BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-251M06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 151,224,513 - 151,406,536
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042792, LOC435647
Downstream geneLOC100042813, Pla2g4a, Ptgs2, LOC676712, LOC100043257, LOC100043261, Pdc, BC003331, Tpr, EG625534
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-251M06.bB6Ng01-251M06.g
ACCGA058937GA058938
length1,1111,084
definitionB6Ng01-251M06.b B6Ng01-251M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,224,513 - 151,225,620)(151,405,448 - 151,406,536)
sequence
gaattctatttgctctaaagagctttcatacttgtgtatataattctgat
tctattaaaaacaaaccactgattaacattatgtcatatctccatattga
ttatgtggtcttagccttagaggatatattctaatacaggttttgtaatt
acatcgtttatatttttggtttaaaatgagatcacacgtctaactcacag
taagacatttacataaacctgcgatgatttacagacattaaaaaaaaaaa
agagtgcttaataaacttaaagcagtggttctcaatcttagagtcttgga
ccggttagggggccaatgacccttctgcaggggtcacatatcagatattt
gcattacaattcctaaaagtagcaaaaatatagttataaagtagcaacaa
taataatcttttagttggtagtcgtcacaatatgaaaaactgtattaaaa
ggtcatagaattaggacagatgagaatcactgattttaaggcttaaaaat
atgtagtttaattaagcacatatatatattctgttccctgtcactgggat
cagtattctggaaggcaaatgaatgtaaagtaattagattaggacacaaa
gagaacatatgcacaatacaagggacgatgaatacatatgccaaacatca
cttaattcaatttattatagtttgaaggtaactcgcagtatttgcagcat
attttattaatatttgaaataataaaaaccaagtatttaagagattatgt
caagatgttagaaaaataaaaattaataccaaattaaataggcgaaattt
gtatgaaatacagattttgtgtgagagggaagctatgtaggaaataagca
aatactaaaaatgcctcaagcccgtgtcaaggaatacttttgtataagaa
tatgcagaccaaagaagcaactgggattgggaatatttctcacgaagaaa
gccagagcccaggctggctccccctgggtaaacgtttccagctttttagg
caactcaataagagtagattcctgtcagtcagtctacttcacattcccct
tttaagaaacctggcacagcctttacaggaaaaccttgccagtttctgct
cagaccacata

gaattctccattatttttcaagactcaattctgttattactaccactaga
agatcattccaagttctacactcttacacttaatgatgccctattctgag
tcttacacaaataggatatcaacattttggggttcaaattaatagagcta
taaaacttcatgatgttatctgctttgtaaaatctacatttagagctatt
ataaactgtgcaacttgggaaattgtgaagaccaaaaaaaggagaaatag
aagtttagaaggattacatacagaagttttttctctttctgagagagtaa
ggtatttcatgcagctcagtttaataggagcctttgagagaagttctttg
attaatagttacaaaatgaatgcacatctgcaagcagtgtgtgatacata
ctgggtcttagcttcccagtgttttaaaatgattatacaagttctttagt
tccagaaagaggtagtttaatgtgaaaataaagagtgtatttctctcttc
tattgaggaagctttaatatatttttgcatatacatttttgtttttacag
tgaaagttctacatattatgtattgctgtaaattttaggttaacttttga
cattagacaagttgtctctagcaagagagtagataatgccaaggcagtga
ttttatacaaattagatcctgttataggttgacagatgttaattaattga
atagaaatctgtagacacaaaggtttatatacaatattgtcacactgcat
taaaaatgtaccattgaatcacatttgctgaatatttcccatgcatcaag
tcctcatccaagcattttgcatgaattaatgtgtctaatcctcacagcac
ttccctaagataggctttatactttgtctaaagtttaatatagtgaataa
gtccacacaaataaaaagtgtcaaattgaatacctatattttaaatgtga
actcagtaactgtattgtacccacatttgtttgtttctttactatgtatt
taaatagaaccacagtttttaaaataaaagtgtatgcataacaaggaatt
cacaagagtatttttattttaattctttttttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_151224513_151225620
seq2: B6Ng01-251M06.b_44_1154

seq1  GAATTCTATTTGCTCTAAAGAGCTTTCATACTTGTGTATATAATTCTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTTGCTCTAAAGAGCTTTCATACTTGTGTATATAATTCTGAT  50

seq1  TCTATTAAAAACAAACCACTGATTAACATTATGTCATATCTCCATATTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTAAAAACAAACCACTGATTAACATTATGTCATATCTCCATATTGA  100

seq1  TTATGTGGTCTTAGCCTTAGAGGATATATTCTAATACAGGTTTTGTAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGGTCTTAGCCTTAGAGGATATATTCTAATACAGGTTTTGTAATT  150

seq1  ACATCGTTTATATTTTTGGTTTAAAATGAGATCACACGTCTAACTCACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCGTTTATATTTTTGGTTTAAAATGAGATCACACGTCTAACTCACAG  200

seq1  TAAGACATTTACATAAACCTGCGATGATTTACAGACATTAAAAAAAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACATTTACATAAACCTGCGATGATTTACAGACATTAAAAAAAAAAA  250

seq1  AGAGTGCTTAATAAACTTAAAGCAGTGGTTCTCAATCTTAGAGTCTTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGCTTAATAAACTTAAAGCAGTGGTTCTCAATCTTAGAGTCTTGGA  300

seq1  CCGGTTAGGGGGCCAATGACCCTTCTGCAGGGGTCACATATCAGATATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGTTAGGGGGCCAATGACCCTTCTGCAGGGGTCACATATCAGATATTT  350

seq1  GCATTACAATTCCTAAAAGTAGCAAAAATATAGTTATAAAGTAGCAACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTACAATTCCTAAAAGTAGCAAAAATATAGTTATAAAGTAGCAACAA  400

seq1  TAATAATCTTTTAGTTGGTAGTCGTCACAATATGAAAAACTGTATTAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATCTTTTAGTTGGTAGTCGTCACAATATGAAAAACTGTATTAAAA  450

seq1  GGTCATAGAATTAGGACAGATGAGAATCACTGATTTTAAGGCTTAAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATAGAATTAGGACAGATGAGAATCACTGATTTTAAGGCTTAAAAAT  500

seq1  ATGTAGTTTAATTAAGCACATATATATATTCTGTTCCCTGTCACTGGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGTTTAATTAAGCACATATATATATTCTGTTCCCTGTCACTGGGAT  550

seq1  CAGTATTCTGGAAGGCAAATGAATGTAAAGTAATTAGATTAGGACACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATTCTGGAAGGCAAATGAATGTAAAGTAATTAGATTAGGACACAAA  600

seq1  GAGAACATATGCACAATACAAGGGACGATGAATACATATGCCAAACATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACATATGCACAATACAAGGGACGATGAATACATATGCCAAACATCA  650

seq1  CTTAATTCAATTTATTATAGTTTGAAGGTAACTCGCAGTATTTGCAGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTCAATTTATTATAGTTTGAAGGTAACTCGCAGTATTTGCAGCAT  700

seq1  ATTTTATTAATATTTGAAATAATAAAAACCAAGTATTTAAGAGATTATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTAATATTTGAAATAATAAAAACCAAGTATTTAAGAGATTATGT  750

seq1  CAAGATGTTAGAAAAATAAAAATTAATACCAAATTAAATAGGCGAAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGTTAGAAAAATAAAAATTAATACCAAATTAAATAGGCGAAATTT  800

seq1  GTATGAAATACAGATTTTGTGTGAGAGGGAAGCTATGTAGGAAATAAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAAATACAGATTTTGTGTGAGAGGGAAGCTATGTAGGAAATAAGCA  850

seq1  AATACTAAAAATGCCTCAAGCCCGTGTCAAGGAATACTTTTGTATAAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTAAAAATGCCTCAAGCCCGTGTCAAGGAATACTTTTGTATAAGAA  900

seq1  TATGCAGACCAAAGAAGCAACTGGGATTGGGAATA-TTCTCACGAAGAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TATGCAGACCAAAGAAGCAACTGGGATTGGGAATATTTCTCACGAAGAAA  950

seq1  GCCAGAGCCCAGGCTGGCTCCCC--TGGTAAACGTTTCCAGGCTTTTAGG  997
      |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||  |||||||
seq2  GCCAGAGCCCAGGCTGGCTCCCCCTGGGTAAACGTTTCCAGCTTTTTAGG  1000

seq1  CAACTCAATAAGAGTAAGATTCCTGTCAGTCAGTCTTACTTCACATT-CC  1046
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  CAACTCAATAAGAGT-AGATTCCTGTCAGTCAGTC-TACTTCACATTCCC  1048

seq1  CTTTAAAGAAA-CTGGCACAG-CTTTACAGG-AAACCTGGCAAGGTTTCT  1093
      |||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||| || | ||||||
seq2  CTTTTAAGAAACCTGGCACAGCCTTTACAGGAAAACCTTGCCA-GTTTCT  1097

seq1  GCTCAAGACCACATA  1108
      |||| ||||||||||
seq2  GCTC-AGACCACATA  1111


seq1: chr1_151405448_151406536
seq2: B6Ng01-251M06.g_68_1151 (reverse)

seq1  TTAAAAAAAGAAATAAAAATAAAATACTTCTTGTGAATT-CTTGTTATGC  49
      |||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  TTAAAAAAAGAATTAAAATAAAAATAC-TCTTGTGAATTCCTTGTTATGC  49

seq1  ATTACACTTTTTATTTTAAAAACTGTGGTTCTATTTAAATAACATAGTTA  99
      | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
seq2  A-TACAC-TTTTATTTTAAAAACTGTGGTTCTATTTAAAT-ACATAG-TA  95

seq1  AAGAAACAAACAAATGTGGGTACAATACAGTTTACTGAGTTCACATTTAA  149
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACAAACAAATGTGGGTACAATACAG-TTACTGAGTTCACATTTAA  144

seq1  AATATAGGTATTCAATTTGACACTTTTTATTTGTGTGGACTTATTCACTA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGGTATTCAATTTGACACTTTTTATTTGTGTGGACTTATTCACTA  194

seq1  TATTAAACTTTAGACAAAGTATAAAGCCTATCTTAGGGAAGTGCTGTGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAACTTTAGACAAAGTATAAAGCCTATCTTAGGGAAGTGCTGTGAG  244

seq1  GATTAGACACATTAATTCATGCAAAATGCTTGGATGAGGACTTGATGCAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGACACATTAATTCATGCAAAATGCTTGGATGAGGACTTGATGCAT  294

seq1  GGGAAATATTCAGCAAATGTGATTCAATGGTACATTTTTAATGCAGTGTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATATTCAGCAAATGTGATTCAATGGTACATTTTTAATGCAGTGTG  344

seq1  ACAATATTGTATATAAACCTTTGTGTCTACAGATTTCTATTCAATTAATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATTGTATATAAACCTTTGTGTCTACAGATTTCTATTCAATTAATT  394

seq1  AACATCTGTCAACCTATAACAGGATCTAATTTGTATAAAATCACTGCCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCTGTCAACCTATAACAGGATCTAATTTGTATAAAATCACTGCCTT  444

seq1  GGCATTATCTACTCTCTTGCTAGAGACAACTTGTCTAATGTCAAAAGTTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTATCTACTCTCTTGCTAGAGACAACTTGTCTAATGTCAAAAGTTA  494

seq1  ACCTAAAATTTACAGCAATACATAATATGTAGAACTTTCACTGTAAAAAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAAATTTACAGCAATACATAATATGTAGAACTTTCACTGTAAAAAC  544

seq1  AAAAATGTATATGCAAAAATATATTAAAGCTTCCTCAATAGAAGAGAGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTATATGCAAAAATATATTAAAGCTTCCTCAATAGAAGAGAGAA  594

seq1  ATACACTCTTTATTTTCACATTAAACTACCTCTTTCTGGAACTAAAGAAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACTCTTTATTTTCACATTAAACTACCTCTTTCTGGAACTAAAGAAC  644

seq1  TTGTATAATCATTTTAAAACACTGGGAAGCTAAGACCCAGTATGTATCAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATAATCATTTTAAAACACTGGGAAGCTAAGACCCAGTATGTATCAC  694

seq1  ACACTGCTTGCAGATGTGCATTCATTTTGTAACTATTAATCAAAGAACTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCTTGCAGATGTGCATTCATTTTGTAACTATTAATCAAAGAACTT  744

seq1  CTCTCAAAGGCTCCTATTAAACTGAGCTGCATGAAATACCTTACTCTCTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAAAGGCTCCTATTAAACTGAGCTGCATGAAATACCTTACTCTCTC  794

seq1  AGAAAGAGAAAAAACTTCTGTATGTAATCCTTCTAAACTTCTATTTCTCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAGAAAAAACTTCTGTATGTAATCCTTCTAAACTTCTATTTCTCC  844

seq1  TTTTTTTGGTCTTCACAATTTCCCAAGTTGCACAGTTTATAATAGCTCTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGGTCTTCACAATTTCCCAAGTTGCACAGTTTATAATAGCTCTA  894

seq1  AATGTAGATTTTACAAAGCAGATAACATCATGAAGTTTTATAGCTCTATT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAGATTTTACAAAGCAGATAACATCATGAAGTTTTATAGCTCTATT  944

seq1  AATTTGAACCCCAAAATGTTGATATCCTATTTGTGTAAGACTCAGAATAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGAACCCCAAAATGTTGATATCCTATTTGTGTAAGACTCAGAATAG  994

seq1  GGCATCATTAAGTGTAAGAGTGTAGAACTTGGAATGATCTTCTAGTGGTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCATTAAGTGTAAGAGTGTAGAACTTGGAATGATCTTCTAGTGGTA  1044

seq1  GTAATAACAGAATTGAGTCTTGAAAAATAATGGAGAATTC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAACAGAATTGAGTCTTGAAAAATAATGGAGAATTC  1084


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |