BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218J13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 128,750,127 - 128,920,870
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLypd1, E030049G20Rik
Downstream geneLOC383559, Mgat5, LOC667090, Tmem163, Acmsd, Ccnt2, Ysk4, Rab3gap1, Zranb3, LOC666778
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218J13.bB6Ng01-218J13.g
ACCGA034682GA034683
length9331,097
definitionB6Ng01-218J13.b B6Ng01-218J13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,919,940 - 128,920,870)(128,750,127 - 128,751,228)
sequence
gaattcctcttccatccatctgcataagctttgaagcacacatcttttgg
gtgagaagggaatgcgatcatttcaatatccagtagagagggcagtaggt
tttgaactacactgtccattgccaagaaatctggggtgatgtgaagatcc
cccctctgattattacagagttgtcagcttccctaatcataggtctcaaa
tgagctcccaaaggacaccagaggctctaaaattctgtgtggaccttgat
agtgacccatgttctagttcaagcctcagagattctaaatctgtgtaccc
aagatggaacgccagtctgtccctcaatttgttgttccctttaaatcaaa
ttcaagctgacccccatgagattaaaaaaggaaaaccctaccttcatttt
ctgtattcacagggatatacatacatgtgttcaggtgtacatacctgtgt
gggtgagtttttaatgtgtgtgtaggggccagaaggcaaccatgctgaca
ctccttaggcaatgtctacattgttgtcagtggtctagttttgagactga
gtctctcagtggcctggaacttgccaagtaagttaagctggttggctggc
cagtgatccccaggaagctgcctgcatctgcccccccccccaactcccaa
gcactaggataactacagcgtaccatcagactgggatcgaatgtgggttc
tcaggtctgtggcaattactttactaaattagccatctttgaagtcctga
cttgattcataagggtttcaagagcaggatttgatacttcttaaatatga
ttgggatttgatattgagaaaccgttgtttactattacaactacagagaa
ataacacattaatgtcagtcccatgaggctcagcaagaaaagtcactcta
tggcccgggagtgaggtgtgggaggggtggggt

gaattctctatactattgtttggatgagaaattccatagcaggatatttg
tattaggggggcaaggttttattatcccctttataatatttggctgagag
acaagctcgcatcctggggaataaggcatgcttctcacattgtgagggag
atgcagtctttgtcacattaaaagatttacatatgtatgtacatttgtgc
atattaataagtaatgtgcctattgatattaataaatgatgtgatgtttg
tagtagatgacaacccagtgcagaatttttagcacttcataacacagtgt
atactacagttaagatgctaatatggtgctggagaaaaggctcagcagac
aaagcctttacttaccaacttgaggactgaagtttggatccaggcataca
tgtaaccgctgggtgtgtaggtcaacctgcctgtaatccagatactccag
aggcagagacaggatgtctggagcaagctgcctagctagactaggcaaag
tggtgaggtctgggctcaggggaagatcttacctcagtaaataaagtggg
gagcaatccaggaaggcaatgtgtttcaacttctggcttctatgtgcaca
tatatctgcacacatgtgtgatcacacacatgttcacatatgggttcatc
acatacacaaagaaaagaaagtgctaggtgcacacatgcatctacacaca
tgtgtgagcacacacatgctaacatataggcacacacacacataaagaaa
aaagtgccagataggtcaaatggatgccacaagatgaatgctcaaagaag
ggaccacagtgaaaacagtgttttactaactactaacacttgcaatcttt
aaatattttaggatcaaaataatttaatttccattcattttgacttttaa
atgtgggaatcctgtttcatttatgcaaatacaacaacaacaacacacaa
taacaaacccagtaacaatctactgtgtttgagaaaagttccagttctta
agcagatttttgatcatcatctaaactcataaatttcaagttgactcaat
caaggctaagaaaaacaatcgtagaataacaattttacatttaggac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_128919940_128920870
seq2: B6Ng01-218J13.b_46_978 (reverse)

seq1  ACCCCACCCCT-CCACACCTCACTCCC-GGCCATAGAGTGACTTTTCTTG  48
      ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACCCCTCCCACACCTCACTCCCGGGCCATAGAGTGACTTTTCTTG  50

seq1  CTGAGCCTCATGGGACTGACATTAATGTGTTATTTCTCTGTAGTTGTAAT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCTCATGGGACTGACATTAATGTGTTATTTCTCTGTAGTTGTAAT  100

seq1  AGTAAACAACGGTTTCTCAATATCAAATCCCAATCATATTTAAGAAGTAT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAACAACGGTTTCTCAATATCAAATCCCAATCATATTTAAGAAGTAT  150

seq1  CAAATCCTGCTCTTGAAACCCTTATGAATCAAGTCAGGACTTCAAAGATG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCCTGCTCTTGAAACCCTTATGAATCAAGTCAGGACTTCAAAGATG  200

seq1  GCTAATTTAGTAAAGTAATTGCCACAGACCTGAGAACCCACATTCGATCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATTTAGTAAAGTAATTGCCACAGACCTGAGAACCCACATTCGATCC  250

seq1  CAGTCTGATGGTACGCTGTAGTTATCCTAGTGCTTGGGAGTTGGGGGGGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTGATGGTACGCTGTAGTTATCCTAGTGCTTGGGAGTTGGGGGGGG  300

seq1  GGGCAGATGCAGGCAGCTTCCTGGGGATCACTGGCCAGCCAACCAGCTTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGATGCAGGCAGCTTCCTGGGGATCACTGGCCAGCCAACCAGCTTA  350

seq1  ACTTACTTGGCAAGTTCCAGGCCACTGAGAGACTCAGTCTCAAAACTAGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTTGGCAAGTTCCAGGCCACTGAGAGACTCAGTCTCAAAACTAGA  400

seq1  CCACTGACAACAATGTAGACATTGCCTAAGGAGTGTCAGCATGGTTGCCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGACAACAATGTAGACATTGCCTAAGGAGTGTCAGCATGGTTGCCT  450

seq1  TCTGGCCCCTACACACACATTAAAAACTCACCCACACAGGTATGTACACC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCCCTACACACACATTAAAAACTCACCCACACAGGTATGTACACC  500

seq1  TGAACACATGTATGTATATCCCTGTGAATACAGAAAATGAAGGTAGGGTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACATGTATGTATATCCCTGTGAATACAGAAAATGAAGGTAGGGTT  550

seq1  TTCCTTTTTTAATCTCATGGGGGTCAGCTTGAATTTGATTTAAAGGGAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTTTTAATCTCATGGGGGTCAGCTTGAATTTGATTTAAAGGGAAC  600

seq1  AACAAATTGAGGGACAGACTGGCGTTCCATCTTGGGTACACAGATTTAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATTGAGGGACAGACTGGCGTTCCATCTTGGGTACACAGATTTAGA  650

seq1  ATCTCTGAGGCTTGAACTAGAACATGGGTCACTATCAAGGTCCACACAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGAGGCTTGAACTAGAACATGGGTCACTATCAAGGTCCACACAGA  700

seq1  ATTTTAGAGCCTCTGGTGTCCTTTGGGAGCTCATTTGAGACCTATGATTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGAGCCTCTGGTGTCCTTTGGGAGCTCATTTGAGACCTATGATTA  750

seq1  GGGAAGCTGACAACTCTGTAATAATCAGAGGGGGGATCTTCACATCACCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGCTGACAACTCTGTAATAATCAGAGGGGGGATCTTCACATCACCC  800

seq1  CAGATTTCTTGGCAATGGACAGTGTAGTTCAAAACCTACTGCCCTCTCTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTCTTGGCAATGGACAGTGTAGTTCAAAACCTACTGCCCTCTCTA  850

seq1  CTGGATATTGAAATGATCGCATTCCCTTCTCACCCAAAAGATGTGTGCTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATATTGAAATGATCGCATTCCCTTCTCACCCAAAAGATGTGTGCTT  900

seq1  CAAAGCTTATGCAGATGGATGGAAGAGGAATTC  931
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTTATGCAGATGGATGGAAGAGGAATTC  933


seq1: chr1_128750127_128751228
seq2: B6Ng01-218J13.g_67_1163

seq1  GAATTCTCTATACTATTGTTTGGATGAGAAATTCCATAGCAGGATATTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTATACTATTGTTTGGATGAGAAATTCCATAGCAGGATATTTG  50

seq1  TATTAGGGGGGCAAGGTTTTATTATCCCCTTTATAATATTTGGCTGAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGGGGGGCAAGGTTTTATTATCCCCTTTATAATATTTGGCTGAGAG  100

seq1  ACAAGCTCGCATCCTGGGGAATAAGGCATGCTTCTCACATTGTGAGGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTCGCATCCTGGGGAATAAGGCATGCTTCTCACATTGTGAGGGAG  150

seq1  ATGCAGTCTTTGTCACATTAAAAGATTTACATATGTATGTACATTTGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTCTTTGTCACATTAAAAGATTTACATATGTATGTACATTTGTGC  200

seq1  ATATTAATAAGTAATGTGCCTATTGATATTAATAAATGATGTGATGTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAATAAGTAATGTGCCTATTGATATTAATAAATGATGTGATGTTTG  250

seq1  TAGTAGATGACAACCCAGTGCAGAATTTTTAGCACTTCATAACACAGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGATGACAACCCAGTGCAGAATTTTTAGCACTTCATAACACAGTGT  300

seq1  ATACTACAGTTAAGATGCTAATATGGTGCTGGAGAAAAGGCTCAGCAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTACAGTTAAGATGCTAATATGGTGCTGGAGAAAAGGCTCAGCAGAC  350

seq1  AAAGCCTTTACTTACCAACTTGAGGACTGAAGTTTGGATCCAGGCATACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTTTACTTACCAACTTGAGGACTGAAGTTTGGATCCAGGCATACA  400

seq1  TGTAACCGCTGGGTGTGTAGGTCAACCTGCCTGTAATCCAGATACTCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACCGCTGGGTGTGTAGGTCAACCTGCCTGTAATCCAGATACTCCAG  450

seq1  AGGCAGAGACAGGATGTCTGGAGCAAGCTGCCTAGCTAGACTAGGCAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGACAGGATGTCTGGAGCAAGCTGCCTAGCTAGACTAGGCAAAG  500

seq1  TGGTGAGGTCTGGGCTCAGGGGAAGATCTTACCTCAGTAAATAAAGTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGGTCTGGGCTCAGGGGAAGATCTTACCTCAGTAAATAAAGTGGG  550

seq1  GAGCAATCCAGGAAGGCAATGTGTTTCAACTTCTGGCTTCTATGTGCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAATCCAGGAAGGCAATGTGTTTCAACTTCTGGCTTCTATGTGCACA  600

seq1  TATATCTGCACACATGTGTGATCACACACATGTTCACATATGGGTTCATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCTGCACACATGTGTGATCACACACATGTTCACATATGGGTTCATC  650

seq1  ACATACACAAAGAAAAGAAAGTGCTAGGTGCACACATGCATCTACACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACACAAAGAAAAGAAAGTGCTAGGTGCACACATGCATCTACACACA  700

seq1  TGTGTGAGCACACACATGCTAACATATAGGCACACACACACATAAAGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAGCACACACATGCTAACATATAGGCACACACACACATAAAGAAA  750

seq1  AAAGTGCCAGATAGGTCAAATGGATGCCACAAGATGAATGCTCAAAGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCCAGATAGGTCAAATGGATGCCACAAGATGAATGCTCAAAGAAG  800

seq1  GGACCACAGTGAAAACAGTGTTTTACTAACTACTAACACTTGCAATCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCACAGTGAAAACAGTGTTTTACTAACTACTAACACTTGCAATCTTT  850

seq1  AAATATTTTAGGATCAAAATAATTTAATTTCCATTCATTTTGACTTTTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTTAGGATCAAAATAATTTAATTTCCATTCATTTTGACTTTTAA  900

seq1  ATGTGGGGAATCCTGTTTCCATTTATGCAAATACAACAACAACAACAACA  950
      |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   
seq2  ATGT-GGGAATCCTGTTT-CATTTATGCAAATACAACAACAACAACA--C  946

seq1  ACAATAACAAACCCAGTAACAATCTACTGTGTTTGAGAAAAGTTCCAGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAACAAACCCAGTAACAATCTACTGTGTTTGAGAAAAGTTCCAGTT  996

seq1  CTTAAGCAGATTTTTGATCAATCAATCTAAACTCCAATAAA-TTCAAGTT  1049
      ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||| ||||||||
seq2  CTTAAGCAGATTTTTGATC-ATC-ATCTAAACTC--ATAAATTTCAAGTT  1042

seq1  GACTCAATCAA-GCTAAG-AAAACAATCGTAG-ATAACATATTTTACATT  1096
      ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  GACTCAATCAAGGCTAAGAAAAACAATCGTAGAATAACA-ATTTTACATT  1091

seq1  TAGGAC  1102
      ||||||
seq2  TAGGAC  1097


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |