BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232E08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 85,279,053 - 85,285,844
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene5033414K04Rik, LOC100039638, Dner, Trip12, Fbxo36, Slc16a14, LOC100039695, EG665317, LOC100039723, A530032D15Rik, LOC100039742, LOC100040158, LOC621835, EG665378, C130026I21Rik
Downstream geneLOC100040135, LOC639868
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232E08.bB6Ng01-232E08.g
ACCGA044651GA044652
length1,047764
definitionB6Ng01-232E08.b B6Ng01-232E08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,279,053 - 85,280,093)(85,285,082 - 85,285,844)
sequence
gaattctcattttaacacttgtccttgaagcttgctccttctagttcaaa
actctgatatcttcttccttcccagctgatcatttaaaaaggttagggtt
gagatcagagagataactcggagttaaaacatccacatatacacacgtgc
aagtgcacaattaacagacaaaaacatagttgaattctttaaataaaaaa
gactgacagctctatgtgactataaaagactttgttttcttttcttctta
gcaagaagaaaaaaacatccgaactggtcaaattccaaaagaagacagca
gaaaaaaaagccccgtcaagatgagatgatgggtaaggggatgctggagg
agactccagcaagggggtacaggaggaggattcagcaaaggctgtagatc
tgatggagttcgttctgaactcactatataggcaggcacacaagatttct
tgtcagcacagcgaactggctttaaatttcaccagacctgttttgccact
gagtaaatggtgaactggaacatgttggaatcctgttctgaggttacaca
gcccaaggtgaagggtgcagagtgtcaggtttcctctttatttatacaca
ctaggatggcatccatccttcctaactaaaaggagagtaaataaactttg
ctactttgagataaggtgcagaagagcctgggtcctagccctgagaggca
gtttcagaggaaaagcccccagaaaagcttcagaaaggtgttctcatgcc
tgtggatgcagctgtccttggggaggcagcttccaaagtcccgagaggaa
aaagtgctgtgtcctcccctcctcagtgaaaggccactcatccatccacc
agtcttgtccactgcagagcctctgggcctctgccacccctcgcccagaa
gctgtcttcacgaacaggcatagggctgtcctgcgatgctttagaggtgc
ccagtggccttcgggtgttgcctgtctgaacatggggtgctaacaatgga
agtcccttccctcactgcctgaaaaatcccaggcctgtgcctcatgg

gaattcttcacccattagaccctcgatgcacctacggagtggtcagatga
taggttggtggggaccatcaccatcacagtgccaggtgttctctttaaag
ggcatagatgagggagccacgtgctttctcagactggtatctttggtttg
gtttttctgatatgattttaatttgcttataggaatctacatacagtccc
agttcactctaacaagtttatagagaggaccttctctatacccaggagta
agtaatttatcatctgtgttgtgtagtcagggttaagcagatggtgctgt
tcatacttccagccaggcacagagtcatcttacatctgcaaacagaatct
aaagcttcttgtaaaagaagtctctcagcccggcagtgaggtgaacacct
ttaatcccagcacaggtgggtctctgagttcgaggccagcctggtctaca
gagcaagttccaggacagctaaggccacataaagacaccctgtcttaaaa
attccaaacaaaccaaaacccaaaacctacctctaaccctccagaaggca
agacacaatctgaaaacaacaacaaccatgacaacagaaacccctaacaa
cattatgaacaaaccagtacccaggagcacttgactctatctgcatatgt
atcaaaagatggcctagtcgccatcaatagaaagagcggcccattggact
tgcaaactttatatgcaggggaatgccagggccaaaaattgggagtgggt
gggtaggggagtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_85279053_85280093
seq2: B6Ng01-232E08.b_43_1089

seq1  GAATTCTCATTTTAACACTTGTCCTTGAAGCTTGCTCCTTCTAGTTCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTTTAACACTTGTCCTTGAAGCTTGCTCCTTCTAGTTCAAA  50

seq1  ACTCTGATATCTTCTTCCTTCCCAGCTGATCATTTAAAAAGGTTAGGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGATATCTTCTTCCTTCCCAGCTGATCATTTAAAAAGGTTAGGGTT  100

seq1  GAGATCAGAGAGATAACTCGGAGTTAAAACATCCACATATACACACGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCAGAGAGATAACTCGGAGTTAAAACATCCACATATACACACGTGC  150

seq1  AAGTGCACAATTAACAGACAAAAACATAGTTGAATTCTTTAAATAAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCACAATTAACAGACAAAAACATAGTTGAATTCTTTAAATAAAAAA  200

seq1  GACTGACAGCTCTATGTGACTATAAAAGACTTTGTTTTCTTTTCTTCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGACAGCTCTATGTGACTATAAAAGACTTTGTTTTCTTTTCTTCTTA  250

seq1  GCAAGAAGAAAAAAACATCCGAACTGGTCAAATTCCAAAAGAAGACAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAAGAAAAAAACATCCGAACTGGTCAAATTCCAAAAGAAGACAGCA  300

seq1  GAAAAAAAAGCCCCGTCAAGATGAGATGATGGGTAAGGGGATGCTGGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAAGCCCCGTCAAGATGAGATGATGGGTAAGGGGATGCTGGAGG  350

seq1  AGACTCCAGCAAGGGGGTACAGGAGGAGGATTCAGCAAAGGCTGTAGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCAGCAAGGGGGTACAGGAGGAGGATTCAGCAAAGGCTGTAGATC  400

seq1  TGATGGAGTTCGTTCTGAACTCACTATATAGGCAGGCACACAAGATTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGAGTTCGTTCTGAACTCACTATATAGGCAGGCACACAAGATTTCT  450

seq1  TGTCAGCACAGCGAACTGGCTTTAAATTTCACCAGACCTGTTTTGCCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGCACAGCGAACTGGCTTTAAATTTCACCAGACCTGTTTTGCCACT  500

seq1  GAGTAAATGGTGAACTGGAACATGTTGGAATCCTGTTCTGAGGTTACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAATGGTGAACTGGAACATGTTGGAATCCTGTTCTGAGGTTACACA  550

seq1  GCCCAAGGTGAAGGGTGCAGAGTGTCAGGTTTCCTCTTTATTTATACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAGGTGAAGGGTGCAGAGTGTCAGGTTTCCTCTTTATTTATACACA  600

seq1  CTAGGATGGCATCCATCCTTCCTAACTAAAAGGAGAGTAAATAAACTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGATGGCATCCATCCTTCCTAACTAAAAGGAGAGTAAATAAACTTTG  650

seq1  CTACTTTGAGATAAGGTGCAGAAGAGCCTGGGTCCTAGCCCTGAGAGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTGAGATAAGGTGCAGAAGAGCCTGGGTCCTAGCCCTGAGAGGCA  700

seq1  G-TTCAGAGGAAAAGCCCCCAGAAAAGCTTCAGAAAGGTGTTCTCATGCC  749
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAGAGGAAAAGCCCCCAGAAAAGCTTCAGAAAGGTGTTCTCATGCC  750

seq1  TGTGGATGCAGCTGTCCTTGGGGAGGCAGCTTCCAAAGTCCCGAGAGGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATGCAGCTGTCCTTGGGGAGGCAGCTTCCAAAGTCCCGAGAGGAA  800

seq1  AAAGTGCTGTGTCCTCCCCTCCTCAGTG-AAGGCCACTCATCCATCCACC  848
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCTGTGTCCTCCCCTCCTCAGTGAAAGGCCACTCATCCATCCACC  850

seq1  AGTCCTGTCCACTGCAGAGCCTCTGGGCCTCTGCCACCCCTCGCCCAGAA  898
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTGTCCACTGCAGAGCCTCTGGGCCTCTGCCACCCCTCGCCCAGAA  900

seq1  GCTGTCTTCACG-ACAGGCATAGGGCTGTCCCTGCGATGCTTTAGAGGTG  947
      |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTTCACGAACAGGCATAGGGCTGT-CCTGCGATGCTTTAGAGGTG  949

seq1  CCCAGTGGCCTTCGGGTGTTGCCTGTCTGAACAT-GGGTGCTA--CATGG  994
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||
seq2  CCCAGTGGCCTTCGGGTGTTGCCTGTCTGAACATGGGGTGCTAACAATGG  999

seq1  AAGTCCCTT-CCTCACTGCCTGAAAAATCCCAGGCCTGTGCCTCATGG  1041
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCCTTCCCTCACTGCCTGAAAAATCCCAGGCCTGTGCCTCATGG  1047


seq1: chr1_85285082_85285844
seq2: B6Ng01-232E08.g_68_831 (reverse)

seq1  ACACTCCCCTACCCACCCACTCGCAATTTTTGGCCCTGGCATTCCCCTGC  50
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCCCCTACCCACCCACTCCCAATTTTTGGCCCTGGCATTCCCCTGC  50

seq1  ATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCGCTCTTTCCATTGATGGCGACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCGCTCTTTCTATTGATGGCGACTA  100

seq1  GGCCATCTTTTGATACATATGCAGATAGAGTCAAGTGCTCCGGGGTACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGCCATCTTTTGATACATATGCAGATAGAGTCAAGTGCTCCTGGGTACTG  150

seq1  GTTTGTTCATAATGTTGTTAGGGGTTTCTGTTGTCATGGTTGTTGTTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTCATAATGTTGTTAGGGGTTTCTGTTGTCATGGTTGTTGTTGTT  200

seq1  TTCAGATTGTGTCTTGCCTTCTGGAGGGTGAGAGGTAGGTTTTGGGTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATTGTGTCTTGCCTTCTGGAGGGTTAGAGGTAGGTTTTGGGTTTT  250

seq1  GGTTTGTTTGGATTTTTTAAGACAGGGTTTCTTTATGTGGCCTTAGTTGT  300
      |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  GGTTTGTTTGGAATTTTTAAGACAGGGTGTCTTTATGTGGCCTTAGCTGT  300

seq1  CCTGGAACTTGCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAGACCCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCTGGAACTTGCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAGACCCACC  350

seq1  GGTGCTGGGATGAAAGGTGTTCACCTCACTGCCGGGCTGAGAGACTTCTT  400
       |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTGCTGGGATTAAAGGTGTTCACCTCACTGCCGGGCTGAGAGACTTC-T  399

seq1  TTTACAAGAGGCTTGAGATTCTGTTTGCAGATGTAGGATGACTC--TGCC  448
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||
seq2  TTTACAAGAAGCTTTAGATTCTGTTTGCAGATGTAAGATGACTCTGTGCC  449

seq1  TGGCTGGAAGTATGAACAGCACCATCTGCTTAACCCTGACTACACAACAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGAAGTATGAACAGCACCATCTGCTTAACCCTGACTACACAACAC  499

seq1  AGATGATAAATTACTTACTCCTGGGTATAGAGAAGGTCCTCTCTATAAAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATAAATTACTTACTCCTGGGTATAGAGAAGGTCCTCTCTATAAAC  549

seq1  TTGTTAGAGTGAACTGGGACTATATGTAGATTCCTATAAGCAAATTAAAA  598
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAGAGTGAACTGGGACTGTATGTAGATTCCTATAAGCAAATTAAAA  599

seq1  TCATATCAGAAAAACCAAACCAAAGATACCAGTCTGAGAAAGCACGTGGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATCAGAAAAACCAAACCAAAGATACCAGTCTGAGAAAGCACGTGGC  649

seq1  TCCCTCATCTATGCCCTTTAAAGAGAACACCTGGCACTGTGATGGTGATG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCATCTATGCCCTTTAAAGAGAACACCTGGCACTGTGATGGTGATG  699

seq1  GTCCCCACCAACCTATCATCTGACCACTCCATAGGTGCATCGAGGGTCTA  748
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCACCAACCTATCATCTGACCACTCCGTAGGTGCATCGAGGGTCTA  749

seq1  ATGGGTGAAGAATTC  763
      |||||||||||||||
seq2  ATGGGTGAAGAATTC  764


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |