BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219A06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 134,111,822 - 134,264,124
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLemd1, EG638532, Klhdc8a, Nuak2, Tmcc2
Upstream geneRassf5, Ikbke, Srgap2, LOC100042826, LOC100042821, 2700049P18Rik, Avpr1b, LOC667238, Ctse, 5430435G22Rik, Slc26a9, 4732466D17Rik, Slc41a1, Rab7l1, Nucks1, Slc45a3, Elk4, Mfsd4, Pctk3, LOC100042221
Downstream geneRipk5, Rbbp5, Tmem81, Cntn2, Nfasc, Lrrn2, Mdm4, LOC638636, Pik3c2b, Ppp1r15b, Plekha6, Golt1a, Kiss1, LOC100038824, Ren1, Etnk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219A06.bB6Ng01-219A06.g
ACCGA034981GA034982
length1,181705
definitionB6Ng01-219A06.b B6Ng01-219A06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(134,111,822 - 134,113,014)(134,263,420 - 134,264,124)
sequence
accagcctgatctacagattgagttccaggacagccaggcctacacagag
aaaccctgccaccaacagcaaagtgaagagctggttcagcggtttagaat
actttacgctctcacagaggacctggatttggcttgcaagtacctcatgg
cgacaaacgcccatcccaaattctagtcctatcctctttggcctccatga
gacacacatgcagtacacttctgtacatgtagacaaaacatccatacaca
caaaataaacataaatgcatttttaaaataatgtaaagagacatagctgc
tgatagtatgagtctcccataacctcttttcctggcatgaggaaaggcgc
ctatgactatggcgatattcaagccacacacctgagtccacacatctccc
caccctgccttggatccaccaccacttccttttgtctcttctaaatccca
ttacatggactgcgtccattggctattgcctgagactaaggatcctttcc
tgctgggcctctgcaggcccctctgtccctcactctatgctgctctaatc
accccgactctccatcgactgtgaaccatggtcctcccgacccactcctc
cccttcccatatcctgtctctatattgctctatgaaaggtcctagttcac
tccatttgcttgctggtctgccttctcctcctatgccaactggtccaggg
aacaggtaccacagacactttacacccgaatccctagcaacaagaacggg
ggcagggcgcgtagtcagactcaggaagcacttgttggacaaatgaatga
atgaacaaatgaatgagtggcctgctgcaacctaatgcatccatgcaccc
tgctctgcagcatccttatcagcctctccagaggagcttgagggtccttc
tcagatgtagctctcttgtcacgcactcccctaagccctttggtggcagg
attggtgagatgttgacacctattgccgggagcccaacaaatgctactca
tactggtttcattatatgtgggtgtcgttttacaatcccaaatgtgctta
acttgtttttaaagtacagaaacaacaaaagcttcagtagctccacgtct
cagaacagcttcttcagtgggcttctgaagccttcttgcagactgccctt
cagtcagccttctgctgtcagcttctccaac
gaattcccttattgaagctggctgactcctccaggccattactggggaat
ctggggtggaagtgactgtgccttaagtcactgaacagggaaagaggagg
cctgagtgggaccccttccgggagactcccgtaatgcgctaaagtgagga
gttggtcagtcgagctgctgtgagaggatttctggtcactgagtacattt
ttgggcatgagaggaactggtcagggcctgtctgatgggtgaactgtcac
ttgtcctatatttgcatgtggcaaacccctgcacacagcccagccagcca
cactacgacatcttcctactcactgggctggagagagatccctaatcact
gctccatcctctggctcgatagacctccatagatcctgccagatgggaaa
gaacagacatgtgccctgggggaggagagaatctagagcaatccgcccct
aatccctggctgggcctcactcagactggagatggcggcttcagagcctg
ggagttttattagcacacctgctcgaagaccccggctcccaacagccagc
tcaatgctgcccaaggactgtgactctgggagcctggcactgtcctcaga
cagctggggccttaaagctcctggcacctcattgccagcacggctttggg
aaacagtatctatgcaggtgaggctctgggtcgggagggggtgcgggggg
gaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_134111822_134113014
seq2: B6Ng01-219A06.b_57_1237

seq1  ACCAGCCTGATCTACAGATTGAGTTCCAGGACAGCCAGGCCTACACAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCCTGATCTACAGATTGAGTTCCAGGACAGCCAGGCCTACACAGAG  50

seq1  AAACCCTGCCACCAACAGCAAAGTGAAGAGCTGGTTCAGCGGTTTAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTGCCACCAACAGCAAAGTGAAGAGCTGGTTCAGCGGTTTAGAAT  100

seq1  ACTTTACGCTCTCACAGAGGACCTGGATTTGGCTTGCAAGTACCTCATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTACGCTCTCACAGAGGACCTGGATTTGGCTTGCAAGTACCTCATGG  150

seq1  CGACAAACGCCCATCCCAAATTCTAGTCCTATCCTCTTTGGCCTCCATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACAAACGCCCATCCCAAATTCTAGTCCTATCCTCTTTGGCCTCCATGA  200

seq1  GACACACATGCAGTACACTTCTGTACATGTAGACAAAACATCCATACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACATGCAGTACACTTCTGTACATGTAGACAAAACATCCATACACA  250

seq1  CAAAATAAACATAAATGCATTTTTAAAATAATGTAAAGAGACATAGCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAAACATAAATGCATTTTTAAAATAATGTAAAGAGACATAGCTGC  300

seq1  TGATAGTATGAGTCTCCCATAACCTCTTTTCCTGGCATGAGGAAAGGCGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTATGAGTCTCCCATAACCTCTTTTCCTGGCATGAGGAAAGGCGC  350

seq1  CTATGACTATGGCGATATTCAAGCCACACACCTGAGTCCACACATCTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGACTATGGCGATATTCAAGCCACACACCTGAGTCCACACATCTCCC  400

seq1  CACCCTGCCTTGGATCCACCACCACTTCCTTTTGTCTCTTCTAAATCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGCCTTGGATCCACCACCACTTCCTTTTGTCTCTTCTAAATCCCA  450

seq1  TTACATGGACTGCGTCCATTGGCTATTGCCTGAGACTAAGGATCCTTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATGGACTGCGTCCATTGGCTATTGCCTGAGACTAAGGATCCTTTCC  500

seq1  TGCTGGGCCTCTGCAGGCCCCTCTGTCCCTCACTCTATGCTGCTCTAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGCCTCTGCAGGCCCCTCTGTCCCTCACTCTATGCTGCTCTAATC  550

seq1  ACCCCGACTCTCCATCGACTGTGAACCATGGTCCTCCCGACCCACTCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCGACTCTCCATCGACTGTGAACCATGGTCCTCCCGACCCACTCCTC  600

seq1  CCCTTCCCATATCCTGTCTCTATATTGCTCTATGAAAGGTCCTAGTTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCCATATCCTGTCTCTATATTGCTCTATGAAAGGTCCTAGTTCAC  650

seq1  TCCATTTGCTTGCTGGTCTGCCTTCTCCTCCTATGCCAACTGGTCCAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTGCTTGCTGGTCTGCCTTCTCCTCCTATGCCAACTGGTCCAGGG  700

seq1  AACAGGTACCACAGACACTTTACACCCGAATCCCTAGCAACAAGAACGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTACCACAGACACTTTACACCCGAATCCCTAGCAACAAGAACGGG  750

seq1  GGCAGGGCGCGTAGTCAGACTCAGGAAGCACTTGTTGGACAAATGAATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGCGCGTAGTCAGACTCAGGAAGCACTTGTTGGACAAATGAATGA  800

seq1  ATGAACAAATGAATGAGTGGCCTGCTGCAACCTAATGCATCCATGCACCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAAATGAATGAGTGGCCTGCTGCAACCTAATGCATCCATGCACCC  850

seq1  TGCTCTGCAGCATCCTTATCAGCCTCTCCAGAGGAGCTTGAGGGTCCTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGCAGCATCCTTATCAGCCTCTCCAGAGGAGCTTGAGGGTCCTTC  900

seq1  TCAGATGTAGCTCTCTTGTCACGCACTCCCCTAAGCCCTTTGGTGGCAAG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCAGATGTAGCTCTCTTGTCACGCACTCCCCTAAGCCCTTTGGTGGCAGG  950

seq1  ATTGGTGAGATGTTGACACCTATTGCCGGGAGCCCAACAAATGCTACTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTGAGATGTTGACACCTATTGCCGGGAGCCCAACAAATGCTACTCA  1000

seq1  TACTGGTTTCATTATATGTGGGTGTCGTTTTACATCCCCAAATGTGCTTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  TACTGGTTTCATTATATGTGGGTGTCGTTTTACAATCCCAAATGTGCTTA  1050

seq1  ACTTGTTTTTAAAAGTACAGAAACAAACAAAAGCTTTCAGTAGCTCCCAC  1100
      |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||   
seq2  ACTTGTTTTT-AAAGTACAGAAAC-AACAAAAGC-TTCAGTAGCTCC--A  1095

seq1  CGTCTCAGAACAAAGC-TCTTCAGTGGGCTTCTGAGGCCTTC-TGCAGAC  1148
      |||||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  CGTCTCAGAAC--AGCTTCTTCAGTGGGCTTCTGAAGCCTTCTTGCAGAC  1143

seq1  TGGCCCCTGCCAGTCAGCCTTTCTGGCTGTCCAGCTGCCTCCAAC  1193
      ||  ||||  ||||||||| |||| ||||| |||||  |||||||
seq2  TG--CCCT-TCAGTCAGCC-TTCT-GCTGT-CAGCT-TCTCCAAC  1181

seq1: chr1_134263420_134264124
seq2: B6Ng01-219A06.g_66_770 (reverse)

seq1  TCCTCCCCCCCGCACCCCCTCCCGACCCAGAGCCTCACCTGCATAGATAC  50
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCCCCCGCACCCCCTCCCGACCCAGAGCCTCACCTGCATAGATAC  50

seq1  TGTTTCCCAAAGCCGTGCTGGCAATGAGGTGCCAGGAGCTTTAAGGCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCCAAAGCCGTGCTGGCAATGAGGTGCCAGGAGCTTTAAGGCCCC  100

seq1  AGCTGTCTGAGGACAGTGCCAGGCTCCCAGAGTCACAGTCCTTGGGCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTCTGAGGACAGTGCCAGGCTCCCAGAGTCACAGTCCTTGGGCAGC  150

seq1  ATTGAGCTGGCTGTTGGGAGCCGGGGTCTTCGAGCAGGTGTGCTAATAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGCTGGCTGTTGGGAGCCGGGGTCTTCGAGCAGGTGTGCTAATAAA  200

seq1  ACTCCCAGGCTCTGAAGCCGCCATCTCCAGTCTGAGTGAGGCCCAGCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCAGGCTCTGAAGCCGCCATCTCCAGTCTGAGTGAGGCCCAGCCAG  250

seq1  GGATTAGGGGCGGATTGCTCTAGATTCTCTCCTCCCCCAGGGCACATGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAGGGGCGGATTGCTCTAGATTCTCTCCTCCCCCAGGGCACATGTC  300

seq1  TGTTCTTTCCCATCTGGCAGGATCTATGGAGGTCTATCGAGCCAGAGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTTCCCATCTGGCAGGATCTATGGAGGTCTATCGAGCCAGAGGAT  350

seq1  GGAGCAGTGATTAGGGATCTCTCTCCAGCCCAGTGAGTAGGAAGATGTCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGTGATTAGGGATCTCTCTCCAGCCCAGTGAGTAGGAAGATGTCG  400

seq1  TAGTGTGGCTGGCTGGGCTGTGTGCAGGGGTTTGCCACATGCAAATATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGGCTGGCTGGGCTGTGTGCAGGGGTTTGCCACATGCAAATATAG  450

seq1  GACAAGTGACAGTTCACCCATCAGACAGGCCCTGACCAGTTCCTCTCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGTGACAGTTCACCCATCAGACAGGCCCTGACCAGTTCCTCTCATG  500

seq1  CCCAAAAATGTACTCAGTGACCAGAAATCCTCTCACAGCAGCTCGACTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAAATGTACTCAGTGACCAGAAATCCTCTCACAGCAGCTCGACTGA  550

seq1  CCAACTCCTCACTTTAGCGCATTACGGGAGTCTCCCGGAAGGGGTCCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCCTCACTTTAGCGCATTACGGGAGTCTCCCGGAAGGGGTCCCAC  600

seq1  TCAGGCCTCCTCTTTCCCTGTTCAGTGACTTAAGGCACAGTCACTTCCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCCTCCTCTTTCCCTGTTCAGTGACTTAAGGCACAGTCACTTCCAC  650

seq1  CCCAGATTCCCCAGTAATGGCCTGGAGGAGTCAGCCAGCTTCAATAAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATTCCCCAGTAATGGCCTGGAGGAGTCAGCCAGCTTCAATAAGGG  700

seq1  AATTC  705
      |||||
seq2  AATTC  705