BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-205D18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 84,396,133 - 84,519,076
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDner
Upstream gene4930544G21Rik, 5033414K04Rik, LOC100039638
Downstream geneTrip12, Fbxo36, Slc16a14, LOC100039695, EG665317, LOC100039723, A530032D15Rik, LOC100039742, LOC100040158, LOC621835, EG665378, C130026I21Rik, LOC100040135, LOC639868
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-205D18.bB6Ng01-205D18.g
ACCGA024970GA024971
length1,1311,083
definitionB6Ng01-205D18.b B6Ng01-205D18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,517,936 - 84,519,076)(84,396,133 - 84,397,211)
sequence
gaattcagcagtgtttgcttgaggtgacctttggtcaccaaggtcaaggt
atgttcctcatttacatttggttctagcagaatgtttagatttgtgcttg
agggctgagagattctagcctcataacctttgtcccttcaaggagaacac
tctaagtagacctgacatttcccctggccatcttagatgatggtgaagct
ccagagaaaaaactgtgatgtggcttccattgccatgaacgatgggtggt
ttttctcaccatattttaaacgcctcctcttttcttctttcttctcttct
tctttcttttccttctccttctgctcctactcttttttctgccttcattt
tctgcatctttaatattttgttttcatttctaaatacctcaattttagtt
ttgctcatgtggcaaaatccgacctccaaagagctccaaagtccaacgat
ggactttgccatgtgcaagtgggaaaccctacacttggtttcatggagag
gttgcagtcaaaacattcagtgctatttaaaaatgttaatgaaaaataag
tgttttttcttcttttgtttgaccttgagagccaggttgtcactttgttg
actccattgtagccatgctatgattctctttgatcagctccttgggaaca
gctctacatctgtttctgaaagctgcttagatgcttccttcatctctgtt
ctcttcttgggcctcccctgttctccagccatccttaggcagcagcttgg
actcctgggctgtatgtcaagaaatcaactgaatgctccccaacgctttg
ttaaagagaaaacaaaagctagccaattagaatgatgaagagcttcaaaa
atatttaaaggcacgtttctgttgaatattgccgtctttctagataggag
gaagaaggagcaggctttgattcttgggttctacttggagtctggagctt
tctccaaggacatacctgaggactccctctagctcaagctgcaggaagac
agggagagggacaggaaagaagcaaagtactgagagatgggagctggcat
cctgtgtggcctaactgtttaataaattgctctgaggaggaaagatgaag
atgcaacctaggtataagaggactttattga

gaattcaaggtttactgctcagaatacctcagggaagccaccaagggtcc
catcttagcagcaagacacaacaatcactccagtagagggtcaaaacaaa
gtgatcaacataaaaaggttggcattataaaactagccccaccactcaca
gtgttaacatacaatgaccagaaagaggaggagaggatgatgtagtaaga
gtccacctgtccacttttaaaagtcatgtagctacagtagattttagatg
tcaaggctgtattggcaattgaacaggcacatcgatcaacaaaaaagaag
aaagaactcaaaatagaccaacacaaatattgccaactgatttttgacca
aggttcaaaagcagttcgatgaaaggaaacagatggcctttgtaactaat
gaaacaaagtttaaaaggaaaaaaacaaaacaaaacaaataatgtctagt
tggaaaattccataaaggaacgcagttggtgaagcaaagtaacactcaag
gacagggcttgaaaacctgggatgccgacctaataactttggaaaggagt
tgcattagaatgctgtccctgttgagatagggtcttatgtagtccagact
gactttgaacttactatgtagtaaaggatacatagtgaccttgaatcctc
ctgcctccacctccggagtgctgagatttatatgtttgaaccaccatgcc
tgcttaggcttggttaaactaattaaactataagcacaccctatattcta
gctggaaaaatgattgcctaaaagaacataaggtagcaagtttgctactg
ctatggcccatattggaattgaaagacaactgaatggatgttggaagtag
aaactacttagttgctgttggtgtggggagtttatggaataaataagaaa
aagacaagaggattcctgtggtgctggattagagttggattatcacattt
aaactccattaaacttaagaataggttcagaataagtgcatggtggggat
gtacacgtaccatttaacgcacattagtataaattacataacacttcctg
tcagcaagaggctctaggtgtctaacacggtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_84517936_84519076
seq2: B6Ng01-205D18.b_46_1176 (reverse)

seq1  TCAATAAAAGTCCTTCTTTATACCTAGGTTTCCATTCTTCATCTCT-CTC  49
      ||||| ||||||||   ||||||||||||| |   ||||||||| | |||
seq2  TCAAT-AAAGTCCT--CTTATACCTAGGTTGC--ATCTTCATCTTTCCTC  45

seq1  CTCAGAGGCAAATTTATTAAAACAG-TAAGCCACACAGGATGCCAGCTCC  98
      |||||||   |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAG--CAATTTATT-AAACAGTTAGGCCACACAGGATGCCAGCTCC  92

seq1  CATTCCTCTCTGTACTCTGCTTCTTTCCTGTCCCTCTCCCTGTCTTCCCT  148
      |||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAT--CTCTCAGTACTTTGCTTCTTTCCTGTCCCTCTCCCTGTCTT-CCT  139

seq1  GCAGCTTGAGCTAGAGGGAGTCCTCAGGTATGTCCTTGGAGGAAAGCTCC  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCAGCTTGAGCTAGAGGGAGTCCTCAGGTATGTCCTTGGA-GAAAGCTCC  188

seq1  AGACTCCAAGTAGAACCCAAGAATCAAAGCCTGCTCCTTCTTCCTCCTAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCAAGTAGAACCCAAGAATCAAAGCCTGCTCCTTCTTCCTCCTAT  238

seq1  CTAGAAAGACGGCAATATTCAACAGAAACGTGCCTTTAAATATTTTTGAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAGACGGCAATATTCAACAGAAACGTGCCTTTAAATATTTTTGAA  288

seq1  GCTCTTCATCATTCTAATTGGCTAGCTTTTGTTTTCTCTTTAACAAAGCG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCATCATTCTAATTGGCTAGCTTTTGTTTTCTCTTTAACAAAGCG  338

seq1  TTGGGGAGCATTCAGTTGATTTCTTGACATACAGCCCAGGAGTCCAAGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGAGCATTCAGTTGATTTCTTGACATACAGCCCAGGAGTCCAAGCT  388

seq1  GCTGCCTAAGGATGGCTGGAGAACAGGGGAGGCCCAAGAAGAGAACAGAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTAAGGATGGCTGGAGAACAGGGGAGGCCCAAGAAGAGAACAGAG  438

seq1  ATGAAGGAAGCATCTAAGCAGCTTTCAGAAACAGATGTAGAGCTGTTCCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGAAGCATCTAAGCAGCTTTCAGAAACAGATGTAGAGCTGTTCCC  488

seq1  AAGGAGCTGATCAAAGAGAATCATAGCATGGCTACAATGGAGTCAACAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGCTGATCAAAGAGAATCATAGCATGGCTACAATGGAGTCAACAAA  538

seq1  GTGACAACCTGGCTCTCAAGGTCAAACAAAAGAAGAAAAAACACTTATTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAACCTGGCTCTCAAGGTCAAACAAAAGAAGAAAAAACACTTATTT  588

seq1  TTCATTAACATTTTTAAATAGCACTGAATGTTTTGACTGCAACCTCTCCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTAACATTTTTAAATAGCACTGAATGTTTTGACTGCAACCTCTCCA  638

seq1  TGAAACCAAGTGTAGGGTTTCCCACTTGCACATGGCAAAGTCCATCGTTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACCAAGTGTAGGGTTTCCCACTTGCACATGGCAAAGTCCATCGTTG  688

seq1  GACTTTGGAGCTCTTTGGAGGTCGGATTTTGCCACATGAGCAAAACTAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGGAGCTCTTTGGAGGTCGGATTTTGCCACATGAGCAAAACTAAA  738

seq1  ATTGAGGTATTTAGAAATGAAAACAAAATATTAAAGATGCAGAAAATGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGGTATTTAGAAATGAAAACAAAATATTAAAGATGCAGAAAATGAA  788

seq1  GGCAGAAAAAAGAGTAGGAGCAGAAGGAGAAGGAAAAGAAAGAAGAAGAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAAAAAAGAGTAGGAGCAGAAGGAGAAGGAAAAGAAAGAAGAAGAG  838

seq1  AAGAAAGAAGAAAAGAGGAGGCGTTTAAAATATGGTGAGAAAAACCACCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGAAGAAAAGAGGAGGCGTTTAAAATATGGTGAGAAAAACCACCC  888

seq1  ATCGTTCATGGCAATGGAAGCCACATCACAGTTTTTTCTCTGGAGCTTCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTTCATGGCAATGGAAGCCACATCACAGTTTTTTCTCTGGAGCTTCA  938

seq1  CCATCATCTAAGATGGCCAGGGGAAATGTCAGGTCTACTTAGAGTGTTCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATCTAAGATGGCCAGGGGAAATGTCAGGTCTACTTAGAGTGTTCT  988

seq1  CCTTGAAGGGACAAAGGTTATGAGGCTAGAATCTCTCAGCCCTCAAGCAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAAGGGACAAAGGTTATGAGGCTAGAATCTCTCAGCCCTCAAGCAC  1038

seq1  AAATCTAAACATTCTGCTAGAACCAAATGTAAATGAGGAACATACCTTGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTAAACATTCTGCTAGAACCAAATGTAAATGAGGAACATACCTTGA  1088

seq1  CCTTGGTGACCAAAGGTCACCTCAAGCAAACACTGCTGAATTC  1141
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTGACCAAAGGTCACCTCAAGCAAACACTGCTGAATTC  1131


seq1: chr1_84396133_84397211
seq2: B6Ng01-205D18.g_67_1149

seq1  GAATTCAAGGTTTACTGCTCAGAATACCTCAGGGAAGCCACCAAGGGTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGTTTACTGCTCAGAATACCTCAGGGAAGCCACCAAGGGTCC  50

seq1  CATCTTAGCAGCAAGACACAACAATCACTCCAGTAGAGGGTCAAAACAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTAGCAGCAAGACACAACAATCACTCCAGTAGAGGGTCAAAACAAA  100

seq1  GTGATCAACATAAAAAGGTTGGCATTATAAAACTAGCCCCACCACTCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCAACATAAAAAGGTTGGCATTATAAAACTAGCCCCACCACTCACA  150

seq1  GTGTTAACATACAATGACCAGAAAGAGGAGGAGAGGATGATGTAGTAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAACATACAATGACCAGAAAGAGGAGGAGAGGATGATGTAGTAAGA  200

seq1  GTCCACCTGTCCACTTTTAAAAGTCATGTAGCTACAGTAGATTTTAGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACCTGTCCACTTTTAAAAGTCATGTAGCTACAGTAGATTTTAGATG  250

seq1  TCAAGGCTGTATTGGCAATTGAACAGGCACATCGATCAACAAAAAAGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCTGTATTGGCAATTGAACAGGCACATCGATCAACAAAAAAGAAG  300

seq1  AAAGAACTCAAAATAGACCAACACAAATATTGCCAACTGATTTTTGACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACTCAAAATAGACCAACACAAATATTGCCAACTGATTTTTGACCA  350

seq1  AGGTTCAAAAGCAGTTCGATGAAAGGAAACAGATGGCCTTTGTAACTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCAAAAGCAGTTCGATGAAAGGAAACAGATGGCCTTTGTAACTAAT  400

seq1  GAAACAAAGTTTAAAAGGAAAAAAACAAAACAAAACAAATAATGTCTAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAAAGTTTAAAAGGAAAAAAACAAAACAAAACAAATAATGTCTAGT  450

seq1  TGGAAAATTCCATAAAGGAACGCAGTTGGTGAAGCAAAGTAACACTCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAATTCCATAAAGGAACGCAGTTGGTGAAGCAAAGTAACACTCAAG  500

seq1  GACAGGGCTTGAAAACCTGGGATGCCGACCTAATAACTTTGGAAAGGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGCTTGAAAACCTGGGATGCCGACCTAATAACTTTGGAAAGGAGT  550

seq1  TGCATTAGAATGCTGTCCCTGTTGAGATAGGGTCTTATGTAGTCCAGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTAGAATGCTGTCCCTGTTGAGATAGGGTCTTATGTAGTCCAGACT  600

seq1  GACTTTGAACTTACTATGTAGTAAAGGATACATAGTGACCTTGAATCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGAACTTACTATGTAGTAAAGGATACATAGTGACCTTGAATCCTC  650

seq1  CTGCCTCCACCTCCGGAGTGCTGAGATTTATATGTTTGAACCACCATGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCCACCTCCGGAGTGCTGAGATTTATATGTTTGAACCACCATGCC  700

seq1  TGCTTAGGCTTGGTTAAACTAATTAAACTATAAGCACACCCTATATTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGGCTTGGTTAAACTAATTAAACTATAAGCACACCCTATATTCTA  750

seq1  GCTGGAAAAATGATTGCCTAAAAGAACATAAGGTAGCAAGTTTGCTACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAAAAATGATTGCCTAAAAGAACATAAGGTAGCAAGTTTGCTACTG  800

seq1  CTATGGCCCATATTGGAATTGAAAGACAACTGAATGGATGTTGGAAGTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGCCCATATTGGAATTGAAAGACAACTGAATGGATGTTGGAAGTAG  850

seq1  AAACTACTTAGGTTGCTGTTGGTGTGGGGAG-TTATGG-ATAAATAAGAA  898
      |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  AAACTACTTA-GTTGCTGTTGGTGTGGGGAGTTTATGGAATAAATAAGAA  899

seq1  AAGACCAAGAGGATTCCTGTGGTGCTGGATTAGAGTTGGA-TATCACCAT  947
      ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |
seq2  AAAGACAAGAGGATTCCTGTGGTGCTGGATTAGAGTTGGATTATCACATT  949

seq1  TAACCTCCATTAAACTTAAG-ATAGGTCCAG-ATAAGTGCATGGT-GGGA  994
      ||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||
seq2  TAAACTCCATTAAACTTAAGAATAGGTTCAGAATAAGTGCATGGTGGGGA  999

seq1  TGTACACGTACCATTT-ACGCACATTAGTATACA-TACAT-ACACTTCCT  1041
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||| 
seq2  TGTACACGTACCATTTAACGCACATTAGTATAAATTACATAACACTTCC-  1048

seq1  TGTCAGCCAAGAGGCTCTAGGGTGTCTAAACACGGTGA  1079
      |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  TGTCAG-CAAGAGGCTCTA-GGTGTCT-AACACGGTGA  1083


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |