BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-190H24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 94,404,104 - 94,576,971
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOlfr1414, Olfr1413, Olfr1412, Olfr1411, Olfr1410, Olfr12, Myeov2, Otos
Upstream geneTraf3ip1, Asb1, Twist2, Hdac4, LOC100040419, LOC665883, Ndufa10, Olfr1416, Olfr1415
Downstream geneGpc1, Ankmy1, Dusp28, LOC100040511, Rnpepl1, Capn10, Gpr35, Aqp12, Kif1a, Agxt, 2310007B03Rik, E030010N08Rik, Sned1, Mterfd2, LOC665966, Pask, Ppp1r7, Tmem16g, Hdlbp, Sept2, Farp2, Stk25
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-190H24.bB6Ng01-190H24.g
ACCGA014240GA014241
length1,0791,139
definitionB6Ng01-190H24.b B6Ng01-190H24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,575,893 - 94,576,971)(94,404,104 - 94,405,251)
sequence
gaattctctgatgtagaagctgcacagtaacatctgtcccctacctattc
cccaggcaagcccctgactcccagctggtaatatacgggactactcaggt
ctgcaggcagaggaacaggagccgcctcgttaggcagggtggatggctat
gtactgtggcatatgtttagaggacagaagggaaagtctttgaagaagga
cacggggcctttctgctctatgtggccaagctctgtgccatcagctatgt
ggggtccagtgtaggcaggaccagaaaggcaagggcatcttcgctcatat
ggtaccagacccacaatgtccatctgagtgtcacagtgactgggggatca
cagatcaaccccttcttcttctgggcttagaaggggtaggatccctaagt
ttgaagcctagcaggcctccagtggctttagggatgtgtaggtatcagct
gcctgtccaggtaaagtggtaaaaggaaattggatgcactggcatccaat
gggtactctttggcaatgatgcctttgaagatggcacagagaccaatgga
ctgacttcagaatgagaggagagaacctccctatcccctcacgtgatgcc
ctcaatggcagtgactccggagagtgtaacccacagcactctgaggtagt
ctaggaactctcaaaaaggaaggcatgggggctgggatggaatacaactg
gtacatcctcatgtgcagcttcctttgaatgcccagactgttgaagcctg
aaatacacaagggacaaacacacatgcttatgtataaattatagatgtaa
attacatcttgtgttatgtatcaattgtttgtgaattatacatacataat
ttatacataaattatgcaccatatttatataaaatacataaaatacttta
ttcatatttatgtctcatgtatttagatattaatatactcctgcctttca
gctttctatttcatttaataattgatgctgaaattcttccatgtaggaca
taggatctatctaattctctcgatggctgcttcccagccgtttcgaagga
acgtcttatcaactaattcaatccactcc
gaattcatcagaagatatatctcctatttgaaacatccatggagtaatct
ccagcgactggtagaagcactctaccaattggaagagttccacagcaatt
gggtttcatagacacacatggtcctcttgccttttacccacctatgccac
caattttctgaaatgtcattttaactctgaatttggcaagttaattgagt
caactgaactgtgatggtaagagtcactaaagacaataagatccattccc
actggaaagcacatgctgatcccatgaaaacagttcctgcaaccctgcag
ccctaacattgggagcccacatacctccctcaccctgctaagtgttgggg
agctttaatgttcaggtgggttttcagctggagaagaaagtctgtgatct
tccaattgaggacaaagacctttcattatccagaattgagaggcccagtt
cttattacagcaccagagaaagacagtttcaggggcaagctggccacagc
tgtatcaaaccctgcaaccatattctctaaaacttagagaccctgaaact
gtagttcatatggataaccccaaagctgctaccccagccctagcctcctg
gttggaacatctgctggagacccaagacaatgctgagaagatgggcaagt
ttctcctagaagaaggtggacagctttcccaagcacatggacaggacttt
cttggcttgatggcagacttactatcccttcttacttgttgctgtcttag
tcttttctcctcttccttccttacagtcatggatgactttagtgagggtt
tctgctctagcagaaaaaaaatcagaacagttactttggctgtgggctag
cagtcagacaactttcctggaaaggtaagtgcctcttgggggttctcatc
ctgcaaccccaggagaagattgggaagatgtctcagacagtgtagatgtt
gctgatgcttgcctttctaggtccactggagtcatcagagcatttccagc
tgggagcctgtctatgatgcttgggaaggtgcattgcacacccagagtca
cacactgagacctgggtctgtagtccaagttattaacctatgtggaaatt
atcgaatagtccatggggtcattcactagcatgcctttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_94575893_94576971
seq2: B6Ng01-190H24.b_36_1114 (reverse)

seq1  GGAGTGGA-TGAATTAG-TGAT-AGACGTTCC-TCGGAACGGCCTGGGAA  46
      |||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||| ||||| |||||||
seq2  GGAGTGGATTGAATTAGTTGATAAGACGTTCCTTCGAAACGG-CTGGGAA  49

seq1  GCAGCCATCGGAGAGAATTAGATAGATCCCTATGTCCTACATGGGAAGAA  96
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  GCAGCCATC-GAGAGAATTAGATAGAT-CCTATGTCCTACAT-GGAAGAA  96

seq1  TTTCAGCATCAATTATTAAATGAAAATAGAAAGCTGAAAGGCAGGAGTAT  146
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCATCAATTATTAAATG-AAATAGAAAGCTGAAAGGCAGGAGTAT  145

seq1  ATTAATATCTAAATACATGAGACATAAATATGAATAAAGTATTTTATGTA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATATCTAAATACATGAGACATAAATATGAATAAAGTATTTTATGTA  195

seq1  -TTTATATAAATATGGTGCATAATTTATGTATAAATTATGTATGTATAAT  245
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATAAATATGGTGCATAATTTATGTATAAATTATGTATGTATAAT  245

seq1  TCACAAACAATTGATACATAACACAAGATGTAATTTACATCTATAATTTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAACAATTGATACATAACACAAGATGTAATTTACATCTATAATTTA  295

seq1  TACATAAGCATGTGTGTTTGTCCCTTGTGTATTTCAGGCTTCAACAGTCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAGCATGTGTGTTTGTCCCTTGTGTATTTCAGGCTTCAACAGTCT  345

seq1  GGGCATTCAAAGGAAGCTGCACATGAGGATGTACCAGTTGTATTCCATCC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATTCAAAGGAAGCTGCACATGAGGATGTACCAGTTGTATTCCATCC  395

seq1  CAGCCCCCATGCCTTCCTTTTTGAGAGTTCCTAGACTACCTCAGAGTGCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCCATGCCTTCCTTTTTGAGAGTTCCTAGACTACCTCAGAGTGCT  445

seq1  GTGGGTTACACTCTCCGGAGTCACTGCCATTGAGGGCATCACGTGAGGGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTTACACTCTCCGGAGTCACTGCCATTGAGGGCATCACGTGAGGGG  495

seq1  ATAGGGAGGTTCTCTCCTCTCATTCTGAAGTCAGTCCATTGGTCTCTGTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGAGGTTCTCTCCTCTCATTCTGAAGTCAGTCCATTGGTCTCTGTG  545

seq1  CCATCTTCAAAGGCATCATTGCCAAAGAGTACCCATTGGATGCCAGTGCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTCAAAGGCATCATTGCCAAAGAGTACCCATTGGATGCCAGTGCA  595

seq1  TCCAATTTCCTTTTACCACTTTACCTGGACAGGCAGCTGATACCTACACA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTTCCTTTTACCACTTTACCTGGACAGGCAGCTGATACCTACACA  645

seq1  TCCCTAAAGCCACTGGAGGCCTGCTAGGCTTCAAACTTAGGGATCCTACC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAAAGCCACTGGAGGCCTGCTAGGCTTCAAACTTAGGGATCCTACC  695

seq1  CCTTCTAAGCCCAGAAGAAGAAGGGGTTGATCTGTGATCCCCCAGTCACT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTAAGCCCAGAAGAAGAAGGGGTTGATCTGTGATCCCCCAGTCACT  745

seq1  GTGACACTCAGATGGACATTGTGGGTCTGGTACCATATGAGCGAAGATGC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACTCAGATGGACATTGTGGGTCTGGTACCATATGAGCGAAGATGC  795

seq1  CCTTGCCTTTCTGGTCCTGCCTACACTGGACCCCACATAGCTGATGGCAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCCTTTCTGGTCCTGCCTACACTGGACCCCACATAGCTGATGGCAC  845

seq1  AGAGCTTGGCCACATAGAGCAGAAAGGCCCCGTGTCCTTCTTCAAAGACT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTGGCCACATAGAGCAGAAAGGCCCCGTGTCCTTCTTCAAAGACT  895

seq1  TTCCCTTCTGTCCTCTAAACATATGCCACAGTACATAGCCATCCACCCTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTCTGTCCTCTAAACATATGCCACAGTACATAGCCATCCACCCTG  945

seq1  CCTAACGAGGCGGCTCCTGTTCCTCTGCCTGCAGACCTGAGTAGTCCCGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACGAGGCGGCTCCTGTTCCTCTGCCTGCAGACCTGAGTAGTCCCGT  995

seq1  ATATTACCAGCTGGGAGTCAGGGGCTTGCCTGGGGAATAGGTAGGGGACA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACCAGCTGGGAGTCAGGGGCTTGCCTGGGGAATAGGTAGGGGACA  1045

seq1  GATGTTACTGTGCAGCTTCTACATCAGAGAATTC  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTACTGTGCAGCTTCTACATCAGAGAATTC  1079

seq1: chr1_94404104_94405251
seq2: B6Ng01-190H24.g_63_1201

seq1  GAATTCATCAGAAGATATATCTCCTATTTGAAACATCCATGGAGTAATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAGAAGATATATCTCCTATTTGAAACATCCATGGAGTAATCT  50

seq1  CCAGTGACTGGTAGAAGCACTCTACCAATTGGAAGAGTTCCACAGCAATT  100
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCGACTGGTAGAAGCACTCTACCAATTGGAAGAGTTCCACAGCAATT  100

seq1  GGGTTTCATAGACACACATGGTCCTCTTGCCTTTTACCCACCTATGCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCATAGACACACATGGTCCTCTTGCCTTTTACCCACCTATGCCAC  150

seq1  CAATTTTCTGAAATGTCATTTTAACTCTGAATTTGGCAAGTTAATTGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTCTGAAATGTCATTTTAACTCTGAATTTGGCAAGTTAATTGAGT  200

seq1  CAACTGAACTGTGATGGTAAGAGTCACTAAAGACAATAAGATCCATTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGAACTGTGATGGTAAGAGTCACTAAAGACAATAAGATCCATTCCC  250

seq1  ACTGGAAAGCACATGCTGATCCCATGAAAACAGTTCCTGCAACCCTGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAAGCACATGCTGATCCCATGAAAACAGTTCCTGCAACCCTGCAG  300

seq1  CCCTAACATTGGGAGCCCACATACCTCCCTCACCCTGCTAAGTGTTGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAACATTGGGAGCCCACATACCTCCCTCACCCTGCTAAGTGTTGGGG  350

seq1  AGCTTTAATGTTCAGGTGGGTTTTCAGCTGGAGAAGAAAGTCTGTGATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTAATGTTCAGGTGGGTTTTCAGCTGGAGAAGAAAGTCTGTGATCT  400

seq1  TCCAATTGAGGACAAAGACCTTTCATTATCCAGAATTGAGAGGCCCAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTGAGGACAAAGACCTTTCATTATCCAGAATTGAGAGGCCCAGTT  450

seq1  CTTATTACAGCACCAGAGAAAGACAGTTTCAGGGGCAAGCTGGCCACAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTACAGCACCAGAGAAAGACAGTTTCAGGGGCAAGCTGGCCACAGC  500

seq1  TGTATCAAACCCTGCAACCATATTCTCTAAAACTTAGAGACCCTGAAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCAAACCCTGCAACCATATTCTCTAAAACTTAGAGACCCTGAAACT  550

seq1  GTAGTTCATATGGATAACCCCAAAGCTGCTACCCCAGCCCTAGCCTCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTCATATGGATAACCCCAAAGCTGCTACCCCAGCCCTAGCCTCCTG  600

seq1  GTTGGAACATCTGCTGGAGACCCAAGACAATGCTGAGAAGATGGGCAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAACATCTGCTGGAGACCCAAGACAATGCTGAGAAGATGGGCAAGT  650

seq1  TTCTCCTAGAAGAAGGTGGACAGCTTTCCCAAGCACATGGACAGGACTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTAGAAGAAGGTGGACAGCTTTCCCAAGCACATGGACAGGACTTT  700

seq1  CTTGGCTTGATGGCAGACTTACTATCCCTTCTTACTTGTTGCTGTCTTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTTGATGGCAGACTTACTATCCCTTCTTACTTGTTGCTGTCTTAG  750

seq1  TCTTTTCTCCTCTTCCTTCCTTACAGTCATGGATGACTTTAGTGAGGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCTCCTCTTCCTTCCTTACAGTCATGGATGACTTTAGTGAGGGTT  800

seq1  TCTGCTCTAGCAGAAAAAAAATCAGAACAGTTACTTTGGCTGTGGGCTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCTAGCAGAAAAAAAATCAGAACAGTTACTTTGGCTGTGGGCTAG  850

seq1  CAGTCAGACAACTTTCCTGG-AAGGTAAGTGCCTCTTGGGGGTTCTCATC  899
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGACAACTTTCCTGGAAAGGTAAGTGCCTCTTGGGGGTTCTCATC  900

seq1  CTGCAACCCCAGGAGAAGATTGGGAAGATGTCTCAGACAGTGTAGATGTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAACCCCAGGAGAAGATTGGGAAGATGTCTCAGACAGTGTAGATGTT  950

seq1  GCTGATGCTTGCCTTTCTAAGTTCACTGGAGTCATCAGGAGCATTTCCAG  999
      ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTGATGCTTGCCTTTCTAGGTCCACTGGAGTCATCA-GAGCATTTCCAG  999

seq1  CTGGGAGCCTGTCTAATGATGCTTGGGAAAGGTGCATTGCACACCCAGAG  1049
      |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  CTGGGAGCCTGTCT-ATGATGCTTGGG-AAGGTGCATTGCACACCCAGA-  1046

seq1  GTCACACACTGAAGACCTGGGGTCTGTAAGTCCAAGTTATT-ACCTATGT  1098
      ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  GTCACACACTG-AGACCT-GGGTCTGT-AGTCCAAGTTATTAACCTATGT  1093

seq1  -GAAATTATCAGATTAAATCCATGGTGTCCTTTTCACTAAGCATGGCTTT  1147
       |||||||||  ||  | ||||||| |||   |||||| |||||| ||||
seq2  GGAAATTATCGAAT--AGTCCATGGGGTC--ATTCACT-AGCATGCCTTT  1138

seq1  T  1148
      |
seq2  T  1139