BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212C19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 62,556,911 - 62,670,544
singlet/doubletdoublet
Overlap genePard3b
Upstream genenone
Downstream geneLOC667592, Nrp2, LOC100043070, A430093A21Rik, Ndufs1, Eef1b2, Gpr1, 1700039I01Rik, 4930431J08Rik, LOC667644, LOC100042638, Adam23, Gm215
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212C19.bB6Ng01-212C19.g
ACCGA030039GA030040
length1,1471,093
definitionB6Ng01-212C19.b B6Ng01-212C19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,556,911 - 62,558,063)(62,669,444 - 62,670,544)
sequence
gaattccaacagcttcaacccagtgtaggcagtctcaggagaaaaaaaaa
aaaagacattaccaatgaaaacccacttttattttctatatttaaaaaat
aatagcatgaaaaactcactaaaaaatacctattaactggacaaaaccac
attcgaagcagtgttttgtattgcccattcatgtgccatgtgacatgaaa
ctattttgattgggactgtcacagataatttctacacataaaaatgcacc
tagggacagctttcaaatggagttgtcactttctgtttagcaggcaggag
atattctattgttgtcaacccctctttacaaaagcatcgctaatacagtg
atgcactgtcctggagaagggggctcgccattctgcctgatgggaacaga
aggagcaacgctgcttgatgtcagggctcccagagctcgagggctccttt
gtccaactcagacacctctgcacccaacaatcctttcacagtcttggaat
tggatttctttttcctgtgctggttttagaaaactgtaaaaagattaatg
tagattgttattctctgaaacacagattagtaaagccacatgaatttgtt
atctactcaacacatgaagtcatggaaagttaagaaagcaaccctggact
gtctctagatttacacccacacccacacacactcatccagccccacctac
ccccccacatacacatatgcacacacaaatgtacacatatgctcacacac
atacatgcatgcacgtgcacatatacaaatgcacacacacatgcacttcc
atacacacaggtgcacacatatgtacactttctctttactgactttcaaa
gatggccaagtgatacaaggtaggagctaaggagtcctcttggcttctgt
atattttctctcttaagatatctcattcccaagaaagaatgttttctttt
taattttatttggtgtttaactcccagaaaacagaaaccaattaggacaa
agcagtctgctcagaggaccagaatggtgctcacagttgcagcttctgca
gaatgccacatgtatcagccctgggtgtggatacagggggtgtggggggg
agcagtactattttctcaccccagctaagattgcaactggtgctatg
gaattcaatgctctctgtcagttgagaccttagatttttgtccaaattgt
gtagattttaattcctctcagggccaaaactcaccagattgctaaaaatc
tggtcctcaggtgtctctcctgatctcatgcttccatagcctcaagccag
tctcggccacctctagagcagagccgagcagtcctgtctgcctacacaga
ccttgctctgatcctgtaaagatggactaaagggctagaagcaaatagat
ctgggtttccaggcagtgaacatctgatgttggattagttactacttatc
cttacagcacatctcagtctcctcatttataaaatcggggtggtgaggtt
ggctgctcccaccgaatcaccaagcagggtaaatgagagtaaagcactta
gccctatgcctggtcctggtaagtgatcagtaaggccatgccatcttcat
taccattctttcggcgctaactttttatttacttatttgttattccatat
cttcttacgtgcttttcccagccttacaaatattttcgtatgctctgaag
tctgtttcttctttaaaaaatctgcttcctccagatggaaacgaggcaag
ttatcaccactttcccaaaaaaatttatggactatgttcatttaaaaaaa
tgtatacaaaatacactacagagtatactctataaacagttgctcctttt
tctccctacttcaattgtgtgtttcaaattgctgcttatgtatgggtctt
cactgatatcacggcttacagagtagctcatggatttgagtgtgcaattg
ttcagattcacagagaaaagacaagatcttctaagctcatgcatctaaac
ccaaaggaagctgaccagcagcctaaaacccagcaagcatggtctcagaa
gaaacatgccatcccctgtctccctggtccttctttcatataggataatc
tgggacagcaaggaaacatactgtagtcagatgacatcagatctggacat
agaggatgggtaggtctgctggtctgaacaggattcagagattggtaccc
actacttttttgtgaactggacaagtttaaggttgacactgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_62556911_62558063
seq2: B6Ng01-212C19.b_45_1191

seq1  GAATTCCAACAGCTTCAACCCAGTGTAGGCAGTCTCAGGAGAAAAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACAGCTTCAACCCAGTGTAGGCAGTCTCAGGAGAAAAAAAAA  50

seq1  AAAAGACATTACCAATGAAAACCCACTTTTATTTTCTATATTTAAAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACATTACCAATGAAAACCCACTTTTATTTTCTATATTTAAAAAAT  100

seq1  AATAGCATGAAAAACTCACTAAAAAATACCTATTAACTGGACAAAACCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCATGAAAAACTCACTAAAAAATACCTATTAACTGGACAAAACCAC  150

seq1  ATTCGAAGCAGTGTTTTGTATTGCCCATTCATGTGCCATGTGACATGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGAAGCAGTGTTTTGTATTGCCCATTCATGTGCCATGTGACATGAAA  200

seq1  CTATTTTGATTGGGACTGTCACAGATAATTTCTACACATAAAAATGCACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTGATTGGGACTGTCACAGATAATTTCTACACATAAAAATGCACC  250

seq1  TAGGGACAGCTTTCAAATGGAGTTGTCACTTTCTGTTTAGCAGGCAGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGACAGCTTTCAAATGGAGTTGTCACTTTCTGTTTAGCAGGCAGGAG  300

seq1  ATATTCTATTGTTGTCAACCCCTCTTTACAAAAGCATCGCTAATACAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTATTGTTGTCAACCCCTCTTTACAAAAGCATCGCTAATACAGTG  350

seq1  ATGCACTGTCCTGGAGAAGGGGGCTCGCCATTCTGCCTGATGGGAACAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTGTCCTGGAGAAGGGGGCTCGCCATTCTGCCTGATGGGAACAGA  400

seq1  AGGAGCAACGCTGCTTGATGTCAGGGCTCCCAGAGCTCGAGGGCTCCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCAACGCTGCTTGATGTCAGGGCTCCCAGAGCTCGAGGGCTCCTTT  450

seq1  GTCCAACTCAGACACCTCTGCACCCAACAATCCTTTCACAGTCTTGGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAACTCAGACACCTCTGCACCCAACAATCCTTTCACAGTCTTGGAAT  500

seq1  TGGATTTCTTTTTCCTGTGCTGGTTTTAGAAAACTGTAAAAAGATTAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTCTTTTTCCTGTGCTGGTTTTAGAAAACTGTAAAAAGATTAATG  550

seq1  TAGATTGTTATTCTCTGAAACACAGATTAGTAAAGCCACATGAATTTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGTTATTCTCTGAAACACAGATTAGTAAAGCCACATGAATTTGTT  600

seq1  ATCTACTCAACACATGAAGTCATGGAAAGTTAAGAAAGCAACCCTGGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTCAACACATGAAGTCATGGAAAGTTAAGAAAGCAACCCTGGACT  650

seq1  GTCTCTAGATTTACACCCACACCCACACACACTCATCCAGCCCCACCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTAGATTTACACCCACACCCACACACACTCATCCAGCCCCACCTAC  700

seq1  CCCCCCACATACACATATGCACACACAAATGTACACATATGCTCACACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCACATACACATATGCACACACAAATGTACACATATGCTCACACAC  750

seq1  ATACATGCATGCACGTGCACATATACAAATGCACACACACATGCACTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGCATGCACGTGCACATATACAAATGCACACACACATGCACTTCC  800

seq1  ATACACACAGGTGCACACATATGTACACTTTCTCTTTACTGACTTTCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACAGGTGCACACATATGTACACTTTCTCTTTACTGACTTTCAAA  850

seq1  GATGGCCAAGTGATACAAGGTAGGAGCTAAGGAGTCCTCTTGGCTTCTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCCAAGTGATACAAGGTAGGAGCTAAGGAGTCCTCTTGGCTTCTGT  900

seq1  ATATTTTCTCTCTTAAGATATCTCATTCCCAAGAAAGAATGTTTTCTTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTCTCTCTTAAGATATCTCATTCCCAAGAAAGAATGTTTTCTTTT  950

seq1  TAATTTTATTTGGTGTTTAACTCCCAG-AAACAGAAACCAATTAGGACAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTATTTGGTGTTTAACTCCCAGAAAACAGAAACCAATTAGGACAA  1000

seq1  AGCAGTCTGCCCAGAGGACCAGAATGGTGCTCACAGTTGCCAGCTTCTGC  1049
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCAGTCTGCTCAGAGGACCAGAATGGTGCTCACAGTTG-CAGCTTCTGC  1049

seq1  AGAATGCCACATGGTTATCAGCCCTGGGTGTGGATAACAGGGG--GTTGG  1097
      |||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||  || ||
seq2  AGAATGCCACATG--TATCAGCCCTGGGTGTGGAT-ACAGGGGGTGTGGG  1096

seq1  GGGGAGCAGGTACTATTTCTCCACCCCAGCCTAAGATTGCAAAAGTGGTG  1147
      |||||||| |||||||||   |||||||| ||||||||||  || |||||
seq2  GGGGAGCA-GTACTATTTTCTCACCCCAG-CTAAGATTGC--AACTGGTG  1142

seq1  CCTATG  1153
       |||||
seq2  -CTATG  1147

seq1: chr1_62669444_62670544
seq2: B6Ng01-212C19.g_65_1157 (reverse)

seq1  GGCAGTGTCAAACCTTAAAACCTTGTCCCAAGTTCAC-AAAAAGTAGGTG  49
      ||||||||| |||||||||  |||||||  ||||||| |||||||| |||
seq2  GGCAGTGTC-AACCTTAAA--CTTGTCC--AGTTCACAAAAAAGTA-GTG  44

seq1  GGTACCAATCTTCCTGAATCCTG-TCAGACCAGCAGACCTACCCATCCTC  98
      |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCAATCT--CTGAATCCTGTTCAGACCAGCAGACCTACCCATCCTC  92

seq1  TATGTCCAGATCTGATTGTCATCTGACCTACAGTATGTTTCCTTGCTGT-  147
      ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  TATGTCCAGATCTGA-TGTCATCTGA-CTACAGTATGTTTCCTTGCTGTC  140

seq1  CCAGATTATCCTATATGAAAGAAAGGACCAGGGAGACAGGGGATGGCATG  197
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTATCCTATATGAAAG-AAGGACCAGGGAGACAGGGGATGGCATG  189

seq1  TTTCTTCTGAGACCATGCTTGCTGGGTTTTAGGCTGCTGGTCAGCTTCCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTGAGACCATGCTTGCTGGGTTTTAGGCTGCTGGTCAGCTTCCT  239

seq1  TTGGGTTTAGATGCATGAGCTTAGAAGATCTTGTCTTTTCTCTGTGAATC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTTAGATGCATGAGCTTAGAAGATCTTGTCTTTTCTCTGTGAATC  289

seq1  TGAACAATTGCACACTCAAATCCATGAGCTACTCTGTAAGCCGTGATATC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAATTGCACACTCAAATCCATGAGCTACTCTGTAAGCCGTGATATC  339

seq1  AGTGAAGACCCATACATAAGCAGCAATTTGAAACACACAATTGAAGTAGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGACCCATACATAAGCAGCAATTTGAAACACACAATTGAAGTAGG  389

seq1  GAGAAAAAGGAGCAACTGTTTATAGAGTATACTCTGTAGTGTATTTTGTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAAGGAGCAACTGTTTATAGAGTATACTCTGTAGTGTATTTTGTA  439

seq1  TACATTTTTTTAAATGAACATAGTCCATAAATTTTTTTGGGAAAGTGGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTTTTTAAATGAACATAGTCCATAAATTTTTTTGGGAAAGTGGTG  489

seq1  ATAACTTGCCTCGTTTCCATCTGGAGGAAGCAGATTTTTTAAAGAAGAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTGCCTCGTTTCCATCTGGAGGAAGCAGATTTTTTAAAGAAGAAA  539

seq1  CAGACTTCAGAGCATACGAAAATATTTGTAAGGCTGGGAAAAGCACGTAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTCAGAGCATACGAAAATATTTGTAAGGCTGGGAAAAGCACGTAA  589

seq1  GAAGATATGGAATAACAAATAAGTAAATAAAAAGTTAGCGCCGAAAGAAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATATGGAATAACAAATAAGTAAATAAAAAGTTAGCGCCGAAAGAAT  639

seq1  GGTAATGAAGATGGCATGGCCTTACTGATCACTTACCAGGACCAGGCATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATGAAGATGGCATGGCCTTACTGATCACTTACCAGGACCAGGCATA  689

seq1  GGGCTAAGTGCTTTACTCTCATTTACCCTGCTTGGTGATTCGGTGGGAGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAAGTGCTTTACTCTCATTTACCCTGCTTGGTGATTCGGTGGGAGC  739

seq1  AGCCAACCTCACCACCCCGATTTTATAAATGAGGAGACTGAGATGTGCTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAACCTCACCACCCCGATTTTATAAATGAGGAGACTGAGATGTGCTG  789

seq1  TAAGGATAAGTAGTAACTAATCCAACATCAGATGTTCACTGCCTGGAAAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGATAAGTAGTAACTAATCCAACATCAGATGTTCACTGCCTGGAAAC  839

seq1  CCAGATCTATTTGCTTCTAGCCCTTTAGTCCATCTTTACAGGATCAGAGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATCTATTTGCTTCTAGCCCTTTAGTCCATCTTTACAGGATCAGAGC  889

seq1  AAGGTCTGTGTAGGCAGACAGGACTGCTCGGCTCTGCTCTAGAGGTGGCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTGTGTAGGCAGACAGGACTGCTCGGCTCTGCTCTAGAGGTGGCC  939

seq1  GAGACTGGCTTGAGGCTATGGAAGCATGAGATCAGGAGAGACACCTGAGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGGCTTGAGGCTATGGAAGCATGAGATCAGGAGAGACACCTGAGG  989

seq1  ACCAGATTTTTAGCAATCTGGTGAGTTTTGGCCCTGAGAGGAATTAAAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGATTTTTAGCAATCTGGTGAGTTTTGGCCCTGAGAGGAATTAAAAT  1039

seq1  CTACACAATTTGGACAAAAATCTAAGGTCTCAACTGACAGAGAGCATTGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACAATTTGGACAAAAATCTAAGGTCTCAACTGACAGAGAGCATTGA  1089

seq1  ATTC  1101
      ||||
seq2  ATTC  1093