BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187F23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 84,511,343 - 84,623,556
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDner
Upstream gene5033414K04Rik, LOC100039638
Downstream geneTrip12, Fbxo36, Slc16a14, LOC100039695, EG665317, LOC100039723, A530032D15Rik, LOC100039742, LOC100040158, LOC621835, EG665378, C130026I21Rik, LOC100040135, LOC639868
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187F23.bB6Ng01-187F23.g
ACCGA011969GA011970
length1,1241,054
definitionB6Ng01-187F23.b B6Ng01-187F23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,511,343 - 84,512,460)(84,622,498 - 84,623,556)
sequence
gaattccaagaaggaaattgaatgcaagtatagccaattaaaggagggcc
atgggatggtgactgttagtgaactgtatgtcatttgtgctttttcaaac
tcatgaagcattttatttttattattgtaattattcattttctgagaatt
acatacatgcatacaatgaaatgtgattatgtgcacatacccccattttt
tctccaactccccaatatcctccagtgtgttcttaatttcacatcttctc
tcttttcttatatatataaaaaaaaaatccactgtctagttagtactgtg
tgggtgtggagccattaacaaaacatgggaaacctattagtaattgtgcc
cacaaagaagaatggttatccctgccccagcagatattgcctatcaatag
gtcctccataggggttgggacctaacctagtggccactctactcggcaca
ctacttcaaaataaggagcaaggcacaccctgccccagaagtcagaacgc
tgaattctgaaggagtgtgagtttctggtacctcatctgcctatgagtct
gtactccctacatctccttcaatgtgctccttccacatagagaccctggt
ggtataagtgttcaccgtccagaccgaggtagtgtgctaaccaatcacag
tcgatagacttccactatctacatggttgttcacgggcaatagacagatg
ctcttccctgaaaccctggagtggttcatctccatgccctttactgaccc
agaggcattgtcgtcttgtcaggggatgcctggtagcatagacagcatga
ccccaactttgctagaattctggcacacttgatcttgggcaggttttatg
ccgctaacaacagctgcttgtaaaggtctacagccatgtcatgtccagaa
gacagcattttcacagctctccatactatccttcagctcctacatcttcc
tgcctcatcttctggtgatgttctcagagcctttgggttgggtaggagca
gggtgaatcatgtggcctagttaggcctgatcatcacagtacctatattc
tctgcacttcgccagtttcaagtttgggccattggtcgttctcaagtaat
atcccacatacaagaatctccttt

gaattcccataagatacccacaatcttaagtgccctggctggctctgctt
caggtgacataaggtgaccacagaccttctgaggacccacgggactctac
ttagtgagatccagctcttaggtttcatgttcttcaaatgagtaacctca
ttgccttggcctttattttctccatctgtgaagaggagaggactgaactg
gattatctcagcagcatggttccgtgggctggcctgaggatagtgagaca
aactagtggaaggttacggtccttgtgagtggtctgattttagtcttttg
gctacagggttaggaggttctggtagatgaatgactctcacacctcatca
gtttaagtatctatgcatcttctggttgaaattgaagtcttgtcactagg
gaaaatacacattttaggaatctcacccctccttgccactcacatgtgtg
cattgcatgacgaagtgtgcagatttagaaagaggattgaacactatggg
agatattttccatatggatacctttttattttttttctatgccatttgct
gaagagagtactctttacccattaagctgacttggcacactcgcagaaaa
tcgattgtgcctatttctggattctgttttactgactccacccgtcggct
gttagaccaacatcgtactgccttgacaactctagacatcctactgaacc
acagtttctattatttttctattttttacttattctctttacatcctgcc
cactgccccctcccagctacccactcccacaacccttccttctccccttc
tcctcttagtatatgggggcctccctggatatcctcccaacccccagcac
ctaaagtctctgtggggctaagcacattctctgctactgaggtcggacaa
ggtagcccagctagaacaacatatcccatagacaggcacagcttttggga
taggccccgtttcagttgttcagctcacatgagaccagctgcacatctgt
tacatctgtgtggggaggtttaggtcagtcaatgttgtgccaatggatgg
tgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_84511343_84512460
seq2: B6Ng01-187F23.b_45_1168

seq1  GAATTCCAAGAAGGAAATTGAATGCAAGTATAGCCAATTAAAGGAGGGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGAAGGAAATTGAATGCAAGTATAGCCAATTAAAGGAGGGCC  50

seq1  ATGGGATGGTGACTGTTAGTGAACTGTATGTCATTTGTGCTTTTTCAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGATGGTGACTGTTAGTGAACTGTATGTCATTTGTGCTTTTTCAAAC  100

seq1  TCATGAAGCATTTTATTTTTATTATTGTAATTATTCATTTTCTGAGAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAAGCATTTTATTTTTATTATTGTAATTATTCATTTTCTGAGAATT  150

seq1  ACATACATGCATACAATGAAATGTGATTATGTGCACATACCCCCATTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATGCATACAATGAAATGTGATTATGTGCACATACCCCCATTTTT  200

seq1  TCTCCAACTCCCCAATATCCTCCAGTGTGTTCTTAATTTCACATCTTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAACTCCCCAATATCCTCCAGTGTGTTCTTAATTTCACATCTTCTC  250

seq1  TCTTTTCTTATATATATAAAAAAAAAATCCACTGTCTAGTTAGTACTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCTTATATATATAAAAAAAAAATCCACTGTCTAGTTAGTACTGTG  300

seq1  TGGGTGTGGAGCCATTAACAAAACATGGGAAACCTATTAGTAATTGTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTGGAGCCATTAACAAAACATGGGAAACCTATTAGTAATTGTGCC  350

seq1  CACAAAGAAGAATGGTTATCCCTGCCCCAGCAGATATTGCCTATCAATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGAAGAATGGTTATCCCTGCCCCAGCAGATATTGCCTATCAATAG  400

seq1  GTCCTCCATAGGGGTTGGGACCTAACCTAGTGGCCACTCTACTCGGCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCCATAGGGGTTGGGACCTAACCTAGTGGCCACTCTACTCGGCACA  450

seq1  CTACTTCAAAATAAGGAGCAAGGCACACCCTGCCCCAGAAGTCAGAACGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCAAAATAAGGAGCAAGGCACACCCTGCCCCAGAAGTCAGAACGC  500

seq1  TGAATTCTGAAGGAGTGTGAGTTTCTGGTACCTCATCTGCCTATGAGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCTGAAGGAGTGTGAGTTTCTGGTACCTCATCTGCCTATGAGTCT  550

seq1  GTACTCCCTACATCTCCTTCAATGTGCTCCTTCCACATAGAGACCCTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCCCTACATCTCCTTCAATGTGCTCCTTCCACATAGAGACCCTGGT  600

seq1  GGTATAAGTGTTCACCGTCCAGACCGAGGTAGTGTGCTAACCAATCACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATAAGTGTTCACCGTCCAGACCGAGGTAGTGTGCTAACCAATCACAG  650

seq1  TCGATAGACTTCCACTATCTACATGGTTGTTCACGGGCAATAGACAGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATAGACTTCCACTATCTACATGGTTGTTCACGGGCAATAGACAGATG  700

seq1  CTCTTCCCTGAAACCCTGGAGTGGTTCATCTCCATGCCCTTTACTGACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCCTGAAACCCTGGAGTGGTTCATCTCCATGCCCTTTACTGACCC  750

seq1  AGAGGCATTGTCGTCTTGTCAGGGGATGCCTGGTAGCATAGACAGCATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCATTGTCGTCTTGTCAGGGGATGCCTGGTAGCATAGACAGCATGA  800

seq1  CCCCAACTTTGCTAGAATTCTGGCACACTTGATCTTGGGCAGGTTTTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAACTTTGCTAGAATTCTGGCACACTTGATCTTGGGCAGGTTTTATG  850

seq1  CCGCTAACAACAGCTGC-TGTAAGGGTCTACAGCCATGTCATGTCCAGAA  899
      ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTAACAACAGCTGCTTGTAAAGGTCTACAGCCATGTCATGTCCAGAA  900

seq1  GACAGCA-TTTCACAGCTCTCCATACTATCCTCCAGCTCCTACATCTCCC  948
      ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  GACAGCATTTTCACAGCTCTCCATACTATCCTTCAGCTCCTACATCTTCC  950

seq1  TGCCTCATCTTCTGGTGATGTTCTCAGAGCCTTTGGGTTGGGTAGGAGCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCATCTTCTGGTGATGTTCTCAGAGCCTTTGGGTTGGGTAGGAGCA  1000

seq1  GGGGTGATCATGTGGGCTAGTTAGGGCTGAGCATCACAGTACCT-TATTC  1047
      |||   ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||
seq2  GGGTGAATCATGTGGCCTAGTTAGGCCTGATCATCACAGTACCTATATTC  1050

seq1  TCTGCACTTTCGCCAGTTTTAAGTTTGGG-CATTGG-CCTTCTCAAAGTA  1095
      ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||   |
seq2  TCTGCAC-TTCGCCAGTTTCAAGTTTGGGCCATTGGTCGTTCTCAAGTAA  1099

seq1  T-TTCCACATACAAG-ATCTCCTTT  1118
      | | ||||||||||| |||||||||
seq2  TATCCCACATACAAGAATCTCCTTT  1124


seq1: chr1_84622498_84623556
seq2: B6Ng01-187F23.g_60_1113 (reverse)

seq1  CACACCAACCAATGGGCAC-ACATGGACTGGACCTAAACCTCCCCACACA  49
      ||||||| || || ||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||
seq2  CACACCATCC-ATTGGCACAACATTGACT-GACCTAAACCTCCCCACACA  48

seq1  GATGTAACAGATGTGCAGCTTGGTCTTCATGTGGAGCCTGAACAACTGGA  99
      ||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||| |
seq2  GATGTAACAGATGTGCAGC-TGGTC-TCATGT-GAG-CTGAACAACTGAA  94

seq1  ACGGGGCCTATCCCAAAAGCTGTTGCCTGTCTATGGGATATGTTGTTCTA  149
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGGCCTATCCCAAAAGCTG-TGCCTGTCTATGGGATATGTTGTTCTA  143

seq1  GCTGGGCTACCTTGTCCGACCTCAGTAGCAGAGAATGTGCTTAGCCCCAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCTACCTTGTCCGACCTCAGTAGCAGAGAATGTGCTTAGCCCCAC  193

seq1  AGAGACTTTAGGTGCT-GGGGTTGGGAGGATATCCAGGGAGGCCCCCATA  248
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTTTAGGTGCTGGGGGTTGGGAGGATATCCAGGGAGGCCCCCATA  243

seq1  TACTAAGAGGAGAAGGGGAGAAGGAAGGGTTGTGGGAGTGGGTAGCTGGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAGAGGAGAAGGGGAGAAGGAAGGGTTGTGGGAGTGGGTAGCTGGG  293

seq1  AGGGGGCAGTGGGCAGGATGTAAAGAGAATAAGTAAAAAATAGAAAAATA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGCAGTGGGCAGGATGTAAAGAGAATAAGTAAAAAATAGAAAAATA  343

seq1  ATAGAAACTGTGGTTCAGTAGGATGTCTAGAGTTGTCAAGGCAGTACGAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAACTGTGGTTCAGTAGGATGTCTAGAGTTGTCAAGGCAGTACGAT  393

seq1  GTTGGTCTAACAGCCGACGGGTGGAGTCAGTAAAACAGAATCCAGAAATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTCTAACAGCCGACGGGTGGAGTCAGTAAAACAGAATCCAGAAATA  443

seq1  GGCACAATCGATTTTCTGCGAGTGTGCCAAGTCAGCTTAATGGGTAAAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAATCGATTTTCTGCGAGTGTGCCAAGTCAGCTTAATGGGTAAAGA  493

seq1  GTACTCTCTTCAGCAAATGGCATAGAAAAAAAATAAAAAGGTATCCATAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCTCTTCAGCAAATGGCATAGAAAAAAAATAAAAAGGTATCCATAT  543

seq1  GGAAAATATCTCCCATAGTGTTCAATCCTCTTTCTAAATCTGCACACTTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATATCTCCCATAGTGTTCAATCCTCTTTCTAAATCTGCACACTTC  593

seq1  GTCATGCAATGCACACATGTGAGTGGCAAGGAGGGGTGAGATTCCTAAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGCAATGCACACATGTGAGTGGCAAGGAGGGGTGAGATTCCTAAAA  643

seq1  TGTGTATTTTCCCTAGTGACAAGACTTCAATTTCAACCAGAAGATGCATA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATTTTCCCTAGTGACAAGACTTCAATTTCAACCAGAAGATGCATA  693

seq1  GATACTTAAACTGATGAGGTGTGAGAGTCATTCATCTACCAGAACCTCCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTTAAACTGATGAGGTGTGAGAGTCATTCATCTACCAGAACCTCCT  743

seq1  AACCCTGTAGCCAAAAGACTAAAATCAGACCACTCACAAGGACCGTAACC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGTAGCCAAAAGACTAAAATCAGACCACTCACAAGGACCGTAACC  793

seq1  TTCCACTAGTTTGTCTCACTATCCTCAGGCCAGCCCACGGAACCATGCTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTAGTTTGTCTCACTATCCTCAGGCCAGCCCACGGAACCATGCTG  843

seq1  CTGAGATAATCCAGTTCAGTCCTCTCCTCTTCACAGATGGAGAAAATAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATAATCCAGTTCAGTCCTCTCCTCTTCACAGATGGAGAAAATAAA  893

seq1  GGCCAAGGCAATGAGGTTACTCATTTGAAGAACATGAAACCTAAGAGCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGGCAATGAGGTTACTCATTTGAAGAACATGAAACCTAAGAGCTG  943

seq1  GATCTCACTAAGTAGAGTCCCGTGGGTCCTCAGAAGGTCTGTGGTCACCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCACTAAGTAGAGTCCCGTGGGTCCTCAGAAGGTCTGTGGTCACCT  993

seq1  TATGTCACCTGAAGCAGAGCCAGCCAGGGCACTTAAGATTGTGGGTATCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCACCTGAAGCAGAGCCAGCCAGGGCACTTAAGATTGTGGGTATCT  1043

seq1  TATGGGAATTC  1059
      |||||||||||
seq2  TATGGGAATTC  1054


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |