BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233B24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 49,928,344 - 50,041,069
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666909, 2900045O20Rik, LOC666924, C230029F24Rik, LOC627430, LOC100041981
Downstream geneEG666962, EG666970, LOC100041993, Tmeff2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233B24.bB6Ng01-233B24.g
ACCGA045274GA045275
length9501,129
definitionB6Ng01-233B24.b B6Ng01-233B24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,928,344 - 49,929,141)(50,039,933 - 50,041,069)
sequence
gaattccacctgttccagcttgagttttggaaaagattgttcttttgcta
ttgaataaactttccaatcatcttaaaaatcagtcagttatagatgcatg
gaattgtttctgtgcttctgattatattttaatatttttcagaacaggct
tactcttaaaatagtaacactagttaagagatggtagtcactttatagta
attttaaattcaaaatgtacaaatatgctatgtttactccttgtatatgt
gcatatgaaagcaaatagatagggatttgctgggatccacaatacatgaa
tgtatttattattattattaaaattgtaaatagattttttattggttctt
ttatttacatttgagattttatatagtttgaatattagccctttatcaga
tatagggttggtaatgatattttcccaatttgtaggctgtcattttgtcc
ttatgtactggctagttttgtgtcaacttgacatagctggagttatcaca
gtgaaaggagcttcagttgaggaaatgcctccatgagatccaactgtaag
gcattttctccattagtgaccaagggagaaaggccccttgtgggtgggac
catctctgggctggtagtcttggttctataacagagcaggctgagcaagc
caggagaagcaagccaataatgaacatccctccatggcctctgaatcagc
tcctgctttctggcctgcttgagttccattccagacttccttggcgatga
acagaagtatggaagtgtaagccaaataaaccctttcctccccaacttgc
ttcttggtcatgatgtttgtgcaggaatagaaaccctgactaagacaaat
tggtatcagcatagtggggtattcctgtgacagcctgactgtgttttggg
gaagaacttttgtggaagaacttttggaacttgggacaagaagatccatt

gaattcaataacttttgctggaaggaatgtccaggaaggaaagctcattg
gctgaacattggggtccacctagatacctcaccagcatggagaactccag
gtttttatactacatgactgattgccatagccctctcagtgaggtgttgt
ggttacatgtacccgaacaggtagtttggaagaaagcttgctccaagcct
accatactcacccaattctgagtttcacacaggttgggctcactcaacct
tgccaattcttctgtctggtgggcgtggtacacttggcccacagaaaatg
tagaagtagatagattaatggtggatactttaaatatttaagtgatggaa
gaatacatcaaagagtggggtgttttgataataaacacagtaggctatat
gataggaaatcagcattaatttttttcaagtatttacatacgtaagcatg
ttttaatgggcttgagtgtgagcatatgtgagaatacatatgtacgtgca
tgcacacatatgtaggcaagaggtatatattgtcttctttgatcattgtg
taccatatttttaatctaaaatttaattaagtttgttctttgacagattt
attcatataaaaaacacattctaattatgtctccacctgctcttattcct
cccaccttgtccaattccatctttcctaaaaatgtccctttccaaatcca
ttgttttttatgcttagagagagagtgtctttctatgaacttggagttcc
ttgatctcattgaatcttaagagttatatctgtctctaccaccaaccccc
aggacattgactttagtcactgacatactgttttcacatgggtttctggt
agttgaaactctgttctcatatttcatggcaataacttcactgactagcc
acttctccaccattacatcctggaagttgtgtttaattgttgagtgtcct
agctaaatttgtctctaagaatggtaaagtatttatagcttaaagtatac
ttcaccgtattgcttccagcacacttcttcccaggccaaattttctagtt
ttacttccatatgggaaactgatattatgagaaaacaagttatggtttaa
tgttaaatcagggactggtctttgaataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_49928344_49929141
seq2: B6Ng01-233B24.b_47_844

seq1  GAATTCCACCTGTTCCAGCTTGAGTTTTGGAAAAGATTGTTCTTTTGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCTGTTCCAGCTTGAGTTTTGGAAAAGATTGTTCTTTTGCTA  50

seq1  TTGAATAAACTTTCCAATCATCTTAAAAATCAGTCAGTTATAGATGCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATAAACTTTCCAATCATCTTAAAAATCAGTCAGTTATAGATGCATG  100

seq1  GAATTGTTTCTGTGCTTCTGATTATATTTTAATATTTTTCAGAACAGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGTTTCTGTGCTTCTGATTATATTTTAATATTTTTCAGAACAGGCT  150

seq1  TACTCTTAAAATAGTAACACTAGTTAAGAGATGGTAGTCACTTTATAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTTAAAATAGTAACACTAGTTAAGAGATGGTAGTCACTTTATAGTA  200

seq1  ATTTTAAATTCAAAATGTACAAATATGCTATGTTTACTCCTTGTATATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAATTCAAAATGTACAAATATGCTATGTTTACTCCTTGTATATGT  250

seq1  GCATATGAAAGCAAATAGATAGGGATTTGCTGGGATCCACAATACATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGAAAGCAAATAGATAGGGATTTGCTGGGATCCACAATACATGAA  300

seq1  TGTATTTATTATTATTATTAAAATTGTAAATAGATTTTTTATTGGTTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTATTATTATTATTAAAATTGTAAATAGATTTTTTATTGGTTCTT  350

seq1  TTATTTACATTTGAGATTTTATATAGTTTGAATATTAGCCCTTTATCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTACATTTGAGATTTTATATAGTTTGAATATTAGCCCTTTATCAGA  400

seq1  TATAGGGTTGGTAATGATATTTTCCCAATTTGTAGGCTGTCATTTTGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGGTTGGTAATGATATTTTCCCAATTTGTAGGCTGTCATTTTGTCC  450

seq1  TTATGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGACATAGCTGGAGTTATCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGACATAGCTGGAGTTATCACA  500

seq1  GTGAAAGGAGCTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAACTGTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGGAGCTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAACTGTAAG  550

seq1  GCATTTTCTCCATTAGTGACCAAGGGAGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTCTCCATTAGTGACCAAGGGAGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGGAC  600

seq1  CATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGTTCTATAACAGAGCAGGCTGAGCAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGTTCTATAACAGAGCAGGCTGAGCAAGC  650

seq1  CAGGAGAAGCAAGCCAATAATGAACATCCCTCCATGGCCTCTGAATCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGAAGCAAGCCAATAATGAACATCCCTCCATGGCCTCTGAATCAGC  700

seq1  TCCTGCTTTCTGGCCTGCTTGAGTTCCATTCCAGACTTCCTTGGCGATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTTTCTGGCCTGCTTGAGTTCCATTCCAGACTTCCTTGGCGATGA  750

seq1  ACAGAAGTATGGAAGTGTAAGCCAAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGTATGGAAGTGTAAGCCAAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTT  798

seq1: chr1_50039933_50041069
seq2: B6Ng01-233B24.g_66_1194 (reverse)

seq1  TTATTCATAAGACAAGTCACTGATTTAACATTAAAACAATAACTTGTTTT  50
      ||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  TTATTCA-AAGACCAGTCCCTGATTTAACATT-AAACCATAACTTGTTTT  48

seq1  CTCAATAAATTAATCAGTTTTCCATTATGAAAGTAAAACTAGAAATATTG  100
      ||| ||||    |||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||| 
seq2  CTC-ATAA---TATCAGTTTCCCA-TATGGAAGTAAAACTAGAAA-ATTT  92

seq1  GGCTGGGGAAGAAGTGTGCTGGAAGC-ATACGGTGAAGTATACCTTAAGC  149
      |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  GGCCTGGGAAGAAGTGTGCTGGAAGCAATACGGTGAAGTATACTTTAAGC  142

seq1  TTATAATACTTTACCATTCTTAGAGACAAATTTAGCTAGGACACTTCAAC  199
      |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TATAAATACTTTACCATTCTTAGAGACAAATTTAGCTAGGACAC-TCAAC  191

seq1  AATTAAACACAACTTCCAGGATGTAATGGTGGAGAAGTGGCTAGTCAGTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAACACAACTTCCAGGATGTAATGGTGGAGAAGTGGCTAGTCAGTG  241

seq1  AAGTTATTGCCATGAAAATATGAGAACAGAGTTTCAACTACCAGAAA-CC  298
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAGTTATTGCCATG-AAATATGAGAACAGAGTTTCAACTACCAGAAACCC  290

seq1  ATGTGAAAACAGTATGTCAGTGACTAAAGTCAATGTCCTGGGGGTTGGTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAAAACAGTATGTCAGTGACTAAAGTCAATGTCCTGGGGGTTGGTG  340

seq1  GTAGAGACAGATATAACTCTTAAGATTCAATGAGATCAAGGAACTCCAAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGACAGATATAACTCTTAAGATTCAATGAGATCAAGGAACTCCAAG  390

seq1  TTCATAGAAAGACACTCTCTCTCTAAGCATAAAAAACAATGGATTTGGAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAGAAAGACACTCTCTCTCTAAGCATAAAAAACAATGGATTTGGAA  440

seq1  AGGGACATTTTTAGGAAAGATGGAATTGGACAAGGTGGGAGGAATAAGAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACATTTTTAGGAAAGATGGAATTGGACAAGGTGGGAGGAATAAGAG  490

seq1  CAGGTGGAGACATAATTAGAATGTGTTTTTTATATGAATAAATCTGTCAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGAGACATAATTAGAATGTGTTTTTTATATGAATAAATCTGTCAA  540

seq1  AGAACAAACTTAATTAAATTTTAGATTAAAAATATGGTACACAATGATCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAACTTAATTAAATTTTAGATTAAAAATATGGTACACAATGATCA  590

seq1  AAGAAGACAATATATACCTCTTGCCTACATATGTGTGCATGCACGTACAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGACAATATATACCTCTTGCCTACATATGTGTGCATGCACGTACAT  640

seq1  ATGTATTCTCACATATGCTCACACTCAAGCCCATTAAAACATGCTTACGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTCTCACATATGCTCACACTCAAGCCCATTAAAACATGCTTACGT  690

seq1  ATGTAAATACTTGAAAAAAATTAATGCTGATTTCCTATCATATAGCCTAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAATACTTGAAAAAAATTAATGCTGATTTCCTATCATATAGCCTAC  740

seq1  TGTGTTTATTATCAAAACACCCCACTCTTTGATGTATTCTTCCATCACTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTATTATCAAAACACCCCACTCTTTGATGTATTCTTCCATCACTT  790

seq1  AAATATTTAAAGTATCCACCATTAATCTATCTACTTCTACATTTTCTGTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTAAAGTATCCACCATTAATCTATCTACTTCTACATTTTCTGTG  840

seq1  GGCCAAGTGTACCACGCCCACCAGACAGAAGAATTGGCAAGGTTGAGTGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGTGTACCACGCCCACCAGACAGAAGAATTGGCAAGGTTGAGTGA  890

seq1  GCCCAACCTGTGTGAAACTCAGAATTGGGTGAGTATGGTAGGCTTGGAGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAACCTGTGTGAAACTCAGAATTGGGTGAGTATGGTAGGCTTGGAGC  940

seq1  AAGCTTTCTTCCAAACTACCTGTTCGGGTACATGTAACCACAACACCTCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTCTTCCAAACTACCTGTTCGGGTACATGTAACCACAACACCTCA  990

seq1  CTGAGAGGGCTATGGCAATCAGTCATGTAGTATAAAAACCTGGAGTTCTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGGGCTATGGCAATCAGTCATGTAGTATAAAAACCTGGAGTTCTC  1040

seq1  CATGCTGGTGAGGTATCTAGGTGGACCCCAATGTTCAGCCAATGAGCTTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGGTGAGGTATCTAGGTGGACCCCAATGTTCAGCCAATGAGCTTT  1090

seq1  CCTTCCTGGACATTCCTTCCAGCAAAAGTTATTGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTGGACATTCCTTCCAGCAAAAGTTATTGAATTC  1129