BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201N23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 92,058,150 - 92,101,229
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCxcr7
Upstream geneLOC383542, EG665688, Centg2, Gbx2, Asb18, Iqca
Downstream geneCops8, Col6a3, Mlph, Prlh, Rab17, Lrrfip1, Gm817, LOC665766, Ramp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201N23.bB6Ng01-201N23.g
ACCGA022525GA022526
length1,076597
definitionB6Ng01-201N23.b B6Ng01-201N23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,100,155 - 92,101,229)(92,058,150 - 92,058,746)
sequence
gaattcaggagctgtgaattaatccatccccaccccccagagcacggagt
ttaaactcatcctagactcagaatgctcagcccagttgtctggtccgctg
aaggatgcctctgggcatatcacatgcctttctggaagtgcgcttgtggt
ttttacagccaatctgataaccagaagtaggagtgggcaaacagtgatgc
caagctcacccctaagctggctttgggcaacctcaatggggcatcccaca
ttctctgcaaagtttccctgcttcctggaacttaagtactcacagaaaca
aatcagagtccagtagcaaacaaacatacacagaggtttccctccacaaa
tgactgaactcagatcccccaaatcaggagcagtagcttgcaatgcaggc
atgcagcgtgctttgagctttccaatccggacctgcaggctctaaagccc
ccagctcagggatccaagagttctcagaaaaagcccagttctcgtaagaa
caggagtcctgccccttgccgtagttgctcggcaaagctgtcgcagaagc
aaggctttcttacttacctcagggcttcctgggctgtggtttgccttcct
gacggtgagcgctgcaggctccttcagtgctgagcagtttgtagcaactg
agatctctcagggctccggacttgccttttatatacactgcgggaaagtg
cctctaggtggcagttttgcaaccctcggctctcctcccgcccctcctct
cccaccacagcgcgcaggcatgcaggcttgtacaggcgcacacgccctcc
tgtaaccctctctaggttgttgtttcctgcacaaacacattcttgggagc
cctcagatccctccctttgcaaaggctagatcctattggggggaaatgtc
agcagaagaaaaaccaaaagaagtcctagggacgttccaaaatgatagaa
ttattgatccagtctcaggtaatagcttttataatcccatgagcaccggg
agttccttgaatgcctgtagcttcagggaagactttgttcccaggacaat
actctgaactcctgaactttcgatgt
gaattctaggtggcctgccatgaccttctgggatttgcgtctgtccttaa
ggcttaaacttggacagcaagcactttaacctcgaaaccatctctttagc
cccgaaggacttagtgcagatgccaggatccagtgtcagctccacacagg
tcttcagatgagaactttgcacaggtgtccctgggagcagctgtccttga
aaccctgccaggccaggtcattcccaggctgcatggtttgggctgccaat
cttggcttctctccagttgtcacaattgtgcctccaagcatcgtgtatcc
tggaaatgagtccgatttggtcaactccactgagaggaagttgttgaact
aaaggggacacaagcaactgaacacaacattctggacagagtttccggga
ggaaaaaaaaaggctcccacagacagcagagccgatcatgtcaggtaaag
ttcacttcccctgggaaatgtgtgtgcttgtaggtgtatgtttgtgtatg
cctgtgaatgtgtgcccatgagtgtgtgcatgtgtgtgtgcctgtaagta
tgtgtgtgagagagtatatgtatgcatgcgtgtgtgtgtgtgtatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_92100155_92101229
seq2: B6Ng01-201N23.b_48_1123 (reverse)

seq1  ACATCG-AAGTTCAGAAGTTCAGAGTAATTTGTCTTGGGAACAAAGTCTT  49
      |||||| |||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||
seq2  ACATCGAAAGTTCAGGAGTTCAGAGTA--TTGTCCTGGGAACAAAGTCTT  48

seq1  CCCTGAAGCTACAGGCATTCAAAGGAACTCCCGGTGCTCATGGGATTATT  99
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCCTGAAGCTACAGGCATTC-AAGGAACTCCCGGTGCTCATGGGATTA-T  96

seq1  AAAAGCTA-TACCTGAGACTGGATCAAT-ATTCTATCATTTTGGAACGT-  146
      |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  AAAAGCTATTACCTGAGACTGGATCAATAATTCTATCATTTTGGAACGTC  146

seq1  CCTAGGACTTCTTTTGGTTTTTCTTCTGCTGACATTT-CCCCCAATAGGA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCTAGGACTTCTTTTGGTTTTTCTTCTGCTGACATTTCCCCCCAATAGGA  196

seq1  TCTAGCCTTTGCAAAGGGAGGGATCTGAGGGCTCCCAAGAATGTGTTTGT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCCTTTGCAAAGGGAGGGATCTGAGGGCTCCCAAGAATGTGTTTGT  246

seq1  GCAGGAAACAACAACCTAGAGAGGGTTACAGGAGGGCGTGTGCGCCTGTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAAACAACAACCTAGAGAGGGTTACAGGAGGGCGTGTGCGCCTGTA  296

seq1  CAAGCCTGCATGCCTGCGCGCTGTGGTGGGAGAGGAGGGGCGGGAGGAGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTGCATGCCTGCGCGCTGTGGTGGGAGAGGAGGGGCGGGAGGAGA  346

seq1  GCCGAGGGTTGCAAAACTGCCACCTAGAGGCACTTTCCCGCAGTGTATAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAGGGTTGCAAAACTGCCACCTAGAGGCACTTTCCCGCAGTGTATAT  396

seq1  AAAAGGCAAGTCCGGAGCCCTGAGAGATCTCAGTTGCTACAAACTGCTCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGCAAGTCCGGAGCCCTGAGAGATCTCAGTTGCTACAAACTGCTCA  446

seq1  GCACTGAAGGAGCCTGCAGCGCTCACCGTCAGGAAGGCAAACCACAGCCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGAAGGAGCCTGCAGCGCTCACCGTCAGGAAGGCAAACCACAGCCC  496

seq1  AGGAAGCCCTGAGGTAAGTAAGAAAGCCTTGCTTCTGCGACAGCTTTGCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCCCTGAGGTAAGTAAGAAAGCCTTGCTTCTGCGACAGCTTTGCC  546

seq1  GAGCAACTACGGCAAGGGGCAGGACTCCTGTTCTTACGAGAACTGGGCTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAACTACGGCAAGGGGCAGGACTCCTGTTCTTACGAGAACTGGGCTT  596

seq1  TTTCTGAGAACTCTTGGATCCCTGAGCTGGGGGCTTTAGAGCCTGCAGGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAGAACTCTTGGATCCCTGAGCTGGGGGCTTTAGAGCCTGCAGGT  646

seq1  CCGGATTGGAAAGCTCAAAGCACGCTGCATGCCTGCATTGCAAGCTACTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGATTGGAAAGCTCAAAGCACGCTGCATGCCTGCATTGCAAGCTACTG  696

seq1  CTCCTGATTTGGGGGATCTGAGTTCAGTCATTTGTGGAGGGAAACCTCTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGATTTGGGGGATCTGAGTTCAGTCATTTGTGGAGGGAAACCTCTG  746

seq1  TGTATGTTTGTTTGCTACTGGACTCTGATTTGTTTCTGTGAGTACTTAAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTTTGTTTGCTACTGGACTCTGATTTGTTTCTGTGAGTACTTAAG  796

seq1  TTCCAGGAAGCAGGGAAACTTTGCAGAGAATGTGGGATGCCCCATTGAGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGAAGCAGGGAAACTTTGCAGAGAATGTGGGATGCCCCATTGAGG  846

seq1  TTGCCCAAAGCCAGCTTAGGGGTGAGCTTGGCATCACTGTTTGCCCACTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCAAAGCCAGCTTAGGGGTGAGCTTGGCATCACTGTTTGCCCACTC  896

seq1  CTACTTCTGGTTATCAGATTGGCTGTAAAAACCACAAGCGCACTTCCAGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCTGGTTATCAGATTGGCTGTAAAAACCACAAGCGCACTTCCAGA  946

seq1  AAGGCATGTGATATGCCCAGAGGCATCCTTCAGCGGACCAGACAACTGGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATGTGATATGCCCAGAGGCATCCTTCAGCGGACCAGACAACTGGG  996

seq1  CTGAGCATTCTGAGTCTAGGATGAGTTTAAACTCCGTGCTCTGGGGGGTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCATTCTGAGTCTAGGATGAGTTTAAACTCCGTGCTCTGGGGGGTG  1046

seq1  GGGATGGATTAATTCACAGCTCCTGAATTC  1075
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGATTAATTCACAGCTCCTGAATTC  1076

seq1: chr1_92058150_92058746
seq2: B6Ng01-201N23.g_63_659

seq1  GAATTCTAGGTGGCCTGCCATGACCTTCTGGGATTTGCGTCTGTCCTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGTGGCCTGCCATGACCTTCTGGGATTTGCGTCTGTCCTTAA  50

seq1  GGCTTAAACTTGGACAGCAAGCACTTTAACCTCGAAACCATCTCTTTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAAACTTGGACAGCAAGCACTTTAACCTCGAAACCATCTCTTTAGC  100

seq1  CCCGAAGGACTTAGTGCAGATGCCAGGATCCAGTGTCAGCTCCACACAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAAGGACTTAGTGCAGATGCCAGGATCCAGTGTCAGCTCCACACAGG  150

seq1  TCTTCAGATGAGAACTTTGCACAGGTGTCCCTGGGAGCAGCTGTCCTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGATGAGAACTTTGCACAGGTGTCCCTGGGAGCAGCTGTCCTTGA  200

seq1  AACCCTGCCAGGCCAGGTCATTCCCAGGCTGCATGGTTTGGGCTGCCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGCCAGGCCAGGTCATTCCCAGGCTGCATGGTTTGGGCTGCCAAT  250

seq1  CTTGGCTTCTCTCCAGTTGTCACAATTGTGCCTCCAAGCATCGTGTATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTTCTCTCCAGTTGTCACAATTGTGCCTCCAAGCATCGTGTATCC  300

seq1  TGGAAATGAGTCCGATTTGGTCAACTCCACTGAGAGGAAGTTGTTGAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATGAGTCCGATTTGGTCAACTCCACTGAGAGGAAGTTGTTGAACT  350

seq1  AAAGGGGACACAAGCAACTGAACACAACATTCTGGACAGAGTTTCCGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGACACAAGCAACTGAACACAACATTCTGGACAGAGTTTCCGGGA  400

seq1  GGAAAAAAAAAGGCTCCCACAGACAGCAGAGCCGATCATGTCAGGTAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAAAAAGGCTCCCACAGACAGCAGAGCCGATCATGTCAGGTAAAG  450

seq1  TTCACTTCCCCTGGGAAATGTGTGTGCTTGTAGGTGTATGTTTGTGTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTCCCCTGGGAAATGTGTGTGCTTGTAGGTGTATGTTTGTGTATG  500

seq1  CCTGTGAATGTGTGCCCATGAGTGTGTGCATGTGTGTGTGCCTGTAAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGAATGTGTGCCCATGAGTGTGTGCATGTGTGTGTGCCTGTAAGTA  550

seq1  TGTGTGTGAGAGAGTATATGTATGCATGCGTGTGTGTGTGTGTATGT  597
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGAGAGAGTATATGTATGCATGCGTGTGTGTGTGTGTATGT  597