BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263K02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 36,654,345 - 36,782,547
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC050210, EG623414, Cox5b, Actr1b, 4933424G06Rik
Upstream geneLOC100041544, LOC666283, LOC100041091, EG666290, Hs6st1, Ugcgl1, LOC100041123, Lincr, Arid5a, 4632411B12Rik, 4930533C12Rik, Lman2l, Cnnm4, Cnnm3, Ankrd23, Ankrd39, Sema4c, 1700024G10Rik
Downstream geneZap70, Tmem131, EG241053, A230074B11Rik, 4921511C04Rik, Cnga3, Inpp4a, 6330578E17Rik, Unc50, Mgat4a, 2010300C02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263K02.bB6Ng01-263K02.g
ACCGA067749GA067750
length1,070726
definitionB6Ng01-263K02.b B6Ng01-263K02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,781,476 - 36,782,547)(36,654,345 - 36,655,070)
sequence
gaattccacttactgcttattttctcaggactccaacatttaaaggaaca
gattctagccacaagacaacaggcttaacttccctttgaaggagcagaac
aagttacctcagagacagccaagaagtgacctcagagacagccaaggagt
gacctcagagacaaccaacgagttacctcagagacagccaaggagtgacc
tcagaaacaaccaaggagttacctcagagacagacaaggagttacctcag
agacaaccaaggagttacctcagagacagccaaagtgatacctcagagat
ggccaaggagttacctcagagacagccaaggagtgacctcagagacaagg
acaagcaggagacttcttcaaaacttaaagctttcacagaaggaggtaac
ttaccaaatatcttagtcaagtattcatcttgcttatgtgaacttgattc
aaactcagaatcgctgatgccattatggtggagataggctgtgagaaaac
aaatttcagcagtggttaaatctctcctcaaacctaaaccttgtctcttt
aaagccccactcctctgcaaggcacttctataggaagagcacataactgg
tgccttagtctccctctcattgctgtgaaaaaaaattactctggcaaaag
caactttagggagaaaagatttgtattggcttgtgcttccaaaaggatac
agtctattacagtgtagaagacacggaggcaggagcaggatgttggctgg
taacatcgcatccatgctcagcaagcaaggagagatgcatgcatgcttta
tatactgcactcagtttttccacctcatacagcccagcatccccagtcca
gaaaatggtcccacccacatcaattgataaaatcaagataacccctcata
ggcatgcccagaggcccatgcaaagttaattctgcaaagtagagaagtaa
ccatcactgtgactccatgctcactttgtctgagtggcacaggcatctac
ggagtatctgcaagcatctaaagtttgggcctacaaggtggatcggcagg
gtcaagcacttctggcaagc
gaattcactttgtagctctttggtgcctttgcaattcagcaatcctctgc
ctcaggctttcaagtgctcagattagaggccaccttgcctgctttctttc
ttttttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttattt
atttttggcaagatctcaataagtcagctaggctcaccttgaactctagg
tcttccggccttgacttctagaaagctggaattataggagtctgtcacca
ctggccagctaatctcaataaataacactctgatgaggaaccctcttccc
agcaaacttgtggcctaaggcattctgtggacacatctgtctgaaataaa
ggggagggatgctccattttactccctgtcattcaagaagtacttgttat
aggcctaggagctacaaagacaccaagtacccaaatctgcctaaaacatg
gctagaggaatgagcacagctatgcttttgaaatatgactgtaaagtgta
tcaggaagtgatggattaaaaaatatatgactttaaatattattcatgac
cattgttttagacattctcaccctgtacctcaggctgccttgaactcttt
tttttttcccgagacagggtttctctgtgtaaccctggttgcctggaacc
cactctgtagaccaggctggccttgatctcacagagattagccctgcctt
taccccctgaggctgagattaaaggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_36781476_36782547
seq2: B6Ng01-263K02.b_44_1113 (reverse)

seq1  GCTTGGCCAGAAGTGCCCTGA-CCTGCCGATCCACCTTGTAGGCCCAAAC  49
      |||| |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTT-GCCAGAAGTG-CTTGACCCTGCCGATCCACCTTGTAGGCCCAAAC  48

seq1  TTTAGATGCTTGCAGATACTCCGTAGATGCCCTGTGCCACTCAGACAAAG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGATGCTTGCAGATACTCCGTAGATG-CCTGTGCCACTCAGACAAAG  97

seq1  TGAGCATGGAGTCACAGTGATGGTTACTTCTCTACTTTGCAGAATTAACT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATGGAGTCACAGTGATGGTTACTTCTCTACTTTGCAGAATTAACT  147

seq1  TTGCATGGGCCTCTGGGCATGCCTATGAGGGGTTATCTTGATTTTATCAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGGGCCTCTGGGCATGCCTATGAGGGGTTATCTTGATTTTATCAA  197

seq1  TTGATGTGGGTGGGACCATTTTCTGGACTGGGGATGCTGGGCTGTATGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTGGGTGGGACCATTTTCTGGACTGGGGATGCTGGGCTGTATGAG  247

seq1  GTGGAAAAACTGAGTGCAGTATATAAAGCATGCATGCATCTCTCCTTGCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAAAACTGAGTGCAGTATATAAAGCATGCATGCATCTCTCCTTGCT  297

seq1  TGCTGAGCATGGATGCGATGTTACCAGCCAACATCCTGCTCCTGCCTCCG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGCATGGATGCGATGTTACCAGCCAACATCCTGCTCCTGCCTCCG  347

seq1  TGTCTTCTACACTGTAATAGACTGTATCCTTTTGGAAGCACAAGCCAATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCTACACTGTAATAGACTGTATCCTTTTGGAAGCACAAGCCAATA  397

seq1  CAAATCTTTTCTCCCTAAAGTTGCTTTTGCCAGAGTAATTTTTTTTCACA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTTTTCTCCCTAAAGTTGCTTTTGCCAGAGTAATTTTTTTTCACA  447

seq1  GCAATGAGAGGGAGACTAAGGCACCAGTTATGTGCTCTTCCTATAGAAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGAGAGGGAGACTAAGGCACCAGTTATGTGCTCTTCCTATAGAAGT  497

seq1  GCCTTGCAGAGGAGTGGGGCTTTAAAGAGACAAGGTTTAGGTTTGAGGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCAGAGGAGTGGGGCTTTAAAGAGACAAGGTTTAGGTTTGAGGAG  547

seq1  AGATTTAACCACTGCTGAAATTTGTTTTCTCACAGCCTATCTCCACCATA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTAACCACTGCTGAAATTTGTTTTCTCACAGCCTATCTCCACCATA  597

seq1  ATGGCATCAGCGATTCTGAGTTTGAATCAAGTTCACATAAGCAAGATGAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATCAGCGATTCTGAGTTTGAATCAAGTTCACATAAGCAAGATGAA  647

seq1  TACTTGACTAAGATATTTGGTAAGTTACCTCCTTCTGTGAAAGCTTTAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGACTAAGATATTTGGTAAGTTACCTCCTTCTGTGAAAGCTTTAAG  697

seq1  TTTTGAAGAAGTCTCCTGCTTGTCCTTGTCTCTGAGGTCACTCCTTGGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAGAAGTCTCCTGCTTGTCCTTGTCTCTGAGGTCACTCCTTGGCT  747

seq1  GTCTCTGAGGTAACTCCTTGGCCATCTCTGAGGTATCACTTTGGCTGTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGAGGTAACTCCTTGGCCATCTCTGAGGTATCACTTTGGCTGTCT  797

seq1  CTGAGGTAACTCCTTGGTTGTCTCTGAGGTAACTCCTTGTCTGTCTCTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGTAACTCCTTGGTTGTCTCTGAGGTAACTCCTTGTCTGTCTCTGA  847

seq1  GGTAACTCCTTGGTTGTTTCTGAGGTCACTCCTTGGCTGTCTCTGAGGTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACTCCTTGGTTGTTTCTGAGGTCACTCCTTGGCTGTCTCTGAGGTA  897

seq1  ACTCGTTGGTTGTCTCTGAGGTCACTCCTTGGCTGTCTCTGAGGTCACTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGTTGGTTGTCTCTGAGGTCACTCCTTGGCTGTCTCTGAGGTCACTT  947

seq1  CTTGGCTGTCTCTGAGGTAACTTGTTCTGCTCCTTCAAAGGGAAGTTAAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTGTCTCTGAGGTAACTTGTTCTGCTCCTTCAAAGGGAAGTTAAG  997

seq1  CCTGTTGTCTTGTGGCTAGAATCTGTTCCTTTAAATGTTGGAGTCCTGAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTGTCTTGTGGCTAGAATCTGTTCCTTTAAATGTTGGAGTCCTGAG  1047

seq1  AAAATAAGCAGTAAGTGGAATTC  1072
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGCAGTAAGTGGAATTC  1070

seq1: chr1_36654345_36655070
seq2: B6Ng01-263K02.g_65_790

seq1  GAATTCACTTTGTAGCTCTTTGGTGCCTTTGCAATTCAGCAATCCTCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAGCTCTTTGGTGCCTTTGCAATTCAGCAATCCTCTGC  50

seq1  CTCAGGCTTTCAAGTGCTCAGATTAGAGGCCACCTTGCCTGCTTTCTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCTTTCAAGTGCTCAGATTAGAGGCCACCTTGCCTGCTTTCTTTC  100

seq1  TTTTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTT  150

seq1  ATTTTTGGCAAGATCTCAATAAGTCAGCTAGGCTCACCTTGAACTCTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGGCAAGATCTCAATAAGTCAGCTAGGCTCACCTTGAACTCTAGG  200

seq1  TCTTCCGGCCTTGACTTCTAGAAAGCTGGAATTATAGGAGTCTGTCACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCGGCCTTGACTTCTAGAAAGCTGGAATTATAGGAGTCTGTCACCA  250

seq1  CTGGCCAGCTAATCTCAATAAATAACACTCTGATGAGGAACCCTCTTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCAGCTAATCTCAATAAATAACACTCTGATGAGGAACCCTCTTCCC  300

seq1  AGCAAACTTGTGGCCTAAGGCATTCTGTGGACACATCTGTCTGAAATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACTTGTGGCCTAAGGCATTCTGTGGACACATCTGTCTGAAATAAA  350

seq1  GGGGAGGGATGCTCCATTTTACTCCCTGTCATTCAAGAAGTACTTGTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGGATGCTCCATTTTACTCCCTGTCATTCAAGAAGTACTTGTTAT  400

seq1  AGGCCTAGGAGCTACAAAGACACCAAGTACCCAAATCTGCCTAAAACATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTAGGAGCTACAAAGACACCAAGTACCCAAATCTGCCTAAAACATG  450

seq1  GCTAGAGGAATGAGCACAGCTATGCTTTTGAAATATGACTGTAAAGTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAGGAATGAGCACAGCTATGCTTTTGAAATATGACTGTAAAGTGTA  500

seq1  TCAGGAAGTGATGGATTAAAAAATATATGACTTTAAATATTATTCATGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAGTGATGGATTAAAAAATATATGACTTTAAATATTATTCATGAC  550

seq1  CATTGTTTTAGACATTCTCACCCTGTACCTCAGGCTGCCTTGAACTCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTTTAGACATTCTCACCCTGTACCTCAGGCTGCCTTGAACTCTTT  600

seq1  TTTTTTTCCCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAACCCTGGTTGCCTGGAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCCCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAACCCTGGTTGCCTGGAACC  650

seq1  CACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGATCTCACAGAGATTAG-CCTGCCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGATCTCACAGAGATTAGCCCTGCCTT  700

seq1  TACCCCATGAGTGCTGAGATTAAAGGT  726
      |||||| |||| |||||||||||||||
seq2  TACCCCCTGAG-GCTGAGATTAAAGGT  726