BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-193B05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 51,457,915 - 51,552,619
singlet/doubletdoublet
Overlap geneObfc2a
Upstream geneTmeff2, Sdpr, LOC383504
Downstream geneMyo1b, EG667010, LOC667014, Stat4, LOC100042634, Stat1, Gls, LOC546735, Nab1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-193B05.bB6Ng01-193B05.g
ACCGA016149GA016150
length1,1501,130
definitionB6Ng01-193B05.b B6Ng01-193B05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,457,915 - 51,459,077)(51,551,490 - 51,552,619)
sequence
gaattcaaagccaaggacaacctagggcattggtgacggccaggaagcaa
agttagattttgtttaggtatttggcaagtcattgcttggaggtacctat
aataaaacaatactgaaagagagcacacagatccatttgcaaggacaaac
aaaattggagcatacgtgctatgggatgccacagttccaggagactaagt
ttctgtgacttccaggtttctaaacctgtcaagcaagtcactactggagt
ggatgtagcaccctatcataaattccttgtgaattccttgcttagaattt
tgtcccatacttaggcctctacttaggatggtagtcaacatctgttttgt
tgttttcacaaaccactggagtgaacctgagccctcttcctctgaagagc
tggtcaatccctacaggcagcctctagccctcagcttttactttctccca
aggactgcttaggagaaagtatgaaacaagaagcattgaggaaaaagcat
tggaactaggagggattggtagcaacctattcttcctatgcaaggtctaa
tttataaatctacattatacttagtctaagtctatttgacagctaaaaat
atttacatattcaccatctttctctgccaatttcaagagatgggatgctt
ctgctcacttccagagccttccttatgctgttctggcatcctcagcaaac
aggtcagaaagttgctgccgaggaaatggaatagatatgtccacctagaa
gccaggtcatagtggggagaatggggctgctaataagcctgggactctct
aggaaagagaatataaagctgggtgaagtgtagttttgtagccacataca
tgatgagagcactatgtctcactcgcagtggcttctctttggcatcagtc
caactaccccaggaaagggatgcaggaattttaaaggcgttatataatgc
accgggagtttctttttcagtttgacagaagctaaggtcagtttcagtgc
atgtgatgaatcggagtgacaggtatgacaagatgagcaagcagaagagc
agatacacagccagcaaagggcacagagagcagtggggtatgctctgacc
tgcaagctttaaaacaagctttattagaagcatgccctaccttgctagac


gaattcctaacgttggaatacccacaaaataacaatctgagcacactagt
gaaatgaagggaaatataaaccagttaagagcatggttgagggaatgaat
ataattgtgtctggggagtgggactatacttgagaaaggtgcttaaggca
gttggtttaaaaacataatttgtagaaatgtttcattgttaaaaataaat
attgtataacttcattaaatataaaatgtcaatcatatcaggctctggaa
tggcaccttgtgtgcagacccaactcttatatcttataatcttattatat
tatataattatatattatatataataaataatatatattatattatatta
tattatattatatcatatcttattatcttagtagttgtgcaacattgagt
acatcatttaacttctttcagcattagtttcctaacctcaatagtaatga
agatggtgatattaacttgcaaagggtgaagagataattgaatgcataat
attcataaaggccagcactgtttctggcctttgaggagttatttcacttt
gtttcttgccaatcacctttattttatttgtgtggttggtccctgggtta
tcaaattcccactatgtttctcatcacaacaacttccagatattaccact
aattctctttgatgggaattattagtactcctgagtatatgaaaaagtac
ctgaatacctggtcaagtatcaaaaacagagacagcatcctcctagctga
atgtgtatggtgagatcctagagcacactgaaaacatttacaagtgatcc
atttcccaccttgtgctttcttgcctgggttgtgagtgtttgtgtgtgtg
catgcacatgcagtggacacaattaggatctgaactcaagttgtcatttt
tgaccctctagactatttgttcttttgcactgcccttataaactggcagt
gagttgctgttataaattatttaaaatcccagctcgaggcttctactctg
ctctgatcattgaagttcctggatgaaacacacacacagccttttttgtt
tttataaggccttaaatagcaaaagcctgggcagctgctgactcatgctg
ttataatctacttctatatcaaaaattgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_51457915_51459077
seq2: B6Ng01-193B05.b_44_1193

seq1  GAATTCAAAGCCAAGGACAACCTAGGGCATTGGTGACGGCCAGGAAGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCCAAGGACAACCTAGGGCATTGGTGACGGCCAGGAAGCAA  50

seq1  AGTTAGATTTTGTTTAGGTATTTGGCAAGTCATTGCTTGGAGGTACCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGATTTTGTTTAGGTATTTGGCAAGTCATTGCTTGGAGGTACCTAT  100

seq1  AATAAAACAATACTGAAAGAGAGCACACAGATCCATTTGCAAGGACAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAACAATACTGAAAGAGAGCACACAGATCCATTTGCAAGGACAAAC  150

seq1  AAAATTGGAGCATACGTGCTATGGGATGCCACAGTTCCAGGAGACTAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGGAGCATACGTGCTATGGGATGCCACAGTTCCAGGAGACTAAGT  200

seq1  TTCTGTGACTTCCAGGTTTCTAAACCTGTCAAGCAAGTCACTACTGGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGACTTCCAGGTTTCTAAACCTGTCAAGCAAGTCACTACTGGAGT  250

seq1  GGATGTAGCACCCTATCATAAATTCCTTGTGAATTCCTTGCTTAGAATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTAGCACCCTATCATAAATTCCTTGTGAATTCCTTGCTTAGAATTT  300

seq1  TGTCCCATACTTAGGCCTCTACTTAGGATGGTAGTCAACATCTGTTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCATACTTAGGCCTCTACTTAGGATGGTAGTCAACATCTGTTTTGT  350

seq1  TGTTTTCACAAACCACTGGAGTGAACCTGAGCCCTCTTCCTCTGAAGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCACAAACCACTGGAGTGAACCTGAGCCCTCTTCCTCTGAAGAGC  400

seq1  TGGTCAATCCCTACAGGCAGCCTCTAGCCCTCAGCTTTTACTTTCTCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAATCCCTACAGGCAGCCTCTAGCCCTCAGCTTTTACTTTCTCCCA  450

seq1  AGGACTGCTTAGGAGAAAGTATGAAACAAGAAGCATTGAGGAAAAAGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGCTTAGGAGAAAGTATGAAACAAGAAGCATTGAGGAAAAAGCAT  500

seq1  TGGAACTAGGAGGGATTGGTAGCAACCTATTCTTCCTATGCAAGGTCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTAGGAGGGATTGGTAGCAACCTATTCTTCCTATGCAAGGTCTAA  550

seq1  TTTATAAATCTACATTATACTTAGTCTAAGTCTATTTGACAGCTAAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAATCTACATTATACTTAGTCTAAGTCTATTTGACAGCTAAAAAT  600

seq1  ATTTACATATTCACCATCTTTCTCTGCCAATTTCAAGAGATGGGATGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACATATTCACCATCTTTCTCTGCCAATTTCAAGAGATGGGATGCTT  650

seq1  CTGCTCACTTCCAGAGCCTTCCTTATGCTGTTCTGGCATCCTCAGCAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCACTTCCAGAGCCTTCCTTATGCTGTTCTGGCATCCTCAGCAAAC  700

seq1  AGGTCAGAAAGTTGCTGCCGAGGAAATGGAATAGATATGTCCACCTAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGAAAGTTGCTGCCGAGGAAATGGAATAGATATGTCCACCTAGAA  750

seq1  GCCAGGTCATAGTGGGGAGAATGGGGCTGCTAATAAGCCTGGGACTCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTCATAGTGGGGAGAATGGGGCTGCTAATAAGCCTGGGACTCTCT  800

seq1  AGGAAAGAGAATATAAAGCTGGGTGAAGTGTAGTTTTGTAGCCACATACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGAGAATATAAAGCTGGGTGAAGTGTAGTTTTGTAGCCACATACA  850

seq1  TGATGAGAGCACTATGTCTCACTCGCAGTGGCTTCTCTTTGGCATCAGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGAGCACTATGTCTCACTCGCAGTGGCTTCTCTTTGGCATCAGTC  900

seq1  CAACTACCCCAGGAAAGGGATGCAGGAATTTTAAAGGCGTTATATAATGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTACCCCAGGAAAGGGATGCAGGAATTTTAAAGGCGTTATATAATGC  950

seq1  ACC-GGAGTTTCTTTTTCAGTTTGACAGAAGCTAAGGTCAGGTTTCAGTG  999
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACCGGGAGTTTCTTTTTCAGTTTGACAGAAGCTAAGGTCA-GTTTCAGTG  999

seq1  CATGTGATGAATCGGAGTGACAGGTATGACAAGAATGAGCAGGCAGAAGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  CATGTGATGAATCGGAGTGACAGGTATGACAAG-ATGAGCAAGCAGAAGA  1048

seq1  GCAAGATACACAGCCAGCAAAGGGCACCAAGAGAAGCAGTGGGGTATGGC  1099
      || ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||
seq2  GC-AGATACACAGCCAGCAAAGGGCAC--AGAG-AGCAGTGGGGTAT-GC  1093

seq1  TCTGACTTGCCAAAGCTTTAAAAACAAGCTTTATTTAGGAGGCATGCCCT  1149
      |||||| |||  ||||||| |||||||||||||||   || |||||||||
seq2  TCTGACCTGC--AAGCTTT-AAAACAAGCTTTATT--AGAAGCATGCCCT  1138

seq1  TACTTTTGCTAGAC  1163
        |  |||||||||
seq2  ACC--TTGCTAGAC  1150


seq1: chr1_51551490_51552619
seq2: B6Ng01-193B05.g_63_1192 (reverse)

seq1  CTCAATATTATTGATAGGAAAGTAGATTATAACAGCATGGAGGGCAGGCA  50
      ||||  ||| ||||||   ||||||||||||||||||||   | || |||
seq2  CTCA--ATTTTTGATATAGAAGTAGATTATAACAGCATG--AGTCA-GCA  45

seq1  GCTGCCCAGCTTTTGTGCTATTT-AGGGCTTATAAAAAC-ATAAAGGCTG  98
      |||||||||  ||| |||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||
seq2  GCTGCCCAGGCTTT-TGCTATTTAAGGCCTTATAAAAACAAAAAAGGCTG  94

seq1  TGTGTGTGTTTCATCCAGGAAC-TCAATGATCAGAGCAGAGTAGAAGCCC  147
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGTGTGTGTTTCATCCAGGAACTTCAATGATCAGAGCAGAGTAGAAGCCT  144

seq1  TGAGCTGGGA-TTTAAATAATTTAATACAGCAACTCACTGCCAGTTTATA  196
       ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCTGGGATTTTAAATAATTTATAACAGCAACTCACTGCCAGTTTATA  194

seq1  A-GGCAGTGC-AAAGAAC-AATAGTCTTAGAGGGTCAAAAATGACAACTT  243
      | |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGTGCAAAAGAACAAATAGTC-TAGAGGGTCAAAAATGACAACTT  243

seq1  GAGTTCAGATCCTATTTGTGTCCACTGCATGTGCATGCACACACACAAAC  293
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAGATCCTAATTGTGTCCACTGCATGTGCATGCACACACACAAAC  293

seq1  ACTCACAACCCAGGCAAGAAAGCACAAGGTGGGAAATGGATCACTTGTAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAACCCAGGCAAGAAAGCACAAGGTGGGAAATGGATCACTTGTAA  343

seq1  ATGTTTTCAGTGTGCTCTAGGATCTCACCATACACATTCAGCTAGGAGGA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTCAGTGTGCTCTAGGATCTCACCATACACATTCAGCTAGGAGGA  393

seq1  TGCTGTCTCTGTTTTTGATACTTGACCAGGTATTCAGGTACTTTTTCATA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCTCTGTTTTTGATACTTGACCAGGTATTCAGGTACTTTTTCATA  443

seq1  TACTCAGGAGTACTAATAATTCCCATCAAAGAGAATTAGTGGTAATATCT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGGAGTACTAATAATTCCCATCAAAGAGAATTAGTGGTAATATCT  493

seq1  GGAAGTTGTTGTGATGAGAAACATAGTGGGAATTTGATAACCCAGGGACC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTTGTTGTGATGAGAAACATAGTGGGAATTTGATAACCCAGGGACC  543

seq1  AACCACACAAATAAAATAAAGGTGATTGGCAAGAAACAAAGTGAAATAAC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACACAAATAAAATAAAGGTGATTGGCAAGAAACAAAGTGAAATAAC  593

seq1  TCCTCAAAGGCCAGAAACAGTGCTGGCCTTTATGAATATTATGCATTCAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAAAGGCCAGAAACAGTGCTGGCCTTTATGAATATTATGCATTCAA  643

seq1  TTATCTCTTCACCCTTTGCAAGTTAATATCACCATCTTCATTACTATTGA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCTTCACCCTTTGCAAGTTAATATCACCATCTTCATTACTATTGA  693

seq1  GGTTAGGAAACTAATGCTGAAAGAAGTTAAATGATGTACTCAATGTTGCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGGAAACTAATGCTGAAAGAAGTTAAATGATGTACTCAATGTTGCA  743

seq1  CAACTACTAAGATAATAAGATATGATATAATATAATATAATATAATATAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTACTAAGATAATAAGATATGATATAATATAATATAATATAATATAA  793

seq1  TATATATTATTTATTATATATAATATATAATTATATAATATAATAAGATT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATTATTTATTATATATAATATATAATTATATAATATAATAAGATT  843

seq1  ATAAGATATAAGAGTTGGGTCTGCACACAAGGTGCCATTCCAGAGCCTGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATATAAGAGTTGGGTCTGCACACAAGGTGCCATTCCAGAGCCTGA  893

seq1  TATGATTGACATTTTATATTTAATGAAGTTATACAATATTTATTTTTAAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTGACATTTTATATTTAATGAAGTTATACAATATTTATTTTTAAC  943

seq1  AATGAAACATTTCTACAAATTATGTTTTTAAACCAACTGCCTTAAGCACC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAACATTTCTACAAATTATGTTTTTAAACCAACTGCCTTAAGCACC  993

seq1  TTTCTCAAGTATAGTCCCACTCCCCAGACACAATTATATTCATTCCCTCA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAAGTATAGTCCCACTCCCCAGACACAATTATATTCATTCCCTCA  1043

seq1  ACCATGCTCTTAACTGGTTTATATTTCCCTTCATTTCACTAGTGTGCTCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCTCTTAACTGGTTTATATTTCCCTTCATTTCACTAGTGTGCTCA  1093

seq1  GATTGTTATTTTGTGGGTATTCCAACGTTAGGAATTC  1130
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTTATTTTGTGGGTATTCCAACGTTAGGAATTC  1130


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |