BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273G03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 23,935,140 - 24,092,302
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1110058L19Rik, 4921533L14Rik
Upstream geneLOC665731, 4933415F23Rik, Rn4.5s-ps4, EG623356, Ogfrl1, LOC665782, B3gat2, Smap1
Downstream geneLOC665808, Col9a1, Col19a1, LOC100040475, LOC665829, Lmbrd1, 4930472D16Rik, LOC669171
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273G03.bB6Ng01-273G03.g
ACCGA074969GA074970
length976781
definitionB6Ng01-273G03.b B6Ng01-273G03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,091,337 - 24,092,302)(23,935,140 - 23,935,920)
sequence
gaattctccgtggagctaaacaagttctacaacgtggatttattccaaag
agggtatgcattttatagtaagaatttaattatagtttttattccagcat
atatgtgaaaaaaaaagagagctatatttaggtgattatagtctaagtaa
tttcatatagctagatatttggagattatgcacataggtttagtgataat
gttgaatatatttaatatgtatttgagattttgtattgatcattgagggg
gtgcgttaatgaaaatgtattatctcatttttatagtttataggcatatt
atataatggaggaaagttatttacaaagaaatagctaagtagaaatataa
agcatgtataacaaagattcaaaagaaatcaaggaggacatttttctgtt
aataaagtcattacagtgatattagcagcaataggaaaacagcccaattc
tgccatgtagccagaggaatttccttccccacttaaaggtctccgttaag
agaaggcagctccttgatgctttgcagaaaagtatttcatggtgagtcag
gataaagcttattaaggcaaggaagactaaactctcaagagtgagcattt
aagagaaacaaagaattgttaatgaaaattgcagtccgtatccaagacct
gtatgtgagcttctcaagagagagtctcatttcagtgccgttaggtctgt
gtctcagttacatgtgggaagcagggaatggacaacatggtttaaggact
aagcaaggcttaaaatttaacttacaaatgaaggcaaattaaatgagctc
atttactttttattgtcttaaagaatttccgtttgtaaatgaaatttaag
gtgggttttcaaggagccttaggttaagtggcattagagaaatgctaaaa
tggtgggcttcagtgttaccaagaccttcgccctacgtaatcatggttgt
tggttgtttgtggttggttgttgttg

gaattccaggggcatgagagacaattggcacttttaccaggtaaaatggc
tttgtactcagcgatagtaaaagctttgcactcagtgatacagtggcaat
atgaagaacttgattgaggaaatctgttatcagaggaacagatgatagga
ctgctataataatagtccagagaagagatggtgaaggcctattttaagga
gatagcataggattcgagagagagagacagaatcaagtgatgttttaaaa
ttagaagcagaaaaatttggcagccgactctatctggggggtgagaggaa
ggaggtgagaataacaccaagacttctaagttgggagacaggtacaatag
tgatgccattaacccagatcaagaagagaaagggcaagcctttcagtttc
gcaacaaggtagctgagctgggggtggagggtctggcccttctggcactc
tgcccattcaccatccaactgcctgtcagtcaccatcctataacaagcta
tgtccttcactaaggactttctgttcagcaacatggccaccattatttca
aggcctggacaccagcctagcagatacaatacacctaactggtgtactgc
aggtcacaagctagaggaatagagagccatcagggatacacaaggattgg
gtgtcctgtttcctgaaggggctacctgaccaaaatgatgtcactcctct
acacagccttcaactttgccttcaaagagaagtacctaagttgttgagtt
gttgttgttgttgttgttgttgttgttgttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_24091337_24092302
seq2: B6Ng01-273G03.b_47_1022 (reverse)

seq1  CAACAACAAC--------AACAA-CAACAACCATGATTACGTAGGGCGAA  41
      ||||||||||        ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACAACCAACCACAAACAACCAACAACCATGATTACGTAGGGCGAA  50

seq1  GGTCTTGGTAACACTGAAGCCCACCATTTTAGCATTTCTCTAATGCCACT  91
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTGGTAACACTGAAGCCCACCATTTTAGCATTTCTCTAATGCCACT  100

seq1  GAACCTAAGGCTCCTTGAAAA-CCACCTTAAATTTCATTTACAAACGGAA  140
       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTAAGGCTCCTTGAAAACCCACCTTAAATTTCATTTACAAACGGAA  150

seq1  ATTCTTTAAGACAATAAAAAGTAAATGAGCTCATTTAATTTGCCTTCATT  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTAAGACAATAAAAAGTAAATGAGCTCATTTAATTTGCCTTCATT  200

seq1  TGTAAGTTAAATTTTAAGCCTTGCTTAGTCCTTAAACCATGTTGTCCATT  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTTAAATTTTAAGCCTTGCTTAGTCCTTAAACCATGTTGTCCATT  250

seq1  CCCTGCTTCCCACATGTAACTGAGACACAGACCTAACGGCACTGAAATGA  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTTCCCACATGTAACTGAGACACAGACCTAACGGCACTGAAATGA  300

seq1  GACTCTCTCTTGAGAAGCTCACATACAGGTCTTGGATACGGACTGCAATT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTCTCTTGAGAAGCTCACATACAGGTCTTGGATACGGACTGCAATT  350

seq1  TTCATTAACAATTCTTTGTTTCTCTTAAATGCTCACTCTTGAGAGTTTAG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTAACAATTCTTTGTTTCTCTTAAATGCTCACTCTTGAGAGTTTAG  400

seq1  TCTTCCTTGCCTTAATAAGCTTTATCCTGACTCACCATGAAATACTTTTC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTTGCCTTAATAAGCTTTATCCTGACTCACCATGAAATACTTTTC  450

seq1  TGCAAAGCATCAAGGAGCTGCCTTCTCTTAACGGAGACCTTTAAGTGGGG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGCATCAAGGAGCTGCCTTCTCTTAACGGAGACCTTTAAGTGGGG  500

seq1  AAGGAAATTCCTCTGGCTACATGGCAGAATTGGGCTGTTTTCCTATTGCT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAATTCCTCTGGCTACATGGCAGAATTGGGCTGTTTTCCTATTGCT  550

seq1  GCTAATATCACTGTAATGACTTTATTAACAGAAAAATGTCCTCCTTGATT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATATCACTGTAATGACTTTATTAACAGAAAAATGTCCTCCTTGATT  600

seq1  TCTTTTGAATCTTTGTTATACATGCTTTATATTTCTACTTAGCTATTTCT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGAATCTTTGTTATACATGCTTTATATTTCTACTTAGCTATTTCT  650

seq1  TTGTAAATAACTTTCCTCCATTATATAATATGCCTATAAACTATAAAAAT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAATAACTTTCCTCCATTATATAATATGCCTATAAACTATAAAAAT  700

seq1  GAGATAATACATTTTCATTAACGCACCCCCTCAATGATCAATACAAAATC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAATACATTTTCATTAACGCACCCCCTCAATGATCAATACAAAATC  750

seq1  TCAAATACATATTAAATATATTCAACATTATCACTAAACCTATGTGCATA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATACATATTAAATATATTCAACATTATCACTAAACCTATGTGCATA  800

seq1  ATCTCCAAATATCTAGCTATATGAAATTACTTAGACTATAATCACCTAAA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCAAATATCTAGCTATATGAAATTACTTAGACTATAATCACCTAAA  850

seq1  TATAGCTCTCTTTTTTTTTCACATATATGCTGGAATAAAAACTATAATTA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCTCTCTTTTTTTTTCACATATATGCTGGAATAAAAACTATAATTA  900

seq1  AATTCTTACTATAAAATGCATACCCTCTTTGGAATAAATCCACGTTGTAG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTACTATAAAATGCATACCCTCTTTGGAATAAATCCACGTTGTAG  950

seq1  AACTTGTTTAGCTCCACGGAGAATTC  966
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTTTAGCTCCACGGAGAATTC  976


seq1: chr1_23935140_23935920
seq2: B6Ng01-273G03.g_67_847

seq1  GAATTCCAGGGGCATGAGAGACAATTGGCACTTTTACCAGGTAAAATGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGGCATGAGAGACAATTGGCACTTTTACCAGGTAAAATGGC  50

seq1  TTTGTACTCAGCGATAGTAAAAGCTTTGCACTCAGTGATACAGTGGCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTACTCAGCGATAGTAAAAGCTTTGCACTCAGTGATACAGTGGCAAT  100

seq1  ATGAAGAACTTGATTGAGGAAATCTGTTATCAGAGGAACAGATGATAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAACTTGATTGAGGAAATCTGTTATCAGAGGAACAGATGATAGGA  150

seq1  CTGCTATAATAATAGTCCAGAGAAGAGATGGTGAAGGCCTATTTTAAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATAATAATAGTCCAGAGAAGAGATGGTGAAGGCCTATTTTAAGGA  200

seq1  GATAGCATAGGATTCGAGAGAGAGAGACAGAATCAAGTGATGTTTTAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCATAGGATTCGAGAGAGAGAGACAGAATCAAGTGATGTTTTAAAA  250

seq1  TTAGAAGCAGAAAAATTTGGCAGCCGACTCTATCTGGGGGGTGAGAGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGCAGAAAAATTTGGCAGCCGACTCTATCTGGGGGGTGAGAGGAA  300

seq1  GGAGGTGAGAATAACACCAAGACTTCTAAGTTGGGAGACAGGTACAATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGAGAATAACACCAAGACTTCTAAGTTGGGAGACAGGTACAATAG  350

seq1  TGATGCCATTAACCCAGATCAAGAAGAGAAAGGGCAAGCCTTTCAGTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCATTAACCCAGATCAAGAAGAGAAAGGGCAAGCCTTTCAGTTTC  400

seq1  GCAACAAGGTAGCTGAGCTGGGGGTGGAGGGTCTGGCCCTTCTGGCACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAAGGTAGCTGAGCTGGGGGTGGAGGGTCTGGCCCTTCTGGCACTC  450

seq1  TGCCCATTCACCATCCAACTGCCTGTCAGTCACCATCCTATAACAAGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCATTCACCATCCAACTGCCTGTCAGTCACCATCCTATAACAAGCTA  500

seq1  TGTCCTTCACTAAGGACTTTCTGTTCAGCAACATGGCCACCATTATTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTCACTAAGGACTTTCTGTTCAGCAACATGGCCACCATTATTTCA  550

seq1  AGGCCTGGACACCAGCCTAGCAGATACAATACACCTAACTGGTGTACTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTGGACACCAGCCTAGCAGATACAATACACCTAACTGGTGTACTGC  600

seq1  AGGTCACAAGCTAGAGGAATAGAGAGCCATCAGGGATACACAAGGATTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACAAGCTAGAGGAATAGAGAGCCATCAGGGATACACAAGGATTGG  650

seq1  GTGTCCTGTTTCCTGAAGGGGCTACCTGACCAAAATGATGTCACTCCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTGTTTCCTGAAGGGGCTACCTGACCAAAATGATGTCACTCCTCT  700

seq1  ACACAGCCTTCAACTTTGCCTTCAAAGAGAAGTACCTAAGTTGTTGAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCCTTCAACTTTGCCTTCAAAGAGAAGTACCTAAGTTGTTGAGTT  750

seq1  GTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTG  781
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTG  781


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |