BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220E05
Chromosome1 (Build37)
Map Location 74,351,542 - 74,478,301
singlet/doubletdoublet
Overlap genePnkd, Gm216, Slc11a1, Ctdsp1, Vil1
Upstream genePinc, LOC672208, LOC100043291, Tns1, Rufy4, Il8rb, Il8ra, Arpc2, Gpbar1, Aamp, Tmbim1, 2410125D13Rik
Downstream geneUsp37, Rqcd1, Plcd4, Zfp142, Bcs1l, Rnf25, Stk36, Ttll4, Cyp27a1, Prkag3, Wnt6, Wnt10a, LOC100042901, Cdk5r2, Fev, Cryba2, Ccdc108, Ihh, Nhej1, Slc23a3, 1810031K17Rik, BC038286, Zfand2b, Abcb6, Atg9a, D1Ertd161e, Stk16, Tuba4a, A630095N17Rik, Dnajb10, Ptprn, Resp18, Dnpep, Des, Speg, Gmppa, Accn4, D1Bwg1363e, A230078I05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220E05.bB6Ng01-220E05.g
ACCGA035867GA035868
length1,0951,002
definitionB6Ng01-220E05.b B6Ng01-220E05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,477,201 - 74,478,301)(74,351,542 - 74,352,500)
sequence
gaattcacagcctcatatcccaagcctacatgctaaacatatctccaata
agtagcagagagactgaaggagtcacaatcatcctacctggaggactatt
cctcaccatgactgtgcttagagacggcaccatttcccccagggcaagca
ggccatggcttaagttcatcagcccacctaagcctttcatttaaagcatg
cagaacctggagctgaggagacggctcaaaggatagatacttgctgtgtg
agcgttaggcctgaagtttagatccccgtcacacaaaaaaacatgccgag
tccacctgtaatagcacaccccggaagcaaagacaggaatcccagaggca
ggcaagccactagaccagctgaaatggaaggctctggatttgcaaaatac
cctgcccaatcagggaagacattccatatcagcctctgacctccacacac
gaaagagcacacacaatgaaaaaacaaaaccacgcatgttcctaagagcc
aactcaaatggagccttgacatctgctaactttggttctagctttgattt
gtttgtttgtttgtttgttttgagtctcagtgtctctacctggtcatcct
gcctctgcctcctcagctgcctcctcggttctgcaattatagtcacgcac
cactatgccgagaaaaaaaatctgcattttaatatgctgcctcatgggtg
ctaaaaaatctgtttcactatgaaatggagtcagctgggcagtggtggca
cacgcctttaatcccagcacttgggaggcagaggcaggtggatttctgag
tttgaggccagcttggtctacggagtgagttccaggacagccagggctac
acagagaaaccctgcctttaaaaacaaaaaaagaaaaagaaatggcattg
tatgctacacagcaaggacttccacagaaaagggaagagattggggtggc
atatagatgcagatgtctcctaacatgtcagctcccaccgacaggacact
tcaggccattcagagccaggcgtgccactgtacttacgtcagcaatcttg
gctcagttcccagagtttcccaagctctggcttaggtcatctagg
gaattctgtgcttgtaagctaaccgcccttttcaaatgtaaaacttcaaa
cacaggcatgagactccgaagctatgcttggaatcagtcatgtgtcactt
aatgacagggatgtgctaggttaggaaatttctgttttgcaaacctcatg
gtgtgtttacactaacagctcactatgtgtgactgggaagtaaaaataat
cttatagcagttggcagtatgctggcttagggtgcgagcagtcctgggtt
ccatctccagcactgcataaacagtggaagtggcatgtgcccgtaatgcc
agatattttgggaatgttaataataaaataacttacctcaaagaggttaa
gaggagccaaatatgtggccatggtcagagaaaaccaatataggttatcc
aaaagtctgtgttccaacatgggaatcgtttggtgaagttttgaggaggt
tggaaagtcatcttaattagggttttattgctgtaaacaaacaccatgac
caaggcagctcttataaggacagcatttaattggagctgacttacaggtt
cagaggttcaggcaattatcatcaaggcggcatccaggcaggcgtggtgc
aggaggagctgagagttctaagtcttcatctgaaagtcactagaagactg
gcttccaggcagctaggatgaaggtcctaaagcccatgcccacagtgaca
cacttcctccaacaatgccacacctactctaacaaggccaaacctccaaa
tagtgccactccctgggccaagtacattcaaaccaccacaggggtgtttt
gatttggttttggttttgttttaagggtctcaccatgtaactctagttga
cttgggattcagtatggagactaggctaccctggaactcagagagactgc
ctacctctgctttcttgagtgttgggattaaaggtgtgcatacccatact
aagtttgataaagtttttatattcgggtagaaaagaaaagtgttagttga
gg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_74477201_74478301
seq2: B6Ng01-220E05.b_43_1137 (reverse)

seq1  CCTATGATGACCTTAAGGCAGAGC-TGGGAAACTCTGGGGACTGGAGCC-  48
      |||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||| 
seq2  CCTA-GATGACC-TAAGCCAGAGCTTGGGAAACTCTGGGAACT-GAGCCA  47

seq1  AGATTGCTGACGTAAGTACAGTGGCACGGCTGGCTCTGAATGGCCTGAAG  98
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGCTGACGTAAGTACAGTGGCACGCCTGGCTCTGAATGGCCTGAAG  97

seq1  GTGGTCCTGTCGGTGGGAGCTGACATGTTAGGAGACATCTGCATCTTATA  148
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  --TGTCCTGTCGGTGGGAGCTGACATGTTAGGAGACATCTGCATC-TATA  144

seq1  TGCCACCCCAATCTCTTCCCTTTTCTTGTGGAAGTCCTTGCTGTGTAGCA  198
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCCCAATCTCTTCCCTTTTC-TGTGGAAGTCCTTGCTGTGTAGCA  193

seq1  TACAATGCCATTTCTTTTTCTTTTTTTGTTTTTTAAAGGCAGGGTTTCTC  248
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGCCATTTCTTTTTCTTTTTTTG-TTTTTAAAGGCAGGGTTTCTC  242

seq1  TGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCCGTAGACCAAGCTGGCCTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCCGTAGACCAAGCTGGCCTC  292

seq1  AAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGC  342

seq1  GTGTGCCACCACTGCCCAGCTGACTCCATTTCATAGTGAAACAGATTTTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCCACCACTGCCCAGCTGACTCCATTTCATAGTGAAACAGATTTTT  392

seq1  TAGCACCCATGAGGCAGCATATTAAAATGCAGATTTTTTTTCTCGGCATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACCCATGAGGCAGCATATTAAAATGCAGATTTTTTTTCTCGGCATA  442

seq1  GTGGTGCGTGACTATAATTGCAGAACCGAGGAGGCAGCTGAGGAGGCAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCGTGACTATAATTGCAGAACCGAGGAGGCAGCTGAGGAGGCAGA  492

seq1  GGCAGGATGACCAGGTAGAGACACTGAGACTCAAAACAAACAAACAAACA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGATGACCAGGTAGAGACACTGAGACTCAAAACAAACAAACAAACA  542

seq1  AACAAATCAAAGCTAGAACCAAAGTTAGCAGATGTCAAGGCTCCATTTGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATCAAAGCTAGAACCAAAGTTAGCAGATGTCAAGGCTCCATTTGA  592

seq1  GTTGGCTCTTAGGAACATGCGTGGTTTTGTTTTTTCATTGTGTGTGCTCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCTCTTAGGAACATGCGTGGTTTTGTTTTTTCATTGTGTGTGCTCT  642

seq1  TTCGTGTGTGGAGGTCAGAGGCTGATATGGAATGTCTTCCCTGATTGGGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTGTGTGGAGGTCAGAGGCTGATATGGAATGTCTTCCCTGATTGGGC  692

seq1  AGGGTATTTTGCAAATCCAGAGCCTTCCATTTCAGCTGGTCTAGTGGCTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTATTTTGCAAATCCAGAGCCTTCCATTTCAGCTGGTCTAGTGGCTT  742

seq1  GCCTGCCTCTGGGATTCCTGTCTTTGCTTCCGGGGTGTGCTATTACAGGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCTCTGGGATTCCTGTCTTTGCTTCCGGGGTGTGCTATTACAGGT  792

seq1  GGACTCGGCATGTTTTTTTGTGTGACGGGGATCTAAACTTCAGGCCTAAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCGGCATGTTTTTTTGTGTGACGGGGATCTAAACTTCAGGCCTAAC  842

seq1  GCTCACACAGCAAGTATCTATCCTTTGAGCCGTCTCCTCAGCTCCAGGTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACACAGCAAGTATCTATCCTTTGAGCCGTCTCCTCAGCTCCAGGTT  892

seq1  CTGCATGCTTTAAATGAAAGGCTTAGGTGGGCTGATGAACTTAAGCCATG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGCTTTAAATGAAAGGCTTAGGTGGGCTGATGAACTTAAGCCATG  942

seq1  GCCTGCTTGCCCTGGGGGAAATGGTGCCGTCTCTAAGCACAGTCATGGTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTTGCCCTGGGGGAAATGGTGCCGTCTCTAAGCACAGTCATGGTG  992

seq1  AGGAATAGTCCTCCAGGTAGGATGATTGTGACTCCTTCAGTCTCTCTGCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATAGTCCTCCAGGTAGGATGATTGTGACTCCTTCAGTCTCTCTGCT  1042

seq1  ACTTATTGGAGATATGTTTAGCATGTAGGCTTGGGATATGAGGCTGTGAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTGGAGATATGTTTAGCATGTAGGCTTGGGATATGAGGCTGTGAA  1092

seq1  TTC  1101
      |||
seq2  TTC  1095

seq1: chr1_74351542_74352500
seq2: B6Ng01-220E05.g_66_1025

seq1  GAATTCTGTGCTTGTAAGCTAACCGCCCTTTTCAAATGTAAAACTTCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGCTTGTAAGCTAACCGCCCTTTTCAAATGTAAAACTTCAAA  50

seq1  CACAGGCATGAGACTCCGAAGCTATGCTTGGAATCAGTCATGTGTCACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCATGAGACTCCGAAGCTATGCTTGGAATCAGTCATGTGTCACTT  100

seq1  AATGACAGGGATGTGCTAGGTTAGGAAATTTCTGTTTTGCAAACCTCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAGGGATGTGCTAGGTTAGGAAATTTCTGTTTTGCAAACCTCATG  150

seq1  GTGTGTTTACACTAACAGCTCACTATGTGTGACTGGGAAGTAAAAATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTTACACTAACAGCTCACTATGTGTGACTGGGAAGTAAAAATAAT  200

seq1  CTTATAGCAGTTGGCAGTATGCTGGCTTAGGGTGCGAGCAGTCCTGGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAGCAGTTGGCAGTATGCTGGCTTAGGGTGCGAGCAGTCCTGGGTT  250

seq1  CCATCTCCAGCACTGCATAAACAGTGGAAGTGGCATGTGCCCGTAATGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCCAGCACTGCATAAACAGTGGAAGTGGCATGTGCCCGTAATGCC  300

seq1  AGATATTTTGGGAATGTTAATAATAAAATAACTTACCTCAAAGAGGTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTTTGGGAATGTTAATAATAAAATAACTTACCTCAAAGAGGTTAA  350

seq1  GAGGAGCCAAATATGTGGCCATGGTCAGAGAAAACCAATATAGGTTATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGCCAAATATGTGGCCATGGTCAGAGAAAACCAATATAGGTTATCC  400

seq1  AAAAGTCTGTGTTCCAACATGGGAATCGTTTGGTGAAGTTTTGAGGAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCTGTGTTCCAACATGGGAATCGTTTGGTGAAGTTTTGAGGAGGT  450

seq1  TGGAAAGTCATCTTAATTAGGGTTTTATTGCTGTAAACAAACACCATGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGTCATCTTAATTAGGGTTTTATTGCTGTAAACAAACACCATGAC  500

seq1  CAAGGCAGCTCTTATAAGGACAGCATTTAATTGGAGCTGACTTACAGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCAGCTCTTATAAGGACAGCATTTAATTGGAGCTGACTTACAGGTT  550

seq1  CAGAGGTTCAGGCAATTATCATCAAGGCGGCATCCAGGCAGGCGTGGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGTTCAGGCAATTATCATCAAGGCGGCATCCAGGCAGGCGTGGTGC  600

seq1  AGGAGGAGCTGAGAGTTCTAAGTCTTCATCTGAAAGTCACTAGAAGACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGAGCTGAGAGTTCTAAGTCTTCATCTGAAAGTCACTAGAAGACTG  650

seq1  GCTTCCAGGCAGCTAGGATGAAGGTCCTAAAGCCCATGCCCACAGTGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCAGGCAGCTAGGATGAAGGTCCTAAAGCCCATGCCCACAGTGACA  700

seq1  CACTTCCTCCAACAATGCCACACCTACTCTAACAAGGCCAAACCTCCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCTCCAACAATGCCACACCTACTCTAACAAGGCCAAACCTCCAAA  750

seq1  TAGTGCCACTCCCTGGGCCAAGTACATTCAAACCACCACAGGGGTGTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCCACTCCCTGGGCCAAGTACATTCAAACCACCACAGGGGTGTTTT  800

seq1  GATTTGGTTTTGGTTTTGTTTTAAGGGTCTCACCATGTAACTCTAGTTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGGTTTTGGTTTTGTTTTAAGGGTCTCACCATGTAACTCTAGTTGA  850

seq1  CTTGGGATTCAGTATGGAGACTAGGCTACCCTGGAACTCAGAGAGACTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGATTCAGTATGGAGACTAGGCTACCCTGGAACTCAGAGAGACTGC  900

seq1  CTACCTCTGC-TTCTTGAGTGTTGGGATTAAAGGTGTGCATAACCATACT  949
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTACCTCTGCTTTCTTGAGTGTTGGGATTAAAGGTGTGCATACCCATACT  950

seq1  AAGTTTGATA  959
      ||||||||||
seq2  AAGTTTGATA  960