BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202F03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 136,929,461 - 137,045,653
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLgr6, Ptprv, LOC100042432, Ptpn7, Arl8a
Upstream geneFmod, Btg2, EG667414, Chit1, Chi3l1, Mybph, Adora1, Myog, Ppfia4, LOC100042382, Tmem183a, 4933406M09Rik, Cyb5r1, Adipor1, Klhl12, Rabif, 4931440L10Rik, Jarid1b, LOC100042418, Syt2, Ppp1r12b, Ube2t
Downstream geneGpr37l1, LOC100043064, Elf3, Rnpep, Timm17a, Lmod1, Tmem58, Ipo9, Nav1, EG215714, LOC623327, Csrp1, Phlda3, Tnni1, Lad1, Tnnt2, LOC100042477, Pkp1, 9830123M21Rik, Tmem9, Ascl5, Cacna1s, Kif21b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202F03.bB6Ng01-202F03.g
ACCGA022843GA022844
length867619
definitionB6Ng01-202F03.b B6Ng01-202F03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,929,461 - 136,930,327)(137,045,038 - 137,045,653)
sequence
gaattcttccctgcggtgatagggcagattagcagagctctggcaggcca
gttggggcttgcctgggctttggggaaacagcttaacatcttcccactct
cagccccatgctgaggtagaggcaacaggtagggtgagagggtctagctc
caagacttttcagggagaagaggacatgtctgtcccatgaccaacgtgag
tagagaacctacaaggagagtttcaggttagacagcaggaaatgtccaca
aagggtgacccagaagacaagctgtgtatttgatggggacctgaaggatg
ctagatctagctcaggttacatcaggatcttgatacgctgatatatcaag
ggaaatgtcaaatgggagatcaggtctggaagtggaattcagggcttctt
tctgctctactactctgactcccccagagtgatgagaggggcttgggatg
tagaggactttggctgatggtaaagcacatgcgaaacatgtacaaggcct
agggtccagtcttcacatcacataaaactggagatagtatatgcctatta
tccctgcctgtagaaagtggaggcagggagtaattatgttcacgttactt
cccagctatgtagtttgaggtcaacctgggttacaggattcattgtctcg
aataaacaaaattagataggtaggttgataggcaggttggtagatagatg
atagacagacagacagagatagatagatagataattgattgatagattat
agatagattatatagatagatgatagaaacagatgatagaaatagatatt
tgatatagatagattatagatatatgaagagatagataagtagagagata
agataggtagatagatg
gaattccctgcagcaccctaggtggtggttttacctattagggtctcttg
agagaaaagaaattcagcttgtccatttagtggtaaatttagtatcaaaa
aggagaaggggagtgggggaaggaatgttgaataccaaacaaaactggtt
tgtctttgtctgtttttgtttgtttttttaatttctgaaacaaagtctct
ctctatcccaggctgctctcagactagggatcctgcctcagcatccagac
tgctgcgtttacaggcatgctccatcatgcttagtttcaaggaacctctt
gactctggcaggagaatttgagaacttggcttctgtccctgacctgtcag
agccttccattctttaagaagatgctggtcttaaagagtaggcccaggcc
aggaagttgaacccacctaggtgtctctgcatccctatactaacacgccg
ctgagaaagacatccctagggactggaagtggtgtcttggcagagtccaa
acagctagtttctccttttgagaaatacaaaaaacatctcccagacccaa
atgccccaaaccaagccactctaggtctgaagagacaggtgggaatccgg
gtgtttggttttctgctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_136929461_136930327
seq2: B6Ng01-202F03.b_45_911

seq1  GAATTCTTCCCTGCGGTGATAGGGCAGATTAGCAGAGCTCTGGCAGGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCCTGCGGTGATAGGGCAGATTAGCAGAGCTCTGGCAGGCCA  50

seq1  GTTGGGGCTTGCCTGGGCTTTGGGGAAACAGCTTAACATCTTCCCACTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGGCTTGCCTGGGCTTTGGGGAAACAGCTTAACATCTTCCCACTCT  100

seq1  CAGCCCCATGCTGAGGTAGAGGCAACAGGTAGGGTGAGAGGGTCTAGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCATGCTGAGGTAGAGGCAACAGGTAGGGTGAGAGGGTCTAGCTC  150

seq1  CAAGACTTTTCAGGGAGAAGAGGACATGTCTGTCCCATGACCAACGTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACTTTTCAGGGAGAAGAGGACATGTCTGTCCCATGACCAACGTGAG  200

seq1  TAGAGAACCTACAAGGAGAGTTTCAGGTTAGACAGCAGGAAATGTCCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAACCTACAAGGAGAGTTTCAGGTTAGACAGCAGGAAATGTCCACA  250

seq1  AAGGGTGACCCAGAAGACAAGCTGTGTATTTGATGGGGACCTGAAGGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTGACCCAGAAGACAAGCTGTGTATTTGATGGGGACCTGAAGGATG  300

seq1  CTAGATCTAGCTCAGGTTACATCAGGATCTTGATACGCTGATATATCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATCTAGCTCAGGTTACATCAGGATCTTGATACGCTGATATATCAAG  350

seq1  GGAAATGTCAAATGGGAGATCAGGTCTGGAAGTGGAATTCAGGGCTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGTCAAATGGGAGATCAGGTCTGGAAGTGGAATTCAGGGCTTCTT  400

seq1  TCTGCTCTACTACTCTGACTCCCCCAGAGTGATGAGAGGGGCTTGGGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCTACTACTCTGACTCCCCCAGAGTGATGAGAGGGGCTTGGGATG  450

seq1  TAGAGGACTTTGGCTGATGGTAAAGCACATGCGAAACATGTACAAGGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGACTTTGGCTGATGGTAAAGCACATGCGAAACATGTACAAGGCCT  500

seq1  AGGGTCCAGTCTTCACATCACATAAAACTGGAGATAGTATATGCCTATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCCAGTCTTCACATCACATAAAACTGGAGATAGTATATGCCTATTA  550

seq1  TCCCTGCCTGTAGAAAGTGGAGGCAGGGAGTAATTATGTTCACGTTACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCCTGTAGAAAGTGGAGGCAGGGAGTAATTATGTTCACGTTACTT  600

seq1  CCCAGCTATGTAGTTTGAGGTCAACCTGGGTTACAGGATTCATTGTCTCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTATGTAGTTTGAGGTCAACCTGGGTTACAGGATTCATTGTCTCG  650

seq1  AATAAACAAAATTAGATAGGTAGGTTGATAGGCAGGTTGGTAGATAGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACAAAATTAGATAGGTAGGTTGATAGGCAGGTTGGTAGATAGATG  700

seq1  ATAGACAGACAGACAGAGATAGATAGATAGATAATTGATTGATAGATTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAGACAGACAGAGATAGATAGATAGATAATTGATTGATAGATTAT  750

seq1  AGATAGATTATATAGATAGATGATAGAAACAGATGATAGAAATAGATATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATTATATAGATAGATGATAGAAACAGATGATAGAAATAGATATT  800

seq1  TGATATAGATAGATTATAGATATATGAAGAGATAGATAAGTAGAGAGATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATAGATAGATTATAGATATATGAAGAGATAGATAAGTAGAGAGATA  850

seq1  AGATAGGTAGATAGATG  867
      |||||||||||||||||
seq2  AGATAGGTAGATAGATG  867

seq1: chr1_137045038_137045653
seq2: B6Ng01-202F03.g_69_687 (reverse)

seq1  AGAGCAGGAAACC-AACACCCGGATTCCCACCTGTCTCTTCAGACCTAG-  48
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGAGCAGAAAACCAAACACCCGGATTCCCACCTGTCTCTTCAGACCTAGA  50

seq1  GTGGCTTGGTTTGGGGCATTTGGGTCTGGGAGATG-TTTTTGTATTTCTC  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTGGCTTGGTTTGGGGCATTTGGGTCTGGGAGATGTTTTTTGTATTTCTC  100

seq1  AAAAGGAGAAACTAGCTGTTTGGACTCTGCCAAGACACCACTTCCAGTCC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAGAAACTAGCTGTTTGGACTCTGCCAAGACACCACTTCCAGTCC  150

seq1  CTAGGGATGTCTTTCTCAGCGGCGTGTTAGTATAGGGATGCAGAGACACC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGATGTCTTTCTCAGCGGCGTGTTAGTATAGGGATGCAGAGACACC  200

seq1  TAGGTGGGTTCAACTTCCTGGCCTGGGCCTACTCTTTAAGACCAGCATCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGGGTTCAACTTCCTGGCCTGGGCCTACTCTTTAAGACCAGCATCT  250

seq1  TCTTAAAGAATGGAAGGCTCTGACAGGTCAGGGACAGAAGCCAAGTTCTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAGAATGGAAGGCTCTGACAGGTCAGGGACAGAAGCCAAGTTCTC  300

seq1  AAATTCTCCTGCCAGAGTCAAGAGGTTCCTTGAAACTAAGCATGATGGAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTCCTGCCAGAGTCAAGAGGTTCCTTGAAACTAAGCATGATGGAG  350

seq1  CATGCCTGTAAACGCAGCAGTCTGGATGCTGAGGCAGGATCCCTAGTCTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTGTAAACGCAGCAGTCTGGATGCTGAGGCAGGATCCCTAGTCTG  400

seq1  AGAGCAGCCTGGGATAGAGAGAGACTTTGTTTCAGAAATTAAAAAAACAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGCCTGGGATAGAGAGAGACTTTGTTTCAGAAATTAAAAAAACAA  450

seq1  ACAAAAACAGACAAAGACAAACCAGTTTTGTTTGGTATTCAACATTCCTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAACAGACAAAGACAAACCAGTTTTGTTTGGTATTCAACATTCCTT  500

seq1  CCCCCACTCCCCTTCTCCTTTTTGATACTAAATTTACCACTAAATGGACA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACTCCCCTTCTCCTTTTTGATACTAAATTTACCACTAAATGGACA  550

seq1  AGCTGAATTTCTTTTCTCTCAAGAGACCCTAATAGGTAAAACCACCACCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAATTTCTTTTCTCTCAAGAGACCCTAATAGGTAAAACCACCACCT  600

seq1  AGGGTGCTGCAGGGAATTC  616
      |||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGCTGCAGGGAATTC  619