BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257N22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,555,101 - 82,732,334
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol4a4, Col4a3, 5230400G24Rik
Upstream geneEG621020, LOC433328, EG665145, Irs1, Rhbdd1
Downstream geneTm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614, 4930544G21Rik, EG622958
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257N22.bB6Ng01-257N22.g
ACCGA063456GA063457
length5621,044
definitionB6Ng01-257N22.b B6Ng01-257N22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,731,767 - 82,732,334)(82,555,101 - 82,556,145)
sequence
atgaaaactgaccaaaagtggatgagaaagaatattcactttacataaat
aaaagtgccagacacacagaagagaaacacaggactaaaaactctcacaa
tgaagagaattgccagattttatgactaatacaaagtgatttccagcact
gtaaacacattttaaaaactataagaattatttagaagagatacgtacag
acaagatacagaagatctataatgatacaatgccagttctactcacatgg
aatcgtttctgaccaactgtccattttggcgaacagcattttcactcata
gaacgctctctttttagcctgccaactgctcggctctgctaaggtgcaag
caaagggaaggaacaggattaaatcgcttagaggccattctgcataaaaa
acacaaaggacccaccccatccaaggctactcacaaaactataaggagct
aaggaaagcaaacctagaagcaaagcctggtcattatggacaggtaagac
ttgtcaatttttctccctccacagtatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtg
gaattctctgaccccccagtcagtaaccaaaactcacaaaaggtccaatt
tggttcataagaacatgacttcttcatcttacacacagacccacttacta
catggagttgcttccctggagactgacagagactaaggaaaattcctgct
caatgctatctcattcatctcctcacagagagattaacagcaagtgtaga
gaggagatggagaagaatcatagatcatgtagtggagcaactcagtagct
atatagtcacacctcacatcctggagccaagggacacccacaccctgggg
aatgggcttaatcctctagacaaacctttctctcctaggctgagcttgag
tctgcaagccagccatcaaggggacactcccatctcctgccccgacccca
acaccactgacctggaaagttcctagagccacagtggtcagagttgactt
gctctgatgatgcacatctctggccacacttgaaggtcacagggatttga
gctatgagagcttactcacttcctagcagtgccagtgtgatataggaagt
ctggggcagaggagagactgctaactgtgtttctctctcttggaaacagt
ctccttatggatccacagtggctacaaaaaaaaggcttctgcatcctctc
taggctagattctggattttaatctgttggttgatgcatgcagactacct
actcactcaactcagtacgataaagtacacctatttcaaaggggaaacca
atgggcaacaactcattcctctaaggcatggactgtgaatcaaggggccg
tttacatgacccgtcacaagtatatgcttatctgatgagggaatttaggc
acagccttactcaaactgatggaaagatgatgctgaatcactgagagtac
acgtccccgctttcacctcatgtagctccagactcacagctattaccaga
agctaggtttgcttgtcaagaattgctttagcctcccacctcgggtggat
agtgcttgtcctgagccatagttatgaggtggaaagtctagtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_82731767_82732334
seq2: B6Ng01-257N22.b_45_612 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACATATACTGTGGAGGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACATATACTGTGGAGGGAG  50

seq1  AAAAATTGACAAGTCTTACCTGTCCATAATGACCAGGCTTTGCTTCTAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTGACAAGTCTTACCTGTCCATAATGACCAGGCTTTGCTTCTAGG  100

seq1  TTTGCTTTCCTTAGCTCCTTATAGTTTTGTGAGTAGCCTTGGATGGGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTCCTTAGCTCCTTATAGTTTTGTGAGTAGCCTTGGATGGGGTG  150

seq1  GGTCCTTTGTGTTTTTTATGCAGAATGGCCTCTAAGCGATTTAATCCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTTGTGTTTTTTATGCAGAATGGCCTCTAAGCGATTTAATCCTGT  200

seq1  TCCTTCCCTTTGCTTGCACCTTAGCAGAGCCGAGCAGTTGGCAGGCTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCCTTTGCTTGCACCTTAGCAGAGCCGAGCAGTTGGCAGGCTAAA  250

seq1  AAGAGAGCGTTCTATGAGTGAAAATGCTGTTCGCCAAAATGGACAGTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGCGTTCTATGAGTGAAAATGCTGTTCGCCAAAATGGACAGTTGG  300

seq1  TCAGAAACGATTCCATGTGAGTAGAACTGGCATTGTATCATTATAGATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAACGATTCCATGTGAGTAGAACTGGCATTGTATCATTATAGATCT  350

seq1  TCTGTATCTTGTCTGTACGTATCTCTTCTAAATAATTCTTATAGTTTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATCTTGTCTGTACGTATCTCTTCTAAATAATTCTTATAGTTTTTA  400

seq1  AAATGTGTTTACAGTGCTGGAAATCACTTTGTATTAGTCATAAAATCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGTTTACAGTGCTGGAAATCACTTTGTATTAGTCATAAAATCTGG  450

seq1  CAATTCTCTTCATTGTGAGAGTTTTTAGTCCTGTGTTTCTCTTCTGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCTCTTCATTGTGAGAGTTTTTAGTCCTGTGTTTCTCTTCTGTGTG  500

seq1  TCTGGCACTTTTATTTATGTAAAGTGAATATTCTTTCTCATCCACTTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCACTTTTATTTATGTAAAGTGAATATTCTTTCTCATCCACTTTTG  550

seq1  GTCAGTTTTCATGAATTC  568
      ||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTTTCATGAATTC  568

seq1: chr1_82555101_82556145
seq2: B6Ng01-257N22.g_68_1111

seq1  GAATTCTCTGACCCCCCAGTCAGTAACCAAAACTCACAAAAGGTCCAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGACCCCCCAGTCAGTAACCAAAACTCACAAAAGGTCCAATT  50

seq1  TGGTTCATAAGAACATGACTTCTTCATCTTACACACAGACCCACTTACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCATAAGAACATGACTTCTTCATCTTACACACAGACCCACTTACTA  100

seq1  CATGGAGTTGCTTCCCTGGAGACTGACAGAGACTAAGGAAAATTCCTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGTTGCTTCCCTGGAGACTGACAGAGACTAAGGAAAATTCCTGCT  150

seq1  CAATGCTATCTCATTCATCTCCTCACAGAGAGATTAACAGCAAGTGTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCTATCTCATTCATCTCCTCACAGAGAGATTAACAGCAAGTGTAGA  200

seq1  GAGGAGATGGAGAAGAATCATAGATCATGTAGTGGAGCAACTCAGTAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGATGGAGAAGAATCATAGATCATGTAGTGGAGCAACTCAGTAGCT  250

seq1  ATATAGTCACACCTCACATCCTGGAGCCAAGGGACACCCACACCCTGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTCACACCTCACATCCTGGAGCCAAGGGACACCCACACCCTGGGG  300

seq1  AATGGGCTTAATCCTCTAGACAAACCTTTCTCTCCTAGGCTGAGCTTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGCTTAATCCTCTAGACAAACCTTTCTCTCCTAGGCTGAGCTTGAG  350

seq1  TCTGCAAGCCAGCCATCAAGGGGACACTCCCATCTCCTGCCCCGACCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAGCCAGCCATCAAGGGGACACTCCCATCTCCTGCCCCGACCCCA  400

seq1  ACACCACTGACCTGGAAAGTTCCTAGAGCCACAGTGGTCAGAGTTGACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACTGACCTGGAAAGTTCCTAGAGCCACAGTGGTCAGAGTTGACTT  450

seq1  GCTCTGATGATGCACATCTCTGGCCACACTTGAAGGTCACAGGGATTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGATGATGCACATCTCTGGCCACACTTGAAGGTCACAGGGATTTGA  500

seq1  GCTATGAGAGCTTACTCACTTCCTAGCAGTGCCAGTGTGATATAGGAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGAGAGCTTACTCACTTCCTAGCAGTGCCAGTGTGATATAGGAAGT  550

seq1  CTGGGGCAGAGGAGAGACTGCTAACTGTGTTTCTCTCTCTTGGAAACAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCAGAGGAGAGACTGCTAACTGTGTTTCTCTCTCTTGGAAACAGT  600

seq1  CTCCTTATGGATCCACAGTGGCTACAAAAAAAAGGCTTCTGCATCCTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTATGGATCCACAGTGGCTACAAAAAAAAGGCTTCTGCATCCTCTC  650

seq1  TAGGCTAGATTCTGGATTTTAATCTGTTGGTTGATGCATGCAGACTACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTAGATTCTGGATTTTAATCTGTTGGTTGATGCATGCAGACTACCT  700

seq1  ACTCACTCAACTCAGTACGATAAAGTACACCTATTTCAAAGGGGAAACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTCAACTCAGTACGATAAAGTACACCTATTTCAAAGGGGAAACCA  750

seq1  ATGGGCAACAACTCATTCCTCTAAGGCATGGACTGTGAATCAAGGGGCCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCAACAACTCATTCCTCTAAGGCATGGACTGTGAATCAAGGGGCCG  800

seq1  TTTACATGACCCGTCACAAGTATATGCTTATCTGATGAGGGAATTTAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATGACCCGTCACAAGTATATGCTTATCTGATGAGGGAATTTAGGC  850

seq1  ACAGCCTTACTCAAACTGATGGAAAGATGATGCTGAATCACTGAGAGTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTTACTCAAACTGATGGAAAGATGATGCTGAATCACTGAGAGTAC  900

seq1  ACGTCCCCGCTTTCACCTCATGTAGCTCCAGACTCACAGCTATTAACAAG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
seq2  ACGTCCCCGCTTTCACCTCATGTAGCTCCAGACTCACAGCTATT-ACCAG  949

seq1  AAGCTAGGTTTGCTTGTCAAGAATTGCTTTAGCCTCCCA-CTCGGGTGGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAGCTAGGTTTGCTTGTCAAGAATTGCTTTAGCCTCCCACCTCGGGTGGA  999

seq1  TAGTGCTTGTCCTGAAGCCATAGTTATGAGGT-GAAAGTCTAAGTGC  1045
      |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  TAGTGCTTGTCCTG-AGCCATAGTTATGAGGTGGAAAGTCT-AGTGC  1044