BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196O04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 34,512,413 - 34,725,144
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtpn18, Tesp1, Cfc1, Tesp2, 9430069J07Rik, AA619741
Upstream genePrim2, 1700001G17Rik, Rab23, Bag2, Zfp451, OTTMUSG00000022109, B230209C24Rik, Dst, LOC100040913, LOC383629, LOC100040938, Ccdc115, Imp4
Downstream geneArhgef4, BC043098, Plekhb2, LOC666261
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196O04.bB6Ng01-196O04.g
ACCGA018902GA018903
length1,153847
definitionB6Ng01-196O04.b B6Ng01-196O04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,512,413 - 34,513,571)(34,724,299 - 34,725,144)
sequence
gaattcaagtcagaacctagaggcaggaactgaagcagagccctctgagg
gatgctgcagtactggagaacctagaggcaggaactgaagcagagccctc
tgagggatgctgcagtactggagaacctagaggcaggaactgaagcagag
ccctctgagggatgctgcagtactggcttgcttcctcccacttgggcaca
gccagctttcttcaaatgatatttttttcagacagcttgcttgtaccggt
caggaccacttacctggggtagcaccacccacaagcgccaacatcagtta
gcaatttaaaatatacatctatacatacattcatgcccacaggccagtct
gatggaacagaggcaattcttcatgtaaggttccctcttcttcaggtgtg
tcaagatgataaccaatattagccatcacagatagacaggcgggaatcct
gaaaaaacagactcccatatggactgccagacagttggatatatttgggg
tcagataagaagatagacatttagacagatcagtggtcccagagaaatac
agccacccccttccttgctgactaaggttaatcccagccgacagaagaca
gaccatgtccactaagtaaattaccccagtggagacccatcccatccacc
cacttagcgttcatatgggcagatttacttattagccaaacttgagccta
tgagaaagatccccttagtaagattccatcttttggagaaacagacacaa
ctgggtctccagctaggttttcatccctggcttagacagatctccagcta
ccaaagtagagatttctcaggcactgctcagctctcctgtcccctgcata
ttaccatagctgaccccttgacctctcagagctgccgctgctcctgggta
ctggaatggtctccagtgaccactgcccaccagtggcatctgctgctgct
ccataggggcctgccacgatctcttggtgacatcctttccatctgctccg
gaggcttcctggcttaagatgactgccattggttcatctcagagattcag
cttcttcagacttcacatgtcacacagatcacagaccttctgtgtacact
cctgggtcgcatccacctcccagcccattccacagcatcccaattccctc
tgg
gaattcagacactgacattgtgggtgcttgtgagtgacctgatgtcagtg
ccgggaattgaacttgggcccgttgcaagagcagtacacattcttgacct
ctgagctgtctctccagccaccccctgaacatctgtgtcacagccaggca
ccctgttttattttgtttcaatgaaagatatggctgacttttagcatgga
taaaaatgtagccagggttgggctgcatttcagctgggggaagctaagtc
ctgaaggactctgagtcaagccctagctaggtttccttaagggtgggtat
gagctggccacagtgaatactgtctgggggcatgatgtctgaggtccctt
ggcactggctatgtgactggaggactctgagcctgctgatggagtcagga
ttctgaccttttgtggctccactgcacctgtctcctggcctgctatgacc
caaccatgaaaaacatgggggttctataaggggagtgcagtgggggtggg
gagcaactctgctgaactggtccccttccagggtctggcctgacagtgga
catagaggaaagaaccaatgaccattggtttgacacctgaatgttgtcat
tggcaccttcttgggctgagcttttgccatgccccggttttgtacgtttg
atgttcattgtaccagcgaaagcgggtgagatctagtggtaaagcagatg
acctccccccagctgtgctgggatctctatacagccatcgttctgctggc
tcctctctacccagaactacccagctgaggccagcactctccaaagaaga
gaggcatcataaaagaattctgttaagaacctgcacccaagagtata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_34512413_34513571
seq2: B6Ng01-196O04.b_47_1199

seq1  GAATTCAAGTCAGAACCTAGAGGCAGGAACTGAAGCAGAGCCCTCTGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTCAGAACCTAGAGGCAGGAACTGAAGCAGAGCCCTCTGAGG  50

seq1  GATGCTGCAGTACTGGAGAACCTAGAGGCAGGAACTGAAGCAGAGCCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGCAGTACTGGAGAACCTAGAGGCAGGAACTGAAGCAGAGCCCTC  100

seq1  TGAGGGATGCTGCAGTACTGGAGAACCTAGAGGCAGGAACTGAAGCAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGATGCTGCAGTACTGGAGAACCTAGAGGCAGGAACTGAAGCAGAG  150

seq1  CCCTCTGAGGGATGCTGCAGTACTGGCTTGCTTCCTCCCACTTGGGCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTGAGGGATGCTGCAGTACTGGCTTGCTTCCTCCCACTTGGGCACA  200

seq1  GCCAGCTTTCTTCAAATGATATTTTTTTCAGACAGCTTGCTTGTACCGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTTTCTTCAAATGATATTTTTTTCAGACAGCTTGCTTGTACCGGT  250

seq1  CAGGACCACTTACCTGGGGTAGCACCACCCACAAGCGCCAACATCAGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACCACTTACCTGGGGTAGCACCACCCACAAGCGCCAACATCAGTTA  300

seq1  GCAATTTAAAATATACATCTATACATACATTCATGCCCACAGGCCAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTAAAATATACATCTATACATACATTCATGCCCACAGGCCAGTCT  350

seq1  GATGGAACAGAGGCAATTCTTCATGTAAGGTTCCCTCTTCTTCAGGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAACAGAGGCAATTCTTCATGTAAGGTTCCCTCTTCTTCAGGTGTG  400

seq1  TCAAGATGATAACCAATATTAGCCATCACAGATAGACAGGCGGGAATCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATGATAACCAATATTAGCCATCACAGATAGACAGGCGGGAATCCT  450

seq1  GAAAAAACAGACTCCCATATGGACTGCCAGACAGTTGGATATATTTGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAACAGACTCCCATATGGACTGCCAGACAGTTGGATATATTTGGGG  500

seq1  TCAGATAAGAAGATAGACATTTAGACAGATCAGTGGTCCCAGAGAAATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATAAGAAGATAGACATTTAGACAGATCAGTGGTCCCAGAGAAATAC  550

seq1  AGCCACCCCCTTCCTTGCTGACTAAGGTTAATCCCAGCCGACAGAAGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCCCCTTCCTTGCTGACTAAGGTTAATCCCAGCCGACAGAAGACA  600

seq1  GACCATGTCCACTAAGTAAATTACCCCAGTGGAGACCCATCCCATCCACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGTCCACTAAGTAAATTACCCCAGTGGAGACCCATCCCATCCACC  650

seq1  CACTTAGCGTTCATATGGGCAGATTTACTTATTAGCCAAACTTGAGCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGCGTTCATATGGGCAGATTTACTTATTAGCCAAACTTGAGCCTA  700

seq1  TGAGAAAGATCCCCTTAGTAAGATTCCATCTTTTGGAGAAACAGACACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAGATCCCCTTAGTAAGATTCCATCTTTTGGAGAAACAGACACAA  750

seq1  CTGGGTCTCCAGCTAGGTTTTCATCCCTGGCTTAGACAGATCTCCAGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCTCCAGCTAGGTTTTCATCCCTGGCTTAGACAGATCTCCAGCTA  800

seq1  CCAAAGTAGAGATTTCTCAGGCACTGCTCAGCTCTCCTGTCCCCTGCATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTAGAGATTTCTCAGGCACTGCTCAGCTCTCCTGTCCCCTGCATA  850

seq1  TTACCATAGCTGACCCCTTGACCTCTCAGAGCTGCCGCTGCTCCTGGGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCATAGCTGACCCCTTGACCTCTCAGAGCTGCCGCTGCTCCTGGGTA  900

seq1  CTGGAATGGTCTCCAGTGACCACTGCCCACCAGTGGCATCTGCTGCTGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATGGTCTCCAGTGACCACTGCCCACCAGTGGCATCTGCTGCTGCT  950

seq1  CCATAGGGGCCTGCCACGATCTCTTGGTGACA-CCCTTCCATCTGCTCCG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
seq2  CCATAGGGGCCTGCCACGATCTCTTGGTGACATCCTTTCCATCTGCTCCG  1000

seq1  GAGGC-TCCTGGCTTAAGATGACTGCCATTGG-TCATCTCAGAGATTCAG  1047
      ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTCCTGGCTTAAGATGACTGCCATTGGTTCATCTCAGAGATTCAG  1050

seq1  CTTCTTCAGACTCCACCATTGTCACACAGATCACAGACCTTCTGTGTACC  1097
      |||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTTCTTCAGACTTCAC--ATGTCACACAGATCACAGACCTTCTGTGTA-C  1097

seq1  ACCTCCCTGGGTCGCCATCAACCCCTCCCAGCCCATCCACCAGGCATTCA  1147
      ||   ||||||||| ||||  | ||||||||||||| |  || |||| | 
seq2  AC--TCCTGGGTCG-CATC--CACCTCCCAGCCCATTCCACA-GCATCCC  1141

seq1  CAATCCCTCTGG  1159
       | |||||||||
seq2  AATTCCCTCTGG  1153

seq1: chr1_34724299_34725144
seq2: B6Ng01-196O04.g_71_917 (reverse)

seq1  TATACTCTTTGGGTGCAGG-TCTTAACAGAATTCTTTTATGATTGCCTCT  49
      ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATACTC-TTGGGTGCAGGTTCTTAACAGAATTCTTTTATGA-TGCCTCT  48

seq1  CTTCTTTGG-GAGTGCTGGCCTCAGCTGGGTAGTTCTGGGTAGAGAGGAG  98
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTGGAGAGTGCTGGCCTCAGCTGGGTAGTTCTGGGTAGAGAGGAG  98

seq1  CCAGCAG-ACGATGGCTGTATAGAGATCCCAGCACAGCTGGGGGGAGGTC  147
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGAACGATGGCTGTATAGAGATCCCAGCACAGCTGGGGGGAGGTC  148

seq1  ATCTGCTTTACCACTAGATCTCACCCGCTTTCGCTGGTACAATGAACATC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTTTACCACTAGATCTCACCCGCTTTCGCTGGTACAATGAACATC  198

seq1  AAACGTACAAAACCGGGGCATGGCAAAAGCTCAGCCCAAGAAGGTGCCAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGTACAAAACCGGGGCATGGCAAAAGCTCAGCCCAAGAAGGTGCCAA  248

seq1  TGACAACATTCAGGTGTCAAACCAATGGTCATTGGTTCTTTCCTCTATGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACATTCAGGTGTCAAACCAATGGTCATTGGTTCTTTCCTCTATGT  298

seq1  CCACTGTCAGGCCAGACCCTGGAAGGGGACCAGTTCAGCAGAGTTGCTCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTCAGGCCAGACCCTGGAAGGGGACCAGTTCAGCAGAGTTGCTCC  348

seq1  CCACCCCCACTGCACTCCCCTTATAGAACCCCCATGTTTTTCATGGTTGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCCACTGCACTCCCCTTATAGAACCCCCATGTTTTTCATGGTTGG  398

seq1  GTCATAGCAGGCCAGGAGACAGGTGCAGTGGAGCCACAAAAGGTCAGAAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAGCAGGCCAGGAGACAGGTGCAGTGGAGCCACAAAAGGTCAGAAT  448

seq1  CCTGACTCCATCAGCAGGCTCAGAGTCCTCCAGTCACATAGCCAGTGCCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTCCATCAGCAGGCTCAGAGTCCTCCAGTCACATAGCCAGTGCCA  498

seq1  AGGGACCTCAGACATCATGCCCCCAGACAGTATTCACTGTGGCCAGCTCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACCTCAGACATCATGCCCCCAGACAGTATTCACTGTGGCCAGCTCA  548

seq1  TACCCACCCTTAAGGAAACCTAGCTAGGGCTTGACTCAGAGTCCTTCAGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCACCCTTAAGGAAACCTAGCTAGGGCTTGACTCAGAGTCCTTCAGG  598

seq1  ACTTAGCTTCCCCCAGCTGAAATGCAGCCCAACCCTGGCTACATTTTTAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGCTTCCCCCAGCTGAAATGCAGCCCAACCCTGGCTACATTTTTAT  648

seq1  CCATGCTAAAAGTCAGCCATATCTTTCATTGAAACAAAATAAAACAGGGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTAAAAGTCAGCCATATCTTTCATTGAAACAAAATAAAACAGGGT  698

seq1  GCCTGGCTGTGACACAGATGTTCAGGGGGTGGCTGGAGAGACAGCTCAGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCTGTGACACAGATGTTCAGGGGGTGGCTGGAGAGACAGCTCAGA  748

seq1  GGTCAAGAATGTGTACTGCTCTTGCAACGGGCCCAAGTTCAATTCCCGGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGAATGTGTACTGCTCTTGCAACGGGCCCAAGTTCAATTCCCGGC  798

seq1  ACTGACATCAGGTCACTCACAAGCACCCACAATGTCAGTGTCTGAATTC  846
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACATCAGGTCACTCACAAGCACCCACAATGTCAGTGTCTGAATTC  847