BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258C17
Chromosome1 (Build37)
Map Location 66,207,364 - 66,382,942
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMtap2
Upstream geneIdh1, Pip5k3, Pthr2, LOC100042716, EG628894, LOC100043165, LOC383520, EG667775, Crygf, LOC667781, EG667786
Downstream geneC030018G13Rik, Rpe, 1110028C15Rik, Acadl, Myl1, LOC100043192, Lancl1, Cps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258C17.bB6Ng01-258C17.g
ACCGA063675GA063676
length1,1401,110
definitionB6Ng01-258C17.b B6Ng01-258C17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,381,797 - 66,382,942)(66,207,364 - 66,208,472)
sequence
gaattcatgagacaagagacaaagaacaggaaaagatttcctcagtcatt
tcgttttctttgaggcagtggataaggtggagtattgggaatgactgatt
ctagcaggagggaaagctacctggaacacattctagcagaagatggctgg
aaataggctacagtgaagacagagcctgttaagcccactgggaggatgga
gagcagctggtcacctggagtatggaaagccagaggaggctcagcagaat
ccactctgcagataagcctcctggggacagctgaactcttaacacgctgt
tcacacccatctactaacactcaaatggcctcaggtggtgtaatttagca
tgaatgcaatttccaggccttgctaatgaccttggaccacatataacccc
atctttcctcttggtgctttccatctgtcattttttctttaattaagggg
tggagtgggtagaaaggaggagagcaactagcaaagtctcagtgcctcaa
agcccctaacacaggtctgactttgttcaaagaaatgttggaactttact
attcggcttacaaacagcataaataacaacaatctttgcatcacctattt
tctgaagaaaaggtggtaaaatacaaatgaaatataataatctatctatc
tatctatgtacacatacacacatgatgtgattattatctgtatgcgctct
cttaacattttaatatggttgaccacactattccagtcttacacagtgga
ggcttgataaggtcccagcatctcccaactgataagggatctgaatgcaa
gagtacctcactgcacagtactacataccagcacttgttaaagcctgtat
ttttttggctggtattctgcttatgaaaaagtgtagtttaccaactatag
attccagagatacctattttggcaagatgaagtgattatagtaaacagat
ttttaaatgtatggagttattacaacacacttctttttctagagtttcca
ctttctaggacttacccctaatgatgatttaggatacttatcaaacatta
ttaggatctcagttggatcatgacaagaagaatgtttaattagaagccaa
gggcacattacagggctgctagatgaagatgggtggattt
agaacattttttagttttccaatgtctgataatgttgaaaaaaataacta
gacttaggaatgccaaggttaaagaaatatctgtgtaaaggaaagaatgc
tagagaacaatatgtttttggtacatggcacagaaaaaaaatcctcacac
agactttgctggagttaacacattagcagccagaaaacaactcttatgct
aacttactcacaataaaaataattttaaattctgagtaacttactcattg
ctctgaaagaccagacttacagaattcatatattccatttgtcatttaaa
acattctgtgtgcatttcacatgtcgactgccaattggcttctggattct
gtgtttatttgatgaaggcaactattaagagaagatctgaggaaagtaca
tagtttaaagaaatccattttcctctgaagcttgcctggaaatttggttt
atctttcaatattgcatagcgcccagagccttgaatgctcaaattacttt
ttacattgcattgaacaaagcattaatttacactatatgctcataaaaat
agagaatgggttatgttaatttttttaacaaaggacttacatgacactgt
ttataattattttaacttttaattaatgaaatattaattttatgtattaa
ctaatgtgaagtgtttgggttctatacagctaaataattatttgaaaaat
gttgaaatgttgtagattaattttaaatattcttttgtatatctttatgt
atatgggtgttttgcttgtatgtctacctgtatcaaatgtgcatgctgaa
tccagaacgggcactggatactctggaactagaattacatggcagttgta
aggtaccatataggtactgggatttgaacctgggtcctctggaatagcac
ctagtgctcttaatcattgaacaatctctcaacctgggactcgtgaagta
tttcttatgatattgccttctacagaaaattaacatcaacttgagtcaaa
aaaattgacctttgttcggtgtgtctaagtccttgtggaggatgactttg
tattagcctatgtagaaagagataggcattacgtgataccttgtgattcc
tcggtgcgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_66381797_66382942
seq2: B6Ng01-258C17.b_42_1181 (reverse)

seq1  AAATCCCACCCATCTTTCATTCTAGCCAAGCCCTGT-ATGTGCCCTTGCC  49
      |||| ||||||||| |||| ||||||  |||||||| ||||||||||| |
seq2  AAAT-CCACCCATC-TTCA-TCTAGC--AGCCCTGTAATGTGCCCTTGGC  45

seq1  TTCTAATTAAACATTTCTTCTTGTCATGATCC-ACTGAGATCCTTATTAA  98
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || |||
seq2  TTCTAATTAAACA-TTCTTCTTGTCATGATCCAACTGAGATCC-TAATAA  93

seq1  TGTTTTGAT-AGTATCCTAAATCATCATTAGGGGTAAGTCCTAGAAAGTG  147
      || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TG-TTTGATAAGTATCCTAAATCATCATTAGGGGTAAGTCCTAGAAAGTG  142

seq1  GAAACTCTTAGAAAAGAGTTGTGTTGTAATAACTCCATACATTTAAAAAT  197
      ||||||||   ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTCTAGAAAAAGAAGTGTGTTGTAATAACTCCATACATTTAAAAAT  192

seq1  CTGTTTACTATAATCACCTTCATCTTGCCAAAATAGGTATCTCTGGAATC  247
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTACTATAATCA-CTTCATCTTGCCAAAATAGGTATCTCTGGAATC  241

seq1  TATAGTTGGTAAACTACACTTTTTCATAAGCAGAATACCAGCCAAAAAAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTGGTAAACTACACTTTTTCATAAGCAGAATACCAGCCAAAAAAA  291

seq1  TACAGGCTTTAACAAGTGCTGGTATGTAGTACTGTGCAGTGAGGTACTCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGCTTTAACAAGTGCTGGTATGTAGTACTGTGCAGTGAGGTACTCT  341

seq1  TGCATTCAGATCCCTTATCAGTTGGGAGATGCTGGGACCTTATCAAGCCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTCAGATCCCTTATCAGTTGGGAGATGCTGGGACCTTATCAAGCCT  391

seq1  CCACTGTGTAAGACTGGAATAGTGTGGTCAACCATATTAAAATGTTAAGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTGTAAGACTGGAATAGTGTGGTCAACCATATTAAAATGTTAAGA  441

seq1  GAGCGCATACAGATAATAATCACATCATGTGTGTATGTGTACATAGATAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGCATACAGATAATAATCACATCATGTGTGTATGTGTACATAGATAG  491

seq1  ATAGATAGATTATTATATTTCATTTGTATTTTACCACCTTTTCTTCAGAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATTATTATATTTCATTTGTATTTTACCACCTTTTCTTCAGAA  541

seq1  AATAGGTGATGCAAAGATTGTTGTTATTTATGCTGTTTGTAAGCCGAATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGTGATGCAAAGATTGTTGTTATTTATGCTGTTTGTAAGCCGAATA  591

seq1  GTAAAGTTCCAACATTTCTTTGAACAAAGTCAGACCTGTGTTAGGGGCTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGTTCCAACATTTCTTTGAACAAAGTCAGACCTGTGTTAGGGGCTT  641

seq1  TGAGGCACTGAGACTTTGCTAGTTGCTCTCCTCCTTTCTACCCACTCCAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCACTGAGACTTTGCTAGTTGCTCTCCTCCTTTCTACCCACTCCAC  691

seq1  CCCTTAATTAAAGAAAAAATGACAGATGGAAAGCACCAAGAGGAAAGATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAATTAAAGAAAAAATGACAGATGGAAAGCACCAAGAGGAAAGATG  741

seq1  GGGTTATATGTGGTCCAAGGTCATTAGCAAGGCCTGGAAATTGCATTCAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTATATGTGGTCCAAGGTCATTAGCAAGGCCTGGAAATTGCATTCAT  791

seq1  GCTAAATTACACCACCTGAGGCCATTTGAGTGTTAGTAGATGGGTGTGAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATTACACCACCTGAGGCCATTTGAGTGTTAGTAGATGGGTGTGAA  841

seq1  CAGCGTGTTAAGAGTTCAGCTGTCCCCAGGAGGCTTATCTGCAGAGTGGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGTGTTAAGAGTTCAGCTGTCCCCAGGAGGCTTATCTGCAGAGTGGA  891

seq1  TTCTGCTGAGCCTCCTCTGGCTTTCCATACTCCAGGTGACCAGCTGCTCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTGAGCCTCCTCTGGCTTTCCATACTCCAGGTGACCAGCTGCTCT  941

seq1  CCATCCTCCCAGTGGGCTTAACAGGCTCTGTCTTCACTGTAGCCTATTTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTCCCAGTGGGCTTAACAGGCTCTGTCTTCACTGTAGCCTATTTC  991

seq1  CAGCCATCTTCTGCTAGAATGTGTTCCAGGTAGCTTTCCCTCCTGCTAGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATCTTCTGCTAGAATGTGTTCCAGGTAGCTTTCCCTCCTGCTAGA  1041

seq1  ATCAGTCATTCCCAATACTCCACCTTATCCACTGCCTCAAAGAAAACGAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCATTCCCAATACTCCACCTTATCCACTGCCTCAAAGAAAACGAA  1091

seq1  ATGACTGAGGAAATCTTTTCCTGTTCTTTGTCTCTTGTCTCATGAATTC  1146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGAGGAAATCTTTTCCTGTTCTTTGTCTCTTGTCTCATGAATTC  1140

seq1: chr1_66207364_66208472
seq2: B6Ng01-258C17.g_77_1186

seq1  AGAACATTTTTTAGTTTTCCAATGTCTGATAATGTTGAAAAAAATAACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATTTTTTAGTTTTCCAATGTCTGATAATGTTGAAAAAAATAACTA  50

seq1  GACTTAGGAATGCCAAGGTTAAAGAAATATCTGTGTAAAGGAAAGAATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAGGAATGCCAAGGTTAAAGAAATATCTGTGTAAAGGAAAGAATGC  100

seq1  TAGAGAACAATATGTTTTTGGTACATGGCACAGAAAAAAAATCCTCACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAACAATATGTTTTTGGTACATGGCACAGAAAAAAAATCCTCACAC  150

seq1  AGACTTTGCTGGAGTTAACACATTAGCAGCCAGAAAACAACTCTTATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTGCTGGAGTTAACACATTAGCAGCCAGAAAACAACTCTTATGCT  200

seq1  AACTTACTCACAATAAAAATAATTTTAAATTCTGAGTAACTTACTCATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACTCACAATAAAAATAATTTTAAATTCTGAGTAACTTACTCATTG  250

seq1  CTCTGAAAGACCAGACTTACAGAATTCATATATTCCATTTGTCATTTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAAGACCAGACTTACAGAATTCATATATTCCATTTGTCATTTAAA  300

seq1  ACATTCTGTGTGCATTTCACATGTCGACTGCCAATTGGCTTCTGGATTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTGTGTGCATTTCACATGTCGACTGCCAATTGGCTTCTGGATTCT  350

seq1  GTGTTTATTTGATGAAGGCAACTATTAAGAGAAGATCTGAGGAAAGTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTATTTGATGAAGGCAACTATTAAGAGAAGATCTGAGGAAAGTACA  400

seq1  TAGTTTAAAGAAATCCATTTTCCTCTGAAGCTTGCCTGGAAATTTGGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTAAAGAAATCCATTTTCCTCTGAAGCTTGCCTGGAAATTTGGTTT  450

seq1  ATCTTTCAATATTGCATAGCGCCCAGAGCCTTGAATGCTCAAATTACTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCAATATTGCATAGCGCCCAGAGCCTTGAATGCTCAAATTACTTT  500

seq1  TTACATTGCATTGAACAAAGCATTAATTTACACTATATGCTCATAAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTGCATTGAACAAAGCATTAATTTACACTATATGCTCATAAAAAT  550

seq1  AGAGAATGGGTTATGTTAATTTTTTTAACAAAGGACTTACATGACACTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATGGGTTATGTTAATTTTTTTAACAAAGGACTTACATGACACTGT  600

seq1  TTATAATTATTTTAACTTTTAATTAATGAAATATTAATTTTATGTATTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATTATTTTAACTTTTAATTAATGAAATATTAATTTTATGTATTAA  650

seq1  CTAATGTGAAGTGTTTGGGTTCTATACAGCTAAATAATTATTTGAAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTGAAGTGTTTGGGTTCTATACAGCTAAATAATTATTTGAAAAAT  700

seq1  GTTGAAATGTTGTAGATTAATTTTAAATATTCTTTTGTATATCTTTATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAATGTTGTAGATTAATTTTAAATATTCTTTTGTATATCTTTATGT  750

seq1  ATATGGGTGTTTTGCTTGTATGTCTACCTGTATCAAATGTGCATGCTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGGTGTTTTGCTTGTATGTCTACCTGTATCAAATGTGCATGCTGAA  800

seq1  TCCAGAACGGGCACTGGATACTCTGGAACTAGAATTACATGGCAGTTGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAACGGGCACTGGATACTCTGGAACTAGAATTACATGGCAGTTGTA  850

seq1  AGGTACCATATAGGTACTGGGATTTGAACCTGGGTCCTCTGGAATAGCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACCATATAGGTACTGGGATTTGAACCTGGGTCCTCTGGAATAGCAC  900

seq1  CTAGTGCTCTTAATCATTGAACAATCTCTCAAACCTGGACTCGTG-AGTA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||
seq2  CTAGTGCTCTTAATCATTGAACAATCTCTCAACCTGGGACTCGTGAAGTA  950

seq1  TTTCTTATGATATTGCCTTCTACAGAAAATTAACATCAACTTGAGTCAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTATGATATTGCCTTCTACAGAAAATTAACATCAACTTGAGTCAAA  1000

seq1  AAAATTGACCTTTGTTCGGTGTGTCTAAGTCCTTGGTGGAGGATGACTTT  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAAATTGACCTTTGTTCGGTGTGTCTAAGTCCTT-GTGGAGGATGACTTT  1049

seq1  GTATAAGCCTATGTAG-AAGAGATTAAGCATTACGTGAATACC-TGTGAT  1097
      |||| ||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||| ||||||
seq2  GTATTAGCCTATGTAGAAAGAGA-TAGGCATTACGTG-ATACCTTGTGAT  1097

seq1  T-CTCAGTGCGAA  1109
      | ||| |||||||
seq2  TCCTCGGTGCGAA  1110