BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-200M10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 29,835,120 - 29,943,862
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGm597, LOC435614, EG623924, EG433283, LOC100040665
Downstream geneLOC665944, EG624138, LOC100040699, Phf3, EG638995
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-200M10.bB6Ng01-200M10.g
ACCGA021741GA021742
length1,1861,093
definitionB6Ng01-200M10.b B6Ng01-200M10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,942,674 - 29,943,862)(29,835,120 - 29,836,229)
sequence
gaattccttaaaattataccctgaaagacacatgggttgaacagcaaatg
caatatgagatctcccctgatctaaacaactggaagtatacaagtataat
ctcagacaaattcaggtagtgtagaacacttgaagaaatgacacattcac
tattttaatttattaagtcaaaaattagaaggtttcatagatgcttggtc
taatactttttttctaccaactatttcaattttatcttttattgtgaaat
gaaattgagctgcatagtaatatggaacatgtttttatagtgtagcattt
aaagatgtatatgaattttgagattacttaaatttttattcaagagaaca
ttataaatcatttttaatggccaagtaaatattttggtaaaaccatgtga
ccattagcataatttatagtaaaatttgttggagaatactaactaaacaa
tctccatttggtgattgaagatggaagatagcataaagtctagtcatgta
gagtctccagggagttaactagggaaagctgaataaatctactaacactg
gaacatgtccaaataactctgtcttaaatagcaaagcaaaacagggagct
tcacaaagtagaaatgttcaaagtccatcctgatggaactggctttcttt
gggaagctccatattctcagaggggatggcattggcaaatagtgggggcc
aaagtttaagacagagatgctctggtaatctgctgggaacattccataat
ggatagtataatgagcaaaagaggaatgaacaaatagataaaaaagagcc
tggcagcgatggcaggggtctagagtcacccagagaacaatctttcctta
acccttaacactcatctagagagacaacaggtttccacttttaaaaaacc
cttgatgtggctggagtggtggctcagtgggtaagaacacttgctttttc
tagagaagacagatttaattctttttttttaattagatattttcatcatt
tacatttcaatgctatcctcaaacaccctattaccctccctccaccctgc
tctcaacccaccctgcttcttgcccttgcattcccttgtatggggcaatt
gatctcgaaagaacaagctctcctccaatttatgttgaactagccattct
ctcttacgatttgcaacttagagaaccataggctct

gaattcagattcaaacagagttacctatgtttaatcttgatattgataaa
cagttttagactttatttttcatatttgctcctattgtgtattaactgga
catggaagaatttttacagacaactgtttcaattgaaggaatccatgtct
ttaaaaatatgtagccaaaatgtgcccagaaaactggaatgcatttgcca
ttgtacagctgagaaatgttgtttgtaaggtttatgagaaatgaaaaaat
attaagaaaaatgaaatgaaacaaaatagtgagtgttatatatggaaaat
tgatttatcatattttgtgatatgtattggaccttatatccagctaaata
taaacaaaatatatcccttctaaagaactatataatttacaattctaaca
ctataatagaacaaatattacaaaatacattgtacatctaattgtctata
ttgctgcttaccataaattaaggatagatatggaaatactcaaagtgttt
gtttcacatatatgttatccaaaacaaagatataatgttgaacatcacca
tatgtaagagcttaaactttattacatatgtgtgttcatatataatatga
tcttataacaaaccatttggcttgtttggattcaatttccacatgaagat
gttagtaagagctacctcataaaatggtaacaataaacatataatttcta
tacaatactttgtccattatttcaatagtaagtttataataaatacaaac
ttttaccaatatttagataacagtagatatatgttgattatctgtatttt
aactcttggttatctagacggcactgatatgattgggacctgtaacttgg
gtctttacttcccaatacctgtattcacagatttatatacagtatgtacc
tgggttcaacatgtatatgcatatcagtctttgtggtaagactgtggttt
gatcatttttcctgatattttttaattactttgtagtaactatacagaat
gcatctatgataaattaatttacaaggtttttttcctcagtgaccctctc
tcatgaagagtgcaggtttttttctttttcagctgttctttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_29942674_29943862
seq2: B6Ng01-200M10.b_48_1233 (reverse)

seq1  AGAG-CTATG--TCTCT-AGTTGCATAT-GTAGGAGAGGATGGCCTAGTC  45
      |||| |||||  ||||| ||||||| || ||| ||||| |||| ||||| 
seq2  AGAGCCTATGGTTCTCTAAGTTGCAAATCGTAAGAGAGAATGG-CTAGTT  49

seq1  AACCATAAATGGGAGGAGAGGCCTTTGTTCTTTCGAAGATCATATGCCCC  95
       | ||||||| |||||||||    ||||||||||| ||||||  ||||||
seq2  CAACATAAATTGGAGGAGAG---CTTGTTCTTTCG-AGATCAATTGCCCC  95

seq1  AATACAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAAGCAGGGGTGGGTTGGAGAGCAGG  145
       ||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  -ATACAAGGGAATGCAAGGG-CAAGAAGCA-GGGTGGGTT-GAGAGCAGG  141

seq1  GTGGAGGGAGGGT-ATAGGGTGTTTTGAGGATAGCATTTGAAATGTAAAT  194
      ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTGGAGGGAGGGTAATAGGGTG-TTTGAGGATAGCA-TTGAAATGTAAAT  189

seq1  GATGAAAATATCTAATT-AAAAAAAAGAATTAAATCTGTCTTCTCTAG-A  242
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GATGAAAATATCTAATTAAAAAAAAAGAATTAAATCTGTCTTCTCTAGAA  239

seq1  AGAGCAAGTGTTCTTACCCACTGAGCCACCACTCCAGCCACATCAAGGGT  292
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAGTGTTCTTACCCACTGAGCCACCACTCCAGCCACATCAAGGGT  289

seq1  TTTTTAAAAGTGGAAACCTGTTGTCTCTCTAGATGAGTGTTAAGGGTTAA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAAGTGGAAACCTGTTGTCTCTCTAGATGAGTGTTAAGGGTTAA  339

seq1  GGAAAGATTGTTCTCTGGGTGACTCTAGACCCCTGCCATCGCTGCCAGGC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGATTGTTCTCTGGGTGACTCTAGACCCCTGCCATCGCTGCCAGGC  389

seq1  TCTTTTTTATCTATTTGTTCATTCCTCTTTTGCTCATTATACTATCCATT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTATCTATTTGTTCATTCCTCTTTTGCTCATTATACTATCCATT  439

seq1  ATGGAATGTTCCCAGCAGATTACCAGAGCATCTCTGTCTTAAACTTTGGC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATGTTCCCAGCAGATTACCAGAGCATCTCTGTCTTAAACTTTGGC  489

seq1  CCCCACTATTTGCCAATGCCATCCCCTCTGAGAATATGGAGCTTCCCAAA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACTATTTGCCAATGCCATCCCCTCTGAGAATATGGAGCTTCCCAAA  539

seq1  GAAAGCCAGTTCCATCAGGATGGACTTTGAACATTTCTACTTTGTGAAGC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCAGTTCCATCAGGATGGACTTTGAACATTTCTACTTTGTGAAGC  589

seq1  TCCCTGTTTTGCTTTGCTATTTAAGACAGAGTTATTTGGACATGTTCCAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTTTTGCTTTGCTATTTAAGACAGAGTTATTTGGACATGTTCCAG  639

seq1  TGTTAGTAGATTTATTCAGCTTTCCCTAGTTAACTCCCTGGAGACTCTAC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGTAGATTTATTCAGCTTTCCCTAGTTAACTCCCTGGAGACTCTAC  689

seq1  ATGACTAGACTTTATGCTATCTTCCATCTTCAATCACCAAATGGAGATTG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTAGACTTTATGCTATCTTCCATCTTCAATCACCAAATGGAGATTG  739

seq1  TTTAGTTAGTATTCTCCAACAAATTTTACTATAAATTATGCTAATGGTCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTAGTATTCTCCAACAAATTTTACTATAAATTATGCTAATGGTCA  789

seq1  CATGGTTTTACCAAAATATTTACTTGGCCATTAAAAATGATTTATAATGT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTTTACCAAAATATTTACTTGGCCATTAAAAATGATTTATAATGT  839

seq1  TCTCTTGAATAAAAATTTAAGTAATCTCAAAATTCATATACATCTTTAAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGAATAAAAATTTAAGTAATCTCAAAATTCATATACATCTTTAAA  889

seq1  TGCTACACTATAAAAACATGTTCCATATTACTATGCAGCTCAATTTCATT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACACTATAAAAACATGTTCCATATTACTATGCAGCTCAATTTCATT  939

seq1  TCACAATAAAAGATAAAATTGAAATAGTTGGTAGAAAAAAAGTATTAGAC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATAAAAGATAAAATTGAAATAGTTGGTAGAAAAAAAGTATTAGAC  989

seq1  CAAGCATCTATGAAACCTTCTAATTTTTGACTTAATAAATTAAAATAGTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATCTATGAAACCTTCTAATTTTTGACTTAATAAATTAAAATAGTG  1039

seq1  AATGTGTCATTTCTTCAAGTGTTCTACACTACCTGAATTTGTCTGAGATT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTCATTTCTTCAAGTGTTCTACACTACCTGAATTTGTCTGAGATT  1089

seq1  ATACTTGTATACTTCCAGTTGTTTAGATCAGGGGAGATCTCATATTGCAT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTGTATACTTCCAGTTGTTTAGATCAGGGGAGATCTCATATTGCAT  1139

seq1  TTGCTGTTCAACCCATGTGTCTTTCAGGGTATAATTTTAAGGAATTC  1189
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTTCAACCCATGTGTCTTTCAGGGTATAATTTTAAGGAATTC  1186


seq1: chr1_29835120_29836229
seq2: B6Ng01-200M10.g_66_1158

seq1  GAATTCAGATTCAAACAGAGTTACCTATGTTTAATCTTGATATTGATAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATTCAAACAGAGTTACCTATGTTTAATCTTGATATTGATAAA  50

seq1  CAGTTTTAGACTTTATTTTTCATATTTGCTCCTATTGTGTATTAACTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTAGACTTTATTTTTCATATTTGCTCCTATTGTGTATTAACTGGA  100

seq1  CATGGAAGAATTTTTACAGACAACTGTTTCAATTGAAGGAATCCATGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAGAATTTTTACAGACAACTGTTTCAATTGAAGGAATCCATGTCT  150

seq1  TTAAAAATATGTAGCCAAAATGTGCCCAGAAAACTGGAATGCATTTGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATATGTAGCCAAAATGTGCCCAGAAAACTGGAATGCATTTGCCA  200

seq1  TTGTACAGCTGAGAAATGTTGTTTGTAAGGTTTATGAGAAATGAAAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACAGCTGAGAAATGTTGTTTGTAAGGTTTATGAGAAATGAAAAAAT  250

seq1  ATTAAGAAAAATGAAATGAAACAAAATAGTGAGTGTTATATATGGAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGAAAAATGAAATGAAACAAAATAGTGAGTGTTATATATGGAAAAT  300

seq1  TGATTTATCATATTTTGTGATATGTATTGGACCTTATATCCAGCTAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTATCATATTTTGTGATATGTATTGGACCTTATATCCAGCTAAATA  350

seq1  TAAACAAAATATATCCCTTCTAAAGAACTATATAATTTACAATTCTAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAAATATATCCCTTCTAAAGAACTATATAATTTACAATTCTAACA  400

seq1  CTATAATAGAACAAATATTACAAAATACATTGTACATCTAATTGTCTATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAATAGAACAAATATTACAAAATACATTGTACATCTAATTGTCTATA  450

seq1  TTGCTGCTTACCATAAATTAAGGATAGATATGGAAATACTCAAAGTGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCTTACCATAAATTAAGGATAGATATGGAAATACTCAAAGTGTTT  500

seq1  GTTTCACATATATGTTATCCAAAACAAAGATATAATGTTGAACATCACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACATATATGTTATCCAAAACAAAGATATAATGTTGAACATCACCA  550

seq1  TATGTAAGAGCTTAAACTTTATTACATATGTGTGTTCATATATAATATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAGAGCTTAAACTTTATTACATATGTGTGTTCATATATAATATGA  600

seq1  TCTTATAACAAACCATTTGGCTTGTTTGGATTCAATTTCCACATGAAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATAACAAACCATTTGGCTTGTTTGGATTCAATTTCCACATGAAGAT  650

seq1  GTTAGTAAGAGCTACCTCATAAAATGGTAACAATAAACATATAATTTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTAAGAGCTACCTCATAAAATGGTAACAATAAACATATAATTTCTA  700

seq1  TACAATACTTTGTCCATTATTTCAATAGTAAGTTTATAATAAATACAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATACTTTGTCCATTATTTCAATAGTAAGTTTATAATAAATACAAAC  750

seq1  TTTTACCAATATTTAGATAACAGTAGATATATGTTGATTATCTGTATTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCAATATTTAGATAACAGTAGATATATGTTGATTATCTGTATTTT  800

seq1  AACTCTTGGTTATCTAGACGGCACTGATATGATTGGGACCTGTAACTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTGGTTATCTAGACGGCACTGATATGATTGGGACCTGTAACTTGG  850

seq1  GTCTTTACTTCCCAATACCTGTATTCACAGATTTATATACAGTATGTACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTACTTCCCAATACCTGTATTCACAGATTTATATACAGTATGTACC  900

seq1  T-GGTTCAACATGTATATGCATATCAGTCTTTGTGGTAAAGACTGTGG-T  948
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  TGGGTTCAACATGTATATGCATATCAGTCTTTGTGGT-AAGACTGTGGTT  949

seq1  TGATCA-TTTTCCTGATAATTTTTTAAATTACTTTGTAGTTAAACTTAAT  997
      |||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||  ||||  ||
seq2  TGATCATTTTTCCTGATA--TTTTTTAATTACTTTGTAGT--AACT--AT  993

seq1  AACAGAATGCATTCCTATGATAAATATATTTACAAAGTTTTTTTTTCCTC  1047
       |||||||||||  |||||||||||  |||||||| |  |||||||||||
seq2  -ACAGAATGCAT--CTATGATAAATTAATTTACAAGG--TTTTTTTCCTC  1038

seq1  AGTGCCCCTCTCCTCCATGAAGAGTGCAGTTTTTTTTTTTCTTTTTTCCC  1097
      |||| |||||||   ||||||||||||||    |||||||||||||   |
seq2  AGTGACCCTCTC--TCATGAAGAGTGCAG---GTTTTTTTCTTTTT---C  1080

seq1  AGCTGTTCTTTTA  1110
      |||||||||||||
seq2  AGCTGTTCTTTTA  1093


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |