BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-230D16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 88,363,781 - 88,473,937
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040414, Ptma, Pde6d
Upstream geneLOC100040213, LOC100039794, EG665338, Sp110, Sp140, Sp100, A630001G21Rik, Cab39, Itm2c, 4933407L21Rik, Gpr55, Spata3, 2810459M11Rik, Psmd1, Htr2b, Armc9, B3gnt7, EG383538, Ncl, Snord82, Nmur1, 1700019O17Rik
Downstream geneCops7b, Nppc, 4930429A22Rik, EG620213, LOC208256, Akp5, Alpi, Akp3, Ecel1, 1700027L20Rik, Chrnd, Chrng, Eif4e2, Efhd1, Tnrc15, LOC100040600, LOC100040591, 3110079O15Rik, Ngef, LOC620454
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-230D16.bB6Ng01-230D16.g
ACCGA043149GA043150
length1,036931
definitionB6Ng01-230D16.b B6Ng01-230D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,363,781 - 88,364,830)(88,473,007 - 88,473,937)
sequence
gaattcactttgtaaaccaggctggccttgaactcagaaatccgcctgcc
tctgcctcccgactgctgggattaaaggcgtgcgccaccacgcccgacga
aaatatttttcagggcagaatcgggggaaataaaccgtcaacgcattgaa
tgtaagtgttacagttctgagggggaaaggtttccccagtcaagtgttgc
tgttctgaagaggaaggtaaggaataccacaaagaagcgcggcaaaacaa
acccgacgcaaaagtcaaagacagacaaatgagagcggctgcctctctga
gtgaaaggcagggacagagatttccagggcagggattggtgggatttcag
gtcctgagcttgggcagttcagggattggtggatttttgagctcagtgat
tggtgggtcttcaaaacccggaagtgattcctttgtacgcactaccagat
ctcccagaggctgtgcaccataaaaggctgttaagggaggggaaataaag
gggtacttggaacaccggggtcaagaccagctagtctgggtctgctgtcc
tagctgcctgagttcaagctgttttgttgcagagaggaagttggacaggt
ctgggcagctttaggaaacaagtggacattaagaagaatgaatttgggct
ggtgagatggctcagtgggtaagagcacccgactgctcttccaaaggtcc
ggagttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaaccatccataacaa
gatctgatgccctcttctggagtgtctgaagacagctacagtgtacttac
atataataaataaataaataaatctttaaaaaaaaaaaaaaaaagaataa
tgaatttagctggtgtatgcctttaatcccaagacttgggaggcagagag
ataggcagatctctgaatttgaggccagcctgttctacagagtgagtcca
ggacagtcaggctacacagagagcccttgtctcaataagacaaccaacga
gggtggagctattgattggccaggtatcacttcggg
gaattcttttttaacttttttttttaatatatatcatctatagcttccat
ttggcttttgcatttttgtcttatttaagaaaatcttggggctggagaga
tggcttagtggttaaaggtactaactgctcttccaaaagacccaggttca
aatcccagcacctacatggcagctcacaactgtctgtaacaccaagatct
aacactctcacatagacatacatgcagacaaaacactagtacacataaaa
taaagggaaatatattttttaaaaaatacttcaaggaagatctccctaat
atattctggttcagcttgtataaatactttacctattttgagtcttaatc
caattttgggggctttacagaagcagagggtattgtggctgttgttgttg
ttgttgttgttgtttaaggagctggtgatctctcttatcctgagattaat
caaatagcctgcttcttattttcagtacttaaccctttaatcctctgaaa
tgtatttatacttatagtgtgtggtaggaataagctgttaggaaagtcag
ttaccccaggaacatttactagctacttaaaccaccctacttccattgtt
ttggaatattgtctttgtcatgtaacaatttccataagacatgagtttct
tttaggatattgtttcatttatttcttgctcatgcctgtgcatgcttaag
ggtaatcacctagtttcacagtgtggtttaatacagtgtcaaagtgattg
ccatgacatgagtatggatctctaaagtcataaagtcccaagtaaatatt
tgtgtcccttctactcaaaggaagcttttcccctatgtccattatagcta
tccaataagcatgaataatattgcaaacttagattttgtttgtttgtttg
ttttgattttgtttttcgagacagggttcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_88363781_88364830
seq2: B6Ng01-230D16.b_43_1078

seq1  GAATTCACTTTGTAAACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAAACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCGACTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGACGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCGACTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGACGA  100

seq1  AAATATTTTTCAGGGCAGAATCGGGGGAAATAAACCGTCAACGCATTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTTTCAGGGCAGAATCGGGGGAAATAAACCGTCAACGCATTGAA  150

seq1  TGTAAGTGTTACAGTTCTGAGGGGGAAAGGTTTCCCCAGTCAAGTGTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTGTTACAGTTCTGAGGGGGAAAGGTTTCCCCAGTCAAGTGTTGC  200

seq1  TGTTCTGAAGAGGAAGGTAAGGAATACCACAAAGAAGCGCGGCAAAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGAAGAGGAAGGTAAGGAATACCACAAAGAAGCGCGGCAAAACAA  250

seq1  ACCCGACGCAAAAGTCAAAGACAGACAAATGAGAGCGGCTGCCTCTCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGACGCAAAAGTCAAAGACAGACAAATGAGAGCGGCTGCCTCTCTGA  300

seq1  GTGAAAGGCAGGGACAGAGATTTCCAGGGCAGGGATTGGTGGGATTTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGGCAGGGACAGAGATTTCCAGGGCAGGGATTGGTGGGATTTCAG  350

seq1  GTCCTGAGCTTGGGCAGTTCAGGGATTGGTGGATTTTTGAGCTCAGTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAGCTTGGGCAGTTCAGGGATTGGTGGATTTTTGAGCTCAGTGAT  400

seq1  TGGTGGGTCTTCAAAACCCGGAAGTGATTCCTTTGTACGCACTACCAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGGTCTTCAAAACCCGGAAGTGATTCCTTTGTACGCACTACCAGAT  450

seq1  CTCCCAGAGGCTGTGCACCATAAAAGGCTGTTAAGGGAGGGGAAATAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGAGGCTGTGCACCATAAAAGGCTGTTAAGGGAGGGGAAATAAAG  500

seq1  GGGTACTTGGAACACCGGGGTCAAGACCAGCTAGTCTGGGTCTGCTGTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACTTGGAACACCGGGGTCAAGACCAGCTAGTCTGGGTCTGCTGTCC  550

seq1  TAGCTGCCTGAGTTCAAGCTGTTTTGTTGCAGAGAGGAAGTTGGACAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGCCTGAGTTCAAGCTGTTTTGTTGCAGAGAGGAAGTTGGACAGGT  600

seq1  CTGGGCAGCTTTAGGAAACAAGTGGACATTAAGAAGAATGAATTTGGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAGCTTTAGGAAACAAGTGGACATTAAGAAGAATGAATTTGGGCT  650

seq1  GGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCAAAGGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCAAAGGTCC  700

seq1  GGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCATAACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCATAACAA  750

seq1  GATCTGATGCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGATGCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAC  800

seq1  ATATAATAAATAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGA  850
      |||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||
seq2  ATATAATAAATAAATAAATAAATCTTT----AAAAAAAAAAAAAAAAAGA  846

seq1  ATAATGAATTTAGCTGGTGGTATGCCTTTAATCCCAAGACTTGGGAGGCA  900
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGAATTTAGCTGGT-GTATGCCTTTAATCCCAAGACTTGGGAGGCA  895

seq1  GAGAGATAGGCAGATCTCTGAATTTGAGGCCAGCCTGTTCTACAGAGTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATAGGCAGATCTCTGAATTTGAGGCCAGCCTGTTCTACAGAGTGA  945

seq1  GTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAGCCCTGTCTCAAAAAAGACA  1000
      | |||||||||| || |||||||||||||  || |||||| || ||||| 
seq2  G-TCCAGGACAGTCA-GGCTACACAGAGAGCCCTTGTCTC-AATAAGAC-  991

seq1  AAACAAAACAGAGGGGTGGAGCTATTGAATTGGCAAGTATCACCTTCGGG  1050
       ||| ||  |   ||||||||||||||| | | || |||||| |||||||
seq2  -AACCAACGA---GGGTGGAGCTATTGATTGGCCAGGTATCA-CTTCGGG  1036

seq1: chr1_88473007_88473937
seq2: B6Ng01-230D16.g_67_997 (reverse)

seq1  AGAAACCCTGTCTCGAAAAACAAAATC-AAACAAACAAACAAACAAAATC  49
      || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACCCTGTCTCGAAAAACAAAATCAAAACAAACAAACAAACAAAATC  50

seq1  TAAGTTTTGCAATATTATTCATGCTTATTGGATAGCTATAATGGACATAG  99
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAG-TTTGCAATATTATTCATGCTTATTGGATAGCTATAATGGACATAG  99

seq1  GGGAAAAGCTTCCTTTGAGTAGAAGGGACACAAATATTTACTTGGGACTT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAGCTTCCTTTGAGTAGAAGGGACACAAATATTTACTTGGGACTT  149

seq1  TATGACTTTAGAGATCCATACTCATGTCATGGCAATCACTTTGACACTGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACTTTAGAGATCCATACTCATGTCATGGCAATCACTTTGACACTGT  199

seq1  ATTAAACCACACTGTGAAACTAGGTGATTACCCTTAAGCATGCACAGGCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACCACACTGTGAAACTAGGTGATTACCCTTAAGCATGCACAGGCA  249

seq1  TGAGCAAGAAATAAATGAAACAATATCCTAAAAGAAACTCATGTCTTATG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAAGAAATAAATGAAACAATATCCTAAAAGAAACTCATGTCTTATG  299

seq1  GAAATTGTTACATGACAAAGACAATATTCCAAAACAATGGAAGTAGGGTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGTTACATGACAAAGACAATATTCCAAAACAATGGAAGTAGGGTG  349

seq1  GTTTAAGTAGCTAGTAAATGTTCCTGGGGTAACTGACTTTCCTAACAGCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAGTAGCTAGTAAATGTTCCTGGGGTAACTGACTTTCCTAACAGCT  399

seq1  TATTCCTACCACACACTATAAGTATAAATACATTTCAGAGGATTAAAGGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTACCACACACTATAAGTATAAATACATTTCAGAGGATTAAAGGG  449

seq1  TTAAGTACTGAAAATAAGAAGCAGGCTATTTGATTAATCTCAGGATAAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTACTGAAAATAAGAAGCAGGCTATTTGATTAATCTCAGGATAAGA  499

seq1  GAGATCACCAGCTCCTTAAACAACAACAACAACAACAACAACAGCCACAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCACCAGCTCCTTAAACAACAACAACAACAACAACAACAGCCACAA  549

seq1  TACCCTCTGCTTCTGTAAAGCCCCCAAAATTGGATTAAGACTCAAAATAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCTGCTTCTGTAAAGCCCCCAAAATTGGATTAAGACTCAAAATAG  599

seq1  GTAAAGTATTTATACAAGCTGAACCAGAATATATTAGGGAGATCTTCCTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGTATTTATACAAGCTGAACCAGAATATATTAGGGAGATCTTCCTT  649

seq1  GAAGTATTTTTTAAAAAATATATTTCCCTTTATTTTATGTGTACTAGTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTATTTTTTAAAAAATATATTTCCCTTTATTTTATGTGTACTAGTGT  699

seq1  TTTGTCTGCATGTATGTCTATGTGAGAGTGTTAGATCTTGGTGTTACAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTGCATGTATGTCTATGTGAGAGTGTTAGATCTTGGTGTTACAGA  749

seq1  CAGTTGTGAGCTGCCATGTAGGTGCTGGGATTTGAACCTGGGTCTTTTGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTGAGCTGCCATGTAGGTGCTGGGATTTGAACCTGGGTCTTTTGG  799

seq1  AAGAGCAGTTAGTACCTTTAACCACTAAGCCATCTCTCCAGCCCCAAGAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAGTTAGTACCTTTAACCACTAAGCCATCTCTCCAGCCCCAAGAT  849

seq1  TTTCTTAAATAAGACAAAAATGCAAAAGCCAAATGGAAGCTATAGATGAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTAAATAAGACAAAAATGCAAAAGCCAAATGGAAGCTATAGATGAT  899

seq1  ATATATTAAAAAAAAAAGTTAAAAAAGAATTC  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTAAAAAAAAAAGTTAAAAAAGAATTC  931