BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257M16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 91,525,714 - 91,601,812
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCentg2
Upstream geneArl4c, LOC100040127, 2410088K16Rik, LOC208347, Sh3bp4, LOC383542, EG665688
Downstream geneGbx2, Asb18, Iqca, Cxcr7, Cops8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257M16.bB6Ng01-257M16.g
ACCGA063399GA063400
length1,1881,091
definitionB6Ng01-257M16.b B6Ng01-257M16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,525,714 - 91,526,917)(91,600,706 - 91,601,812)
sequence
gaattccagggtacagtccatcatgtcatgggagtccgggcaacagggaa
cttgaaacagccacagtcaagagcaggaagcggaggattagtgaggcttg
ctcatgctcagctcacttgtctgtacagtccaagaagattctgcccacag
tgggcgtgtcttcccatctcgctcagcatagtgagaacagtcccccatag
acaggctcagaggcccatctctttggtgatcataggtttttgtcaagtag
acagttgacaccaaccatcacccaggtaagggctcccccctggcaggtcg
aagagagaggcactcagtcggaggcaccccaggcttcctgtacagccgcc
actgtgtcctgacagtgtctgtggctctgcctcaagaaaactttgcccca
aggtcttactgacctatgtgtgtgccattggaacttgaggtctgtaagtc
tcttgggtaaatattccacattgaaacgcgtacagttgttgcaggtggct
gtcacttcacacgcaggcacaattaattaggagctcttccttgaccctaa
gagcttccccggggtgagcttccagggggagattggggctcccttgtttg
tttacacatgtaaagagacagacacagactggatccagactgtctcagct
tctgtgagagagggttgctgggcactgcagggagcctggtctctccctca
gcttcatcctcccaagagagctgttgtaaataagagagctgttgtaaata
cgatgatggaagaggcctgggtatagattaaccttaccactcccccttta
actttgctacaaatgagtagtaatttcccagcagggagctgagtgggtgg
gtgtgcttggtggctgctcagcctctgctgtagcaggaactctctgggaa
aacactctcactggtgtgcgctgtgggcactacgactcttgagcacactg
tgtgggtgcagagggagagtccccactcaacttgaggtccactaagtctt
tggaaggttctgtggaggctgtgtgactgacccccatggctgtttccaga
tggggaggcttcaggcacagttagagctgcatctgcagtggtgggaccac
aacacacgactaccagctactactcactacacagcggaggtacttcggta
ttggccaatgtcaaacgaacgtcaggcctcaagcctca

gaattcaactaataaatcaatgtacctgtgtaaatccaatgacatgaagc
ttggagagattaagagacattctggagttcagagtcactgagtgggaaga
cttggcaggacctggcaaaagctggagtggcccaggtgacagcacttaag
agatatttcccttgggaaggagggaaggaaaaagagggagccaggtccca
ggtcttatggtcagcagatgggaaccgaacaggttttaacaggaagcaga
ggtggggtgcggtctctctcatgcaacattttctgtgtgaccttgaatga
gaaactgggcctaagttttctgacaggatgagatctgaacgtgggggttt
tcaggaggtgatccctgaactctgcaagacaggggaaggctaagtgtgtg
gagctaacaccctaatgccagccatctggcttctacactcaggtctcagt
catcctgtgagcctgtacatctgattcctttccctacatgcaaagcaagc
tcgggatgaacttatttccagttacctgcttcattaaaaacttaagagtc
attaggtatggctcaattacagcatctagtgtttctatattggatgctaa
tgaagacgctctacatttattagtacttcctgctaatgccagtactcccc
caattaattctttgcatagcttacgatgacttccaaccagcacccaaaaa
actagcatgcatccttcctgccagagcccatccctgcgagcactgcttcc
tcattccacggccccaggagtggaagagtacttggggtacatttcagccc
tttactgtcaggaccacactttgctcctgcaaccaggctcaagaatatcc
ttgtctgattgcattttcattagcatctgaaatcagcaccaatcatatta
ttttatcaaacattttagcttttgagtcccccagagagtcacacaaggtc
ttaagtgacactctttatacacaaaggaaaaaaaaaaaaagcattttttt
tatgatcctgatcagagagccactgtggggatgggagaaagctcagctct
gggtgcatatcccagctgtagcagcgggggtgtggggaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_91525714_91526917
seq2: B6Ng01-257M16.b_47_1234

seq1  GAATTCCAGGGTACAGTCCATCATGTCATGGGAGTCCGGGCAACAGGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGTACAGTCCATCATGTCATGGGAGTCCGGGCAACAGGGAA  50

seq1  CTTGAAACAGCCACAGTCAAGAGCAGGAAGCGGAGGATTAGTGAGGCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAACAGCCACAGTCAAGAGCAGGAAGCGGAGGATTAGTGAGGCTTG  100

seq1  CTCATGCTCAGCTCACTTGTCTGTACAGTCCAAGAAGATTCTGCCCACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGCTCAGCTCACTTGTCTGTACAGTCCAAGAAGATTCTGCCCACAG  150

seq1  TGGGCGTGTCTTCCCATCTCGCTCAGCATAGTGAGAACAGTCCCCCATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCGTGTCTTCCCATCTCGCTCAGCATAGTGAGAACAGTCCCCCATAG  200

seq1  ACAGGCTCAGAGGCCCATCTCTTTGGTGATCATAGGTTTTTGTCAAGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTCAGAGGCCCATCTCTTTGGTGATCATAGGTTTTTGTCAAGTAG  250

seq1  ACAGTTGACACCAACCATCACCCAGGTAAGGGCTCCCCCCTGGCAGGTCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTGACACCAACCATCACCCAGGTAAGGGCTCCCCCCTGGCAGGTCG  300

seq1  AAGAGAGAGGCACTCAGTCGGAGGCACCCCAGGCTTCCTGTACAGCCGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGAGGCACTCAGTCGGAGGCACCCCAGGCTTCCTGTACAGCCGCC  350

seq1  ACTGTGTCCTGACAGTGTCTGTGGCTCTGCCTCAAGAAAACTTTGCCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTCCTGACAGTGTCTGTGGCTCTGCCTCAAGAAAACTTTGCCCCA  400

seq1  AGGTCTTACTGACCTATGTGTGTGCCATTGGAACTTGAGGTCTGTAAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTACTGACCTATGTGTGTGCCATTGGAACTTGAGGTCTGTAAGTC  450

seq1  TCTTGGGTAAATATTCCACATTGAAACGCGTACAGTTGTTGCAGGTGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGTAAATATTCCACATTGAAACGCGTACAGTTGTTGCAGGTGGCT  500

seq1  GTCACTTCACACGCAGGCACAATTAATTAGGAGCTCTTCCTTGACCCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTCACACGCAGGCACAATTAATTAGGAGCTCTTCCTTGACCCTAA  550

seq1  GAGCTTCCCCGGGGTGAGCTTCCAGGGGGAGATTGGGGCTCCCTTGTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCCCCGGGGTGAGCTTCCAGGGGGAGATTGGGGCTCCCTTGTTTG  600

seq1  TTTACACATGTAAAGAGACAGACACAGACTGGATCCAGACTGTCTCAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACATGTAAAGAGACAGACACAGACTGGATCCAGACTGTCTCAGCT  650

seq1  TCTGTGAGAGAGGGTTGCTGGGCACTGCAGGGAGCCTGGTCTCTCCCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAGAGAGGGTTGCTGGGCACTGCAGGGAGCCTGGTCTCTCCCTCA  700

seq1  GCTTCATCCTCCCAAGAGAGCTGTTGTAAATAAGAGAGCTGTTGTAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATCCTCCCAAGAGAGCTGTTGTAAATAAGAGAGCTGTTGTAAATA  750

seq1  CGATGATGGAAGAGGCCTGGGTATAGATTAACCTTACCACTCCCCCTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGATGGAAGAGGCCTGGGTATAGATTAACCTTACCACTCCCCCTTTA  800

seq1  ACTTTGCTACAAATGAGTAGTAATTTCCCAGCAGGGAGCTGAGTGGGTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGCTACAAATGAGTAGTAATTTCCCAGCAGGGAGCTGAGTGGGTGG  850

seq1  GTGTGCTTGGTGGCTGCTCAGCCTCTGCTGTAGCAGGAACTCTCTGGGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTTGGTGGCTGCTCAGCCTCTGCTGTAGCAGGAACTCTCTGGGAA  900

seq1  AACACTCTCACTGGTGTGCGCTGTGGGCACTACGACTCTTGAGCACACTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCTCACTGGTGTGCGCTGTGGGCACTACGACTCTTGAGCACACTG  950

seq1  TGTGGGTGCAGAGGAAGAGTCCCCACTCAACTTGAGGTCCACTAAGTCTT  1000
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTGCAGAGGGAGAGTCCCCACTCAACTTGAGGTCCACTAAGTCTT  1000

seq1  TGGAAGGTTCTGTGGAGGCTGTGTGGACTGACCCCCATGGCCTGTTTCCA  1050
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGGAAGGTTCTGTGGAGGCTGTGT-GACTGACCCCCATGG-CTGTTTCCA  1048

seq1  GATGGGGAGGCTTCAGGGCACAGGTAGAGCCTTGCATCTGCAGT-GTGGG  1099
      ||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||| |||||
seq2  GATGGGGAGGCTTCA-GGCACAGTTAGAGC--TGCATCTGCAGTGGTGGG  1095

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGAGG  1149
      || |||| ||||||  ||   ||   ||  || |||  |||||  ||  |
seq2  AC-CACA-ACACAC-GACTACCAGCTAC-TACTCAC-TACACA-GCGGAG  1139

seq1  GAACATCAGTAATTTGGCCATAGTGCATACACGGACGTCAGGCCTCACAG  1199
      | || || |||  |||||||  ||    | ||| ||||||||||||| ||
seq2  GTACTTCGGTA--TTGGCCAATGT---CAAACGAACGTCAGGCCTCA-AG  1183

seq1  CCTCA  1204
      |||||
seq2  CCTCA  1188


seq1: chr1_91600706_91601812
seq2: B6Ng01-257M16.g_66_1156 (reverse)

seq1  CCCTCCCCCCACCCCCGCTGCCCTCACAGCTGGGATATTGCACCCAGAGC  50
      || ||||| ||||||||||||    |||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCTTCCCCACACCCCCGCTGC---TACAGCTGGGATA-TGCACCCAGAGC  46

seq1  TGAGCCTTTCCTCCCATCCCCCACAGTGGCTCTCTGATCCAGGGATCATT  100
      |||||  || ||||||| |||||||||||||||||||||   |||||| |
seq2  TGAGC--TTTCTCCCAT-CCCCACAGTGGCTCTCTGATC--AGGATCA-T  90

seq1  AAAAAAAATGGCTTTTTTTTTTTTTCCTTTGTTGGTATAAAGAGTTGTCA  150
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||
seq2  AAAAAAAAT-GCTTTTTTTTTTTTTCCTTTGT--GTATAAAGAG-TGTCA  136

seq1  CTTTAAGACCTTGTGGTGACTCTCTGGGGGACTCAAAAGCTAAAATGTTT  200
      | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TTAAGACCTTGT-GTGACTCTCTGGGGGACTCAAAAGCTAAAATGTTT  184

seq1  GATAAAATAATATGATTGGTGCTGATTTCAGATGCTAATGAAAATGCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAATAATATGATTGGTGCTGATTTCAGATGCTAATGAAAATGCAAT  234

seq1  CAGACAAGGATATTCTTGAGCCTGGTTGCAGGAGCAAAGTGTGGTCCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAAGGATATTCTTGAGCCTGGTTGCAGGAGCAAAGTGTGGTCCTGA  284

seq1  CAGTAAAGGGCTGAAATGTACCCCAAGTACTCTTCCACTCCTGGGGCCGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAAGGGCTGAAATGTACCCCAAGTACTCTTCCACTCCTGGGGCCGT  334

seq1  GGAATGAGGAAGCAGTGCTCGCAGGGATGGGCTCTGGCAGGAAGGATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGAGGAAGCAGTGCTCGCAGGGATGGGCTCTGGCAGGAAGGATGCA  384

seq1  TGCTAGTTTTTTGGGTGCTGGTTGGAAGTCATCGTAAGCTATGCAAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGTTTTTTGGGTGCTGGTTGGAAGTCATCGTAAGCTATGCAAAGAA  434

seq1  TTAATTGGGGGAGTACTGGCATTAGCAGGAAGTACTAATAAATGTAGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGGGGGAGTACTGGCATTAGCAGGAAGTACTAATAAATGTAGAGC  484

seq1  GTCTTCATTAGCATCCAATATAGAAACACTAGATGCTGTAATTGAGCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCATTAGCATCCAATATAGAAACACTAGATGCTGTAATTGAGCCAT  534

seq1  ACCTAATGACTCTTAAGTTTTTAATGAAGCAGGTAACTGGAAATAAGTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAATGACTCTTAAGTTTTTAATGAAGCAGGTAACTGGAAATAAGTTC  584

seq1  ATCCCGAGCTTGCTTTGCATGTAGGGAAAGGAATCAGATGTACAGGCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCGAGCTTGCTTTGCATGTAGGGAAAGGAATCAGATGTACAGGCTCA  634

seq1  CAGGATGACTGAGACCTGAGTGTAGAAGCCAGATGGCTGGCATTAGGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGACTGAGACCTGAGTGTAGAAGCCAGATGGCTGGCATTAGGGTG  684

seq1  TTAGCTCCACACACTTAGCCTTCCCCTGTCTTGCAGAGTTCAGGGATCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCCACACACTTAGCCTTCCCCTGTCTTGCAGAGTTCAGGGATCAC  734

seq1  CTCCTGAAAACCCCCACGTTCAGATCTCATCCTGTCAGAAAACTTAGGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAAAACCCCCACGTTCAGATCTCATCCTGTCAGAAAACTTAGGCC  784

seq1  CAGTTTCTCATTCAAGGTCACACAGAAAATGTTGCATGAGAGAGACCGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCTCATTCAAGGTCACACAGAAAATGTTGCATGAGAGAGACCGCA  834

seq1  CCCCACCTCTGCTTCCTGTTAAAACCTGTTCGGTTCCCATCTGCTGACCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCTCTGCTTCCTGTTAAAACCTGTTCGGTTCCCATCTGCTGACCA  884

seq1  TAAGACCTGGGACCTGGCTCCCTCTTTTTCCTTCCCTCCTTCCCAAGGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACCTGGGACCTGGCTCCCTCTTTTTCCTTCCCTCCTTCCCAAGGGA  934

seq1  AATATCTCTTAAGTGCTGTCACCTGGGCCACTCCAGCTTTTGCCAGGTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTCTTAAGTGCTGTCACCTGGGCCACTCCAGCTTTTGCCAGGTCC  984

seq1  TGCCAAGTCTTCCCACTCAGTGACTCTGAACTCCAGAATGTCTCTTAATC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGTCTTCCCACTCAGTGACTCTGAACTCCAGAATGTCTCTTAATC  1034

seq1  TCTCCAAGCTTCATGTCATTGGATTTACACAGGTACATTGATTTATTAGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAGCTTCATGTCATTGGATTTACACAGGTACATTGATTTATTAGT  1084

seq1  TGAATTC  1107
      |||||||
seq2  TGAATTC  1091


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |