BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-186A13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 67,739,972 - 67,862,226
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRpe, 1110028C15Rik, Acadl, Myl1, LOC100043192, Lancl1, Cps1, Kif22-ps
Downstream geneErbb4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186A13.bB6Ng01-186A13.g
ACCGA010986GA010987
length1,0941,180
definitionB6Ng01-186A13.b B6Ng01-186A13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,861,196 - 67,862,226)(67,739,972 - 67,741,151)
sequence
gaattcatcactttgttggtaacaaaaacagtaatcaatacaataataca
atattaagtaatagaagacataattttttttgacataatactcttgactt
gagttcaattcttggattcccatgtgaaggaactaactccacaaagttat
cttttgccattcacatatgtgccatgcaggcaaagtaagtaattgtaaaa
gaaaatatttaaatgtaagtaagaatcatttattttcatatccatgtctc
ttcaattgaacatagtaggtataggttatacattttaaaattatttgttg
accctctgtgtaatttcatacaacataatttgatcatgtacaccttaatt
atccactgtaactcctcccatatctacctctacttccctatccacctcaa
ctttgttttgttcatatactctctgatatagactcacccactagagcata
tctgacctaccagtgaatatataaataaaacttacccattttcttctaga
agctacaaactgctcatagtcccttaattagggttggggatactgggcct
ctttcccttccatgataatatgtaatataagtactatgaaattcaggttt
attttggggttagtattaagaaatacttagaaggtattcaattattctat
tattttacataccttccatgtttgaaaagcacattttctgaggacagtat
ttcttttttttttaattaggtattttcctcatttacatttccaatgctat
cccaaaagcccccatgccctctcccccactcccctacccacccactccca
cttcttggccctggcgttcccctgtactgaggcatataaagtttgcttga
cctatgagcctctctttccactgatgtcctctgctacatatacagctgga
gtcatgggtctcccaatatgtactctttggttggtggtttagtccctcta
gagctctagggggtctgattggttgatattgctatcttcctatgggctgc
aaaccccttcagatccctcagtctttgccctaatttcttctttggggtcc
tgcactcagtcaatgttagactgcatgcttttattggttcagac

gaattcttactcctctctttcctcctcaatttacaaagttattcgagact
tctttgaagtctgactattcatcataaattcacatatatacatacacaca
tatgcacacacatatatacatatatatgtttatattacctatatatcaca
cacatactatgtgtgtgtgtattacacacatacatatatatttattggtg
atatatatatatatatatgaaaaacctagagaaatgttgacattgtataa
agatagctttctaattatgaatcatacttgtcaatgaaagagtatttata
ttccaaataaaagattgtggctccttatgatcctttaatattaacatatg
taataaaggctttattcattatctaataaagtgaagattattccttacct
aaagaggtaatatgcaaaactgcaccttgtacatatgatttttttcctga
tagtatcaacctgaaagcagcagaagtaggcaaatggctcttattgctct
tgaagggcagccatggctgcttgtccctcacaacttgtcttccaggattg
catgcacaccagacaggaaacactatattaacacaactgtccatttttct
ggtctaaagcctgagaaatattaattctccaaatgacattttaatgagaa
ctattactttgaaactaataagtgatctactatttagtaaaataaggaac
agaaattatgtcaaaacaatagcaacaacaaaacatctgtattctcagaa
tatttgagacctatctagggaaaagactttgagtgattcagctttctctc
aatttcggtctgatagtttattttataagactatgattttagaggtgcat
ccttcactgcttgtacattgttttgtctggttccaaatagtattctttga
aaataatacctaattagagttttgggggttgcttatgtatattatcatat
catctgcaatagtgacacctttatttcttctttgccaatttgtatcccct
tgacttctttttgttgtcttaccatcctagtaagcactttggaatactac
attgaatagatatgggggagagtgggcattccttgtctcaggcagaaatt
caagacatcaaggtaggattgggtttgccaatccaacagtccaaatctga
cctaatggtccgtctgaaagaacttgatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_67861196_67862226
seq2: B6Ng01-186A13.b_111_1137 (reverse)

seq1  GTCTG-ACCAATAAAAAGCATGCAGTCTAACATTGGACTGAGTGCAGGAA  49
      ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  GTCTGAACCAAT-AAAAGCATGCAGTCTAACATT-GACTGAGTGCAGG-A  47

seq1  CCCCAAAGGAGAAATTAGGGCAAAGACTGAGGGATCTGAAGGGGTTTGCA  99
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAGAAGAAATTAGGGCAAAGACTGAGGGATCTGAAGGGGTTTGCA  97

seq1  GCCCCATAGGAAGAATAGCAATATCAACCAATCAGACCCCCTAGAGCTCT  149
      | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-CCCATAGGAAG-ATAGCAATATCAACCAATCAGACCCCCTAGAGCTCT  145

seq1  AGAGGGACTAAACCACCAACCAAAGAGTACATATTGGGAGACCCATGACT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGACTAAACCACCAACCAAAGAGTACATATTGGGAGACCCATGACT  195

seq1  CCAGCTGTATATGTAGCAGAGGACATCAGTGGAAAGAGAGGCTCATAGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGTATATGTAGCAGAGGACATCAGTGGAAAGAGAGGCTCATAGGT  245

seq1  CAAGCAAACTTTATATGCCTCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAGAAGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAACTTTATATGCCTCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAGAAGT  295

seq1  GGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGGAGAGGGCATGGGGGCTTTTGGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGGAGAGGGCATGGGGGCTTTTGGGA  345

seq1  TAGCATTGGAAATGTAAATGAGGAAAATACCTAATTAAAAAAAAAAGAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTGGAAATGTAAATGAGGAAAATACCTAATTAAAAAAAAAAGAAA  395

seq1  TACTGTCCTCAGAAAATGTGCTTTTCAAACATGGAAGGTATGTAAAATAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTCCTCAGAAAATGTGCTTTTCAAACATGGAAGGTATGTAAAATAA  445

seq1  TAGAATAATTGAATACCTTCTAAGTATTTCTTAATACTAACCCCAAAATA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATAATTGAATACCTTCTAAGTATTTCTTAATACTAACCCCAAAATA  495

seq1  AACCTGAATTTCATAGTACTTATATTACATATTATCATGGAAGGGAAAGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGAATTTCATAGTACTTATATTACATATTATCATGGAAGGGAAAGA  545

seq1  GGCCCAGTATCCCCAACCCTAATTAAGGGACTATGAGCAGTTTGTAGCTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGTATCCCCAACCCTAATTAAGGGACTATGAGCAGTTTGTAGCTT  595

seq1  CTAGAAGAAAATGGGTAAGTTTTATTTATATATTCACTGGTAGGTCAGAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGAAAATGGGTAAGTTTTATTTATATATTCACTGGTAGGTCAGAT  645

seq1  ATGCTCTAGTGGGTGAGTCTATATCAGAGAGTATATGAACAAAACAAAGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTAGTGGGTGAGTCTATATCAGAGAGTATATGAACAAAACAAAGT  695

seq1  TGAGGTGGATAGGGAAGTAGAGGTAGATATGGGAGGAGTTACAGTGGATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGGATAGGGAAGTAGAGGTAGATATGGGAGGAGTTACAGTGGATA  745

seq1  ATTAAGGTGTACATGATCAAATTATGTTGTATGAAATTACACAGAGGGTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGGTGTACATGATCAAATTATGTTGTATGAAATTACACAGAGGGTC  795

seq1  AACAAATAATTTTAAAATGTATAACCTATACCTACTATGTTCAATTGAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATAATTTTAAAATGTATAACCTATACCTACTATGTTCAATTGAAG  845

seq1  AGACATGGATATGAAAATAAATGATTCTTACTTACATTTAAATATTTTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGGATATGAAAATAAATGATTCTTACTTACATTTAAATATTTTCT  895

seq1  TTTACAATTACTTACTTTGCCTGCATGGCACATATGTGAATGGCAAAAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAATTACTTACTTTGCCTGCATGGCACATATGTGAATGGCAAAAGA  945

seq1  TAACTTTGTGGAGTTAGTTCCTTCACATGGGAATCCAAGAATTGAACTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTGTGGAGTTAGTTCCTTCACATGGGAATCCAAGAATTGAACTCA  995

seq1  AGTCAAGAGTATTATGTCAAAAAAAATTATGT  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGAGTATTATGTCAAAAAAAATTATGT  1027


seq1: chr1_67739972_67741151
seq2: B6Ng01-186A13.g_64_1243

seq1  GAATTCTTACTCCTCTCTTTCCTCCTCAATTTACAAAGTTATTCGAGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACTCCTCTCTTTCCTCCTCAATTTACAAAGTTATTCGAGACT  50

seq1  TCTTTGAAGTCTGACTATTCATCATAAATTCACATATATACATACACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAAGTCTGACTATTCATCATAAATTCACATATATACATACACACA  100

seq1  TATGCACACACATATATACATATATATGTTTATATTACCTATATATCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACACACATATATACATATATATGTTTATATTACCTATATATCACA  150

seq1  CACATACTATGTGTGTGTGTATTACACACATACATATATATTTATTGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACTATGTGTGTGTGTATTACACACATACATATATATTTATTGGTG  200

seq1  ATATATATATATATATATGAAAAACCTAGAGAAATGTTGACATTGTATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATGAAAAACCTAGAGAAATGTTGACATTGTATAA  250

seq1  AGATAGCTTTCTAATTATGAATCATACTTGTCAATGAAAGAGTATTTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGCTTTCTAATTATGAATCATACTTGTCAATGAAAGAGTATTTATA  300

seq1  TTCCAAATAAAAGATTGTGGCTCCTTATGATCCTTTAATATTAACATATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAATAAAAGATTGTGGCTCCTTATGATCCTTTAATATTAACATATG  350

seq1  TAATAAAGGCTTTATTCATTATCTAATAAAGTGAAGATTATTCCTTACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAGGCTTTATTCATTATCTAATAAAGTGAAGATTATTCCTTACCT  400

seq1  AAAGAGGTAATATGCAAAACTGCACCTTGTACATATGATTTTTTTCCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGTAATATGCAAAACTGCACCTTGTACATATGATTTTTTTCCTGA  450

seq1  TAGTATCAACCTGAAAGCAGCAGAAGTAGGCAAATGGCTCTTATTGCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATCAACCTGAAAGCAGCAGAAGTAGGCAAATGGCTCTTATTGCTCT  500

seq1  TGAAGGGCAGCCATGGCTGCTTGTCCCTCACAACTTGTCTTCCAGGATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGCAGCCATGGCTGCTTGTCCCTCACAACTTGTCTTCCAGGATTG  550

seq1  CATGCACACCAGACAGGAAACACTATATTAACACAACTGTCCATTTTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACACCAGACAGGAAACACTATATTAACACAACTGTCCATTTTTCT  600

seq1  GGTCTAAAGCCTGAGAAATATTAATTCTCCAAATGACATTTTAATGAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAAAGCCTGAGAAATATTAATTCTCCAAATGACATTTTAATGAGAA  650

seq1  CTATTACTTTGAAACTAATAAGTGATCTACTATTTAGTAAAATAAGGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTACTTTGAAACTAATAAGTGATCTACTATTTAGTAAAATAAGGAAC  700

seq1  AGAAATTATGTCAAAACAATAGCAACAACAAAACATCTGTATTCTCAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTATGTCAAAACAATAGCAACAACAAAACATCTGTATTCTCAGAA  750

seq1  TATTTGAGACCTATCTAGGGAAAAGACTTTGAGTGATTCAGCTTTCTCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAGACCTATCTAGGGAAAAGACTTTGAGTGATTCAGCTTTCTCTC  800

seq1  AATTTCGGTCTGATAGTTTATTTTATAAGACTATGATTTTAGAGGTGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCGGTCTGATAGTTTATTTTATAAGACTATGATTTTAGAGGTGCAT  850

seq1  CCTTCACTGCTTGTACATTGTTTTGTCTGGTTCCAAATAGTATTCTTTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCACTGCTTGTACATTGTTTTGTCTGGTTCCAAATAGTATTCTTTGA  900

seq1  AAATAATACCTAATTAGAGTTTTGGGGGTTGCTTATGTATATTATCATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATACCTAATTAGAGTTTTGGGGGTTGCTTATGTATATTATCATAT  950

seq1  CATCTGCAAATAGTGACACCTTTATTTCTTCTTTGCCAATTTGTATCCCC  1000
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGC-AATAGTGACACCTTTATTTCTTCTTTGCCAATTTGTATCCCC  999

seq1  TTGACCTCTTTTTGTTGTCTTACCATCCTAGTAAGCACTTTGG-ATACTA  1049
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTGACTTCTTTTTGTTGTCTTACCATCCTAGTAAGCACTTTGGAATACTA  1049

seq1  CATTGAATAGATAT-GGGGAGAGTGGGCA-TCCTTGTCTCCAGCAAGAAT  1097
      |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||  |||
seq2  CATTGAATAGATATGGGGGAGAGTGGGCATTCCTTGTCTCAGGCAGAAAT  1099

seq1  TCAGGACATCAAGTGAGGAATGGG-TTGCC-ATCCCACAGTCAAAATTCT  1145
      ||| |||||||||  |||| |||| ||||| |||| |||||| ||| |||
seq2  TCAAGACATCAAGGTAGGATTGGGTTTGCCAATCCAACAGTCCAAA-TCT  1148

seq1  GACCCATAATTGTTCCTGTCTGAAAGAAC-TGATGA  1180
      ||||  |||| ||  | |||||||||||| ||||||
seq2  GACC--TAATGGT--CCGTCTGAAAGAACTTGATGA  1180


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |