BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-204O06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 68,052,215 - 68,264,276
singlet/doubletdoublet
Overlap geneErbb4
Upstream geneLancl1, Cps1, Kif22-ps
Downstream geneLOC667842
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-204O06.bB6Ng01-204O06.g
ACCGA024712GA024713
length1,0431,119
definitionB6Ng01-204O06.b B6Ng01-204O06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,263,240 - 68,264,276)(68,052,215 - 68,053,339)
sequence
gaattctcatttactcttgtgctatcagctatgaataaattaatagtgat
tggacttgttaatcaattttatttaattataaagggtcaatgtatgtggc
cttacatagcatgttttcatagaattgattggcattttatcctggtggaa
aacggtttggttttggtccagggtattatgtagaaaattgcaggcctgtc
ttactatgaaatcatgataatcatttaaagacacattatattaatgaggg
ctatagcagtggaaaaatgtactctacagagtaaaattatgccttatgac
aacgaataaataagacacagctttaaaacctttagagattaggtgtgcat
agatctgtgtattatcttggaaggaaatatagctttatcatattataata
agaagttatcagtatatattattcatacatagatatataaaatattcata
catatacatcaatatattaaaatatttatgtacatacacagatttaaagt
caggatacaatttctactttttatatattagggctgaggcatgaagtatg
ttttcatgtttcttattcagattaataataagtacttttaatcattgtat
gactaagtcccagatgaacattaagaaatatagaaaattatcatatattc
acaaatctattttgatctgtgctaagtcaaaatatatcatatgtctcaag
aatccaaaaaatcttcttaaaattgcactcttattccacaaagacttaaa
tcttgtgagttgacaagcattaactctgagacctaggatttcccatatgt
ggtattgaaatgatcggactagtccactctcatgatcttgctgaatgctc
taagtttaagttgttaattgaatatcattcaacatattaaaattatggga
aaagcaaattttaactattcactttatgatatacaatttaacaatgaaaa
attgaagtgtccagggaataatctccatacatatgaagctcagtggttag
ttgtggggaatagactctaagagacttaacagtatttttgggg

gaattcattcgatattttttttcttccagtcttttcctaggagtaaaggg
gctagggttgtaaaatgctgataatcaaaagggaacttagagtggacaat
tgaattgatatgtaagtaaatgactagatttttggtctacaagtgctgag
ctgtctggtgatcttcagaaatctgtcttgagcagaacacaggctgtcag
cttgtacccaagatttgactagaagtcattctttttgcagcttccaaaca
tctgttcctcagaacccctccccaagctggggctggtccttggtactctg
ggtctacacttaaagtcatttataataatggtacaggctcttgagagggt
cagattatgagatccagaaaattaatgcctgttatataatccatcaaaga
ataaagaaaatggataagagcacttataatatcatgagctacagagtcca
tcttcctgaagtacagatatcttaatgtagatgcaggataagaataattt
acttatctttgtctgaaaaagtcagtcatctttgttgaaagtacacaata
agattctaaatcttgattcttttactaatttaaccatttgaggggaatct
ctcaagtaagaatagaattgggtgctaagaattaaaaggtgaacaaatct
atagcctgtggttctatacaggtaatactatgaggaactagatctacaat
aaataattccagagggaagagtaaggagtagagtcaattatatgggtcag
ataattgtaaagtcttagttcatatggaagagtttatagcttgtactgtg
gatattgtgaacagaaaaataaaactaaagacaatagtcttcgatcttct
cccttctatagatcagtaattctcaatctgtgggtcacaaacccctttag
caacctctatctccaaaaatagttctgattcacaacagtagcaaagttac
agttatcaagtggcatgaaaataattttatggtggaagagtcactacaac
acgaggactgttgaaagagttacagcatcagggagatgagaccactgatt
tagacttctgtaactgtgactccatgcaattcctatctctgttcacacag
gtacccatagttccataat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_68263240_68264276
seq2: B6Ng01-204O06.b_46_1088 (reverse)

seq1  CCCCCAAAATACTGTTATGTCTCCTTGGGTCTATTCCCCACCACTAACCA  50
      |||| |||||||||||| ||||| | | ||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCCAAAAATACTGTTAAGTCTCTTAGAGTCTATTCCCCACAACTAACCA  50

seq1  CTGAGCTTCATATGTATGGAGATTATT-CCTGGACACTTCAA-TTTTCAT  98
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  CTGAGCTTCATATGTATGGAGATTATTCCCTGGACACTTCAATTTTTCAT  100

seq1  TGTT-AATTGTATATCAT-AAGTGAATAGTTAAAATTTGCTTTT-CCAT-  144
      |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  TGTTAAATTGTATATCATAAAGTGAATAGTTAAAATTTGCTTTTCCCATA  150

seq1  ATTTTAATATGTTGAATGAATATTCAATTAAC-ACTTAAACTTAGAGCAT  193
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATTTTAATATGTTGAATG-ATATTCAATTAACAACTTAAACTTAGAGCAT  199

seq1  TCAGCAAGATCATGAGAGTGGACTAGTCCGATCATTTCAATACCACATAT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAAGATCATGAGAGTGGACTAGTCCGATCATTTCAATACCACATAT  249

seq1  GGGAAATCCTAGGTCTCAGAGTTAATGCTTGTCAACTCACAAGATTTAAG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATCCTAGGTCTCAGAGTTAATGCTTGTCAACTCACAAGATTTAAG  299

seq1  TCTTTGTGGAATAAGAGTGCAATTTTAAGAAGATTTTTTGGATTCTTGAG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTGGAATAAGAGTGCAATTTTAAGAAGATTTTTTGGATTCTTGAG  349

seq1  ACATATGATATATTTTGACTTAGCACAGATCAAAATAGATTTGTGAATAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGATATATTTTGACTTAGCACAGATCAAAATAGATTTGTGAATAT  399

seq1  ATGATAATTTTCTATATTTCTTAATGTTCATCTGGGACTTAGTCATACAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAATTTTCTATATTTCTTAATGTTCATCTGGGACTTAGTCATACAA  449

seq1  TGATTAAAAGTACTTATTATTAATCTGAATAAGAAACATGAAAACATACT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAAAAGTACTTATTATTAATCTGAATAAGAAACATGAAAACATACT  499

seq1  TCATGCCTCAGCCCTAATATATAAAAAGTAGAAATTGTATCCTGACTTTA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCTCAGCCCTAATATATAAAAAGTAGAAATTGTATCCTGACTTTA  549

seq1  AATCTGTGTATGTACATAAATATTTTAATATATTGATGTATATGTATGAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGTGTATGTACATAAATATTTTAATATATTGATGTATATGTATGAA  599

seq1  TATTTTATATATCTATGTATGAATAATATATACTGATAACTTCTTATTAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATATATCTATGTATGAATAATATATACTGATAACTTCTTATTAT  649

seq1  AATATGATAAAGCTATATTTCCTTCCAAGATAATACACAGATCTATGCAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGATAAAGCTATATTTCCTTCCAAGATAATACACAGATCTATGCAC  699

seq1  ACCTAATCTCTAAAGGTTTTAAAGCTGTGTCTTATTTATTCGTTGTCATA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAATCTCTAAAGGTTTTAAAGCTGTGTCTTATTTATTCGTTGTCATA  749

seq1  AGGCATAATTTTACTCTGTAGAGTACATTTTTCCACTGCTATAGCCCTCA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATAATTTTACTCTGTAGAGTACATTTTTCCACTGCTATAGCCCTCA  799

seq1  TTAATATAATGTGTCTTTAAATGATTATCATGATTTCATAGTAAGACAGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATAATGTGTCTTTAAATGATTATCATGATTTCATAGTAAGACAGG  849

seq1  CCTGCAATTTTCTACATAATACCCTGGACCAAAACCAAACCGTTTTCCAC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAATTTTCTACATAATACCCTGGACCAAAACCAAACCGTTTTCCAC  899

seq1  CAGGATAAAATGCCAATCAATTCTATGAAAACATGCTATGTAAGGCCACA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATAAAATGCCAATCAATTCTATGAAAACATGCTATGTAAGGCCACA  949

seq1  TACATTGACCCTTTATAATTAAATAAAATTGATTAACAAGTCCAATCACT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTGACCCTTTATAATTAAATAAAATTGATTAACAAGTCCAATCACT  999

seq1  ATTAATTTATTCATAGCTGATAGCACAAGAGTAAATGAGAATTC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTTATTCATAGCTGATAGCACAAGAGTAAATGAGAATTC  1043


seq1: chr1_68052215_68053339
seq2: B6Ng01-204O06.g_70_1188

seq1  GAATTCATTCGATATTTTTTTTCTTCCAGTCTTTTCCTAGGAGTAAAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCGATATTTTTTTTCTTCCAGTCTTTTCCTAGGAGTAAAGGG  50

seq1  GCTAGGGTTGTAAAATGCTGATAATCAAAAGGGAACTTAGAGTGGACAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGGTTGTAAAATGCTGATAATCAAAAGGGAACTTAGAGTGGACAAT  100

seq1  TGAATTGATATGTAAGTAAATGACTAGATTTTTGGTCTACAAGTGCTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGATATGTAAGTAAATGACTAGATTTTTGGTCTACAAGTGCTGAG  150

seq1  CTGTCTGGTGATCTTCAGAAATCTGTCTTGAGCAGAACACAGGCTGTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGGTGATCTTCAGAAATCTGTCTTGAGCAGAACACAGGCTGTCAG  200

seq1  CTTGTACCCAAGATTTGACTAGAAGTCATTCTTTTTGCAGCTTCCAAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTACCCAAGATTTGACTAGAAGTCATTCTTTTTGCAGCTTCCAAACA  250

seq1  TCTGTTCCTCAGAACCCCTCCCCAAGCTGGGGCTGGTCCTTGGTACTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCCTCAGAACCCCTCCCCAAGCTGGGGCTGGTCCTTGGTACTCTG  300

seq1  GGTCTACACTTAAAGTCATTTATAATAATGGTACAGGCTCTTGAGAGGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTACACTTAAAGTCATTTATAATAATGGTACAGGCTCTTGAGAGGGT  350

seq1  CAGATTATGAGATCCAGAAAATTAATGCCTGTTATATAATCCATCAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTATGAGATCCAGAAAATTAATGCCTGTTATATAATCCATCAAAGA  400

seq1  ATAAAGAAAATGGATAAGAGCACTTATAATATCATGAGCTACAGAGTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGAAAATGGATAAGAGCACTTATAATATCATGAGCTACAGAGTCCA  450

seq1  TCTTCCTGAAGTACAGATATCTTAATGTAGATGCAGGATAAGAATAATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTGAAGTACAGATATCTTAATGTAGATGCAGGATAAGAATAATTT  500

seq1  ACTTATCTTTGTCTGAAAAAGTCAGTCATCTTTGTTGAAAGTACACAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATCTTTGTCTGAAAAAGTCAGTCATCTTTGTTGAAAGTACACAATA  550

seq1  AGATTCTAAATCTTGATTCTTTTACTAATTTAACCATTTGAGGGGAATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTAAATCTTGATTCTTTTACTAATTTAACCATTTGAGGGGAATCT  600

seq1  CTCAAGTAAGAATAGAATTGGGTGCTAAGAATTAAAAGGTGAACAAATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTAAGAATAGAATTGGGTGCTAAGAATTAAAAGGTGAACAAATCT  650

seq1  ATAGCCTGTGGTTCTATACAGGTAATACTATGAGGAACTAGATCTACAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTGTGGTTCTATACAGGTAATACTATGAGGAACTAGATCTACAAT  700

seq1  AAATAATTCCAGAGGGAAGAGTAAGGAGTAGAGTCAATTATATGGGTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTCCAGAGGGAAGAGTAAGGAGTAGAGTCAATTATATGGGTCAG  750

seq1  ATAATTGTAAAGTCTTAGTTCATATGGAAGAGTTTATAGCTTGTACTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTGTAAAGTCTTAGTTCATATGGAAGAGTTTATAGCTTGTACTGTG  800

seq1  GATATTGGTGAACAGAAAAATAAAACTAAAGACAATAGTCTTCGATCTTC  850
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATT-GTGAACAGAAAAATAAAACTAAAGACAATAGTCTTCGATCTTC  849

seq1  TCCCTTCTATAGATCAGTAATTCTCAATCTGTGGGTCACAAACCCCTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCTATAGATCAGTAATTCTCAATCTGTGGGTCACAAACCCCTTTA  899

seq1  GCAAACCTCTATCTCCAAAAATAGTTCTGATTCACAACAGTAGCAAAGTT  950
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GC-AACCTCTATCTCCAAAAATAGTTCTGATTCACAACAGTAGCAAAGTT  948

seq1  ACAGTTATCAAGTGGCAATGAAAATAATTTTATGGTTGGAGGAGTCACTA  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  ACAGTTATCAAGTGGC-ATGAAAATAATTTTATGG-TGGAAGAGTCACTA  996

seq1  CAACACGAGGAACTGTTTGAAAGAGTTACAGCATTAGGGAGATTGAGAAC  1050
      |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||
seq2  CAACACGAGG-ACTG-TTGAAAGAGTTACAGCATCAGGGAGA-TGAG-AC  1042

seq1  CACTGATTTAGAACTTCTGTTACCTGTGATTTCATGC-ATTTCTATCTCT  1099
      ||||||||||| ||||||| || |||||| | ||||| ||| ||||||||
seq2  CACTGATTTAG-ACTTCTG-TAACTGTGACTCCATGCAATTCCTATCTCT  1090

seq1  GGTCACACA-GTA-CCATAGTT-CATAAT  1125
      | ||||||| ||| |||||||| ||||||
seq2  GTTCACACAGGTACCCATAGTTCCATAAT  1119


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |