BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255O21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 89,982,357 - 90,042,624
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUgt1a@, Ugt1a10, Ugt1a9, Ugt1a7c, Ugt1a6a, Ugt1a6b
Upstream geneAkp5, Alpi, Akp3, Ecel1, 1700027L20Rik, Chrnd, Chrng, Eif4e2, Efhd1, Tnrc15, LOC100040600, LOC100040591, 3110079O15Rik, Ngef, LOC620454, Neu2, Inpp5d, Atg16l1, Sag, Usp40, LOC545344, LOC677561
Downstream geneUgt1a5, Ugt1a2, Dnajb3, Ugt1a1, LOC100040766, 6430706D22Rik, LOC100038822, Trpm8, Spp2, Glrp1, Arl4c, LOC100040127, 2410088K16Rik, LOC208347, Sh3bp4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255O21.bB6Ng01-255O21.g
ACCGA062018GA062019
length1,1371,080
definitionB6Ng01-255O21.b B6Ng01-255O21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,041,478 - 90,042,624)(89,982,357 - 89,983,441)
sequence
gaattccaaaggtcacacaatcacagcaactgtctgcagctggcaaaacc
atgcctctgctagagcacaaggcaaatcacagtcagctgctgtggacagt
ctgaagcagccccatatctctgggattaaaaactaaaacatattctcata
tttctgtttttaaagaaattaaaatgccaaaattactgctacactagttt
cttcatcttaccaccaggccacctgacaaagtggattgacacaggacagc
atgtaattctccagaagttagtcaatacagaataaatccacccaagtcct
tcaccactctcctgtcttacatcctcattttcaaggactctaaccttctc
acttccatccaagaactattcccatgacccactgctcccacaaagggcac
agttcacatctttttccaatcccagagaacggctatggcaacccatttca
tttcacttccagcctccatatctaacaagttgcagttgagctctggacag
tgtctgatgccttggaccctggtgcaatcactgcatgtgatctcagagct
ttgatttgaagtgtgccattaaaaaggctcactgttgagagcttcggccc
cacctggtggcactattgagtcagtggatggtgaaggggctgactctcca
caggtacatttatacttgcctgtcctttaaggaatagccacttcctgata
tcctctctgccataatgttcctgctttgccaaaggcctaaagaacatgga
acctgcctacaatgagctggtgcttcttaaatcacgagtcaaactaaaac
ttccctgctttaacctatgtctcttagaaacttgtcacagcagtgaaatg
tctgtttagtaaaatttaagtctctcttcccattcttaagagggacccag
tgcatgatgaatatacatgatggctaggacatacaaaaggaaacctcaag
ccaccattggctccctcctatggttcatacactgcaaagctatagtgact
ggatacatattggcagtgcttgtgcatcacagatgggatagctagaagaa
acacaaactcaagatcattgatgtgatctacgaggactttcagattctat
attcttactataaagaaagaagctacatagtttgggg
gaattccttttacctgaactgccgctagaaggcgccatcacattcaccat
gggcctttcttccctttccgaataacctgatggagaaaagctcttacagg
tctggccagcagcttaggtcttagatggttcaagatctgatcaaggtgag
gaccaggaggaaccatcactgccagcccccacactcttctgaagtggtca
ggaatggcagctccttgtttatccagggaagtcaaactatgctctgggat
atgttagaaacacagaagaataaaaagtgatgctaactgtcttcctatgc
ctatggagactgaccaggctggttttgtagatgggctagggtttagtagt
tatctctggacaggttccatagctgatgagtgataccagggtgccatgga
agtatgattttgcttcctttctttgtttttgattctgcttcaccccatgt
ggcatgactatgtcctttctcctagtgacccccaggccaccagagatatc
tctggggcagtcctaggaactctgggaacactaaggactttgtattatga
acactagctcacctctctgccagcaggtttatgttcagggtaaatgatct
ccttatcttcattgccctgatttggggataagagttgggtggtgtgatcc
gagtaagacaattgttccttcctttttactttacttgaatttcattaagt
tctgtgaaccattcatgcttcctggacttgttttcaattgttatggtttc
aaagtgaggtcttggggagctgttagtttatttttctttgggagaatctg
agcctgagtcttcctgaaccagaaactagatgtcatactagccatttttt
gtctggttggctttattttgaggctgcgtctattatatagatccagctgt
tctggagcttgctatgtccaccaggcaagccttgaattcacaatatctac
ctgcctctgcctccctagtactggattcagacatggcatgctagccattg
tgagtctcaaatgatcaccttgagtgtttccagtccaccaggtaaataga
tgactaagtatattatctatttaaagtgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_90041478_90042624
seq2: B6Ng01-255O21.b_46_1182 (reverse)

seq1  CCCCAAACTATGTAGCTTCTTTCTTTATAGTA--GATATAGAATTCTGAA  48
      ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||| |
seq2  CCCCAAACTATGTAGCTTCTTTCTTTATAGTAAGAATATAGAA-TCTG-A  48

seq1  AAGTTCCCTCGTAGAATCACATCAATGGTTCTTGAGTTTGTGTTTCTTCT  98
      ||||  |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||
seq2  AAGT--CCTCGTAG-ATCACATCAAT-GATCTTGAGTTTGTGTTTCTTCT  94

seq1  AGCTAATCCCATCTGTGATGGCAACAAGCACCTGCCAATATTGTATCCAG  148
      |||| |||||||||||||||   ||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  AGCT-ATCCCATCTGTGATG--CACAAGCA-CTGCCAATA-TGTATCCAG  139

seq1  TCACTATAGCTTTGCAGTGTATGAACCATAGGAGGGAGCCAATGGTGGCT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATAGCTTTGCAGTGTATGAACCATAGGAGGGAGCCAATGGTGGCT  189

seq1  TGAGGTTTCCTTTTGTATTGTCCTAGCCATCATGTATATTCATCATGCAC  248
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTTCCTTTTGTA-TGTCCTAGCCATCATGTATATTCATCATGCAC  238

seq1  TGGGTCCCTCTTAAGAATGGGAAGAGAGACTTAAATTTTACTAAACAGAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCCCTCTTAAGAATGGGAAGAGAGACTTAAATTTTACTAAACAGAC  288

seq1  ATTTCACTGCTGTGACAAGTTTCTAAGAGACATAGGTTAAAGCAGGGAAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACTGCTGTGACAAGTTTCTAAGAGACATAGGTTAAAGCAGGGAAG  338

seq1  TTTTAGTTTGACTCGTGATTTAAGAAGCACCAGCTCATTGTAGGCAGGTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTTTGACTCGTGATTTAAGAAGCACCAGCTCATTGTAGGCAGGTT  388

seq1  CCATGTTCTTTAGGCCTTTGGCAAAGCAGGAACATTATGGCAGAGAGGAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTCTTTAGGCCTTTGGCAAAGCAGGAACATTATGGCAGAGAGGAT  438

seq1  ATCAGGAAGTGGCTATTCCTTAAAGGACAGGCAAGTATAAATGTACCTGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGAAGTGGCTATTCCTTAAAGGACAGGCAAGTATAAATGTACCTGT  488

seq1  GGAGAGTCAGCCCCTTCACCATCCACTGACTCAATAGTGCCACCAGGTGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGTCAGCCCCTTCACCATCCACTGACTCAATAGTGCCACCAGGTGG  538

seq1  GGCCGAAGCTCTCAACAGTGAGCCTTTTTAATGGCACACTTCAAATCAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGAAGCTCTCAACAGTGAGCCTTTTTAATGGCACACTTCAAATCAAA  588

seq1  GCTCTGAGATCACATGCAGTGATTGCACCAGGGTCCAAGGCATCAGACAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGAGATCACATGCAGTGATTGCACCAGGGTCCAAGGCATCAGACAC  638

seq1  TGTCCAGAGCTCAACTGCAACTTGTTAGATATGGAGGCTGGAAGTGAAAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAGAGCTCAACTGCAACTTGTTAGATATGGAGGCTGGAAGTGAAAT  688

seq1  GAAATGGGTTGCCATAGCCGTTCTCTGGGATTGGAAAAAGATGTGAACTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGGGTTGCCATAGCCGTTCTCTGGGATTGGAAAAAGATGTGAACTG  738

seq1  TGCCCTTTGTGGGAGCAGTGGGTCATGGGAATAGTTCTTGGATGGAAGTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTTGTGGGAGCAGTGGGTCATGGGAATAGTTCTTGGATGGAAGTG  788

seq1  AGAAGGTTAGAGTCCTTGAAAATGAGGATGTAAGACAGGAGAGTGGTGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTTAGAGTCCTTGAAAATGAGGATGTAAGACAGGAGAGTGGTGAA  838

seq1  GGACTTGGGTGGATTTATTCTGTATTGACTAACTTCTGGAGAATTACATG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGGGTGGATTTATTCTGTATTGACTAACTTCTGGAGAATTACATG  888

seq1  CTGTCCTGTGTCAATCCACTTTGTCAGGTGGCCTGGTGGTAAGATGAAGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTGTGTCAATCCACTTTGTCAGGTGGCCTGGTGGTAAGATGAAGA  938

seq1  AACTAGTGTAGCAGTAATTTTGGCATTTTAATTTCTTTAAAAACAGAAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTGTAGCAGTAATTTTGGCATTTTAATTTCTTTAAAAACAGAAAT  988

seq1  ATGAGAATATGTTTTAGTTTTTAATCCCAGAGATATGGGGCTGCTTCAGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAATATGTTTTAGTTTTTAATCCCAGAGATATGGGGCTGCTTCAGA  1038

seq1  CTGTCCACAGCAGCTGACTGTGATTTGCCTTGTGCTCTAGCAGAGGCATG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCACAGCAGCTGACTGTGATTTGCCTTGTGCTCTAGCAGAGGCATG  1088

seq1  GTTTTGCCAGCTGCAGACAGTTGCTGTGATTGTGTGACCTTTGGAATTC  1147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGCCAGCTGCAGACAGTTGCTGTGATTGTGTGACCTTTGGAATTC  1137

seq1: chr1_89982357_89983441
seq2: B6Ng01-255O21.g_66_1145

seq1  GAATTCCTTTTACCTGAACTGCCGCTAGAAGGCGCCATCACATTCACCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTTACCTGAACTGCCGCTAGAAGGCGCCATCACATTCACCAT  50

seq1  GGGCCTTTCTTCCCTTTCCGAATAACCTGATGGAGAAAAGCTCTTACAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTTCTTCCCTTTCCGAATAACCTGATGGAGAAAAGCTCTTACAGG  100

seq1  TCTGGCCAGCAGCTTAGGTCTTAGATGGTTCAAGATCTGATCAAGGTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCAGCAGCTTAGGTCTTAGATGGTTCAAGATCTGATCAAGGTGAG  150

seq1  GACCAGGAGGAACCATCACTGCCAGCCCCCACACTCTTCTGAAGTGGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGGAGGAACCATCACTGCCAGCCCCCACACTCTTCTGAAGTGGTCA  200

seq1  GGAATGGCAGCTCCTTGTTTATCCAGGGAAGTCAAACTATGCTCTGGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGCAGCTCCTTGTTTATCCAGGGAAGTCAAACTATGCTCTGGGAT  250

seq1  ATGTTAGAAACACAGAAGAATAAAAAGTGATGCTAACTGTCTTCCTATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGAAACACAGAAGAATAAAAAGTGATGCTAACTGTCTTCCTATGC  300

seq1  CTATGGAGACTGACCAGGCTGGTTTTGTAGATGGGCTAGGGTTTAGTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGAGACTGACCAGGCTGGTTTTGTAGATGGGCTAGGGTTTAGTAGT  350

seq1  TATCTCTGGACAGGTTCCATAGCTGATGAGTGATACCAGGGTGCCATGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTGGACAGGTTCCATAGCTGATGAGTGATACCAGGGTGCCATGGA  400

seq1  AGTATGATTTTGCTTCCTTTCTTTGTTTTTGATTCTGCTTCACCCCATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGATTTTGCTTCCTTTCTTTGTTTTTGATTCTGCTTCACCCCATGT  450

seq1  GGCATGACTATGTCCTTTCTCCTAGTGACCCCCAGGCCACCAGAGATATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGACTATGTCCTTTCTCCTAGTGACCCCCAGGCCACCAGAGATATC  500

seq1  TCTGGGGCAGTCCTAGGAACTCTGGGAACACTAAGGACTTTGTATTATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGCAGTCCTAGGAACTCTGGGAACACTAAGGACTTTGTATTATGA  550

seq1  ACACTAGCTCACCTCTCTGCCAGCAGGTTTATGTTCAGGGTAAATGATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAGCTCACCTCTCTGCCAGCAGGTTTATGTTCAGGGTAAATGATCT  600

seq1  CCTTATCTTCATTGCCCTGATTTGGGGATAAGAGTTGGGTGGTGTGATCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATCTTCATTGCCCTGATTTGGGGATAAGAGTTGGGTGGTGTGATCC  650

seq1  GAGTAAGACAATTGTTCCTTCCTTTTTACTTTACTTGAATTTCATTAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAGACAATTGTTCCTTCCTTTTTACTTTACTTGAATTTCATTAAGT  700

seq1  TCTGTGAACCATTCATGCTTCCTGGACTTGTTTTCAATTGTTATGGTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAACCATTCATGCTTCCTGGACTTGTTTTCAATTGTTATGGTTTC  750

seq1  AAAGTGAGGTCTTGGGGAGCTGTTAGTTTATTTTTCTTTGGGAGAATCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGAGGTCTTGGGGAGCTGTTAGTTTATTTTTCTTTGGGAGAATCTG  800

seq1  AGCCTGAGTCTTCCTGAACCAGAAACTAGATGTCATACTAGCCATTTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGAGTCTTCCTGAACCAGAAACTAGATGTCATACTAGCCATTTTTT  850

seq1  GTTTGGTTGGCTTTATTTTGAGGCTGCGTCTATTATATAGATCCAGCTGT  900
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGTTGGCTTTATTTTGAGGCTGCGTCTATTATATAGATCCAGCTGT  900

seq1  TCTGGAGCTTGCTATGTCCACCAGGCAAGCCTTGAATTCACAATATCTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGCTTGCTATGTCCACCAGGCAAGCCTTGAATTCACAATATCTAC  950

seq1  CTGCCTCTGCCTCCCTAGTACTGGGATTCAAGACATGGCATGCTAGCCAT  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCTGCCTCCCTAGTACT-GGATTC-AGACATGGCATGCTAGCCAT  998

seq1  TGTTGAGTCTTCAAAAATGATCACC-TGAGTGTTTCCCAGTCACCAAGGT  1049
      || |||||||    ||||||||||| ||||||||| ||||||  | ||||
seq2  TG-TGAGTCT---CAAATGATCACCTTGAGTGTTT-CCAGTCCACCAGGT  1043

seq1  AAATAGATGACTAAGTATA-TATCTATTAAAAGTGAC  1085
      ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  AAATAGATGACTAAGTATATTATCTATTTAAAGTGAC  1080