BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-251H17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 83,057,240 - 83,195,713
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik
Upstream geneIrs1, Rhbdd1, Col4a4, Col4a3, 5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik
Downstream geneEG621614, 4930544G21Rik, EG622958, 5033414K04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-251H17.bB6Ng01-251H17.g
ACCGA058732GA058733
length1,1441,048
definitionB6Ng01-251H17.b B6Ng01-251H17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,194,567 - 83,195,713)(83,057,240 - 83,058,280)
sequence
gaattcacatgtaatgttcttagatgtcattcatacagtctgaggactat
gggtggtgttcaagaagacaaaacacagagtgataccacatgtaggcatt
tgtgtaactgttcagtgtaaagcactcaatcctatagcaccatttgtagt
taacaagtggcattacatggtgaccagatcaatggtacaaaatcaaaatg
agaacttggggtttcaaaaacatgaatggtcatcatatgatttctatttg
cctatgaacaaggtaacgaaagtatgctatagaatatgtttttcacaaga
atttgacatgcatggtggaacaacatattatttataaggaaataatacag
tttaatataataatatcaatagtggccaagttgataattccaacagaatc
aagtattgtacacaatcttgtgcacaaagagatgattgtgaacatggcac
tattatgtatggaaaacatcaaggtctgcacagacatgtgtgactccatc
aaggaggtgacacagtcaatgcaaaacattacatgtgactatcaagaact
caacatggatccaggatttgtgacacagtcagcaatgcccactatgcaga
gaccaaggcaggaagatcacaaggtcaggccatcggggatacagagtaag
ttcaagtccaatctggacgagttacaaagatcctagcttaaaataaaact
gatgggatataactctgtgggaaaatgttgttgacctcacactaaactct
atattcaatatcccaataacacacataggaaaacaatgcatcatggacac
actgtggttacatacatgaagttaaggcacatgtttcagccacagcaggc
tcttgggcagatggagcatggtatagagttaggcacatttccaaggaaac
ataactcctccatagctttaatgtgtcaaatgacttaccatcggcagaag
ctgttgcgataagttttccagtataatcaaagcagctgtctaggatctca
tcgtcatggccctgttaaagttgctacatatttcccacttgtagcatccc
acaactgaatagaaaatagaaatcaccacttaagcactgaactctctgca
gagtggggagagaacccacagtgatctccaatacaggtgagtct
gaattcacttgggaatgctacaactgcttttcctctgcattttatgaatc
gtattcctgctcttggattagataggcaccatactttttcactcccaaat
gaatactccaagggtttccaagatagtaatgctaaaaatagcactgctat
tgtgacacactgactcaagaaggaagtaaacaaagtcttggaaaattctc
catggaaactaggctaaaaataaagggggagcagtataaaagggggttcc
cagcagaaagagggcatcacactgttctctcctctcctgagtctctcccc
tcactgcacctgaatcctctttactgacaccatgggttgctgtggctgtg
gaggctgtggcggctgcggcggctgtggttgtggcggctgtggctgtggc
ggctgtggctgcggtggctgtggctgcggtggctgtggctgcggtggctg
tggctgcggtggctgtggctgcggtggctgtggcggctgcggtggctgtg
gcggctgtggctgtggctgtggtggctgtggctgtggtggctgtggtggc
tgtggctgctgtggtggctgctgtggttgctgtggctgctgcaagcctac
ggtagtctgctgctgccgccgcagctgctgccgctcctgtggctgtggct
cctgtggctgcggctgcggctgtggctgtgggaagggctgttgccagcag
aagtgctgctgccagcagaagtgtggatgcaagaagtgctgctgctagct
tgggatgtctggcccctgagcaagtgctaccagtaccgatctgttggtaa
gtcctgagtgcagaggatggaacaagtcaccctgatctcgctgctaaggc
ttttccctctgtcctagtctgagtataccctgctgtctccccagcatctg
tctctctagaattccgactctgaaactttgttgcctgattttgaatactc
ctgaagttcaagtaaatttcccttatcatttttaatgcagttcatagtca
atgtttaggaaaggacaaagggtgcaggccatcctggtactgatgtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_83194567_83195713
seq2: B6Ng01-251H17.b_45_1188 (reverse)

seq1  AGACTCACTTGTATTGAAGATCACTGTGTG-TCTCT-CCCACTCTGCAGA  48
      |||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||
seq2  AGACTCACCTGTATTGGAGATCACTGTGGGTTCTCTCCCCACTCTGCAGA  50

seq1  GGAGTTCAGTTGCTTAGTTGGTGATTTCTATTTTTCCTAATTTCAGTTGT  98
       |||||||| ||||||  ||||||||||||||||  |||  |||||||||
seq2  -GAGTTCAG-TGCTTAAGTGGTGATTTCTATTTT--CTA--TTCAGTTGT  94

seq1  GGGATGCTACAAGTGGGAAATATGTAGCAACCTTAACA-GGCCATGACGA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  GGGATGCTACAAGTGGGAAATATGTAGCAACTTTAACAGGGCCATGACGA  144

seq1  TGAGATCCTAGACAGCTGCTTTGATTATACTGGAAAACTTATCGCAACAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATCCTAGACAGCTGCTTTGATTATACTGGAAAACTTATCGCAACAG  194

seq1  CTTCTGCCGATGGTAAGTCATTTGACACATTAAAGCTATGGAGGAGTTAT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCCGATGGTAAGTCATTTGACACATTAAAGCTATGGAGGAGTTAT  244

seq1  GTTTCCTTGGAAATGTGCCTAACTCTATACCATGCTCCATCTGCCCAAGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTTGGAAATGTGCCTAACTCTATACCATGCTCCATCTGCCCAAGA  294

seq1  GCCTGCTGTGGCTGAAACATGTGCCTTAACTTCATGTATGTAACCACAGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTGTGGCTGAAACATGTGCCTTAACTTCATGTATGTAACCACAGT  344

seq1  GTGTCCATGATGCATTGTTTTCCTATGTGTGTTATTGGGATATTGAATAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCATGATGCATTGTTTTCCTATGTGTGTTATTGGGATATTGAATAT  394

seq1  AGAGTTTAGTGTGAGGTCAACAACATTTTCCCACAGAGTTATATCCCATC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTAGTGTGAGGTCAACAACATTTTCCCACAGAGTTATATCCCATC  444

seq1  AGTTTTATTTTAAGCTAGGATCTTTGTAACTCGTCCAGATTGGACTTGAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTATTTTAAGCTAGGATCTTTGTAACTCGTCCAGATTGGACTTGAA  494

seq1  CTTACTCTGTATCCCCGATGGCCTGACCTTGTGATCTTCCTGCCTTGGTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTCTGTATCCCCGATGGCCTGACCTTGTGATCTTCCTGCCTTGGTC  544

seq1  TCTGCATAGTGGGCATTGCTGACTGTGTCACAAATCCTGGATCCATGTTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATAGTGGGCATTGCTGACTGTGTCACAAATCCTGGATCCATGTTG  594

seq1  AGTTCTTGATAGTCACATGTAATGTTTTGCATTGACTGTGTCACCTCCTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTGATAGTCACATGTAATGTTTTGCATTGACTGTGTCACCTCCTT  644

seq1  GATGGAGTCACACATGTCTGTGCAGACCTTGATGTTTTCCATACATAATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGTCACACATGTCTGTGCAGACCTTGATGTTTTCCATACATAATA  694

seq1  GTGCCATGTTCACAATCATCTCTTTGTGCACAAGATTGTGTACAATACTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCATGTTCACAATCATCTCTTTGTGCACAAGATTGTGTACAATACTT  744

seq1  GATTCTGTTGGAATTATCAACTTGGCCACTATTGATATTATTATATTAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGTTGGAATTATCAACTTGGCCACTATTGATATTATTATATTAAA  794

seq1  CTGTATTATTTCCTTATAAATAATATGTTGTTCCACCATGCATGTCAAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTATTTCCTTATAAATAATATGTTGTTCCACCATGCATGTCAAAT  844

seq1  TCTTGTGAAAAACATATTCTATAGCATACTTTCGTTACCTTGTTCATAGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGAAAAACATATTCTATAGCATACTTTCGTTACCTTGTTCATAGG  894

seq1  CAAATAGAAATCATATGATGACCATTCATGTTTTTGAAACCCCAAGTTCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGAAATCATATGATGACCATTCATGTTTTTGAAACCCCAAGTTCT  944

seq1  CATTTTGATTTTGTACCATTGATCTGGTCACCATGTAATGCCACTTGTTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGATTTTGTACCATTGATCTGGTCACCATGTAATGCCACTTGTTA  994

seq1  ACTACAAATGGTGCTATAGGATTGAGTGCTTTACACTGAACAGTTACACA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAAATGGTGCTATAGGATTGAGTGCTTTACACTGAACAGTTACACA  1044

seq1  AATGCCTACATGTGGTATCACTCTGTGTTTTGTCTTCTTGAACACCACCC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCTACATGTGGTATCACTCTGTGTTTTGTCTTCTTGAACACCACCC  1094

seq1  ATAGTCCTCAGACTGTATGAATGACATCTAAGAACATTACATGTGAATTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCCTCAGACTGTATGAATGACATCTAAGAACATTACATGTGAATTC  1144

seq1: chr1_83057240_83058280
seq2: B6Ng01-251H17.g_68_1115

seq1  GAATTCACTTGGGAATGCTACAACTGCTTTTCCTCTGCATTTTATGAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGGGAATGCTACAACTGCTTTTCCTCTGCATTTTATGAATC  50

seq1  GTATTCCTGCTCTTGGATTAGATAGGCACCATACTTTTTCACTCCCAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCCTGCTCTTGGATTAGATAGGCACCATACTTTTTCACTCCCAAAT  100

seq1  GAATACTCCAAGGGTTTCCAAGATAGTAATGCTAAAAATAGCACTGCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACTCCAAGGGTTTCCAAGATAGTAATGCTAAAAATAGCACTGCTAT  150

seq1  TGTGACACACTGACTCAAGAAGGAAGTAAACAAAGTCTTGGAAAATTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACACACTGACTCAAGAAGGAAGTAAACAAAGTCTTGGAAAATTCTC  200

seq1  CATGGAAACTAGGCTAAAAATAAAGGGGGAGCAGTATAAAAGGGGGTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAACTAGGCTAAAAATAAAGGGGGAGCAGTATAAAAGGGGGTTCC  250

seq1  CAGCAGAAAGAGGGCATCACACTGTTCTCTCCTCTCCTGAGTCTCTCCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAAAGAGGGCATCACACTGTTCTCTCCTCTCCTGAGTCTCTCCCC  300

seq1  TCACTGCACCTGAATCCTCTTTACTGACACCATGGGTTGCTGTGGCTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCACCTGAATCCTCTTTACTGACACCATGGGTTGCTGTGGCTGTG  350

seq1  GAGGCTGTGGCGGCTGCGGCGGCTGTGGTTGTGGCGGCTGTGGCTGTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGTGGCGGCTGCGGCGGCTGTGGTTGTGGCGGCTGTGGCTGTGGC  400

seq1  GGCTGTGGCTGCGGTGGCTGTGGCTGCGGTGGCTGTGGCTGCGGTGGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGGCTGCGGTGGCTGTGGCTGCGGTGGCTGTGGCTGCGGTGGCTG  450

seq1  TGGCTGCGGTGGCTGTGGCTGCGGTGGCTGTGGCGGCTGCGGTGGCTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCGGTGGCTGTGGCTGCGGTGGCTGTGGCGGCTGCGGTGGCTGTG  500

seq1  GCGGCTGTGGCTGTGGCTGTGGTGGCTGTGGCTGTGGTGGCTGTGGTGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGCTGTGGCTGTGGCTGTGGTGGCTGTGGCTGTGGTGGCTGTGGTGGC  550

seq1  TGTGGCTGCTGTGGTGGCTGCTGTGGTTGCTGTGGCTGCTGCAAGCCTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTGCTGTGGTGGCTGCTGTGGTTGCTGTGGCTGCTGCAAGCCTAC  600

seq1  GGTAGTCTGCTGCTGCCGCCGCAGCTGCTGCCGCTCCTGTGGCTGTGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTCTGCTGCTGCCGCCGCAGCTGCTGCCGCTCCTGTGGCTGTGGCT  650

seq1  CCTGTGGCTGCGGCTGCGGCTGTGGCTGTGGGAAGGGCTGTTGCCAGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGCTGCGGCTGCGGCTGTGGCTGTGGGAAGGGCTGTTGCCAGCAG  700

seq1  AAGTGCTGCTGCCAGCAGAAGTGTGGATGCAAGAAGTGCTGCTGCTAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTGCTGCCAGCAGAAGTGTGGATGCAAGAAGTGCTGCTGCTAGCT  750

seq1  TGGGATGTCTGGCCCCTGAGCAAGTGCTACCAGTACCGATCTGTTGGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGTCTGGCCCCTGAGCAAGTGCTACCAGTACCGATCTGTTGGTAA  800

seq1  GTCCTGAGTGCAGAGGATGGAACAAGTCACCCTGATCTCGCTGCTAAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAGTGCAGAGGATGGAACAAGTCACCCTGATCTCGCTGCTAAGGC  850

seq1  TTT--CCTCTGTCCTAGTCTGAGTATACCCTGCTGTCTCCCCAGCATCTG  898
      |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCTCTGTCCTAGTCTGAGTATACCCTGCTGTCTCCCCAGCATCTG  900

seq1  TCTCTCTAGAATCCGGACTCTGAAACTTTGTTGCCTGA-TTTGAATACT-  946
      |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  TCTCTCTAGAATTCCGACTCTGAAACTTTGTTGCCTGATTTTGAATACTC  950

seq1  CTGAAGTTCAAGTAAATTT-CCTTATCATTTTAAATGCAG-TCATAGTCA  994
      ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  CTGAAGTTCAAGTAAATTTCCCTTATCATTTTTAATGCAGTTCATAGTCA  1000

seq1  ATG-TTAAGAAAGGACAAA-GGTGCAGGGCATCTTGGTTACTGATGTCA  1041
      ||| ||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||
seq2  ATGTTTAGGAAAGGACAAAGGGTGCAGGCCATCCTGG-TACTGATGTCA  1048