.b B6Ng01-181M02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,026,200 - 98,026,676)(98,157,873 - 98,158,960)
sequence
tctctggccctaccctgagatcctcactgagcaattactgaatgtatttg
tttaccacctcaacccaaaccccgatttcaaagctaagcttcttcttcaa
ctttataatctgtagtttgatggagaaagagcttcagcaggaaaatgaac
aaacaagtcttaggtgaaggttcttctcactacagttcttggaacttggt
tttgtgatgtgttgcatcttcaataccttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgggggattgcagatggacacaaaaatacctagt
gtttgcattgtttaaagatttgtttgtcattctctgaacttgggttagtc
tgacataaaacacattattttattatcataactcaactgtgcaaaaaagc
actgtttagtcaaatgcactgttttgaacttaacctttttattaaatcta
cttgacaagtgtgacttcaggt

gaattctttcaaaatcaccaaagtctgattttttttgtttgtgtgtttgt
tgtttctggtcatcaatttgaagatggaaatatttttgtttgaccacaaa
ctgtccaaacagaattcaagacatatttacattgtgttaaagtagcttga
tgatactaagaatggaaagaaattatcctacacaataccttagaaaaatg
agcataggaaaaagctttgatttggtttcctgagagactataacataaac
aaaaaggcagaatgaatcatgcttgttagaagctatcttcaggtgaactt
gctgctgaagtgttggtgaccagtgatttcgatagatgttattgtggcaa
gtggtctcttacctaaagcttcaacaaatcagaaaataattcattatgaa
gtaataacacatgtgaacaaatgaaagccagaaaatataatttttacaac
acacacacagacaagactacaaggatgacaactgtagctgagcataatgg
tacatacctttaatctcaaacctcaagtgttttagagataagaatgctga
ttctataatcatagtaaggataattgtttgagcaggtagatgctttaacc
tgcctttgtgtttaataagaaaacattatatagtattccatccacatata
cacatttatgctttcataaattagcaataattataaaaaggaagtgttaa
aagcagacacaaaattttcgacaggaacatgtttaatatattgactgaga
tgctgatgtcatgagtatataggaatgtgttcaaacctatcaaattgtac
catttgaacatcggaagtattttgaaaactatacctcaataaacaagaaa
attaaataaaaaatacaattcagtgttgtgcttaatttgagaccaacatg
gggttgccctgcaaggtcctatactatattccccaagaagaccacaccaa
ttgattatctaatactaaatgatggttaggcctgataacatatcttcaaa
ttacattatgagactggagaagtgtctatgtaattaataccatttgttat
atatgtacatgccatatatacacatatttatgttatatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_98026200_98026676
seq2: B6Ng01-181M02.b_42_519

seq1  GAATTCTCTCTGGCCCTACCCTGAGATCCTCACTGAGCAATTACTGAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTGGCCCTACCCTGAGATCCTCACTGAGCAATTACTGAATG  50

seq1  TATTTGTTTACCACCTCAACCCAAACCCCGATTTCAAAGCTAAGCTTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTTTACCACCTCAACCCAAACCCCGATTTCAAAGCTAAGCTTCTT  100

seq1  CTTCAACTTTATAATCTGTAGTTTGATGGAGAAAGAGCTTCAGCAGGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAACTTTATAATCTGTAGTTTGATGGAGAAAGAGCTTCAGCAGGAAA  150

seq1  ATGAACAAACAAGTCTTAGGTGAAGGTTCTTCTCACTACAGTTCTTGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAAACAAGTCTTAGGTGAAGGTTCTTCTCACTACAGTTCTTGGAA  200

seq1  CTTGGTTTTGTGATGTGTTGCATCTTCAATACCTTGTGTGTGTGTGTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTTTGTGATGTGTTGCATCTTCAATACCTTGTGTGTGTGTGTGTG  250

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGGGATTGCAGATGGACACAAAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGGGATTGCAGATGGACACAAAAATA  300

seq1  CCTAGTGTTTGCATTGTTTAAAGATTTGTTTGTCATTCTCTGAACTTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTGTTTGCATTGTTTAAAGATTTGTTTGTCATTCTCTGAACTTGGG  350

seq1  TTAGTCTGACATAAAACACATTATTTTATTATCATAACTCAACTGTGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCTGACATAAAACACATTATTTTATTATCATAACTCAACTGTGCAA  400

seq1  GAAAGCACTGTTGAGTCAAATGCACTGCTTTGAACTTAACC-TTTTATTA  449
       ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  AAAAGCACTGTTTAGTCAAATGCACTGTTTTGAACTTAACCTTTTTATTA  450

seq1  AATCTACTTGACAAGTGTGACTTCAAGT  477
      ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AATCTACTTGACAAGTGTGACTTCAGGT  478


seq1: chr1_98157873_98158960
seq2: B6Ng01-181M02.g_66_1155 (reverse)

seq1  ATATAT-ACAT--ATATGTGTATATAT-GCATGTACATATAT-ACAAATG  45
      |||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  ATATATAACATAAATATGTGTATATATGGCATGTACATATATAACAAATG  50

seq1  GTA-TATATACATAAGACAACTTTCTCAGTCTTCATAATGTAATTTGAAG  94
      ||| ||  ||||| |||| ||||   ||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTATTAATTACAT-AGAC-ACTTCTCCAGTC-TCATAATGTAATTTGAAG  97

seq1  ATATGTTATCAGGCCTAACCATCATTTAGTATTAGATAATCAATTGGTGT  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTATCAGGCCTAACCATCATTTAGTATTAGATAATCAATTGGTGT  147

seq1  GGTCTTCTTTGGGGAATATAGTATAGGACCTTGCAGGGCAACCCCATGTT  194
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTC-TTGGGGAATATAGTATAGGACCTTGCAGGGCAACCCCATGTT  196

seq1  GGTCTCAAATTAAGCACAACACTGAATTGTATTTTTTATTTAATTTTCTT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCAAATTAAGCACAACACTGAATTGTATTTTTTATTTAATTTTCTT  246

seq1  GTTTATTGAGGTATAGTTTTCAAAATACTTCCGATGTTCAAATGGTACAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTGAGGTATAGTTTTCAAAATACTTCCGATGTTCAAATGGTACAA  296

seq1  TTTGATAGGTTTGAACACATTCCTATATACTCATGACATCAGCATCTCAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAGGTTTGAACACATTCCTATATACTCATGACATCAGCATCTCAG  346

seq1  TCAATATATTAAACATGTTCCTGTCGAAAATTTTGTGTCTGCTTTTAACA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATATTAAACATGTTCCTGTCGAAAATTTTGTGTCTGCTTTTAACA  396

seq1  CTTCCTTTTTATAATTATTGCTAATTTATGAAAGCATAAATGTGTATATG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTTTATAATTATTGCTAATTTATGAAAGCATAAATGTGTATATG  446

seq1  TGGATGGAATACTATATAATGTTTTCTTATTAAACACAAAGGCAGGTTAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGAATACTATATAATGTTTTCTTATTAAACACAAAGGCAGGTTAA  496

seq1  AGCATCTACCTGCTCAAACAATTATCCTTACTATGATTATAGAATCAGCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTACCTGCTCAAACAATTATCCTTACTATGATTATAGAATCAGCA  546

seq1  TTCTTATCTCTAAAACACTTGAGGTTTGAGATTAAAGGTATGTACCATTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATCTCTAAAACACTTGAGGTTTGAGATTAAAGGTATGTACCATTA  596

seq1  TGCTCAGCTACAGTTGTCATCCTTGTAGTCTTGTCTGTGTGTGTGTTGTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGCTACAGTTGTCATCCTTGTAGTCTTGTCTGTGTGTGTGTTGTA  646

seq1  AAAATTATATTTTCTGGCTTTCATTTGTTCACATGTGTTATTACTTCATA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATATTTTCTGGCTTTCATTTGTTCACATGTGTTATTACTTCATA  696

seq1  ATGAATTATTTTCTGATTTGTTGAAGCTTTAGGTAAGAGACCACTTGCCA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTATTTTCTGATTTGTTGAAGCTTTAGGTAAGAGACCACTTGCCA  746

seq1  CAATAACATCTATCGAAATCACTGGTCACCAACACTTCAGCAGCAAGTTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAACATCTATCGAAATCACTGGTCACCAACACTTCAGCAGCAAGTTC  796

seq1  ACCTGAAGATAGCTTCTAACAAGCATGATTCATTCTGCCTTTTTGTTTAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAAGATAGCTTCTAACAAGCATGATTCATTCTGCCTTTTTGTTTAT  846

seq1  GTTATAGTCTCTCAGGAAACCAAATCAAAGCTTTTTCCTATGCTCATTTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAGTCTCTCAGGAAACCAAATCAAAGCTTTTTCCTATGCTCATTTT  896

seq1  TCTAAGGTATTGTGTAGGATAATTTCTTTCCATTCTTAGTATCATCAAGC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGTATTGTGTAGGATAATTTCTTTCCATTCTTAGTATCATCAAGC  946

seq1  TACTTTAACACAATGTAAATATGTCTTGAATTCTGTTTGGACAGTTTGTG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAACACAATGTAAATATGTCTTGAATTCTGTTTGGACAGTTTGTG  996

seq1  GTCAAACAAAAATATTTCCATCTTCAAATTGATGACCAGAAACAACAAAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAACAAAAATATTTCCATCTTCAAATTGATGACCAGAAACAACAAAC  1046

seq1  ACACAAACAAAAAAAATCAGACTTTGGTGATTTTGAAAGAATTC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAACAAAAAAAATCAGACTTTGGTGATTTTGAAAGAATTC  1090


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |