BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189J19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 96,978,121 - 97,120,254
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666012, LOC666025, LOC100040685
Downstream geneLOC383603, Tmem157, LOC100041686, Rnu7-ps2, St8sia4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189J19.bB6Ng01-189J19.g
ACCGA013588GA013589
length1,111975
definitionB6Ng01-189J19.b B6Ng01-189J19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,119,134 - 97,120,254)(96,978,121 - 96,979,086)
sequence
gaattcccagcctcaacactctctgttgcacagtaaatccccagaggaaa
tcacatgacagaacagctatttttgtgtcttgctaagaccagaattttga
agtgttaccaagaagaaatattttccctccatttatatgcacaccaataa
ttagtctcaaggaaatgaagtgcataaaaagtgaattgagattttgtttt
taacatgagcttgtttgataacagcttccactctcctgacagatggattc
ttcttggcagatgattatgcaaactgttccttccgtgcctgtctacatga
aatgtattctataaacacactgaagcctcatgctcctctgagtcctcagt
gcttgagaatgtattagcaccatactgatttggatgacaggatttaaaag
tgtctgagggtggaaatggagaaaattctagtgtgattgctttgcttcag
tcaagagtcctggcagataataaggtgcctccttcgaaatttcttagata
ggaattttatgtcataggaaaagaactcatctagggaatttctacaatat
atttttttttcaaaaagcacaaatactgggaaaccaatatttgtggaaag
tagtatcagggaattgccaaatacatgacaggtaagcataagggtcattc
tgacactgagagtctagctacaacagttatattttatcataatttccagg
ttttataatgagtgttctaatatgctgataagagagattactccccttct
gtcactataatcagagatgttaagattgacttcattgctgtgcaatccaa
gagcaagagaatattttcttgaggaactacaagcaaaatgtattttgtca
aagtacagtttgggtcaatagaaatacaggctgtgtgcattaactaaaca
gattcaaggtgctgagtagtgttaaaaagcctccactataaaggtggaaa
catagctagggttgtaggacacttccattgcatgcatgagctcaagttta
acctcttgcattggaaaagaggagggaaaaaaaggaaagacattagaaag
aaataaattcatgtgcctccctagtttcattggactgcaactctttgtcg
ggctgtcagac

gaattcttcatgaaacaggaaaaaaaaagtaattaatgagaactgaggtt
ttctttcacagtgatttgaaataagaaaaagaaaaaatgattttaattag
gtgatgggaagctttgtcttgtatggagggaatcaaaagcattagattca
taatggacagtaatcaattagaatgtatgagttccattgtaagtcaaaga
ttactaaggatgagaaatcagaaagacaaagtttaagcaaagcgggtgtg
gatggggagaggcttaaatttcagattatgaattgatacaatgcaaatta
tgtttattatggattcttgagtagattataataaattcaacaaatgaaca
aaatctttaacatagttcctttgatattgcatttcaaaagggttctccaa
atgattcaaaattaaacttaagatatcatatgactatggatatcaaggga
ttaattatgatagaaagcaaatctctctccctcccccctctcttgattga
tagatagatagatagatagatagatagatagatagacagacagataatgt
agaagttgttagatggaaagtaaagacaatggatttacaatggacaatga
tcagttttataaataaacaaatgtgtgtgtatacacacacatctatacac
atatacatgtatatgtatatgtgtgtgtgttccaagacttttgagagaca
aagatttattatagacctagtgttgagcaatattcaaagggacccaataa
acgtgaagttgggagaaaaaacccacttctggatatggtagcttaaccat
gtgattgaaggtggagtcataatgttttctgtttttatatatttatttta
cctttctgaaattatatatatttgcatcattggtccctctcttttaaaat
aaccctttaacacataacttccccttaattctctataaaatttatggctt
ctcttctttcattgtcgttatacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_97119134_97120254
seq2: B6Ng01-189J19.b_48_1158 (reverse)

seq1  GTCTGACCAGCCCGACAAAGAAGTTGGCAGTCCAATGGAAAACTAGGGAG  50
      |||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||
seq2  GTCTGA-CAGCCCGACAAAG-AGTT-GCAGTCCAATG--AAACTAGGGAG  45

seq1  GCACAATGAATTTATTTTCTTTTCTAATGTCTTTCCTTTTTTTCCCTCCT  100
      |||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAC-ATGAATTTATTT--CTTTCTAATGTCTTTCCTTTTTTTCCCTCCT  92

seq1  CTTTTTCCAATGCAAGAGGTTAAACTTGGAGCCTCATGCATGCAATGGAA  150
      | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  C-TTTTCCAATGCAAGAGGTTAAACTT-GAG-CTCATGCATGCAATGGAA  139

seq1  GTGTCCTACAA-CCTAGCTATGTTTCCACCTTTATAGTGGAGGCTTTTT-  198
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGTCCTACAACCCTAGCTATGTTTCCACCTTTATAGTGGAGGCTTTTTA  189

seq1  ACACTACTCAGCACCTTGAATCTGTTTAGTTAATGCACACAGCCTGTATT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTACTCAGCACCTTGAATCTGTTTAGTTAATGCACACAGCCTGTATT  239

seq1  TCTATTGACCCAAACTGTACTTTGACAAAAATACATTTTGCTTGTAGTTC  298
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGACCCAAACTGTACTTTGAC-AAAATACATTTTGCTTGTAGTTC  288

seq1  CTCAAGAAAATATTCTCTTGCTCTTGGATTGCACAGCAATGAAGTCAATC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGAAAATATTCTCTTGCTCTTGGATTGCACAGCAATGAAGTCAATC  338

seq1  TTAACATCTCTGATTATAGTGACAGAAGGGGAGTAATCTCTCTTATCAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATCTCTGATTATAGTGACAGAAGGGGAGTAATCTCTCTTATCAGC  388

seq1  ATATTAGAACACTCATTATAAAACCTGGAAATTATGATAAAATATAACTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAGAACACTCATTATAAAACCTGGAAATTATGATAAAATATAACTG  438

seq1  TTGTAGCTAGACTCTCAGTGTCAGAATGACCCTTATGCTTACCTGTCATG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCTAGACTCTCAGTGTCAGAATGACCCTTATGCTTACCTGTCATG  488

seq1  TATTTGGCAATTCCCTGATACTACTTTCCACAAATATTGGTTTCCCAGTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGGCAATTCCCTGATACTACTTTCCACAAATATTGGTTTCCCAGTA  538

seq1  TTTGTGCTTTTTGAAAAAAAAATATATTGTAGAAATTCCCTAGATGAGTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCTTTTTGAAAAAAAAATATATTGTAGAAATTCCCTAGATGAGTT  588

seq1  CTTTTCCTATGACATAAAATTCCTATCTAAGAAATTTCGAAGGAGGCACC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCTATGACATAAAATTCCTATCTAAGAAATTTCGAAGGAGGCACC  638

seq1  TTATTATCTGCCAGGACTCTTGACTGAAGCAAAGCAATCACACTAGAATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATCTGCCAGGACTCTTGACTGAAGCAAAGCAATCACACTAGAATT  688

seq1  TTCTCCATTTCCACCCTCAGACACTTTTAAATCCTGTCATCCAAATCAGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCATTTCCACCCTCAGACACTTTTAAATCCTGTCATCCAAATCAGT  738

seq1  ATGGTGCTAATACATTCTCAAGCACTGAGGACTCAGAGGAGCATGAGGCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGCTAATACATTCTCAAGCACTGAGGACTCAGAGGAGCATGAGGCT  788

seq1  TCAGTGTGTTTATAGAATACATTTCATGTAGACAGGCACGGAAGGAACAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTGTTTATAGAATACATTTCATGTAGACAGGCACGGAAGGAACAG  838

seq1  TTTGCATAATCATCTGCCAAGAAGAATCCATCTGTCAGGAGAGTGGAAGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATAATCATCTGCCAAGAAGAATCCATCTGTCAGGAGAGTGGAAGC  888

seq1  TGTTATCAAACAAGCTCATGTTAAAAACAAAATCTCAATTCACTTTTTAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATCAAACAAGCTCATGTTAAAAACAAAATCTCAATTCACTTTTTAT  938

seq1  GCACTTCATTTCCTTGAGACTAATTATTGGTGTGCATATAAATGGAGGGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTCATTTCCTTGAGACTAATTATTGGTGTGCATATAAATGGAGGGA  988

seq1  AAATATTTCTTCTTGGTAACACTTCAAAATTCTGGTCTTAGCAAGACACA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTCTTCTTGGTAACACTTCAAAATTCTGGTCTTAGCAAGACACA  1038

seq1  AAAATAGCTGTTCTGTCATGTGATTTCCTCTGGGGATTTACTGTGCAACA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGCTGTTCTGTCATGTGATTTCCTCTGGGGATTTACTGTGCAACA  1088

seq1  GAGAGTGTTGAGGCTGGGAATTC  1121
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTGTTGAGGCTGGGAATTC  1111


seq1: chr1_96978121_96979086
seq2: B6Ng01-189J19.g_68_1042

seq1  GAATTCTTCATGAAACAGGAAAAAAAAAGTAATTAATGAGAACTGAGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATGAAACAGGAAAAAAAAAGTAATTAATGAGAACTGAGGTT  50

seq1  TTCTTTCACAGTGATTTGAAATAAGAAAAAGAAAAAATGATTTTAATTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCACAGTGATTTGAAATAAGAAAAAGAAAAAATGATTTTAATTAG  100

seq1  GTGATGGGAAGCTTTGTCTTGTATGGAGGGAATCAAAAGCATTAGATTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGGAAGCTTTGTCTTGTATGGAGGGAATCAAAAGCATTAGATTCA  150

seq1  TAATGGACAGTAATCAATTAGAATGTATGAGTTCCATTGTAAGTCAAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGACAGTAATCAATTAGAATGTATGAGTTCCATTGTAAGTCAAAGA  200

seq1  TTACTAAGGATGAGAAATCAGAAAGACAAAGTTTAAGCAAAGCGGGTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAAGGATGAGAAATCAGAAAGACAAAGTTTAAGCAAAGCGGGTGTG  250

seq1  GATGGGGAGAGGCTTAAATTTCAGATTATGAATTGATACAATGCAAATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGGAGAGGCTTAAATTTCAGATTATGAATTGATACAATGCAAATTA  300

seq1  TGTTTATTATGGATTCTTGAGTAGATTATAATAAATTCAACAAATGAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATTATGGATTCTTGAGTAGATTATAATAAATTCAACAAATGAACA  350

seq1  AAATCTTTAACATAGTTCCTTTGATATTGCATTTCAAAAGGGTTCTCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTTAACATAGTTCCTTTGATATTGCATTTCAAAAGGGTTCTCCAA  400

seq1  ATGATTCAAAATTAAACTTAAGATATCATATGACTATGGATATCAAGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTCAAAATTAAACTTAAGATATCATATGACTATGGATATCAAGGGA  450

seq1  TTAATTATGATAGAAAGCAAATCTCTCTCCCTCCCCCCTCTCTTGATTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTATGATAGAAAGCAAATCTCTCTCCCTCCCCCCTCTCTTGATTGA  500

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGATAATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGATAATGT  550

seq1  AGAAGTTGTTAGATGGAAAGTAAAGACAATGGATTTACAATGGACAATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTGTTAGATGGAAAGTAAAGACAATGGATTTACAATGGACAATGA  600

seq1  TCAGTTTTATAAATAAACAAATGTGTGTGTATACACACACATCTATACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTTATAAATAAACAAATGTGTGTGTATACACACACATCTATACAC  650

seq1  ATATACATGTATATGTATATGTGTGTGTGTTCCAAGAC-TTTGAGAGACA  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATATACATGTATATGTATATGTGTGTGTGTTCCAAGACTTTTGAGAGACA  700

seq1  AAGATTTATTATAGACCTAGTGTTGAGCAATA-TCAAAGGGACCCAATAA  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGATTTATTATAGACCTAGTGTTGAGCAATATTCAAAGGGACCCAATAA  750

seq1  ACGTGAAGTTGGGAGAAAAAACCCAC-TCTGGATATGGTAGC-TAACCAT  796
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  ACGTGAAGTTGGGAGAAAAAACCCACTTCTGGATATGGTAGCTTAACCAT  800

seq1  GTGATTGAAGGTGGAGTCATAATG-TTTCTGTTTTTATATATTTATTTTA  845
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTGAAGGTGGAGTCATAATGTTTTCTGTTTTTATATATTTATTTTA  850

seq1  -CTTTCTGAAATTATAATATA-TTGCATTATTGTTCCCTCTCTTTT-AAA  892
       |||||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||| |||
seq2  CCTTTCTGAAATTAT-ATATATTTGCATCATTGGTCCCTCTCTTTTAAAA  899

seq1  TAACCC-TTACCACAT-ACCTCCCCTT-ATTCTCTATAAAATTTATGGCT  939
      |||||| ||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCTTTAACACATAACTTCCCCTTAATTCTCTATAAAATTTATGGCT  949

seq1  TCTTTTTCTTTCATTGTTGTTATACAC  966
      || | |||||||||||| |||||||||
seq2  TC-TCTTCTTTCATTGTCGTTATACAC  975


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |