BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-251J08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 113,852,314 - 113,952,915
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCdh19, EG666578, Dsel, LOC547247
Downstream geneEG626897, LOC666615, LOC666635
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-251J08.bB6Ng01-251J08.g
ACCGA058807GA058808
length1,1101,115
definitionB6Ng01-251J08.b B6Ng01-251J08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,852,314 - 113,853,434)(113,951,800 - 113,952,915)
sequence
gaattccatcaagagagcatttttgccaggtgctgaaattcaacttgtct
cctaaccttgagttggtctttcaatagtttcatgtttcccacttcttaga
tggtaaagtaactttcccatagagtgaaagaaataataattctgataagc
aatcaatcaatcaaacatagcaaacactaagcttggacattgatggcttg
ttctagactgctaaccaacaataacattatttttaaggataaaatatacc
ctaatcaactatggcaattaagggcctaaaaaattgagaatttaaagcac
tctgtaaaatatctagtgtagggacttgagaaatgacacaggtgttatga
gcgtatactgcctgtgcaaataacctgagttttattcccatctcatgtat
caaatggctcactaccaattgtaattatagcatcactgatttatagagtt
gctgacctccaggtcacctatacttatatgcacaccaaacatgtacaaat
aattaaaaaaataaatctttatgtttaattatatgtttgtaaatgtttgc
ttgcatgcctgtatgtgtactgtatggctgtaatgcctacaaagagaaga
aaaggatgtcagatatcctagacctggagttattgatgatattttttaac
cactttgtaagtggtgggtgctaaatctgggtcctgcaacatcaccaagt
tctcttaactgcggagacatctttccagcaatactgcttcctcaaaatct
caaaataatgtagtagaatgttaatagaataggctgtctagattagatat
tttaagggatagtaaaaggaagaaatgagttaaactgagttcaattactt
tagaaaaacaactcacaaacaacttgtaaaattttgagatgaaaatgatt
tccatttgaagattgaatttcatcactgcccattatatttggggaaggca
ttactaccagtgtacaacaacaacaccaaaaaaagtattatgtgattccg
atagctgctgtcatactgcagaaagttatgttgcatttagcttgctttga
aattcctgagacttgcaacatctcacaagtaaagacttgacacagaccca
gaggttgatc

gaattcataaccactatacctcaagatctctatgccaagatctaggtcag
aaacttgtatctcccagcctccagattaagatcaccagtgagcattccaa
tcctggactgtagttcattcaggatatagtgaagttgactagccactata
cagatattctgcatacttacattgacacagatgtcagtcaaaatcagaaa
ggtgactttcaagatatggcaacagaggtcgtacacctcctactatccca
tatcctctttggacagaagggagccttaggagttggacaggaacagatag
aatcttttcttaatacataacacagagattttccccaagagtgttgtcct
atggtgctgacaccacttttataccctgaaaaaatggggcattctaatgg
acaggattgtgcttgattctggagggatagctgaaaccatgatggagagc
ttgctggctgacttcatgcaaaaagtgggctatggctttgggcaagtatt
gaagagtgtcgcaatataatcagtttggtatttgggaggtcacaactgcc
caggttgccagggttttgggaatgatggcttggactcattcaagattaat
ggatggtattctatttcagagtatccctgctcctggcagtgagatcttga
gtgatggaaaagataaaagcaggagggcataagctcacacgtggaatgtc
tagatcttgattgatgcacttaaagaactgaacccaagtttgaatttcaa
ggaactgacttatgaactggaccatcctggatttcaaatgtgtgacagca
aatgccttcacaatgtagtttatggcatccagaggggtcttagcctggaa
atttttccagtaaattttatatatagaccttagaaacatgcagaaagaca
gctccagtattccttgataaaccaagaactcttctgttttgccgactacc
cctgtcacactgtagccactgatattttgaaagcaccaccagagggatga
cagttcaagaaattaccacatgggaaaagcttgatttgattgatcttctg
ctgagccttgcagagtgggcagtatgaacatgtgaaacaactcttcagct
tctaatcaaacactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_113852314_113853434
seq2: B6Ng01-251J08.b_46_1155

seq1  GAATTCCATCAAGAGAGCATTTTTGCCAGGTGCTGAAATTCAACTTGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCAAGAGAGCATTTTTGCCAGGTGCTGAAATTCAACTTGTCT  50

seq1  CCTAACCTTGAGTTGGTCTTTCAATAGTTTCATGTTTCCCACTTCTTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACCTTGAGTTGGTCTTTCAATAGTTTCATGTTTCCCACTTCTTAGA  100

seq1  TGGTAAAGTAACTTTCCCATAGAGTGAAAGAAATAATAATTCTGATAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAAGTAACTTTCCCATAGAGTGAAAGAAATAATAATTCTGATAAGC  150

seq1  AATCAATCAATCAAACATAGCAAACACTAAGCTTGGACATTGATGGCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATCAATCAAACATAGCAAACACTAAGCTTGGACATTGATGGCTTG  200

seq1  TTCTAGACTGCTAACCAACAATAACATTATTTTTAAGGATAAAATATACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGACTGCTAACCAACAATAACATTATTTTTAAGGATAAAATATACC  250

seq1  CTAATCAACTATGGCAATTAAGGGCCTAAAAAATTGAGAATTTAAAGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCAACTATGGCAATTAAGGGCCTAAAAAATTGAGAATTTAAAGCAC  300

seq1  TCTGTAAAATATCTAGTGTAGGGACTTGAGAAATGACACAGGTGTTATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAAATATCTAGTGTAGGGACTTGAGAAATGACACAGGTGTTATGA  350

seq1  GCGTATACTGCCTGTGCAAATAACCTGAGTTTTATTCCCATCTCATGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTATACTGCCTGTGCAAATAACCTGAGTTTTATTCCCATCTCATGTAT  400

seq1  CAAATGGCTCACTACCAATTGTAATTATAGCATCACTGATTTATAGAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGCTCACTACCAATTGTAATTATAGCATCACTGATTTATAGAGTT  450

seq1  GCTGACCTCCAGGTCACCTATACTTATATGCACACCAAACATGTACAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACCTCCAGGTCACCTATACTTATATGCACACCAAACATGTACAAAT  500

seq1  AATTAAAAAAATAAATCTTTATGTTTAATTATATGTTTGTAAATGTTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAAAAATAAATCTTTATGTTTAATTATATGTTTGTAAATGTTTGC  550

seq1  TTGCATGCCTGTATGTGTACTGTATGGCTGTAATGCCTACAAAGAGAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGCCTGTATGTGTACTGTATGGCTGTAATGCCTACAAAGAGAAGA  600

seq1  AAAGGATGTCAGATATCCTAGACCTGGAGTTATTGATGATATTTTTTAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATGTCAGATATCCTAGACCTGGAGTTATTGATGATATTTTTTAAC  650

seq1  CACTTTGTAAGTGGTGGGTGCTAAATCTGGGTCCTGCAACATCACCAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGTAAGTGGTGGGTGCTAAATCTGGGTCCTGCAACATCACCAAGT  700

seq1  TCTCTTAACTGCGGAGACATCTTTCCAGCAATACTGCTTCCTCAAAATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTAACTGCGGAGACATCTTTCCAGCAATACTGCTTCCTCAAAATCT  750

seq1  CAAAATAATGTAGTAGAATGTTAATAGAATAGGCTGTCTAGATTAGATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAATGTAGTAGAATGTTAATAGAATAGGCTGTCTAGATTAGATAT  800

seq1  TTTAAGGGATAGTAAAAGGAAGAAATGAGTTAAACTGAGTTCAATTACTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGGATAGTAAAAGGAAGAAATGAGTTAAACTGAGTTCAATTACTT  850

seq1  TAGAAAAACAACTCACAAACAACTTGTAAAATTTTGAGATGAAAATGATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAACAACTCACAAACAACTTGTAAAATTTTGAGATGAAAATGATT  900

seq1  TCCATTTGAAGATTGAATTTCATCACTGCCCATTATATTTTGGGAAGGCA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCCATTTGAAGATTGAATTTCATCACTGCCCATTATATTTGGGGAAGGCA  950

seq1  TTACTACCAGTGTACAACAACAACAACAAAAAAAGTATTATTGTGATTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  TTACTACCAGTGTACAACAACAACACCAAAAAAAGTATTA-TGTGATTCC  999

seq1  GATTAGCTGCTGTCATACTGCAGAAAGTTATGTTGCATTTAGCTTGGTTT  1050
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
seq2  GA-TAGCTGCTGTCATACTGCAGAAAGTTATGTTGCATTTAGCTT-GCTT  1047

seq1  TGAAATTTCCTTGAGACTTGCCAAACATCTCAACAGGTAAAAAGACCTTG  1100
      |||||||  | ||||||||||  |||||||| ||| ||||| |   ||||
seq2  TGAAATT--CCTGAGACTTGC--AACATCTC-ACAAGTAAAGA---CTTG  1089

seq1  ACACAGACCCAGAAGTTGATC  1121
      ||||||||||||| |||||||
seq2  ACACAGACCCAGAGGTTGATC  1110


seq1: chr1_113951800_113952915
seq2: B6Ng01-251J08.g_64_1178 (reverse)

seq1  CAGTGTTTGATAGGGAAGCTGAAGAGTTGTTTCACATGTTCATACTGCCC  50
      |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTTGAT-TAGAAGCTGAAGAGTTGTTTCACATGTTCATACTGCCC  49

seq1  AACCTCTGCAAGGCTCAGCAGAGATTCAATCAAATTCAAGCTTTT-CCAT  99
      |  |||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||| ||||
seq2  A--CTCTGCAAGGCTCAGCAGAAGATCAATCAAA-TCAAGCTTTTCCCAT  96

seq1  GTGGTAATTTCTTG-ACTGTCAT-CCTCTGGTGGTGCTTTCAAAATATCA  147
      |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAATTTCTTGAACTGTCATCCCTCTGGTGGTGCTTTCAAAATATCA  146

seq1  GTGGCTACAGTGTGACAGGGGTAGTCGGCAAAACAGAAGAGTTCTTGGTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTACAGTGTGACAGGGGTAGTCGGCAAAACAGAAGAGTTCTTGGTT  196

seq1  TATCAAGGAATACTGGAGCTGTCTTTCTGCATGTTTCTAAGGTCTATATA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGGAATACTGGAGCTGTCTTTCTGCATGTTTCTAAGGTCTATATA  246

seq1  TAAAATTTACTGGAAAAATTTCCAGGCTAAGACCCCTCTGGATGCCATAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTTACTGGAAAAATTTCCAGGCTAAGACCCCTCTGGATGCCATAA  296

seq1  ACTACATTGTGAAGGCATTTGCTGTCACACATTTGAAATCCAGGATGGTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACATTGTGAAGGCATTTGCTGTCACACATTTGAAATCCAGGATGGTC  346

seq1  CAGTTCATAAGTCAGTTCCTTGAAATTCAAACTTGGGTTCAGTTCTTTAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCATAAGTCAGTTCCTTGAAATTCAAACTTGGGTTCAGTTCTTTAA  396

seq1  GTGCATCAATCAAGATCTAGACATTCCACGTGTGAGCTTATGCCCTCCTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATCAATCAAGATCTAGACATTCCACGTGTGAGCTTATGCCCTCCTG  446

seq1  CTTTTATCTTTTCCATCACTCAAGATCTCACTGCCAGGAGCAGGGATACT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATCTTTTCCATCACTCAAGATCTCACTGCCAGGAGCAGGGATACT  496

seq1  CTGAAATAGAATACCATCCATTAATCTTGAATGAGTCCAAGCCATCATTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATAGAATACCATCCATTAATCTTGAATGAGTCCAAGCCATCATTC  546

seq1  CCAAAACCCTGGCAACCTGGGCAGTTGTGACCTCCCAAATACCAAACTGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAACCCTGGCAACCTGGGCAGTTGTGACCTCCCAAATACCAAACTGA  596

seq1  TTATATTGCGACACTCTTCAATACTTGCCCAAAGCCATAGCCCACTTTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTGCGACACTCTTCAATACTTGCCCAAAGCCATAGCCCACTTTTT  646

seq1  GCATGAAGTCAGCCAGCAAGCTCTCCATCATGGTTTCAGCTATCCCTCCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAGTCAGCCAGCAAGCTCTCCATCATGGTTTCAGCTATCCCTCCA  696

seq1  GAATCAAGCACAATCCTGTCCATTAGAATGCCCCATTTTTTCAGGGTATA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAAGCACAATCCTGTCCATTAGAATGCCCCATTTTTTCAGGGTATA  746

seq1  AAAGTGGTGTCAGCACCATAGGACAACACTCTTGGGGAAAATCTCTGTGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGTGTCAGCACCATAGGACAACACTCTTGGGGAAAATCTCTGTGT  796

seq1  TATGTATTAAGAAAAGATTCTATCTGTTCCTGTCCAACTCCTAAGGCTCC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATTAAGAAAAGATTCTATCTGTTCCTGTCCAACTCCTAAGGCTCC  846

seq1  CTTCTGTCCAAAGAGGATATGGGATAGTAGGAGGTGTACGACCTCTGTTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTCCAAAGAGGATATGGGATAGTAGGAGGTGTACGACCTCTGTTG  896

seq1  CCATATCTTGAAAGTCACCTTTCTGATTTTGACTGACATCTGTGTCAATG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATCTTGAAAGTCACCTTTCTGATTTTGACTGACATCTGTGTCAATG  946

seq1  TAAGTATGCAGAATATCTGTATAGTGGCTAGTCAACTTCACTATATCCTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATGCAGAATATCTGTATAGTGGCTAGTCAACTTCACTATATCCTG  996

seq1  AATGAACTACAGTCCAGGATTGGAATGCTCACTGGTGATCTTAATCTGGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAACTACAGTCCAGGATTGGAATGCTCACTGGTGATCTTAATCTGGA  1046

seq1  GGCTGGGAGATACAAGTTTCTGACCTAGATCTTGGCATAGAGATCTTGAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGAGATACAAGTTTCTGACCTAGATCTTGGCATAGAGATCTTGAG  1096

seq1  GTATAGTGGTTATGAATTC  1116
      |||||||||||||||||||
seq2  GTATAGTGGTTATGAATTC  1115


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |