BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220J02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 13,291,064 - 13,407,329
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNcoa2, LOC665341
Upstream geneLOC100039709, LOC621353, LOC100039733, Sulf1, Slco5a1, LOC383490, Prdm14
Downstream geneLOC100039812, EG621685, Tram1, Lactb2, Xkr9, LOC100039843, EG433273, LOC100039859, LOC100039869, Eya1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220J02.bB6Ng01-220J02.g
ACCGA036093GA036094
length1,1611,152
definitionB6Ng01-220J02.b B6Ng01-220J02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,406,138 - 13,407,329)(13,291,064 - 13,292,219)
sequence
gaattctggttaaaacaaccacagaagagaatataagaaacatcagggac
tgaagagacagatgctcagcagtcaagagtcctgcttttatagagaatga
gaggttctgtccccagcacatgcagcaggctgctcatgactgcctggaac
tccagctgcaaaggatcaatgctctggccttctcgggcaccccacccact
cccacatgcacatacatgtgcataatttaaaataaatctaaaaaagaaac
atcagtatttcatgttgaattagtccttttcatcagaggaaactgaagga
cctatacacagtccttgccactagactttattaatgaggtaactgtgact
ctacctgctttatataaaggtggctttagagaaagaacattggctgtaag
tgaggaacttaggcagaaacccaaatttctgaatggaaagagggcaacat
agagaacagtctagacccaatccccacataatggtcccattcagactttg
cttcactgagtgacgggactctagctcctcaccctgattgatgcctcatc
tcacacacacttcagaccccaaccaaatcctatcattgggatagaaaagc
taaggttggaagagagccagtgttatttattcctaaatcaaggcccttgt
taaaatggatatctccttaaataaatggaacttgaatggcagtgagtcct
cagtgcaaactccctagtcaagccaagtcaatctcttgaaaattctccca
acagtcacaatttataaaacacgtaagccaaacccaataaatcaactaaa
tagcatcacacgatggtggcttgagtatagcacaaggcaagccagaaaga
ttcaattaagtaaatgctgtgcctaagtctagctttggtgatgtccatat
gatatattggactattctcatataaagccaaataaaagaagataatttca
tgattaaataaataagtagaaaacagataaatgatactttaggaaaatgt
atgatttaaaaaagaaaatcctagacaatacgagtttgaatacatgtgct
caacaacaaacttttgataaacatagcagggggatgctaaatgcatcaag
gatgtatcctcttaacgttaggaccttggccatgcaatgatttatcctac
attgattcaga
gaattcactgaggaagtagggaaagagtccacccctggaagttctcggaa
aaggtggagctgtccaaggcccatgttctaagagaccctaagagaaatgg
tgaggaaacaccaaggaagccctgacggtctcccagtaacagggagggcc
tgcacgccaaccatgagcagtgagcacacaacttgcccagcctcctccat
gtttggcttaccctttacctgtgcatcatcttggcatccagcacctctga
gggaaagaaaagatggtaaaatcccaacctttgagcagcattccaaagaa
aagcactcacaaaccaaacacaccatgtgtctcagctcgctgagagcaca
tgcactgagcatgggtgagcatggtctttactgtccacactaaactacta
actctattaacagttccacttaatatcaaagtcacatgagaactgttggg
aaagtgggctaatctaaagggtcagtgtccagttagcttgggtctgtatg
tgagcgattgtaaagaaagctgcctggaaactgaaactgtaagcaagggc
aaagtcatcagcagggtttactccccgctcgcatgtctgtgtgacccagg
aaaggactaaaggaggagaaagccatgaacacacacaaacctaagccaca
tgacaaatgatctaaacctaaaccataggaggccactgaacagtgtgata
cctccatgacaagtgatgctgcaatactcctgggttaaacccacaatctt
gccacaagcctcaaccaaagcccacagttggcagcagagagcctccagtg
aggagccaagactgcatgaaaacaaacagacctgggtctgactgagctgg
cccacaccctgcctgctgaaacaggtcactactgggggaatattatgcta
caaaaactagtgaggctcagaactgtaacgtgttgaatggtcagcagaaa
gcacctgcaatagctagcagtgcatgtccttcccatggggcatcacccag
agcagacagcgcttcacacatgggctcaagacatgcgactctcgggttaa
agtctacatgtgactactgtcctctccaggtcaaaacactagattaccga
agagtcttggtagaactgtaagaactgaaccttggatttacaagaactcc
gg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_13406138_13407329
seq2: B6Ng01-220J02.b_45_1205 (reverse)

seq1  TCTGAAATCAATGTAGGATTTAAAATCATTGCTATGCCAGTGTCCTCTAA  50
      |||| ||||||||||||||   ||||||||||   ||||  |||  ||||
seq2  TCTG-AATCAATGTAGGAT---AAATCATTGCATGGCCAAGGTC--CTAA  44

seq1  CTGTTTAGAGGATTCCATTCTTTTGGTTTCCATTTAGCATTCCCCCCTGC  100
      | ||| |||||| | ||| |||      | ||||||||||  ||||||| 
seq2  C-GTTAAGAGGA-TACATCCTT----GATGCATTTAGCAT--CCCCCTG-  85

seq1  CTATGTTTTAATTCAAAAGTTTG-TGTTGAGCACATTGTAATTTCAAACT  149
      ||||||||    ||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||
seq2  CTATGTTT---ATCAAAAGTTTGTTGTTGAGCACA-TGTA--TTCAAACT  129

seq1  CGTATTTGTTCTAGGATTTTCTTTTTTAAATCAATTACATTTTCCTAAAG  199
      ||||||   ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  CGTATT--GTCTAGGATTTTCTTTTTTAAATCA--TACATTTTCCTAAAG  175

seq1  TATTCATTTTATTCTGTTTTTCTTACTTTATTTTATTTAATCATGAAATT  249
      || ||||||   ||||||||   |||||   |||||||||||||||||||
seq2  TA-TCATTT--ATCTGTTTT--CTACTT--ATTTATTTAATCATGAAATT  218

seq1  ATCTTCTTTTATTTGGCTTTATATGAGAATAGTCCAATATATCATATGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTTTTATTTGGCTTTATATGAGAATAGTCCAATATATCATATGGA  268

seq1  CATCACCAAAGCTAGACTTAGGCACAGCATTTACTTAATTGAATCTTTCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCAAAGCTAGACTTAGGCACAGCATTTACTTAATTGAATCTTTCT  318

seq1  GGCTTGCCTTGTGCTATACTCAAGCCACCATCGTGTGATGCTATTTAGTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGCCTTGTGCTATACTCAAGCCACCATCGTGTGATGCTATTTAGTT  368

seq1  GATTTATTGGGTTTGGCTTACGTGTTTTATAAATTGTGACTGTTGGGAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATTGGGTTTGGCTTACGTGTTTTATAAATTGTGACTGTTGGGAGA  418

seq1  ATTTTCAAGAGATTGACTTGGCTTGACTAGGGAGTTTGCACTGAGGACTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAAGAGATTGACTTGGCTTGACTAGGGAGTTTGCACTGAGGACTC  468

seq1  ACTGCCATTCAAGTTCCATTTATTTAAGGAGATATCCATTTTAACAAGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCATTCAAGTTCCATTTATTTAAGGAGATATCCATTTTAACAAGGG  518

seq1  CCTTGATTTAGGAATAAATAACACTGGCTCTCTTCCAACCTTAGCTTTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGATTTAGGAATAAATAACACTGGCTCTCTTCCAACCTTAGCTTTTC  568

seq1  TATCCCAATGATAGGATTTGGTTGGGGTCTGAAGTGTGTGTGAGATGAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCAATGATAGGATTTGGTTGGGGTCTGAAGTGTGTGTGAGATGAGG  618

seq1  CATCAATCAGGGTGAGGAGCTAGAGTCCCGTCACTCAGTGAAGCAAAGTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAATCAGGGTGAGGAGCTAGAGTCCCGTCACTCAGTGAAGCAAAGTC  668

seq1  TGAATGGGACCATTATGTGGGGATTGGGTCTAGACTGTTCTCTATGTTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGGACCATTATGTGGGGATTGGGTCTAGACTGTTCTCTATGTTGC  718

seq1  CCTCTTTCCATTCAGAAATTTGGGTTTCTGCCTAAGTTCCTCACTTACAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTCCATTCAGAAATTTGGGTTTCTGCCTAAGTTCCTCACTTACAG  768

seq1  CCAATGTTCTTTCTCTAAAGCCACCTTTATATAAAGCAGGTAGAGTCACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTTCTTTCTCTAAAGCCACCTTTATATAAAGCAGGTAGAGTCACA  818

seq1  GTTACCTCATTAATAAAGTCTAGTGGCAAGGACTGTGTATAGGTCCTTCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCTCATTAATAAAGTCTAGTGGCAAGGACTGTGTATAGGTCCTTCA  868

seq1  GTTTCCTCTGATGAAAAGGACTAATTCAACATGAAATACTGATGTTTCTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTCTGATGAAAAGGACTAATTCAACATGAAATACTGATGTTTCTT  918

seq1  TTTTAGATTTATTTTAAATTATGCACATGTATGTGCATGTGGGAGTGGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGATTTATTTTAAATTATGCACATGTATGTGCATGTGGGAGTGGGT  968

seq1  GGGGTGCCCGAGAAGGCCAGAGCATTGATCCTTTGCAGCTGGAGTTCCAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGCCCGAGAAGGCCAGAGCATTGATCCTTTGCAGCTGGAGTTCCAG  1018

seq1  GCAGTCATGAGCAGCCTGCTGCATGTGCTGGGGACAGAACCTCTCATTCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCATGAGCAGCCTGCTGCATGTGCTGGGGACAGAACCTCTCATTCT  1068

seq1  CTATAAAAGCAGGACTCTTGACTGCTGAGCATCTGTCTCTTCAGTCCCTG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAAAGCAGGACTCTTGACTGCTGAGCATCTGTCTCTTCAGTCCCTG  1118

seq1  ATGTTTCTTATATTCTCTTCTGTGGTTGTTTTAACCAGAATTC  1192
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCTTATATTCTCTTCTGTGGTTGTTTTAACCAGAATTC  1161

seq1: chr1_13291064_13292219
seq2: B6Ng01-220J02.g_64_1215

seq1  GAATTCACTGAGGAAGTAGGGAAAGAGTCCACCCCTGGAAGTTCTCGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAGGAAGTAGGGAAAGAGTCCACCCCTGGAAGTTCTCGGAA  50

seq1  AAGGTGGAGCTGTCCAAGGCCCATGTTCTAAGAGACCCTAAGAGAAATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGAGCTGTCCAAGGCCCATGTTCTAAGAGACCCTAAGAGAAATGG  100

seq1  TGAGGAAACACCAAGGAAGCCCTGACGGTCTCCCAGTAACAGGGAGGGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAACACCAAGGAAGCCCTGACGGTCTCCCAGTAACAGGGAGGGCC  150

seq1  TGCACGCCAACCATGAGCAGTGAGCACACAACTTGCCCAGCCTCCTCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACGCCAACCATGAGCAGTGAGCACACAACTTGCCCAGCCTCCTCCAT  200

seq1  GTTTGGCTTACCCTTTACCTGTGCATCATCTTGGCATCCAGCACCTCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGCTTACCCTTTACCTGTGCATCATCTTGGCATCCAGCACCTCTGA  250

seq1  GGGAAAGAAAAGATGGTAAAATCCCAACCTTTGAGCAGCATTCCAAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGAAAAGATGGTAAAATCCCAACCTTTGAGCAGCATTCCAAAGAA  300

seq1  AAGCACTCACAAACCAAACACACCATGTGTCTCAGCTCGCTGAGAGCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTCACAAACCAAACACACCATGTGTCTCAGCTCGCTGAGAGCACA  350

seq1  TGCACTGAGCATGGGTGAGCATGGTCTTTACTGTCCACACTAAACTACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTGAGCATGGGTGAGCATGGTCTTTACTGTCCACACTAAACTACTA  400

seq1  ACTCTATTAACAGTTCCACTTAATATCAAAGTCACATGAGAACTGTTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTATTAACAGTTCCACTTAATATCAAAGTCACATGAGAACTGTTGGG  450

seq1  AAAGTGGGCTAATCTAAAGGGTCAGTGTCCAGTTAGCTTGGGTCTGTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGGCTAATCTAAAGGGTCAGTGTCCAGTTAGCTTGGGTCTGTATG  500

seq1  TGAGCGATTGTAAAGAAAGCTGCCTGGAAACTGAAACTGTAAGCAAGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCGATTGTAAAGAAAGCTGCCTGGAAACTGAAACTGTAAGCAAGGGC  550

seq1  AAAGTCATCAGCAGGGTTTACTCCCCGCTCGCATGTCTGTGTGACCCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCATCAGCAGGGTTTACTCCCCGCTCGCATGTCTGTGTGACCCAGG  600

seq1  AAAGGACTAAAGGAGGAGAAAGCCATGAACACACACAAACCTAAGCCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACTAAAGGAGGAGAAAGCCATGAACACACACAAACCTAAGCCACA  650

seq1  TGACAAATGATCTAAACCTAAACCATAGGAGGCCACTGAACAGTGTGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAATGATCTAAACCTAAACCATAGGAGGCCACTGAACAGTGTGATA  700

seq1  CCTCCATGACAAGTGATGCTGCAATACTCCTGGGTTAAACCCACAATCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATGACAAGTGATGCTGCAATACTCCTGGGTTAAACCCACAATCTT  750

seq1  GCCACAAGCCTCAACCAAAGCCCACAGTTGGCAGCAGAGAGCCTCCAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAAGCCTCAACCAAAGCCCACAGTTGGCAGCAGAGAGCCTCCAGTG  800

seq1  AGGAGCCAAGACTGCATGAAAACAAACAGACCTGGGTCTGACTGAGCTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCAAGACTGCATGAAAACAAACAGACCTGGGTCTGACTGAGCTGG  850

seq1  CCCACACCCTGCCTGCTGAAACAGGTCACTACTGGGGGAATATTATGCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACCCTGCCTGCTGAAACAGGTCACTACTGGGGGAATATTATGCTA  900

seq1  C-AAAACTAGTGAGGCTCAGAACTGTAACGTGTTGAATGGTCAGCAGAAA  949
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACTAGTGAGGCTCAGAACTGTAACGTGTTGAATGGTCAGCAGAAA  950

seq1  GCACCTGCAATAGCTAGCAGTGCATGTCCTTCCCATGGGGCATCACCCAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGCAATAGCTAGCAGTGCATGTCCTTCCCATGGGGCATCACCCAG  1000

seq1  AGGCAGAACAGCGCCTTCACACATGGCTTCAAGGACATGCCGACTCTCGG  1049
      | |||| |||||| ||||||||||||  |||| |||||| ||||||||||
seq2  A-GCAG-ACAGCG-CTTCACACATGGGCTCAA-GACATG-CGACTCTCGG  1045

seq1  --TAAAGTCTACATGTGAACCTAGTGTCCTCTCCAAGTCAAAACACCTAA  1097
        ||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||   |
seq2  GTTAAAGTCTACATGTGA--CTACTGTCCTCTCCAGGTCAAAACAC--TA  1091

seq1  GGATAAAGGAGAGTCTTGTTAG-ACTGTTAGAGACTGAA-CTTGG-TTTA  1144
      |  ||  | ||||||||| ||| ||||| ||| |||||| ||||| ||||
seq2  GATTACCGAAGAGTCTTGGTAGAACTGTAAGA-ACTGAACCTTGGATTTA  1140

seq1  CAAGGACTCCGG  1156
      |||| |||||||
seq2  CAAGAACTCCGG  1152