BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183L23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 106,513,221 - 106,651,104
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041134
Upstream geneLOC383546
Downstream geneCdh20, Rnf152, LOC100041985, Pign, LOC666249, 2310035C23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183L23.bB6Ng01-183L23.g
ACCGA009295GA009296
length1,1801,152
definitionB6Ng01-183L23.b B6Ng01-183L23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,649,921 - 106,651,104)(106,513,221 - 106,514,367)
sequence
gaattcagttcacaatcaggagaggagctgtcctacagacatgtatacta
ggaggtggtattgctattcaatcctctaattaaccaaccacttctttcta
tttctccaaattcacattgctcttttacccttttacatagtgactatggc
cttttagggtcctttagtggctttcttttcccactggtacttcactctgc
acgtctaccttctatctttcttacttcatatgttccctcatcagtctcct
aatatgactatggcttgaacaaatactatgtgttaacatttctaatcttt
aattctgaacagcttgtatgccttcacctaatctattgctttccaataga
ctccctagcctgttccatagacaatctggtgaagtgaaaatccctcagca
gcagcagcaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaaccag
aacaccaattgtctctgtcttccccaggtatcaaagaacagcacagctgc
atgtcaagttgcacatcctaatccttacagcataattcaaatgttccctt
ccaatcccagagccagcttggacctatcatctgttctaagccctcattac
ttcatgaagactgagcctcttttatagccttatagcttggtattccactt
aaagttttaattatacattttatgcattattaaagtagccttgagccatg
ccatttgaaacaagttctctcctacaaagcaaacacaatcaaatccctcc
tatgtataaattgtatgctggtttcccaacacctatagcatgagatctgt
agaagaaattagtgacctagaagaaatatagggtggacttaaacacactg
gttccagtcctcatgcccctacttatcagctgaaaaagacagagtatgta
aaaaaatatgtgattaaaatatgtatttaagaatccgtttcttcaaccat
gaaatggcatatcttcaaggcaaagttgttagaattgactgagattacaa
acagttggatagagaacgattgctacaaatagaaagctattgtgctgatg
atctgctgcataagcagaacattactgtgtagctatcagcacttatgagt
tctagatcgtaaccttctcttttctcccctcaacttggcagcatgctagt
taagtactggtagtttctgcctaaaacccc

gaattctctttttctctttccaactaaaacaaaactttcttttttggaac
ccagagaatttcataagggtattttgcaaggacatagataccagcaggta
tgctgaacaaaaagcctctgccttctgcatcgaccaataacttcatagaa
atctccaggaggctcttatactaagttaatgtatcctactgaccaatgag
gatacagaatggacagctttgcctttgcttttgctaaaacactcagagaa
tgactgctatcacattcaaaagccaaatgatcttctttgctgctctagcc
tcagctatagagaacagatcattcgtggagctaaactcaatttcttccat
gttattttcatggcaatcacttcagccccaatgcaagttggaaatttgac
catcctttatattatactcaggcaattatctttctgatgtacaaataaga
aagcaattgtccttttcaacaagctttgagatgcttgccgctaagtagtc
caggtgaaaaattctcctcagagcactatcctgaggggtcccaagaacca
ggggaaaacccgacaatgacaaaactaaacaggaaaaatggggtccttat
aggccacggaatcagtaagtgccatctaactcattttaaatccaaaagct
cacaaatcttagtcgtattaatcaggctcctcacacctttccacagctct
aaagtggccactgtttaatgggttagaacatcagtgccttggaagaagag
ggggatttctcttgttttcatctcaatttctgatagaaatgattttgtct
tttctgctgcctgggacaatggcagtacagtgctttctagatgaatagca
gaagacagtgtggcagattaatacaaatgaagtcattcctgagtgactcc
atctgctttagaaataaagcttggtcaataatgtggccaagatccagata
attaggcctgactccaaaggaaggcacacaggttaacttatagcttcatt
agcctctttcagaaggcagagttccaaaacttactttaatagagccagca
tattgatccactgaacaatcttgctgatattaaaatgaacgttgtttttt
gcaatgttgcatggacagtaagaaaaataaccgaatgcaactctaaatac
ca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_106649921_106651104
seq2: B6Ng01-183L23.b_48_1227 (reverse)

seq1  GGGGTTTTAGGCAGAAACCAACAGTAAACTAAACTAGCATGCTGCC-AGG  49
      |||||||||||||||||| | ||||  ||| ||||||||||||||| || 
seq2  GGGGTTTTAGGCAGAAACTACCAGT--ACTTAACTAGCATGCTGCCAAGT  48

seq1  TGA-GGGAGAAAAGAGAA-GTTACGATTCTAAGAACTCATAAGTGCTGAT  97
      ||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGGAGAAAAGAGAAGGTTACGA-TCT-AGAACTCATAAGTGCTGAT  96

seq1  ACCTTAACACAGTAATG-TCTGC-TATGCAGCCAGATCATCAGCAACAAT  145
      | ||  ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |||||
seq2  AGCT--ACACAGTAATGTTCTGCTTATGCAG-CAGATCATCAGC-ACAAT  142

seq1  AGC-TTCTATTTGTAGCCAATTCGTTCTCTATCCAACTGTTTGTAATCTC  194
      ||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCTATTTGTAGC--AATCGTTCTCTATCCAACTGTTTGTAATCTC  190

seq1  AGTCAATTCTAACAACTTTGCCTTGAAGATATGCCATTTCATGGTTGAAG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAATTCTAACAACTTTGCCTTGAAGATATGCCATTTCATGGTTGAAG  240

seq1  AAACGGATTCTTAAATACATATTTTAATCACATATTTTTTTACATACTCT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGGATTCTTAAATACATATTTTAATCACATATTTTTTTACATACTCT  290

seq1  GTCTTTTTCAGCTGATAAGTAGGGGCATGAGGACTGGAACCAGTGTGTTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTTCAGCTGATAAGTAGGGGCATGAGGACTGGAACCAGTGTGTTT  340

seq1  AAGTCCACCCTATATTTCTTCTAGGTCACTAATTTCTTCTACAGATCTCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCACCCTATATTTCTTCTAGGTCACTAATTTCTTCTACAGATCTCA  390

seq1  TGCTATAGGTGTTGGGAAACCAGCATACAATTTATACATAGGAGGGATTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATAGGTGTTGGGAAACCAGCATACAATTTATACATAGGAGGGATTT  440

seq1  GATTGTGTTTGCTTTGTAGGAGAGAACTTGTTTCAAATGGCATGGCTCAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTGTTTGCTTTGTAGGAGAGAACTTGTTTCAAATGGCATGGCTCAA  490

seq1  GGCTACTTTAATAATGCATAAAATGTATAATTAAAACTTTAAGTGGAATA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACTTTAATAATGCATAAAATGTATAATTAAAACTTTAAGTGGAATA  540

seq1  CCAAGCTATAAGGCTATAAAAGAGGCTCAGTCTTCATGAAGTAATGAGGG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCTATAAGGCTATAAAAGAGGCTCAGTCTTCATGAAGTAATGAGGG  590

seq1  CTTAGAACAGATGATAGGTCCAAGCTGGCTCTGGGATTGGAAGGGAACAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAACAGATGATAGGTCCAAGCTGGCTCTGGGATTGGAAGGGAACAT  640

seq1  TTGAATTATGCTGTAAGGATTAGGATGTGCAACTTGACATGCAGCTGTGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTATGCTGTAAGGATTAGGATGTGCAACTTGACATGCAGCTGTGC  690

seq1  TGTTCTTTGATACCTGGGGAAGACAGAGACAATTGGTGTTCTGGTTGTTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTTGATACCTGGGGAAGACAGAGACAATTGGTGTTCTGGTTGTTG  740

seq1  TTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGAGGGA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGAGGGA  790

seq1  TTTTCACTTCACCAGATTGTCTATGGAACAGGCTAGGGAGTCTATTGGAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACTTCACCAGATTGTCTATGGAACAGGCTAGGGAGTCTATTGGAA  840

seq1  AGCAATAGATTAGGTGAAGGCATACAAGCTGTTCAGAATTAAAGATTAGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATAGATTAGGTGAAGGCATACAAGCTGTTCAGAATTAAAGATTAGA  890

seq1  AATGTTAACACATAGTATTTGTTCAAGCCATAGTCATATTAGGAGACTGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTAACACATAGTATTTGTTCAAGCCATAGTCATATTAGGAGACTGA  940

seq1  TGAGGGAACATATGAAGTAAGAAAGATAGAAGGTAGACGTGCAGAGTGAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGAACATATGAAGTAAGAAAGATAGAAGGTAGACGTGCAGAGTGAA  990

seq1  GTACCAGTGGGAAAAGAAAGCCACTAAAGGACCCTAAAAGGCCATAGTCA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAGTGGGAAAAGAAAGCCACTAAAGGACCCTAAAAGGCCATAGTCA  1040

seq1  CTATGTAAAAGGGTAAAAGAGCAATGTGAATTTGGAGAAATAGAAAGAAG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTAAAAGGGTAAAAGAGCAATGTGAATTTGGAGAAATAGAAAGAAG  1090

seq1  TGGTTGGTTAATTAGAGGATTGAATAGCAATACCACCTCCTAGTATACAT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGTTAATTAGAGGATTGAATAGCAATACCACCTCCTAGTATACAT  1140

seq1  GTCTGTAGGACAGCTCCTCTCCTGATTGTGAACTGAATTC  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTAGGACAGCTCCTCTCCTGATTGTGAACTGAATTC  1180


seq1: chr1_106513221_106514367
seq2: B6Ng01-183L23.g_65_1216

seq1  GAATTCTCTTTTTCTCTTTCCAACTAAAACAAAACTTTCTTTTTTGGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTTTCTCTTTCCAACTAAAACAAAACTTTCTTTTTTGGAAC  50

seq1  CCAGAGAATTTCATAAGGGTATTTTGCAAGGACATAGATACCAGCAGGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAATTTCATAAGGGTATTTTGCAAGGACATAGATACCAGCAGGTA  100

seq1  TGCTGAACAAAAAGCCTCTGCCTTCTGCATCGACCAATAACTTCATAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAACAAAAAGCCTCTGCCTTCTGCATCGACCAATAACTTCATAGAA  150

seq1  ATCTCCAGGAGGCTCTTATACTAAGTTAATGTATCCTACTGACCAATGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCAGGAGGCTCTTATACTAAGTTAATGTATCCTACTGACCAATGAG  200

seq1  GATACAGAATGGACAGCTTTGCCTTTGCTTTTGCTAAAACACTCAGAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGAATGGACAGCTTTGCCTTTGCTTTTGCTAAAACACTCAGAGAA  250

seq1  TGACTGCTATCACATTCAAAAGCCAAATGATCTTCTTTGCTGCTCTAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCTATCACATTCAAAAGCCAAATGATCTTCTTTGCTGCTCTAGCC  300

seq1  TCAGCTATAGAGAACAGATCATTCGTGGAGCTAAACTCAATTTCTTCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTATAGAGAACAGATCATTCGTGGAGCTAAACTCAATTTCTTCCAT  350

seq1  GTTATTTTCATGGCAATCACTTCAGCCCCAATGCAAGTTGGAAATTTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTTCATGGCAATCACTTCAGCCCCAATGCAAGTTGGAAATTTGAC  400

seq1  CATCCTTTATATTATACTCAGGCAATTATCTTTCTGATGTACAAATAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTTATATTATACTCAGGCAATTATCTTTCTGATGTACAAATAAGA  450

seq1  AAGCAATTGTCCTTTTCAACAAGCTTTGAGATGCTTGCCGCTAAGTAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAATTGTCCTTTTCAACAAGCTTTGAGATGCTTGCCGCTAAGTAGTC  500

seq1  CAGGTGAAAAATTCTCCTCAGAGCACTATCCTGAGGGGTCCCAAGAACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAAAAATTCTCCTCAGAGCACTATCCTGAGGGGTCCCAAGAACCA  550

seq1  GGGGAAAACCCGACAATGACAAAACTAAACAGGAAAAATGGGGTCCTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAACCCGACAATGACAAAACTAAACAGGAAAAATGGGGTCCTTAT  600

seq1  AGGCCACGGAATCAGTAAGTGCCATCTAACTCATTTTAAATCCAAAAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACGGAATCAGTAAGTGCCATCTAACTCATTTTAAATCCAAAAGCT  650

seq1  CACAAATCTTAGTCGTATTAATCAGGCTCCTCACACCTTTCCACAGCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATCTTAGTCGTATTAATCAGGCTCCTCACACCTTTCCACAGCTCT  700

seq1  AAAGTGGCCACTGTTTAATGGGTTAGAACATCAGTGCCTTGGAAGAAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGCCACTGTTTAATGGGTTAGAACATCAGTGCCTTGGAAGAAGAG  750

seq1  GGGGATTTCTCTTGTTTTCATCTCAATTTCTGATAGAAATGATTTTGTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATTTCTCTTGTTTTCATCTCAATTTCTGATAGAAATGATTTTGTCT  800

seq1  TTTCTGCTGCCTGGGACAATGGCAGTACAGTGC-TTCTAGATGAATAGCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTGCCTGGGACAATGGCAGTACAGTGCTTTCTAGATGAATAGCA  850

seq1  GAAGACAGTGTGGCAGATTAATACAAATGAAGTCATTCCTGAGTGACTCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAGTGTGGCAGATTAATACAAATGAAGTCATTCCTGAGTGACTCC  900

seq1  ATCTGCTTTAGAAATAAAGCTTGGTCAATAATGTGGCCAAGATCCAGATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTTTAGAAATAAAGCTTGGTCAATAATGTGGCCAAGATCCAGATA  950

seq1  ATTAGGCCTGACTCCAAAGGAAGGCACACAGG-TAACTTATAGCTTCATT  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATTAGGCCTGACTCCAAAGGAAGGCACACAGGTTAACTTATAGCTTCATT  1000

seq1  AGCCCTCTTCAAGAAGGCAGAAGTCCAAAAACTAACCTTAATAGAGGCAG  1048
      || ||||||  ||||||||| ||| | |||||| || ||||||||| |||
seq2  AG-CCTCTTTCAGAAGGCAG-AGTTCCAAAACTTACTTTAATAGAGCCAG  1048

seq1  CATA-TGATCCACTG-ACAATCTGCTTGATATTAAAAATGAACGTTG--T  1094
      |||| |||||||||| |||||||   ||||||| |||||||||||||  |
seq2  CATATTGATCCACTGAACAATCTTGCTGATATT-AAAATGAACGTTGTTT  1097

seq1  TTTGCAATGTTGCATGAACAGT-AGGAAAATAACAG-ATGCAACTCAAAA  1142
      |||||||||||||||| ||||| || |||||||| | ||||||||| |||
seq2  TTTGCAATGTTGCATGGACAGTAAGAAAAATAACCGAATGCAACTCTAAA  1147

seq1  TACCA  1147
      |||||
seq2  TACCA  1152


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |