BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252A24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 58,456,195 - 58,596,960
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBzw1, Clk1, Ppil3, Nif3l1, Orc2l, BC049806
Upstream gene1110034B05Rik, 9430016H08Rik, LOC667339, 2810022L02Rik, Kctd18, Sgol2, Aox1, Aox3, Aox4, Aox3l1, EG628262
Downstream geneNdufb3, EG667397, Als2cr12, Cflar, LOC100042431, Casp8, EG667419, Trak2, Als2cr2, 4930408G06Rik, EG667447, Als2cr11, Als2cr4, Mpp4, Als2, Als2cr7, Fzd7, Gm973
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252A24.bB6Ng01-252A24.g
ACCGA059163GA059164
length1,049892
definitionB6Ng01-252A24.b B6Ng01-252A24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,456,195 - 58,457,241)(58,596,077 - 58,596,960)
sequence
gaattctctctctttaagaaaggccataaaccaggttggggtagcacatg
actataatcccattgaaaaattgagttaggagggtcatgaattcaaggtc
atcctaggttatatagtgtttactactgcaagcctagactactttagagc
ctgtttgagttgccaccccacccccacatactaagctagacatggtaatt
cacgcctgtaattccaacattcaggagacagaggctagatgatttgaggt
agacttgggctatttatggggagactatgtctaaaaataagatgaacaaa
aataattttttcttgtgatcactgtattaagaaaaaaaatgaacatattg
aagaaaaaaaatgaacataatgatccaggctggcctggaacttgctttgt
agcccaccttaggcttgaactttagcaacccttaagcaattcccagtgct
gtatgctctgttgccatactccacttcatggttatattttaatacttgta
agcataagggaagaatttatgtatctaaccctgaaatttggtgtttgtgt
ctagttgtatagttgtatacaaaaaaaggtgtagttgtattttgtaatat
tcctgttttttgagcaatagctagcatatagtgatggaagttactaaaaa
gtatagttttggtatgtgatgagattttacagtatagagtccattttggc
tctaggaataactttaatcttcttctaggtttttaacaagctaatcaggc
gctacaaatacctggagaaaggttttgaagatgaagttaaaaaggtaggt
ggaggagttggatagggcatatggcctgcacaagacccagtgttgagtct
ctagcagccccagattggacatagtattagacatttaaatagactcttac
tgaaataccattttgggggagtatagcagttattttattgaaatatttga
aatttacatttgtcacttaagtatgtgttgaaaaaattgaccattaaaat
ctagagactctgaggatgaatggtggaggatcagaagcatgagctgcta
gaattcttctgcacatgggaacatttaatatccttgtatcttctttatac
aatcttttgtttcatgtagacctgttaccctgttttctaatgtggtctct
tttcagcactttataaatagccaattaataacatgactagccacaaaatt
agaaccatcttagaaattttagattctctatatggaaaactattgtttcg
atatagttcatatcatgattatcatgaatactttaaatagattattctga
atagcaacatggttaaaaaaaaccaatttgtataaagaagcatctgttag
ctactataaacagttaggataattcagaaatgataacttggaagtgagag
ctttgttttataactaaagcaatagaacttggggtaggtttttggttttt
ttttttgtttttttttaagttctaaagatcagagatatctattggaagta
ctaagtgatccatcccataggtataatggacagtgggaccttggccagga
agtacttgatgacatcatttacagagctcagctagaactcttttctcagc
cactcttggtaagtttgtttgtttgtttgtttgtttgttttaacatatgt
acacttttttccatggagaatggaagtctattgatttaggtcctattctg
gaggcatgctgactcttcttaaagcatatatgtggtcaaaatgttattat
ggggcaaatggcaagtgggtattgaggtaaattgaaaactgaaatgtttt
caccaggcagtggtggtagacatatctctgagttcaaagccaagcttggg
tctacagagtgagttccatgacagcccaaagttacacagagagacgtctt
gtcttgaagaatctaggggggtcagggagggcatggtttgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_58456195_58457241
seq2: B6Ng01-252A24.b_49_1097

seq1  GAATTCTCTCTCTTTAAGAAAGGCCATAAACCAGGTTGGGGTAGCACATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTCTTTAAGAAAGGCCATAAACCAGGTTGGGGTAGCACATG  50

seq1  ACTATAATCCCATTGAAAAATTGAGTTAGGAGGGTCATGAATTCAAGGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAATCCCATTGAAAAATTGAGTTAGGAGGGTCATGAATTCAAGGTC  100

seq1  ATCCTAGGTTATATAGTGTTTACTACTGCAAGCCTAGACTACTTTAGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAGGTTATATAGTGTTTACTACTGCAAGCCTAGACTACTTTAGAGC  150

seq1  CTGTTTGAGTTGCCACCCCACCCCCACATACTAAGCTAGACATGGTAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGAGTTGCCACCCCACCCCCACATACTAAGCTAGACATGGTAATT  200

seq1  CACGCCTGTAATTCCAACATTCAGGAGACAGAGGCTAGATGATTTGAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCCTGTAATTCCAACATTCAGGAGACAGAGGCTAGATGATTTGAGGT  250

seq1  AGACTTGGGCTATTTATGGGGAGACTATGTCTAAAAATAAGATGAACAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGGGCTATTTATGGGGAGACTATGTCTAAAAATAAGATGAACAAA  300

seq1  AATAATTTTTTCTTGTGATCACTGTATTAAGAAAAAAAATGAACATATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTTTTTCTTGTGATCACTGTATTAAGAAAAAAAATGAACATATTG  350

seq1  AAGAAAAAAAATGAACATAATGATCCAGGCTGGCCTGGAACTTGCTTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAAAAATGAACATAATGATCCAGGCTGGCCTGGAACTTGCTTTGT  400

seq1  AGCCCACCTTAGGCTTGAACTTTAGCAACCCTTAAGCAATTCCCAGTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACCTTAGGCTTGAACTTTAGCAACCCTTAAGCAATTCCCAGTGCT  450

seq1  GTATGCTCTGTTGCCATACTCCACTTCATGGTTATATTTTAATACTTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCTCTGTTGCCATACTCCACTTCATGGTTATATTTTAATACTTGTA  500

seq1  AGCATAAGGGAAGAATTTATGTATCTAACCCTGAAATTTGGTGTTTGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAAGGGAAGAATTTATGTATCTAACCCTGAAATTTGGTGTTTGTGT  550

seq1  CTAGTTGTATAGTTGTATACAAAAAAAGGTGTAGTTGTATTTTGTAATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTGTATAGTTGTATACAAAAAAAGGTGTAGTTGTATTTTGTAATAT  600

seq1  TCCTGTTTTTTGAGCAATAGCTAGCATATAGTGATGGAAGTTACTAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTTTTTGAGCAATAGCTAGCATATAGTGATGGAAGTTACTAAAAA  650

seq1  GTATAGTTTTGGTATGTGATGAGATTTTACAGTATAGAGTCCATTTTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGTTTTGGTATGTGATGAGATTTTACAGTATAGAGTCCATTTTGGC  700

seq1  TCTAGGAATAACTTTAATCTTCTTCTAGGTTTTTAACAAGCTAATCAGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGAATAACTTTAATCTTCTTCTAGGTTTTTAACAAGCTAATCAGGC  750

seq1  GCTACAAATACCTGGAGAAAGGTTTTGAAGATGAAGTTAAAAAGGTAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAAATACCTGGAGAAAGGTTTTGAAGATGAAGTTAAAAAGGTAGGT  800

seq1  GGAGGAGTTGGATAGGGCATATGGCCTGCACAAGACCCAGTGTTGAGTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGTTGGATAGGGCATATGGCCTGCACAAGACCCAGTGTTGAGTCT  850

seq1  CTAGCAGCCCCAGATTGGACATAGTATTAGACATTTAAATAGACTCTTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAGCCCCAGATTGGACATAGTATTAGACATTTAAATAGACTCTTAC  900

seq1  TGAAATACCATTT--GGGGAGTATAGCAGTTATTTTATTGAAATATTTGA  948
      |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATACCATTTTGGGGGAGTATAGCAGTTATTTTATTGAAATATTTGA  950

seq1  AATTTACA-TTGTCACTT-AGTATTGTGTTGAAAAAAAATGACAATTAAA  996
      |||||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||| |||| ||| ||
seq2  AATTTACATTTGTCACTTAAGTA-TGTGTTG-AAAAAATTGACCATT-AA  997

seq1  AATCTAGAGACTCTGAGGATGAATGGTGAAGGATCAG-AGCATGAGGTGC  1045
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||
seq2  AATCTAGAGACTCTGAGGATGAATGGTGGAGGATCAGAAGCATGAGCTGC  1047

seq1  TA  1047
      ||
seq2  TA  1049

seq1: chr1_58596077_58596960
seq2: B6Ng01-252A24.g_68_959 (reverse)

seq1  TTCAAACCATG-CCTCCCTGA-CCCCCTAG-TTCTTCAAGACAAG-CGTC  46
      | ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  TCCAAACCATGCCCTCCCTGACCCCCCTAGATTCTTCAAGACAAGACGTC  50

seq1  TCTCTGTGTAACTTT-GGCTGTCATGGAACTCACTCTGTAGA-CCAAGC-  93
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  TCTCTGTGTAACTTTGGGCTGTCATGGAACTCACTCTGTAGACCCAAGCT  100

seq1  TGGCTTTGAACTCAGAGATATGTCTACCACCACTGCCTGGTG-AAACATT  142
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGGCTTTGAACTCAGAGATATGTCTACCACCACTGCCTGGTGAAAACATT  150

seq1  TCAGTTTTCAATTTACCTCAATACCCACTTGCCATTTGCCCCATAATAAC  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTTCAATTTACCTCAATACCCACTTGCCATTTGCCCCATAATAAC  200

seq1  ATTTTGACCACATATATGCTTTAAGAAGAGTCAGCATGCCTCCAGAATAG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGACCACATATATGCTTTAAGAAGAGTCAGCATGCCTCCAGAATAG  250

seq1  GACCTAAATCAATAGACTTCCATTCTCCATGGAAAAAAGTGTACATATGT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTAAATCAATAGACTTCCATTCTCCATGGAAAAAAGTGTACATATGT  300

seq1  TAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACTTACCAAGAGTGGCTGAGAA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACTTACCAAGAGTGGCTGAGAA  350

seq1  AAGAGTTCTAGCTGAGCTCTGTAAATGATGTCATCAAGTACTTCCTGGCC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTCTAGCTGAGCTCTGTAAATGATGTCATCAAGTACTTCCTGGCC  400

seq1  AAGGTCCCACTGTCCATTATACCTATGGGATGGATCACTTAGTACTTCCA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCCCACTGTCCATTATACCTATGGGATGGATCACTTAGTACTTCCA  450

seq1  ATAGATATCTCTGATCTTTAGAACTTAAAAAAAAACAAAAAAAAAAACCA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATATCTCTGATCTTTAGAACTTAAAAAAAAACAAAAAAAAAAACCA  500

seq1  AAAACCTACCCCAAGTTCTATTGCTTTAGTTATAAAACAAAGCTCTCACT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTACCCCAAGTTCTATTGCTTTAGTTATAAAACAAAGCTCTCACT  550

seq1  TCCAAGTTATCATTTCTGAATTATCCTAACTGTTTATAGTAGCTAACAGA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTTATCATTTCTGAATTATCCTAACTGTTTATAGTAGCTAACAGA  600

seq1  TGCTTCTTTATACAAATTGGTTTTTTTTAACCATGTTGCTATTCAGAATA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTTTATACAAATTGGTTTTTTTTAACCATGTTGCTATTCAGAATA  650

seq1  ATCTATTTAAAGTATTCATGATAATCATGATATGAACTATATCGAAACAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATTTAAAGTATTCATGATAATCATGATATGAACTATATCGAAACAA  700

seq1  TAGTTTTCCATATAGAGAATCTAAAATTTCTAAGATGGTTCTAATTTTGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTCCATATAGAGAATCTAAAATTTCTAAGATGGTTCTAATTTTGT  750

seq1  GGCTAGTCATGTTATTAATTGGCTATTTATAAAGTGCTGAAAAGAGACCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGTCATGTTATTAATTGGCTATTTATAAAGTGCTGAAAAGAGACCA  800

seq1  CATTAGAAAACAGGGTAACAGGTCTACATGAAACAAAAGATTGTATAAAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGAAAACAGGGTAACAGGTCTACATGAAACAAAAGATTGTATAAAG  850

seq1  AAGATACAAGGATATTAAATGTTCCCATGTGCAGAAGAATTC  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATACAAGGATATTAAATGTTCCCATGTGCAGAAGAATTC  892