BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196J03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,184,591 - 82,320,951
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIrs1
Upstream gene9430031J16Rik, EG621020, LOC433328, EG665145
Downstream geneRhbdd1, Col4a4, Col4a3, 5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614, 4930544G21Rik, EG622958
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196J03.bB6Ng01-196J03.g
ACCGA018676GA018677
length2721,021
definitionB6Ng01-196J03.b B6Ng01-196J03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,184,591 - 82,184,861)(82,319,918 - 82,320,951)
sequence
agtttctcctttcctcaactttgtccttgttgaagctcattatttatgtc
acttcaagatgatctctggtaacagataactatgacctgtcaatgtaata
atgacaacagaagatagatagatagatagatagatagatagatagataga
tagatagacagagagagggggggggggtactcaaatatccttaaagtagg
ctatttgataatagactcaaattggtccatttgtcatcctgaaagagggt
tacttagagttgacagtcagat
gaattccacatgaaaggctgtcaggctgctgggagacaggaaggacaaaa
ggcttcacagggactcattgctgcactagagagcggctggcccaggcgca
gtaaacagaagcacaagatgatggataacacaaggattcttaaccgtttc
agaacataaaagttgtcaggggatgggggtgttaacagacaagcttaggg
gaagaggaatggaccaatcctctctgacaaaattgtatctaatgttggca
atatcaatgcacacctgtacagggcagtacagttaagggcatggtcctca
gcaggaattccacagcacactgaccaactggccttgggaaaactgtcagg
ctttcccctgtaccaggataacaggctcatttgagtttggaaggaccaag
tgagagatcaatcacacagcacacaaccatcatttgagaagtgatggtgg
tttatgcgcataaacaaataaattgggagaccgtaagaaaaacattggaa
atacttctgagtatttttataagatggtggtgactaaggttttctaagaa
tcctatcccacatttttaaactgtttcacgagactcaattatacacatgc
cttttaaacagtatagtacacgaaagtggaagcagaattatcattttcta
ttattgtgcgtgtgcataaaggtgttggggaggaagagcacacagcacag
tattcatatagacattaaaggacgactttatgcagctgggttttctctcc
acctggacatgggcccccaggactgacctcagactttcatggccgaacat
cattacccattgggccatctcaccagtcccataaattactttttaattaa
aataaactgtataataaaatcgcaagcactctttgttaaggctagccagt
actgtgagaatttaatgaccttcctttatagagattaaaaaatttttttt
catgatgtcagctaacaaaattcccctttcttaaaagtgctatgctattg
ccaccagtgatcgactatatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_82184591_82184861
seq2: B6Ng01-196J03.b_51_321

seq1  AGTTTCTCCTTTCCTCAACTTTGTCCTTGTTGAAGCTCATTATTTATGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTCCTTTCCTCAACTTTGTCCTTGTTGAAGCTCATTATTTATGTC  50

seq1  ACTTCAAGATGATCTCTGGTAACAGATAACTATGACCTGTCAATGTAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAGATGATCTCTGGTAACAGATAACTATGACCTGTCAATGTAATA  100

seq1  ATGACAACAGAAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAACAGAAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  150

seq1  TAGATAGACAGAGAGAGGGGGGGGGGGTACTCAAATATCCTTAAAGTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGACAGAGAGAGGGGGGGGGGGTACTCAAATATCCTTAAAGTAGG  200

seq1  CTATTTGATAATAGACTCAAATTGGTCCATTTGTCAGCCTGAAAGAGGGC  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  CTATTTGATAATAGACTCAAATTGGTCCATTTGTCATCCTGAAAGAGGGT  250

seq1  TACTTAGAGTTGACAGTCAGA  271
      |||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAGAGTTGACAGTCAGA  271

seq1: chr1_82319918_82320951
seq2: B6Ng01-196J03.g_64_1084 (reverse)

seq1  AATATAGTCTGATCACTGGTGTTGAGCCAATAGCCAATAGCACTTTTTAA  50
      ||||||||| ||||||||||     | |||||||  |||||||||||  |
seq2  AATATAGTC-GATCACTGGT-----GGCAATAGC--ATAGCACTTTT--A  40

seq1  AGGAAGGGGAAATTTTGTTAGCTGACATCATGAAAAAAAATTTTTTTAAT  100
      || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGAAAGGGG-AATTTTGTTAGCTGACATCATGAAAAAAAA-TTTTTTAAT  88

seq1  CTCTATAAAGGAAGGGTCATTAAATTCTCACAGTACTGGCTAGCCTTAAC  150
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATAAAGGAA-GGTCATTAAATTCTCACAGTACTGGCTAGCCTTAAC  137

seq1  AAAGAGTGGCTTGCGATTTTATTATACAGTTTATTTTAATTAAAAAGTAA  200
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGT-GCTTGCGATTTTATTATACAGTTTATTTTAATTAAAAAGTAA  186

seq1  TTTATGGGACTGGTGAGATGGCCCAATGGGTAATGATGTTC-GCCATGAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTATGGGACTGGTGAGATGGCCCAATGGGTAATGATGTTCGGCCATGAA  236

seq1  AGTCTGAGGTCAGTCCTGGGGGCCCATGTCCAGGTGGAGAGAAAACCCAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGAGGTCAGTCCTGGGGGCCCATGTCCAGGTGGAGAGAAAACCCAG  286

seq1  CTGCATAAAGTCGTCCTTTAATGTCTATATGAATACTGTGCTGTGTGCTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATAAAGTCGTCCTTTAATGTCTATATGAATACTGTGCTGTGTGCTC  336

seq1  TTCCTCCCCAACACCTTTATGCACACGCACAATAATAGAAAATGATAATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCCCAACACCTTTATGCACACGCACAATAATAGAAAATGATAATT  386

seq1  CTGCTTCCACTTTCGTGTACTATACTGTTTAAAAGGCATGTGTATAATTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCCACTTTCGTGTACTATACTGTTTAAAAGGCATGTGTATAATTG  436

seq1  AGTCTCGTGAAACAGTTTAAAAATGTGGGATAGGATTCTTAGAAAACCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCGTGAAACAGTTTAAAAATGTGGGATAGGATTCTTAGAAAACCTT  486

seq1  AGTCACCACCATCTTATAAAAATACTCAGAAGTATTTCCAATGTTTTTCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCACCATCTTATAAAAATACTCAGAAGTATTTCCAATGTTTTTCT  536

seq1  TACGGTCTCCCAATTTATTTGTTTATGCGCATAAACCACCATCACTTCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGGTCTCCCAATTTATTTGTTTATGCGCATAAACCACCATCACTTCTC  586

seq1  AAATGATGGTTGTGTGCTGTGTGATTGATCTCTCACTTGGTCCTTCCAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATGGTTGTGTGCTGTGTGATTGATCTCTCACTTGGTCCTTCCAAA  636

seq1  CTCAAATGAGCCTGTTATCCTGGTACAGGGGAAAGCCTGACAGTTTTCCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAATGAGCCTGTTATCCTGGTACAGGGGAAAGCCTGACAGTTTTCCC  686

seq1  AAGGCCAGTTGGTCAGTGTGCTGTGGAATTCCTGCTGAGGACCATGCCCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCAGTTGGTCAGTGTGCTGTGGAATTCCTGCTGAGGACCATGCCCT  736

seq1  TAACTGTACTGCCCTGTACAGGTGTGCATTGATATTGCCAACATTAGATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTACTGCCCTGTACAGGTGTGCATTGATATTGCCAACATTAGATA  786

seq1  CAATTTTGTCAGAGAGGATTGGTCCATTCCTCTTCCCCTAAGCTTGTCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTGTCAGAGAGGATTGGTCCATTCCTCTTCCCCTAAGCTTGTCTG  836

seq1  TTAACACCCCCATCCCCTGACAACTTTTATGTTCTGAAACGGTTAAGAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACCCCCATCCCCTGACAACTTTTATGTTCTGAAACGGTTAAGAAT  886

seq1  CCTTGTGTTATCCATCATCTTGTGCTTCTGTTTACTGCGCCTGGGCCAGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGTTATCCATCATCTTGTGCTTCTGTTTACTGCGCCTGGGCCAGC  936

seq1  CGCTCTCTAGTGCAGCAATGAGTCCCTGTGAAGCCTTTTGTCCTTCCTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCTCTAGTGCAGCAATGAGTCCCTGTGAAGCCTTTTGTCCTTCCTGT  986

seq1  CTCCCAGCAGCCTGACAGCCTTTCATGTGGAATTC  1034
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGCAGCCTGACAGCCTTTCATGTGGAATTC  1021