BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-204J09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 42,332,995 - 42,465,260
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041441, LOC383634, LOC666582
Downstream gene2610017I09Rik, Pou3f3, Mrps9, Gpr45, LOC100041588, Tgfbrap1, AI597479, Fhl2, EG666642, EG666644
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-204J09.bB6Ng01-204J09.g
ACCGA024488GA024489
length941569
definitionB6Ng01-204J09.b B6Ng01-204J09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,464,327 - 42,465,260)(42,332,995 - 42,333,567)
sequence
gaattccacctaatattctgtctgtttaacatggttagccccttggaaat
tcgaatattaacaagagcaaattgcactcacactaaagtgtgttgtttag
atctgattccagtgttgcacgagaaacagaaaggggaggattcatttctt
atcctcaggactggaggggtagctcagctgttaaaagcacttgatgttct
tctggaggacttagcatcaattcccaggacccacatggcttactagtcag
ctgtgactccaattccaggggatctgagccctcttctggcctcttctcta
gaaccagccatgaatgtggtacacaaacatgcatgtcgaaaaaaacactc
atacacataaaataaaacgaaataaaagtaaaggtaatttaatttgtcat
cctctgtgtgtgatgtctcaggtcacatgtgtttttccatgagccccatc
tgtccaggaatcatcatagagaaaactcccttcaaaacccaacgccaact
caaactagagaaccacattgttctcaaatagggtgtagctggcaaagaga
ggccacattcccatctatgggcattgctgaaggggttacctagggccact
gctacctatgacttcaactggagtcataatttttacaaatccccagagga
gtcagggtaccaaaatgtcatattgttttaagtgcaaaacattaaaatac
caaaagagtctaagtatgcttggtatacacacagacatagtgtatgcaac
atacacatgcacacaccaggaagcatctgctatgggtaggcaagaggcag
agtgctgggggtgcagcatgcccatacccacctctgtatgagtgtatctg
cctcttgcagaactcacccatgcccttactcacgtgttgtgtctcttttg
cttgtcagacctagttcccagggttggcgagtcttttgttt
agagcaaaagcattactgagttaaggggaggaggagaaggaggaggagga
ggcagaggaggaggcagaacaccatttctgttattgtagtttgacttagg
cacaaactgtttagcagacacttgaaaggagcactggactacaaacatat
aggcagtcattgtcccccatgttcctgtgccccctctaagtctcaaattt
ctgctctgtaggacttttcttcacatttcaattgtgacgcttagttttgc
tacaacctcaaggcttgagtcaaataaattctctcaaatttttagatctc
atatagaaacagatatgtttatcaaaaatgacctcctctttgcttttttt
ttttcaaagcaagatctcggaacgccaacgtccccaggtggtgggaatag
ggaacaaagttagagagcctatatttaggcataaatctgcccaagtttaa
aaaaaaattataatgtgcttttatgttagagttggaaagaaagcccatgt
ctttctgctgaggtccaggctgccgcttgttcctgctgttacaggtgaat
aaagggatagtcacactgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_42464327_42465260
seq2: B6Ng01-204J09.b_50_990 (reverse)

seq1  AAAC-AAAGACTCG-CAAACCTGGGAACTAGGTCTGACAAGCAAAAGAGA  48
      |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAGACTCGCCAACCCTGGGAACTAGGTCTGACAAGCAAAAGAGA  50

seq1  CAC-ACACGTGAGTAA-GGCATGGGTGAGTTCTGC-AGAGGCAGATACAC  95
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CACAACACGTGAGTAAGGGCATGGGTGAGTTCTGCAAGAGGCAGATACAC  100

seq1  TCATACAGAGGTGGGTATGGGCATGCTGCACCCCCAGCACTCTGCCTCTT  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACAGAGGTGGGTATGGGCATGCTGCACCCCCAGCACTCTGCCTCTT  150

seq1  GCCTA-CCATAGCAGATGCTTCCTGGTGTGTGCATGTGTATGTTGCATAC  194
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACCCATAGCAGATGCTTCCTGGTGTGTGCATGTGTATGTTGCATAC  200

seq1  ACTATGTCTGTGTGTATACCAAGCATACTTAGACTCTTTTGGTATTTTAA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTCTGTGTGTATACCAAGCATACTTAGACTCTTTTGGTATTTTAA  250

seq1  TGTTTTGCACTTAAAACAATATGACATTTTGGTACCCTGACTCCTCTGGG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGCACTTAAAACAATATGACATTTTGGTACCCTGACTCCTCTGGG  300

seq1  GATTTGT-AAAATTATGACTCCAGTTGAAGTCATAGGTAGCAGTGGCCCT  343
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGTAAAAATTATGACTCCAGTTGAAGTCATAGGTAGCAGTGGCCCT  350

seq1  AGGTAACCCCTTCAGCAATGCCCATAGATGGGAATGTGGCCTCTCTTTGC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAACCCCTTCAGCAATGCCCATAGATGGGAATGTGGCCTCTCTTTGC  400

seq1  CAGCTACACCCTATTTGAGAACAATGTGGTTCTCTAGTTTGAGTTGGCGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACACCCTATTTGAGAACAATGTGGTTCTCTAGTTTGAGTTGGCGT  450

seq1  TGGGTTTTGAAGGGAGTTTTCTCTATGATGATTCCTGGACAGATGGGGCT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTTGAAGGGAGTTTTCTCTATGATGATTCCTGGACAGATGGGGCT  500

seq1  CATGGAAAAACACATGTGACCTGAGACATCACACACAGAGGATGACAAAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAAAACACATGTGACCTGAGACATCACACACAGAGGATGACAAAT  550

seq1  TAAATTACCTTTACTTTTATTTCGTTTTATTTTATGTGTATGAGTGTTTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTACCTTTACTTTTATTTCGTTTTATTTTATGTGTATGAGTGTTTT  600

seq1  TTTCGACATGCATGTTTGTGTACCACATTCATGGCTGGTTCTAGAGAAGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGACATGCATGTTTGTGTACCACATTCATGGCTGGTTCTAGAGAAGA  650

seq1  GGCCAGAAGAGGGCTCAGATCCCCTGGAATTGGAGTCACAGCTGACTAGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGAAGAGGGCTCAGATCCCCTGGAATTGGAGTCACAGCTGACTAGT  700

seq1  AAGCCATGTGGGTCCTGGGAATTGATGCTAAGTCCTCCAGAAGAACATCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATGTGGGTCCTGGGAATTGATGCTAAGTCCTCCAGAAGAACATCA  750

seq1  AGTGCTTTTAACAGCTGAGCTACCCCTCCAGTCCTGAGGATAAGAAATGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTTTAACAGCTGAGCTACCCCTCCAGTCCTGAGGATAAGAAATGA  800

seq1  ATCCTCCCCTTTCTGTTTCTCGTGCAACACTGGAATCAGATCTAAACAAC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCCCCTTTCTGTTTCTCGTGCAACACTGGAATCAGATCTAAACAAC  850

seq1  ACACTTTAGTGTGAGTGCAATTTGCTCTTGTTAATATTCGAATTTCCAAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTAGTGTGAGTGCAATTTGCTCTTGTTAATATTCGAATTTCCAAG  900

seq1  GGGCTAACCATGTTAAACAGACAGAATATTAGGTGGAATTC  934
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAACCATGTTAAACAGACAGAATATTAGGTGGAATTC  941

seq1: chr1_42332995_42333567
seq2: B6Ng01-204J09.g_69_643

seq1  GAATTCAGAGCAAAAGCATTACTGAGTTAAGGGGAGGAGGAGAAGGAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGCAAAAGCATTACTGAGTTAAGGGGAGGAGGAGAAGGAGGA  50

seq1  GGAGGAGGCAGAGGAGGAGGCAGAACACCATTTCTGTTATTGTAGTTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGGCAGAGGAGGAGGCAGAACACCATTTCTGTTATTGTAGTTTGA  100

seq1  CTTAGGCACAAACTGTTTAGCAGACACTTGAAAGGAGCACTGGACTACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGCACAAACTGTTTAGCAGACACTTGAAAGGAGCACTGGACTACAA  150

seq1  ACATATAGGCAGTCATTGTCCCCCATGTTCCTGTGCCCCCTCTAAGTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAGGCAGTCATTGTCCCCCATGTTCCTGTGCCCCCTCTAAGTCTC  200

seq1  AAATTTCTGCTCTGTAGGACTTTTCTTCACATTTCAATTGTGACGCTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCTGCTCTGTAGGACTTTTCTTCACATTTCAATTGTGACGCTTAG  250

seq1  TTTTGCTACAACCTCAAGGCTTGAGTCAAATAAATTCTCTCAAATTTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTACAACCTCAAGGCTTGAGTCAAATAAATTCTCTCAAATTTTTA  300

seq1  GATCTCATATAGAAACAGATATGTTTATCAAAAATGACCTCCTCTTTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCATATAGAAACAGATATGTTTATCAAAAATGACCTCCTCTTTGCT  350

seq1  TTTTTTTTTTCAAAGCAAGATCTCGGAACGCCAACGTCCCCAGGTGGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTCAAAGCAAGATCTCGGAACGCCAACGTCCCCAGGTGGTGG  400

seq1  GAATAGGGAACAAAGTTAGAGAGCCTATATTTAGGCATAAATCTGCCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGGGAACAAAGTTAGAGAGCCTATATTTAGGCATAAATCTGCCCAA  450

seq1  GTTTAAAAAAAAATTATAATGTGCTTTTATGTTAGAGTTGGAAAGAAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAAAAAAATTATAATGTGCTTTTATGTTAGAGTTGGAAAGAAAGC  500

seq1  CCATGTCCTTCTGCTGAGGTCCAGGCTGCCGC-TGTTCCTGCTGCTACAG  549
      ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  CCATGTCTTTCTGCTGAGGTCCAGGCTGCCGCTTGTTCCTGCTGTTACAG  550

seq1  GTGAA-GAAGGGAGAGTCACACTGT  573
      |||||  |||||| |||||||||||
seq2  GTGAATAAAGGGATAGTCACACTGT  575