BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248J08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 97,060,561 - 97,192,263
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383603
Upstream geneLOC666012, LOC666025, LOC100040685
Downstream geneTmem157, LOC100041686, Rnu7-ps2, St8sia4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248J08.bB6Ng01-248J08.g
ACCGA056622GA056623
length1,100919
definitionB6Ng01-248J08.b B6Ng01-248J08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,191,163 - 97,192,263)(97,060,561 - 97,061,475)
sequence
gaattctcaccttactctctgctattaaaatttaactaaatgtccacata
taaataacatgataaattcatcctacaagataaggaatgttgtttataga
aattattttgttgacagaagatatgttgttaattttaattttctcttata
ctcagactcaaaggcagaaaaatcactcattgattctattctttgggaat
aaaacatctctcagttgagttctaagtcctgttagctggtacactggatg
ttgccaatataatggagatctctcatctcaatcatgtcattaaaatatca
ttcacagatatagagatactcctattaaattactgtataaaatttagaaa
ataaagtcatgttaagaagctatttagattttggtgttggaagaacattg
ttatttcagttccaattctagtctgatagatgggatagcaaaccagtccg
taatttggccctacaaacctcttccatttgagatcaatcagctgtcatta
gtggagcttctcattgtagaaagaggtggttaattcagacataattcacc
aaaatgccaaaaataagtggtggttaagttctctcctttaaagagagcta
tttaaccctataaggctcaagtcgccacaggagtagtgactaaaagaaag
tcagagtcacaggaagcgaagcataaaactgtcttcttaacataagccat
tggactccaacatactgtaactgtgattatttgctcaagatttacacaag
gtgacttcctttcatattctactacggtatgggaagtatccatgaagtct
cagcatgccctgaagactattggcagtcaatgattgtttggggggaaaac
ttatggctttcttcagagaggtagtcattgataaattgcttttgctcaat
aaataaactttcaccccttcttgagaaggaactctaaactagttgggtca
catggaagaggaatttcatgtaaacactggcagtactgatgggacctgaa
gggtttcagcaggaaaaggcattttgctgtgcgggagagaagagtgggct
gccaaatgacccaattaataacatgtgtccataaactggcaataatcata


gaattcctcccctccttccctgccagtcctccccactccctggggcctca
agtttcttgagagttaggcgaatcttctcccactgaggctagaccaggca
atcctctgctttatatgtgtctgggagactctgaacagctagtataggct
gcagggctggtggctcagggctcagtgtctgagaaatctcagaggtctgg
gtaggttgagactgcgggtcttcctattacccaggtggccctcttcctca
gaaggaaattttcttagggtgaagtttcattggctgaggcttaaagttca
ttatatgcatggagaggcatttcaggaaattgaacctctaatttcatcaa
ggattatgtgaagttcttcaggtagaatgtggggtcaggttccccagata
agatagagaagagcaagcccagctgggaaaaggaggtctgcattttgcac
agagcttcagacatggtagactacaacctttaaatagcaggatcttccaa
catgtaatagtaaagaactgatttggtctagccaagtggtgacagtgaac
agatgtcaaatcctttgggcatatgccaaagagagggatagctgggtcat
attgtaatttgtttttagtttttaactggttctctctttatttctatagt
ggttgcatcagtttgttgttccagcgacagtaaatgcaagtttctactcc
atgacaaaactggcatctttgacaattttttttgatcttatccattctga
gcaggatgagatgaaatctgtaaagaggagtggatcaggtattgatttga
tttcatgtgtaccttctcccagttttaaatggtcaaataaaggatataga
ctgtgattgggcagtagaagggaaaagggggctggaggttttagagagtg
gggtaagaaaggaggaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_97191163_97192263
seq2: B6Ng01-248J08.b_46_1145 (reverse)

seq1  TATGATTATTTGGCAGTTTAATGGACACATGTAATTAATTTGGTTCATTT  50
      |||||||| ||| |||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||
seq2  TATGATTA-TTGCCAGTTT-ATGGACACATGTTATTAA-TTGGGTCATTT  47

seq1  GCAAGCCCACTCTTCTCTCCCGCACAGC-AAATGCC-TTTCCTGCTGAAA  98
      |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  GGCAGCCCACTCTTCTCTCCCGCACAGCAAAATGCCTTTTCCTGCTGAAA  97

seq1  CCC-TCAGGTCCCATCAGTACTGCCAGTGTTTACATG-AATTCCTCTTCC  146
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCCTTCAGGTCCCATCAGTACTGCCAGTGTTTACATGAAATTCCTCTTCC  147

seq1  ATGTGACCCACCTAGTTTAGAGTTTCCTTCTCAAGAAGGGGTGAAAGTTT  196
      |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACCCAACTAGTTTAGAG-TTCCTTCTCAAGAAGGGGTGAAAGTTT  196

seq1  ATTTATTTGAGCAAAAGCAATTTATCAATGACTACCTCTCTGAAGAAAGC  246
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTA-TTGAGCAAAAGCAATTTATCAATGACTACCTCTCTGAAGAAAGC  245

seq1  CATAAGTTTTCCCCCCAAACAATCATTGACTGCCAATAGTCTTCAGGGCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGTTTTCCCCCCAAACAATCATTGACTGCCAATAGTCTTCAGGGCA  295

seq1  TGCTGAGACTTCATGGATACTTCCCATACCGTAGTAGAATATGAAAGGAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGACTTCATGGATACTTCCCATACCGTAGTAGAATATGAAAGGAA  345

seq1  GTCACCTTGTGTAAATCTTGAGCAAATAATCACAGTTACAGTATGTTGGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCTTGTGTAAATCTTGAGCAAATAATCACAGTTACAGTATGTTGGA  395

seq1  GTCCAATGGCTTATGTTAAGAAGACAGTTTTATGCTTCGCTTCCTGTGAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAATGGCTTATGTTAAGAAGACAGTTTTATGCTTCGCTTCCTGTGAC  445

seq1  TCTGACTTTCTTTTAGTCACTACTCCTGTGGCGACTTGAGCCTTATAGGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTTTCTTTTAGTCACTACTCCTGTGGCGACTTGAGCCTTATAGGG  495

seq1  TTAAATAGCTCTCTTTAAAGGAGAGAACTTAACCACCACTTATTTTTGGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAGCTCTCTTTAAAGGAGAGAACTTAACCACCACTTATTTTTGGC  545

seq1  ATTTTGGTGAATTATGTCTGAATTAACCACCTCTTTCTACAATGAGAAGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGTGAATTATGTCTGAATTAACCACCTCTTTCTACAATGAGAAGC  595

seq1  TCCACTAATGACAGCTGATTGATCTCAAATGGAAGAGGTTTGTAGGGCCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTAATGACAGCTGATTGATCTCAAATGGAAGAGGTTTGTAGGGCCA  645

seq1  AATTACGGACTGGTTTGCTATCCCATCTATCAGACTAGAATTGGAACTGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACGGACTGGTTTGCTATCCCATCTATCAGACTAGAATTGGAACTGA  695

seq1  AATAACAATGTTCTTCCAACACCAAAATCTAAATAGCTTCTTAACATGAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACAATGTTCTTCCAACACCAAAATCTAAATAGCTTCTTAACATGAC  745

seq1  TTTATTTTCTAAATTTTATACAGTAATTTAATAGGAGTATCTCTATATCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTCTAAATTTTATACAGTAATTTAATAGGAGTATCTCTATATCT  795

seq1  GTGAATGATATTTTAATGACATGATTGAGATGAGAGATCTCCATTATATT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATGATATTTTAATGACATGATTGAGATGAGAGATCTCCATTATATT  845

seq1  GGCAACATCCAGTGTACCAGCTAACAGGACTTAGAACTCAACTGAGAGAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACATCCAGTGTACCAGCTAACAGGACTTAGAACTCAACTGAGAGAT  895

seq1  GTTTTATTCCCAAAGAATAGAATCAATGAGTGATTTTTCTGCCTTTGAGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATTCCCAAAGAATAGAATCAATGAGTGATTTTTCTGCCTTTGAGT  945

seq1  CTGAGTATAAGAGAAAATTAAAATTAACAACATATCTTCTGTCAACAAAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTATAAGAGAAAATTAAAATTAACAACATATCTTCTGTCAACAAAA  995

seq1  TAATTTCTATAAACAACATTCCTTATCTTGTAGGATGAATTTATCATGTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCTATAAACAACATTCCTTATCTTGTAGGATGAATTTATCATGTT  1045

seq1  ATTTATATGTGGACATTTAGTTAAATTTTAATAGCAGAGAGTAAGGTGAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATATGTGGACATTTAGTTAAATTTTAATAGCAGAGAGTAAGGTGAG  1095

seq1  AATTC  1101
      |||||
seq2  AATTC  1100


seq1: chr1_97060561_97061475
seq2: B6Ng01-248J08.g_67_982

seq1  TTCCTCCCCTCCTTCCCTGCCAGTCCTCCCCACTCCCTGGGGCCTCAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCCCTCCTTCCCTGCCAGTCCTCCCCACTCCCTGGGGCCTCAAGT  50

seq1  TTCTTGAGAGTTAGGCGAATCTTCTCCCACTGAGGCTAGACCAGGCAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGAGAGTTAGGCGAATCTTCTCCCACTGAGGCTAGACCAGGCAATC  100

seq1  CTCTGCTTTATATGTGTCTGGGAGACTCTGAACAGCTAGTATAGGCTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTTTATATGTGTCTGGGAGACTCTGAACAGCTAGTATAGGCTGCA  150

seq1  GGGCTGGTGGCTCAGGGCTCAGTGTCTGAGAAATCTCAGAGGTCTGGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGTGGCTCAGGGCTCAGTGTCTGAGAAATCTCAGAGGTCTGGGTA  200

seq1  GGTTGAGACTGCGGGTCTTCCTATTACCCAGGTGGCCCTCTTCCTCAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAGACTGCGGGTCTTCCTATTACCCAGGTGGCCCTCTTCCTCAGAA  250

seq1  GGAAATTTTCTTAGGGTGAAGTTTCATTGGCTGAGGCTTAAAGTTCATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTTTCTTAGGGTGAAGTTTCATTGGCTGAGGCTTAAAGTTCATTA  300

seq1  TATGCATGGAGAGGCATTTCAGGAAATTGAACCTCTAATTTCATCAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGGAGAGGCATTTCAGGAAATTGAACCTCTAATTTCATCAAGGA  350

seq1  TTATGTGAAGTTCTTCAGGTAGAATGTGGGGTCAGGTTCCCCAGATAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGAAGTTCTTCAGGTAGAATGTGGGGTCAGGTTCCCCAGATAAGA  400

seq1  TAGAGAAGAGCAAGCCCAGCTGGGAAAAGGAGGTCTGCATTTTGCACAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAGAGCAAGCCCAGCTGGGAAAAGGAGGTCTGCATTTTGCACAGA  450

seq1  GCTTCAGACATGGTAGACTACAACCTTTAAATAGCAGGATCTTCCAACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAGACATGGTAGACTACAACCTTTAAATAGCAGGATCTTCCAACAT  500

seq1  GTAATAGTAAAGAACTGATTTGGTCTAGCCAAGTGGTGACAGTGAACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGTAAAGAACTGATTTGGTCTAGCCAAGTGGTGACAGTGAACAGA  550

seq1  TGTCAAATCCTTTGGGCATATGCCAAAGAGAGGGATAGCTGGGTCATATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAATCCTTTGGGCATATGCCAAAGAGAGGGATAGCTGGGTCATATT  600

seq1  GTAATTTGTTTTTAGTTTTTAACTGGTTCTCTCTTTATTTCTATAGTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTGTTTTTAGTTTTTAACTGGTTCTCTCTTTATTTCTATAGTGGT  650

seq1  TGCATCAGTTTGTTGTTCCAGCGACAGTAAATGCAAGTTTCTACCCCATG  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGCATCAGTTTGTTGTTCCAGCGACAGTAAATGCAAGTTTCTACTCCATG  700

seq1  ACAAAACTGGCATCTTTGACAA-TTTTTTTGATCTTATCCATTCTGAGCA  749
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACTGGCATCTTTGACAATTTTTTTTGATCTTATCCATTCTGAGCA  750

seq1  GGATGAGATGAAATCTGTAAAGAGGAGTGGATCAGGTATTGATTTGATTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGATGAAATCTGTAAAGAGGAGTGGATCAGGTATTGATTTGATTT  800

seq1  CATGTGTACCTTCTCCCAGTTTTAAATGGTCAAATAAAGGATATAGACTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTACCTTCTCCCAGTTTTAAATGGTCAAATAAAGGATATAGACTG  850

seq1  TGATTGGGCAGTAGAAGGGAAAAGGGGGCTGGAGGTTTTAGAGAGTGGGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGGCAGTAGAAGGGAAAAGGGGGCTGGAGGTTTTAGAGAGTGGGG  900

seq1  TAAGAAAGGAGGAAGA  915
      ||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAGGAGGAAGA  916


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |