BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272K21
Chromosome1 (Build37)
Map Location 85,101,716 - 85,313,726
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA530032D15Rik, LOC100039742, LOC100040158, LOC621835, EG665378, C130026I21Rik, LOC100040135
Upstream gene5033414K04Rik, LOC100039638, Dner, Trip12, Fbxo36, Slc16a14, LOC100039695, EG665317, LOC100039723
Downstream geneLOC639868
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272K21.bB6Ng01-272K21.g
ACCGA074446GA074447
length1,121578
definitionB6Ng01-272K21.b B6Ng01-272K21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,312,591 - 85,313,726)(85,101,716 - 85,102,296)
sequence
gaattcatcactggtaaaatgtatgaagtaagtaaatttacttcatcata
acctggtaaacaagctccaaattaagttacactctgatatcccaattcaa
acttcaaatcagatgacggacaccgttttaaggttggacttaatttttaa
aaaagatttcgtttcttacatgcatgtgtgtgtttatgtgttcctgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgcatgtgtgcatgtgtgcatgtttacataggagct
gatacccacagagccctgaaaagggctccagattccctggaactggagtt
acaggtagttgtgagccacctgatgtgggtgctaggaatggaatccaggt
cctctgcaagagctacacatgctctgaaacacttagccatctctccagcc
ccaggactaaattttgaccaagaaagctcatggattttcatagcattttg
tagaggtatcagttacaataataaattcatcaactatgaattaaaattaa
aatctgggtttcctataactgatacttatcatgaagatatttctggaagt
gttctctctagggattaagggagatgagaagccaaggcctcaggagatgg
tactgcttctatctgagggaatggcgttccatgtcaacttctgccatcag
tgaatattgctgaagatgagctaggtcagaataggggttctccatggatg
agcaatgtctcatgcatttcataccatgtaatatatgcaattaaaactaa
atcaatctaaactaaagaaataaactaaaaatcaaaggtgattttaatga
actgtccaattattttatcaaactgacttcatgagatttcagttagtaca
ttttagtttagtaaatgtttattttaaaaacctagctttgaagaacaata
agacgtacagagtgtttaattcagacaaaaattttaaaacactgttttat
tttacagtgtaagtgtttgtctgcatgtatatctgtgtacacttgtgccc
ttgtgccttggcatcaaaagagaatgcaccagatcctcttggactatagt
tatacaatggtatggacacatatgggttactggattcgactcaggactct
tgtagacgaccactgctctta

gaattccacagacagtgcaagggtagcaaagattaatgcagccatcccta
cgcctgtcagattgataaccacaacaaaaatgtcttcaaagacagaaact
gcaaacactcagagacagatacctccacatgcttatatgaaaggcactga
gccagtgattaaccaccctatttattcccaaaagacacagcacactgctg
gtatcactagtggacttgaccaaaagtcacaggagaaatgctgctttctt
aggacatctgcagcagcagaagtagccctaactgagtccctgttggggta
tcacacaccttcgtctcatcttttctatttttattttgaattatgcatgt
atgagtctgtctcagtgtgcttcctgcacgcaagtacagtgtcgtgtcca
tggaaggcagaaaaggctgtctgatctggagttggcatgagaggcagttg
gaagccctaggataggtgctggggacccaaatcatgcccactactagggc
aatacgagtgcttaaacctgggccatctctcctatcgtgtgtgtaacccc
cccccactatatctatctgtgtgagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_85312591_85313726
seq2: B6Ng01-272K21.b_48_1168 (reverse)

seq1  TAAGAGCAGTGGCTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCGATTCCCAGT-AC  49
      |||||||||||| |  ||| | ||| |||||||| |||| | ||||| ||
seq2  TAAGAGCAGTGG-TCGTCTACAAGA-GTCCTGAG-TCGAAT-CCAGTAAC  46

seq1  CCATATGGTGGTTCATAACCATTTGTATAACTATAGTCC-AGAGGATCTG  98
      |||||||   || ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCATATG--TGTCCAT-ACCA-TTGTATAACTATAGTCCAAGAGGATCTG  92

seq1  GTGCATTCTCTTTTGATTGCCAAAGGCACCAGGGGCACAAGTGGTACACA  148
      |||||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||| |||||||
seq2  GTGCATTCTCTTTTGA-TGCC-AAGGCA-CAAGGGCACAAGT-GTACACA  138

seq1  GATATACATGCAGACAAAACACTTACACCTGTAAAATAAAAACAGTGTTT  198
      ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||
seq2  GATATACATGCAGAC-AAACACTTACA-CTGTAAAAT-AAAACAGTG-TT  184

seq1  TTAAAATTTTTGTCTGAATTAAACACTCTGTACGTCTTATTGTTC-TCAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTAAAATTTTTGTCTGAATTAAACACTCTGTACGTCTTATTGTTCTTCAA  234

seq1  AGCTAGGTTTTTAAAATAAACATTTACTAAACTAAAATGTACTAACTGAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGGTTTTTAAAATAAACATTTACTAAACTAAAATGTACTAACTGAA  284

seq1  ATCTCATGAAGTCAGTTTGATAAAATAATTGGACAGTTCATTAAAATCAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATGAAGTCAGTTTGATAAAATAATTGGACAGTTCATTAAAATCAC  334

seq1  CTTTGATTTTTAGTTTATTTCTTTAGTTTAGATTGATTTAGTTTTAATTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATTTTTAGTTTATTTCTTTAGTTTAGATTGATTTAGTTTTAATTG  384

seq1  CATATATTACATGGTATGAAATGCATGAGACATTGCTCATCCATGGAGAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATTACATGGTATGAAATGCATGAGACATTGCTCATCCATGGAGAA  434

seq1  CCCCTATTCTGACCTAGCTCATCTTCAGCAATATTCACTGATGGCAGAAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTATTCTGACCTAGCTCATCTTCAGCAATATTCACTGATGGCAGAAG  484

seq1  TTGACATGGAACGCCATTCCCTCAGATAGAAGCAGTACCATCTCCTGAGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATGGAACGCCATTCCCTCAGATAGAAGCAGTACCATCTCCTGAGG  534

seq1  CCTTGGCTTCTCATCTCCCTTAATCCCTAGAGAGAACACTTCCAGAAATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGCTTCTCATCTCCCTTAATCCCTAGAGAGAACACTTCCAGAAATA  584

seq1  TCTTCATGATAAGTATCAGTTATAGGAAACCCAGATTTTAATTTTAATTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATGATAAGTATCAGTTATAGGAAACCCAGATTTTAATTTTAATTC  634

seq1  ATAGTTGATGAATTTATTATTGTAACTGATACCTCTACAAAATGCTATGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTGATGAATTTATTATTGTAACTGATACCTCTACAAAATGCTATGA  684

seq1  AAATCCATGAGCTTTCTTGGTCAAAATTTAGTCCTGGGGCTGGAGAGATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCATGAGCTTTCTTGGTCAAAATTTAGTCCTGGGGCTGGAGAGATG  734

seq1  GCTAAGTGTTTTAGAGCATGTGTAGCTCTTGCAGAGGACCTGGATTCCAT  797
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGTGTTTCAGAGCATGTGTAGCTCTTGCAGAGGACCTGGATTCCAT  784

seq1  TCCTAGCACCCACATCAGGTGGCTCACAACTACCTGTAACTCCAGTTCCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGCACCCACATCAGGTGGCTCACAACTACCTGTAACTCCAGTTCCA  834

seq1  GGGAATCCGGAGCCCTTTTCAGGGCTCTGTGGGTATCAGCTCCTATGTAA  897
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATCTGGAGCCCTTTTCAGGGCTCTGTGGGTATCAGCTCCTATGTAA  884

seq1  ACATGCACACATGCACACATGCACACACACACACACACACACACAGGAAC  947
      |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCACACATGCACACATG--CACACACACACACACACACACAGGAAC  932

seq1  ACATAAACACACACATGCATGTAAGAAACGAAATCTTTTTTAAAAATTAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAACACACACATGCATGTAAGAAACGAAATCTTTTTTAAAAATTAA  982

seq1  GTCCAACCTTAAAACGGTGTCCGTCATCTGATTTGAAGTTTGAATTGGGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAACCTTAAAACGGTGTCCGTCATCTGATTTGAAGTTTGAATTGGGA  1032

seq1  TATCAAAGTGTAACTTAATTTGGAGCTTGTTTACCAGGTTATGATGAAGT  1097
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGAGTGTAACTTAATTTGGAGCTTGTTTACCAGGTTATGATGAAGT  1082

seq1  AAATTTACTTACTTCATACATTTTACCAGTGATGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTACTTACTTCATACATTTTACCAGTGATGAATTC  1121


seq1: chr1_85101716_85102296
seq2: B6Ng01-272K21.g_66_643

seq1  GAATTCCACAGACAGTGCAAGGGTAGCAAAGATCAATGCAGCCATCCCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGACAGTGCAAGGGTAGCAAAGATTAATGCAGCCATCCCTA  50

seq1  CGCCTGTCAGATTGATAACCACAACAAAAATGTCTTCAAAGACAGAAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTGTCAGATTGATAACCACAACAAAAATGTCTTCAAAGACAGAAACT  100

seq1  GCAAATACTCAGAGACAGATACCTCCACCTGCTTATATGAAAGGCACTGA  150
      ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACACTCAGAGACAGATACCTCCACATGCTTATATGAAAGGCACTGA  150

seq1  GCCAGTGATTAACCACCCTATTTATTCCCAAAAGACACAGCACACTGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGATTAACCACCCTATTTATTCCCAAAAGACACAGCACACTGCTG  200

seq1  GTATCACTAGTGGACTTGATCAAATGTCACAGGAGAAATGGTGCTTTCTT  250
      ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTATCACTAGTGGACTTGACCAAAAGTCACAGGAGAAATGCTGCTTTCTT  250

seq1  AGGACATCTGCAGGAGCAGAAGTAGCCCTGACTGAGTCCCTGTTGGGGGC  300
      ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| 
seq2  AGGACATCTGCAGCAGCAGAAGTAGCCCTAACTGAGTCCCTGTT-GGGGT  299

seq1  ATCACACACCTTCATCTCATCTTTTCTATTTTTATTTTGAATTATGCATG  350
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACACACCTTCGTCTCATCTTTTCTATTTTTATTTTGAATTATGCATG  349

seq1  TATGAGTCTGTCTCAGTGTGCTTCCTGCACGCAAGTACAGTGTCGTGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGTCTGTCTCAGTGTGCTTCCTGCACGCAAGTACAGTGTCGTGTCC  399

seq1  ATGGAAGGCAGAAAAGGCTGTCTGATCTGGAGTTGGCATGAGAGGCAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGGCAGAAAAGGCTGTCTGATCTGGAGTTGGCATGAGAGGCAGTT  449

seq1  GGAAGCCCTAGGATAGGTGCTGGGGACCCAACCCATGCCCACTACTAGGG  500
      |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCCTAGGATAGGTGCTGGGGACCCAAATCATGCCCACTACTAGGG  499

seq1  CAATACGAGTGCTTAAACCTGGGCCATCTCTCCTATCGTGTGTGTGTGTG  550
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
seq2  CAATACGAGTGCTTAAACCTGGGCCATCTCTCCTATCGTGTGTGTAACCC  549

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGA  581
              | | | | | |||||| ||||  
seq2  CCCCCCACTATATCTATCTGTGTGAGAGA--  578


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |