BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243M03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 188,399,847 - 188,513,836
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTgfb2
Upstream geneLOC677785, Lyplal1
Downstream geneRrp15, LOC666832, LOC100042375, D1Pas1, Spata17, Gpatch2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243M03.bB6Ng01-243M03.g
ACCGA053058GA053059
length1,159665
definitionB6Ng01-243M03.b B6Ng01-243M03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(188,399,847 - 188,401,011)(188,513,172 - 188,513,836)
sequence
gaattcaacaagtacagcttgaacccatagtccgggtctagcactttcat
tagacacgggagagtgtcatcagattcagtctcgatggcatgtaccatgt
gaattaaacaaacaaaaacaaaaacaaacacaaaacaggacatggtggcc
ctgggtatggtggaagagaaggaggtctactgtagatgaggaagaaatca
gccagaatatcaggtttttatatgactcagtttctataaaaagctaaagc
ttaacaaagtgttagcaaagacaaagaagctagacatcgattttttttaa
gccagctatggttaacctgagtagaccttagggatttataaaccttattt
attaaatataccttggctttttttaaccacatggccatgttaaccaagat
ggtggtaaagttacgttatatgtattcttttttaaccttagtaaataaag
agggctgccatccatggggatgctattgaaaaatatctattcttctcaat
aaacctattttttaaacaagagttgaatccaagttacatatacagtatat
tctaaacaaaagatgaatcacatatgtagtatattattgcaaattaagat
tatccatctataggtatttttaactataagccttttgtcatatgttttaa
gctaaattttgttacagattgttttagccatacacagtaaacttaaaaat
actaatatagtttacagcatagtcaagcagttgttccaaacttccctaat
gctgtggccctttaatacagttcctcagctacccagccagtaaattattt
cattgctactccataactgaaattatgtcactattatgaattgtgatgta
aatgtctgtgttttctgatggtcttaggtccttactcagcactcaagttc
aaattccccaagagtctttgatttttctactaaagtcatctcaaagaaag
aaaattaaaagggcttagaaactggctctgctggtaagtgctcaacacat
agtgggggaatacttgagcttataaatcagaacccacaggaaaaaaatgt
gcttgtacactagatgttagagagagaagaacaggtaggtccctgtactt
gcagtctgttcaaactgatagagagcctatagcaagtgaaaaaagctgtt
tggcaagca

gaattcagtggttgagttgtttctgagccatacacaggaagaaaagaaat
agaccaagttaggactcttgaaatgtgtgtggaggttctacataggcatg
ggggatggaggagggtgattctcctgagaatctagtttgtaactctccat
gcctggccttgcttcttaggaacaactgttacatacagtggctgcagctg
aggttttctaatgaaaaaccaaaaccaaaaccaaaacaaaacaaaaacaa
tggtcccagttctgttaagagtgtatgttggtggttttatttcaatatgg
aagggcccacagtggctagagggaacagtggaaataaaatcagtaaaatg
ttgaatctgcactgagatagctcttgtgtgggacaaattacatctggttt
ctcagttctgaatttttatttcattccactctctaaacctaagagttaat
tgtgccattcattgactggtgtttgggggaggagaggatggaagcaaatt
agtaaagacaaaccttggtcaaatcctctctacagccccattacccaggt
cacccacccatcctaagaccgggttaataccagaatgtcattggtcattg
ttgtcattgtcttcttcttcttcttcttcttcttcttcttcttcttcttc
ttcttcttcttcatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_188399847_188401011
seq2: B6Ng01-243M03.b_43_1201

seq1  GAATTCAACAAGTACAGCTTGAACCCATAGTCCGGGTCTAGCACTTTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAAGTACAGCTTGAACCCATAGTCCGGGTCTAGCACTTTCAT  50

seq1  TAGACACGGGAGAGTGTCATCAGATTCAGTCTCGATGGCATGTACCATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACACGGGAGAGTGTCATCAGATTCAGTCTCGATGGCATGTACCATGT  100

seq1  GAATTAAACAAACAAAAACAAAAACAAACACAAAACAGGACATGGTGGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAACAAACAAAAACAAAAACAAACACAAAACAGGACATGGTGGCC  150

seq1  CTGGGTATGGTGGAAGAGAAGGAGGTCTACTGTAGATGAGGAAGAAATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTATGGTGGAAGAGAAGGAGGTCTACTGTAGATGAGGAAGAAATCA  200

seq1  GCCAGAATATCAGGTTTTTATATGACTCAGTTTCTATAAAAAGCTAAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAATATCAGGTTTTTATATGACTCAGTTTCTATAAAAAGCTAAAGC  250

seq1  TTAACAAAGTGTTAGCAAAGACAAAGAAGCTAGACATCGATTTTTTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAAAGTGTTAGCAAAGACAAAGAAGCTAGACATCGATTTTTTTTAA  300

seq1  GCCAGCTATGGTTAACCTGAGTAGACCTTAGGGATTTATAAACCTTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTATGGTTAACCTGAGTAGACCTTAGGGATTTATAAACCTTATTT  350

seq1  ATTAAATATACCTTGGCTTTTTTTAACCACATGGCCATGTTAACCAAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATATACCTTGGCTTTTTTTAACCACATGGCCATGTTAACCAAGAT  400

seq1  GGTGGTAAAGTTACGTTATATGTATTCTTTTTTAACCTTAGTAAATAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTAAAGTTACGTTATATGTATTCTTTTTTAACCTTAGTAAATAAAG  450

seq1  AGGGCTGCCATCCATGGGGATGCTATTGAAAAATATCTATTCTTCTCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGCCATCCATGGGGATGCTATTGAAAAATATCTATTCTTCTCAAT  500

seq1  AAACCTATTTTTTAAACAAGAGTTGAATCCAAGTTACATATACAGTATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTATTTTTTAAACAAGAGTTGAATCCAAGTTACATATACAGTATAT  550

seq1  TCTAAACAAAAGATGAATCACATATGTAGTATATTATTGCAAATTAAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAACAAAAGATGAATCACATATGTAGTATATTATTGCAAATTAAGAT  600

seq1  TATCCATCTATAGGTATTTTTAACTATAAGCCTTTTGTCATATGTTTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCATCTATAGGTATTTTTAACTATAAGCCTTTTGTCATATGTTTTAA  650

seq1  GCTAAATTTTGTTACAGATTGTTTTAGCCATACACAGTAAACTTAAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATTTTGTTACAGATTGTTTTAGCCATACACAGTAAACTTAAAAAT  700

seq1  ACTAATATAGTTTACAGCATAGTCAAGCAGTTGTTCCAAACTTCCCTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATATAGTTTACAGCATAGTCAAGCAGTTGTTCCAAACTTCCCTAAT  750

seq1  GCTGTGGCCCTTTAATACAGTTCCTCAGCTACCCAGCCAGTAAATTATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGCCCTTTAATACAGTTCCTCAGCTACCCAGCCAGTAAATTATTT  800

seq1  CATTGCTACTCCATAACTGAAATTATGTCACTATTATGAATTGTGATGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTACTCCATAACTGAAATTATGTCACTATTATGAATTGTGATGTA  850

seq1  AATGTCTGTGTTTTCTGATGGTCTTAGGTCCTTACTCAGCACTCAAGTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTGTGTTTTCTGATGGTCTTAGGTCCTTACTCAGCACTCAAGTTC  900

seq1  AAATTCCCCAAGAGTCTTTGATTTTTCTACTAAAGTCATCTCAAAGAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCCCAAGAGTCTTTGATTTTTCTACTAAAGTCATCTCAAAGAAAG  950

seq1  AAAATTAAAAGGGCTTAGAAACTGGCTCTGCTGGTAAGGTGCTCAACACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAAATTAAAAGGGCTTAGAAACTGGCTCTGCTGGTAA-GTGCTCAACACA  999

seq1  TAGT-GGGGAATACTTGAGC-TATAAATCCAGAACCCACAGGAAAAAAAT  1048
      |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGGGGAATACTTGAGCTTATAAAT-CAGAACCCACAGGAAAAAAAT  1048

seq1  GTGCTTGTACACCTAGATGTGAGGAGGAGGAGGAGACAGGTAGGTCCCTG  1098
      ||||||||||| |||||||| ||   ||| ||   |||||||||||||| 
seq2  GTGCTTGTACA-CTAGATGTTAGAGAGAGAAG--AACAGGTAGGTCCCT-  1094

seq1  GAACTTGCAGTCTGGTCAAACTGAATTAGAGAG-CTATAGGCCAGTGAGA  1147
      | |||||||||||| |||||||||  ||||||| ||||| || ||||| |
seq2  GTACTTGCAGTCTGTTCAAACTGA--TAGAGAGCCTATA-GCAAGTGAAA  1141

seq1  GAAGCTGTTTGGGAAGCA  1165
       ||||||||||| |||||
seq2  AAAGCTGTTTGGCAAGCA  1159


seq1: chr1_188513172_188513836
seq2: B6Ng01-243M03.g_68_732 (reverse)

seq1  GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA  50
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA  50

seq1  AGAAGACAATGACAACAATGACCAATGACATTCTGGTATTAACCCGGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACAATGACAACAATGACCAATGACATTCTGGTATTAACCCGGTCT  100

seq1  TAGGATGGGTGGGTGACCTGGGTAATGGGGCTGTAGAGAGGATTTGACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATGGGTGGGTGACCTGGGTAATGGGGCTGTAGAGAGGATTTGACCA  150

seq1  AGGTTTGTCTTTACTAATTTGCTTCCATCCTCTCCTCCCCCAAACACCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTGTCTTTACTAATTTGCTTCCATCCTCTCCTCCCCCAAACACCAG  200

seq1  TCAATGAATGGCACAATTAACTCTTAGGTTTAGAGAGTGGAATGAAATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGAATGGCACAATTAACTCTTAGGTTTAGAGAGTGGAATGAAATAA  250

seq1  AAATTCAGAACTGAGAAACCAGATGTAATTTGTCCCACACAAGAGCTATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCAGAACTGAGAAACCAGATGTAATTTGTCCCACACAAGAGCTATC  300

seq1  TCAGTGCAGATTCAACATTTTACTGATTTTATTTCCACTGTTCCCTCTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCAGATTCAACATTTTACTGATTTTATTTCCACTGTTCCCTCTAG  350

seq1  CCACTGTGGGCCCTTCCATATTGAAATAAAACCACCAACATACACTCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTGGGCCCTTCCATATTGAAATAAAACCACCAACATACACTCTTA  400

seq1  ACAGAACTGGGACCATTGTTTTTGTTTTGTTTTGGTTTTGGTTTTGGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACTGGGACCATTGTTTTTGTTTTGTTTTGGTTTTGGTTTTGGTTT  450

seq1  TTCATTAGAAAACCTCAGCTGCAGCCACTGTATGTAACAGTTGTTCCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTAGAAAACCTCAGCTGCAGCCACTGTATGTAACAGTTGTTCCTAA  500

seq1  GAAGCAAGGCCAGGCATGGAGAGTTACAAACTAGATTCTCAGGAGAATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAGGCCAGGCATGGAGAGTTACAAACTAGATTCTCAGGAGAATCA  550

seq1  CCCTCCTCCATCCCCCATGCCTATGTAGAACCTCCACACACATTTCAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTCCATCCCCCATGCCTATGTAGAACCTCCACACACATTTCAAGA  600

seq1  GTCCTAACTTGGTCTATTTCTTTTCTTCCTGTGTATGGCTCAGAAACAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAACTTGGTCTATTTCTTTTCTTCCTGTGTATGGCTCAGAAACAAC  650

seq1  TCAACCACTGAATTC  665
      |||||||||||||||
seq2  TCAACCACTGAATTC  665


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |