BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220E14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 81,231,303 - 81,367,328
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9430031J16Rik
Upstream geneCul3, EG620899, 1700016L21Rik, Dock10, LOC665092
Downstream geneEG621020, LOC433328, EG665145, Irs1, Rhbdd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220E14.bB6Ng01-220E14.g
ACCGA035885GA035886
length1,1161,043
definitionB6Ng01-220E14.b B6Ng01-220E14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,231,303 - 81,232,413)(81,366,291 - 81,367,328)
sequence
gaattccatttaaacaatacattgtagtatgtcatagatatcaatgaatt
atatagctttcctgtattgcttttcttgtcttaaaatgtgtagaatatta
aattaaatttgaaatattctactctaaagtcataggtgataagcatttta
tatttgtttatcagccatatataattccctacactggattcacagaagat
tggccctgctgtcaaccagtcatggaatggggaggggtcaggaggtccta
ctcttgaattagtggtcatttatagatcctgggagatgtggaaacattgt
cttcagttgtgtgcccactggcaggctctaactaatagctctagccaggt
cacacaaaagggccctgcctgaactcaatgagtcacaaaataagataaat
agaaacaaacatgagagattaatggggaagaggttgttggacacggaagg
taacgatgtgggagaattgggtaagaatggacacattatatagacatgtg
agactgtctaagaacaaattataaacacacatgcacacacacatgcagat
gcagatacacatgcacgtgcacacacacagacacacacacttcaaatgaa
tgaatgtctgggctgaaaatctgtaattgtccttcaaactctggaattct
atgtccacagggtgctcccctggggagaaatgtagctgacccacgttgca
ctactttttcatctcacaggctatgcacactgacacataccaaagcatat
tcttatattactctttaaaaaaaaacacaaaaatgtatttctgaaggata
agttgacaaaggacatggtgaatttccaaaattaactgtgaaagatggat
catcgaggcatgactgaaagccatgcataacctttgtgctcaggtatttc
atttcaaaactgtcactttctgctcattcagtgagactgtcattatacta
ttttaagctttaaattttgtgttctcaagctgaacaggatttattgcttc
ttattcttttgggcttattagaaacaatttaaatttcatttagaaggtga
taaaatccaccttttttcttatggtgaatttcagctaaaatgttgaaaat
gcatacattcttatgc

gaattctttaattggaaaaaaacactacaagacagggcttcacaggcatt
atctaggacccagtacccatggaaacaaagggaaaaaaagtgtgcagatg
gatcccaaagagcatccctacatacgctgagatgtaagtactagctagta
tgtacatctttttactctcaaccaggaagcagatgtctattatacaagga
aggtgtggtcttccagtggaggtagccaatgatagcaatgctcttggaag
ttatatcacggctccttaattcctaaaaagagacctggacagtgggtcac
atcattgtacaccctttcaaaaatccctttggacacacatttttgtgttc
ttccaaacacacaaactaggcttttatatctcattccctggttatatctg
gaattggccatactctgtcatgctatagtggtttttccagactcaacaca
tagaagatacaagatctgtgaattttttttttttttgctttctccattat
agaaaaggttcattcataacaatgagatttttttgttaaagagaaaatcg
ggatattactctcctttcttccactcatccaccccgggattctgattcct
gaaccacaagcaaaactgagtgatgcagagcgtagccgagagctaagcca
agccggatcccagtaggctgctgtgccctttgggttacccaatatttttg
tggaatgtataggtgaatgtgccaataaaattaagccccgctacattttc
tctgttgccattttttttaaatttagttttctttagtttttaatactctt
gtttaaacagggatgtgcccacacttgtcacacaggtgacagcaagattg
atttcgccaagatgcttgcacctcttttattagaaagaaaagaacagttt
cagaattacatttagaaatacacccccactttccttacttcccaacattt
aatctctcagtgatatccaagggagaattagaggctaaggactcttgtat
aggaatctgctctctctctctctgcactgactctgtcactgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_81231303_81232413
seq2: B6Ng01-220E14.b_46_1161

seq1  GAATTCCATTTAAACAATACATTGTAGTATGTCATAGATATCAATGAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTTAAACAATACATTGTAGTATGTCATAGATATCAATGAATT  50

seq1  ATATAGCTTTCCTGTATTGCTTTTCTTGTCTTAAAATGTGTAGAATATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGCTTTCCTGTATTGCTTTTCTTGTCTTAAAATGTGTAGAATATTA  100

seq1  AATTAAATTTGAAATATTCTACTCTAAAGTCATAGGTGATAAGCATTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAATTTGAAATATTCTACTCTAAAGTCATAGGTGATAAGCATTTTA  150

seq1  TATTTGTTTATCAGCCATATATAATTCCCTACACTGGATTCACAGAAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTTTATCAGCCATATATAATTCCCTACACTGGATTCACAGAAGAT  200

seq1  TGGCCCTGCTGTCAACCAGTCATGGAATGGGGAGGGGTCAGGAGGTCCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCTGCTGTCAACCAGTCATGGAATGGGGAGGGGTCAGGAGGTCCTA  250

seq1  CTCTTGAATTAGTGGTCATTTATAGATCCTGGGAGATGTGGAAACATTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAATTAGTGGTCATTTATAGATCCTGGGAGATGTGGAAACATTGT  300

seq1  CTTCAGTTGTGTGCCCACTGGCAGGCTCTAACTAATAGCTCTAGCCAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTTGTGTGCCCACTGGCAGGCTCTAACTAATAGCTCTAGCCAGGT  350

seq1  CACACAAAAGGGCCCTGCCTGAACTCAATGAGTCACAAAATAAGATAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAAAAGGGCCCTGCCTGAACTCAATGAGTCACAAAATAAGATAAAT  400

seq1  AGAAACAAACATGAGAGATTAATGGGGAAGAGGTTGTTGGACACGGAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAAACATGAGAGATTAATGGGGAAGAGGTTGTTGGACACGGAAGG  450

seq1  TAACGATGTGGGAGAATTGGGTAAGAATGGACACATTATATAGACATGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGATGTGGGAGAATTGGGTAAGAATGGACACATTATATAGACATGTG  500

seq1  AGACTGTCTAAGAACAAATTATAAACACACATGCACACACACATGCAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTCTAAGAACAAATTATAAACACACATGCACACACACATGCAGAT  550

seq1  GCAGATACACATGCACGTGCACACACACAGACACACACACTTCAAATGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATACACATGCACGTGCACACACACAGACACACACACTTCAAATGAA  600

seq1  TGAATGTCTGGGCTGAAAATCTGTAATTGTCCTTCAAACTCTGGAATTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTCTGGGCTGAAAATCTGTAATTGTCCTTCAAACTCTGGAATTCT  650

seq1  ATGTCCACAGGGTGCTCCCCTGGGGAGAAATGTAGCTGACCCACGTTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCACAGGGTGCTCCCCTGGGGAGAAATGTAGCTGACCCACGTTGCA  700

seq1  CTACTTTTTCATCTCACAGGCTATGCACACTGACACATACCAAAGCATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTTTCATCTCACAGGCTATGCACACTGACACATACCAAAGCATAT  750

seq1  TCTTATATTACTCTTTAAAAAAAAACACAAAAATGTATTTCTGAAGGATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATATTACTCTTTAAAAAAAAACACAAAAATGTATTTCTGAAGGATA  800

seq1  AGTTGACAAAGGACATGGTGAATTTCCAAAATTAACTGTGAAAGATGGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGACAAAGGACATGGTGAATTTCCAAAATTAACTGTGAAAGATGGAT  850

seq1  CATCGAGGCATGACTGAAAGCCATGCATAACCTTTGTGCTCAGGTATTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGAGGCATGACTGAAAGCCATGCATAACCTTTGTGCTCAGGTATTTC  900

seq1  ATTTCAAAACTGTCACTTTCTGCTCATTCAGTGAGACTGTCATTATACTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAAACTGTCACTTTCTGCTCATTCAGTGAGACTGTCATTATACTA  950

seq1  TTTTAAGCTTTAAAATTTGTGTTCTCAAGCTGAACAGGATTTATTGCTTC  1000
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGCTTTAAATTTTGTGTTCTCAAGCTGAACAGGATTTATTGCTTC  1000

seq1  -TAT--CTTTGGGCTTATTAGAAACAATTTAAAATTCATTTAG-AGGTGA  1046
       |||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  TTATTCTTTTGGGCTTATTAGAAACAATTTAAATTTCATTTAGAAGGTGA  1050

seq1  TAAAAT-CACC-TTTTTCTTATGGTTGAATTCAGCT-AAATGTTGAAAAT  1093
      |||||| |||| |||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||
seq2  TAAAATCCACCTTTTTTCTTATGGTGAATTTCAGCTAAAATGTTGAAAAT  1100

seq1  GCAATACAATTCTTATGC  1111
      || |||| ||||||||||
seq2  GC-ATAC-ATTCTTATGC  1116


seq1: chr1_81366291_81367328
seq2: B6Ng01-220E14.g_66_1108 (reverse)

seq1  GACAGAGACAGAG-----ACAGAGAGAGAGAGAGCAGAATTCCTTATACA  45
      ||||| |||||||      |||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  GACAGTGACAGAGTCAGTGCAGAGAGAGAGAGAGCAG-ATTCC-TATACA  48

seq1  AGAGTCCCTTAGCCTCTTAATTCTTCCCTGGATATCACTGAGAGATTAAA  95
      ||||| |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGT-CCTTAGCCTC-TAATTCTCCCTTGGATATCACTGAGAGATTAAA  96

seq1  TGTT-GGAAGTAAGG-AAGT-GGGGTGTATTTCTAAATGTAATTCTG-AA  141
      |||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGTTGGGAAGTAAGGAAAGTGGGGGTGTATTTCTAAATGTAATTCTGAAA  146

seq1  CTGTTCTTTTCTTTCTAATAAAAGAGGTGCAAGCATCTTGGCGAAATCAA  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTTTTCTTTCTAATAAAAGAGGTGCAAGCATCTTGGCGAAATCAA  196

seq1  TCTTGCTGTCACCTGTGTGACAAGTGTGGGCACATCCCTGTTTAAACAAG  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTGTCACCTGTGTGACAAGTGTGGGCACATCCCTGTTTAAACAAG  246

seq1  AGTATTAAAAACTAAAGAAAACTAAATTTAAAAAAAATGGCAACAGAGAA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTAAAAACTAAAGAAAACTAAATTTAAAAAAAATGGCAACAGAGAA  296

seq1  AATGTAGCGGGGCTTAATTTTATTGGCACATTCACCTATACATTCCACAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAGCGGGGCTTAATTTTATTGGCACATTCACCTATACATTCCACAA  346

seq1  AAATATTGGGTAACCCAAAGGGCACAGCAGCCTACTGGGATCCGGCTTGG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTGGGTAACCCAAAGGGCACAGCAGCCTACTGGGATCCGGCTTGG  396

seq1  CTTAGCTCTCGGCTACGCTCTGCATCACTCAGTTTTGCTTGTGGTTCAGG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCTCTCGGCTACGCTCTGCATCACTCAGTTTTGCTTGTGGTTCAGG  446

seq1  AATCAGAATCCCGGGGTGGATGAGTGGAAGAAAGGAGAGTAATATCCCGA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGAATCCCGGGGTGGATGAGTGGAAGAAAGGAGAGTAATATCCCGA  496

seq1  TTTTCTCTTTAACAAAAAAATCTCATTGTTATGAATGAACCTTTTCTATA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTTTAACAAAAAAATCTCATTGTTATGAATGAACCTTTTCTATA  546

seq1  ATGGAGAAAGCAAAAAAAAAAAAAATTCACAGATCTTGTATCTTCTATGT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAAAGCAAAAAAAAAAAAAATTCACAGATCTTGTATCTTCTATGT  596

seq1  GTTGAGTCTGGAAAAACCACTATAGCATGACAGAGTATGGCCAATTCCAG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGTCTGGAAAAACCACTATAGCATGACAGAGTATGGCCAATTCCAG  646

seq1  ATATAACCAGGGAATGAGATATAAAAGCCTAGTTTGTGTGTTTGGAAGAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACCAGGGAATGAGATATAAAAGCCTAGTTTGTGTGTTTGGAAGAA  696

seq1  CACAAAAATGTGTGTCCAAAGGGATTTTTGAAAGGGTGTACAATGATGTG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAATGTGTGTCCAAAGGGATTTTTGAAAGGGTGTACAATGATGTG  746

seq1  ACCCACTGTCCAGGTCTCTTTTTAGGAATTAAGGAGCCGTGATATAACTT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTGTCCAGGTCTCTTTTTAGGAATTAAGGAGCCGTGATATAACTT  796

seq1  CCAAGAGCATTGCTATCATTGGCTACCTCCACTGGAAGACCACACCTTCC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGCATTGCTATCATTGGCTACCTCCACTGGAAGACCACACCTTCC  846

seq1  TTGTATAATAGACATCTGCTTCCTGGTTGAGAGTAAAAAGATGTACATAC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATAATAGACATCTGCTTCCTGGTTGAGAGTAAAAAGATGTACATAC  896

seq1  TAGCTAGTACTTACATCTCAGCGTATGTAGGGATGCTCTTTGGGATCCAT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAGTACTTACATCTCAGCGTATGTAGGGATGCTCTTTGGGATCCAT  946

seq1  CTGCACACTTTTTTTCCCTTTGTTTCCATGGGTACTGGGTCCTAGATAAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACACTTTTTTTCCCTTTGTTTCCATGGGTACTGGGTCCTAGATAAT  996

seq1  GCCTGTGAAGCCCTGTCTTGTAGTGTTTTTTTCCAATTAAAGAATTC  1038
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGAAGCCCTGTCTTGTAGTGTTTTTTTCCAATTAAAGAATTC  1043


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |