BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261F14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 125,471,898 - 125,626,191
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpp10
Upstream geneLOC666983
Downstream geneLOC666998
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261F14.bB6Ng01-261F14.g
ACCGA066040GA066041
length1,179644
definitionB6Ng01-261F14.b B6Ng01-261F14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,625,018 - 125,626,191)(125,471,898 - 125,472,541)
sequence
gaattctttattttgctccctttccttctgatctggtgtgttaaaatata
aacactgaaaatccagttatctactcagatgttcctgtcggtgtgcattg
tgtctcttgatgaactataacatgaatcagggaaggggtttctaaactga
ctctagagggcactatcccatctgtcttactggaaacttactctgctcac
atacctcagttcagggatgctactgaagtctcccatgatcacatcttaaa
tttttgttaagtccaattcttcaacttctgggatacattacatatccact
ctactcaaggttcccatgaaaaagagtcagattctattatgtacctaatt
ctgtgaatagtgggaggagagctgggccagtagtaatgcccatcccaccg
gggaactaaaacaacttgagctatgaagatgactcagttaaatggtactt
gtagcacaagaatgaagggcttgttcttttctcagagaactcatgatgaa
gaaaagaagtccaagtgtgatgatgttcatgtgtcatcccagggacaggg
aagtggagatggatgaaatcctgggactcactagacacccagcctagttt
atttgtcaagttccaggccagtgagatactttgcttcaaaaggcaaactg
tacaccgctgaagtaatggtgcctgaagttgtcttctggtctctgcttgg
atgcaaatacacatgcgtgcacacatgcagacattgcatgtgcgcgcata
cacacacacacacaaacacacacacacacacacatacataagcagctatt
tattccatcagacaagtttactcattaattaaacataacagactttttat
aaaatctattgatttatcttgaaagtgtgttgtcttacccagctgaaaag
ccaggttttccaatgaggattttctgactctagagagctacactaaaaat
aaatagcactgaggaaccagcacctgaaccttcctccctctaccaattca
ttctttgattcccccacccctcactttccttgagatcttggaaattctca
gaaaaacagatggtacctaatctcagcatgccaagtagaaacatttagag
ggaatcacagaagagattcatgtatcatataagatggaacaaaaggttct
ggaccttaactgtagtctgcataaactgc

gaattctggggacgcttaaaagggtataaaatgtcagagtcctgagaggt
ggtggcagctgctcttcctgttgctgccactgctgctgctggtccttgct
aaatcttgtctctgctactacttttgctgtttgctgggttgctgtttgct
gataggatttatcctgttggttaagattgaacttgaccaaaggaacttga
cattgctaatcagcaggggatactctcaagatatctctatcccttttccc
ctctaatctttcttgtctacctagtatgtagttggaaaggactagttgaa
atgtaacagttacaatggtcaccttactgaaccattgcagctttactcta
gaattgtaagaattcacgcacatagcagttatttcttcagccaccgggag
acttcaagcaatccaaatggatttgatggcacagagaagataaccagatc
cacacatgttttgtttatgagaacaaaagccagctttgtcttaacctttt
gttaagataacagcaaggtaattccaaaactgcatatgtgcgtgtacatg
tgtgcatttgtatatgtgttatgtctctgtgcataggtctgtgtgctcta
tttctctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_125625018_125626191
seq2: B6Ng01-261F14.b_48_1226 (reverse)

seq1  GCAGTTTTTTGCAGACCTACAAGTTGAGGTGCCAGAACTTTTTGTTCCAT  50
      |||| ||| |||||| |||| |||| |||| ||||||| |||||||||||
seq2  GCAG-TTTATGCAGA-CTAC-AGTTAAGGT-CCAGAACCTTTTGTTCCAT  46

seq1  CTTATATGATACATGAAATCCTCTCTGTGGATCCCTCT-AATGTTTCTAC  99
      ||||||||||||||| ||||   ||||||  ||||||| |||||||||||
seq2  CTTATATGATACATG-AATCTCTTCTGTGATTCCCTCTAAATGTTTCTAC  95

seq1  TT-GCATGCTGAGA-TAGGTA-CATCTGTTTTCTGGAGGAATTTCAAGAT  146
      || ||||||||||| |||||| ||||||||||   ||| | || ||||| 
seq2  TTGGCATGCTGAGATTAGGTACCATCTGTTTTTCTGAGAATTTCCAAGA-  144

seq1  TCTCAAGG-AAGTGAGGG--TGGGGAATCAAAGAATGAATGGGTAGAGGG  193
      |||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTCAAGGAAAGTGAGGGGTGGGGGAATCAAAGAATGAATTGGTAGAGGG  194

seq1  AGGA--GGTCAGGTGCTGGTTCCTCAGTGCTATTTA-TTTTAGTGTAGCT  240
      ||||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGGAAGGTTCAGGTGCTGGTTCCTCAGTGCTATTTATTTTTAGTGTAGCT  244

seq1  CTCTAGAGTCAGAAAATCCTCATTGG-AAACCTGGCTTTTCAGCTGGTTA  289
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  CTCTAGAGTCAGAAAATCCTCATTGGAAAACCTGGCTTTTCAGCTGGGTA  294

seq1  AGACAACACACTTTCAAGATAAATCAATAGATTTTATAAAAAGTCTGTTA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACACACTTTCAAGATAAATCAATAGATTTTATAAAAAGTCTGTTA  344

seq1  TGTTTAATTAATGAGTAAACTTGTCTGATGGAATAAATAGCTGCTTATGT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAATTAATGAGTAAACTTGTCTGATGGAATAAATAGCTGCTTATGT  394

seq1  ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTATGCGCGCACATGC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTATGCGCGCACATGC  444

seq1  AATGTCTGCATGTGTGCACGCATGTGTATTTGCATCCAAGCAGAGACCAG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTGCATGTGTGCACGCATGTGTATTTGCATCCAAGCAGAGACCAG  494

seq1  AAGACAACTTCAGGCACCATTACTTCAGCGGTGTACAGTTTGCCTTTTGA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAACTTCAGGCACCATTACTTCAGCGGTGTACAGTTTGCCTTTTGA  544

seq1  AGCAAAGTATCTCACTGGCCTGGAACTTGACAAATAAACTAGGCTGGGTG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGTATCTCACTGGCCTGGAACTTGACAAATAAACTAGGCTGGGTG  594

seq1  TCTAGTGAGTCCCAGGATTTCATCCATCTCCACTTCCCTGTCCCTGGGAT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTGAGTCCCAGGATTTCATCCATCTCCACTTCCCTGTCCCTGGGAT  644

seq1  GACACATGAACATCATCACACTTGGACTTCTTTTCTTCATCATGAGTTCT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATGAACATCATCACACTTGGACTTCTTTTCTTCATCATGAGTTCT  694

seq1  CTGAGAAAAGAACAAGCCCTTCATTCTTGTGCTACAAGTACCATTTAACT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAAAGAACAAGCCCTTCATTCTTGTGCTACAAGTACCATTTAACT  744

seq1  GAGTCATCTTCATAGCTCAAGTTGTTTTAGTTCCCCGGTGGGATGGGCAT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATCTTCATAGCTCAAGTTGTTTTAGTTCCCCGGTGGGATGGGCAT  794

seq1  TACTACTGGCCCAGCTCTCCTCCCACTATTCACAGAATTAGGTACATAAT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACTGGCCCAGCTCTCCTCCCACTATTCACAGAATTAGGTACATAAT  844

seq1  AGAATCTGACTCTTTTTCATGGGAACCTTGAGTAGAGTGGATATGTAATG  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTGACTCTTTTTCATGGGAACCTTGAGTAGAGTGGATATGTAATG  894

seq1  TATCCCAGAAGTTGAAGAATTGGACTTAACAAAAATTTAAGATGTGATCA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCAGAAGTTGAAGAATTGGACTTAACAAAAATTTAAGATGTGATCA  944

seq1  TGGGAGACTTCAGTAGCATCCCTGAACTGAGGTATGTGAGCAGAGTAAGT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGACTTCAGTAGCATCCCTGAACTGAGGTATGTGAGCAGAGTAAGT  994

seq1  TTCCAGTAAGACAGATGGGATAGTGCCCTCTAGAGTCAGTTTAGAAACCC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTAAGACAGATGGGATAGTGCCCTCTAGAGTCAGTTTAGAAACCC  1044

seq1  CTTCCCTGATTCATGTTATAGTTCATCAAGAGACACAATGCACACCGACA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTGATTCATGTTATAGTTCATCAAGAGACACAATGCACACCGACA  1094

seq1  GGAACATCTGAGTAGATAACTGGATTTTCAGTGTTTATATTTTAACACAC  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATCTGAGTAGATAACTGGATTTTCAGTGTTTATATTTTAACACAC  1144

seq1  CAGATCAGAAGGAAAGGGAGCAAAATAAAGAATTC  1174
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCAGAAGGAAAGGGAGCAAAATAAAGAATTC  1179


seq1: chr1_125471898_125472541
seq2: B6Ng01-261F14.g_71_714

seq1  GAATTCTGGGGACGCTTAAAAGGGTATAAAATGTCAGAGTCCTGAGAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGGACGCTTAAAAGGGTATAAAATGTCAGAGTCCTGAGAGGT  50

seq1  GGTGGCAGCTGCTCTTCCTGTTGCTGCCACTGCTGCTGCTGGTCCTTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCAGCTGCTCTTCCTGTTGCTGCCACTGCTGCTGCTGGTCCTTGCT  100

seq1  AAATCTTGTCTCTGCTACTACTTTTGCTGTTTGCTGGGTTGCTGTTTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTGTCTCTGCTACTACTTTTGCTGTTTGCTGGGTTGCTGTTTGCT  150

seq1  GATAGGATTTATCCTGTTGGTTAAGATTGAACTTGACCAAAGGAACTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGATTTATCCTGTTGGTTAAGATTGAACTTGACCAAAGGAACTTGA  200

seq1  CATTGCTAATCAGCAGGGGATACTCTCAAGATATCTCTATCCCTTTTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTAATCAGCAGGGGATACTCTCAAGATATCTCTATCCCTTTTCCC  250

seq1  CTCTAATCTTTCTTGTCTACCTAGTATGTAGTTGGAAAGGACTAGTTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAATCTTTCTTGTCTACCTAGTATGTAGTTGGAAAGGACTAGTTGAA  300

seq1  ATGTAACAGTTACAATGGTCACCTTACTGAACCATTGCAGCTTTACTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACAGTTACAATGGTCACCTTACTGAACCATTGCAGCTTTACTCTA  350

seq1  GAATTGTAAGAATTCACGCACATAGCAGTTATTTCTTCAGCCACCGGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGTAAGAATTCACGCACATAGCAGTTATTTCTTCAGCCACCGGGAG  400

seq1  ACTTCAAGCAATCCAAATGGATTTGATGGCACAGAGAAGATAACCAGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAGCAATCCAAATGGATTTGATGGCACAGAGAAGATAACCAGATC  450

seq1  CACACATGTTTTGTTTATGAGAACAAAAGCCAGCTTTGTCTTAACCTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGTTTTGTTTATGAGAACAAAAGCCAGCTTTGTCTTAACCTTTT  500

seq1  GTTAAGATAACAGCAAGGTAATTCCAAAACTGCATATGTGCGTGTACATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGATAACAGCAAGGTAATTCCAAAACTGCATATGTGCGTGTACATG  550

seq1  TGTGCATTTGTATATGTGTTATGTCTCTGTGCATAGGTCTGTGTGCTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATTTGTATATGTGTTATGTCTCTGTGCATAGGTCTGTGTGCTCTA  600

seq1  TTTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  644


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |