BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276C23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 73,701,572 - 73,840,131
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAnkar, Rpl37a, Igfbp2, Igfbp5, LOC672187, LOC100042860, Tnp1, 1700027A15Rik, Pinc, LOC672208, LOC100043291
Downstream geneTns1, Rufy4, Il8rb, Il8ra, Arpc2, Gpbar1, Aamp, Pnkd, Tmbim1, 2410125D13Rik, Gm216, Slc11a1, Ctdsp1, Vil1, Usp37, Rqcd1, Plcd4, Zfp142, Bcs1l, Rnf25, Stk36, Ttll4, Cyp27a1, Prkag3, Wnt6, Wnt10a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276C23.bB6Ng01-276C23.g
ACCGA077028GA077029
length1,1271,113
definitionB6Ng01-276C23.b B6Ng01-276C23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,701,572 - 73,702,700)(73,839,018 - 73,840,131)
sequence
gaattcatggatcagctcatggtaatagccttcttggccacgatattgac
tatgtggcaagcaatgctggttcccatggaaaggacttttggttgaatca
attacttaatctattcatgatatatgctgcttctctgttctaccaatgct
gaaaacatttaaatgtaagtatgttcatatgtggaaacatacatgtgttt
tacagacccaagtgatgccttaatgggtcactcaacagcctgtaataacc
catcccatacaagccaaagcaaaccaagaaattcagaggcacagcttaca
caacagctgaaactgacgggccataaaggtcacaaaaaattatttgattt
aacttgaaatacagcaaactgtctggaaaaggtccaaagaacataaacta
ttcaggtgaatggctctataattctgttccaccatttccggtcccacaag
ttacctaagattagcagaacagagctgagttgcttgggttgggaaagaat
atcaaactcaggtgacttcctccaagagtgaaagaaacatattgtgtttg
ttttgctttgttttgttttgttttgttttccagtgagagtccactcagaa
ggcagctgttaagagaaaatactgaatgtattaaaaatacaacatacttg
tatagactgtgcctaaataaacttggattggaaatatcccacattgctgg
aggctggaaggcctcacttgcacaggtgtgaagaactggaaggaaactga
gttgggggagcaggaggtaagacctctatgaatggaaccattcaaaagtc
aacatttctctggttgttcactgttccacaagtgcacactctaccaagca
catctaatgaagaccggtgataggagaggcaccatctaactcaggaagct
gctggaaaagtatagtaactcaataaagatgctgaagcatgaagttagat
ggtttcacttggcagcagcatcccatgatgggataacaagtttattttct
caaattcctcggatctggaggcagagctgtagagaagttgttcaaaagct
tgttgtccccaacaattgcccattgtgtaggtcaaagacccagagtcaag
gaaacctcttcatgggagagtacgaga
gaattctgtttcactgatatgtgtaatgaattggcttatccccttgaact
tgaaaacccacccacctagcatttgtatgcctacatggtgccaggtgtgg
aggagggatagataaaagctccaatctctttagtggtgtcaacttgaata
actgtcaatggaggccctgagcgtcagaggagggagttgccctttcctgt
gttttgctaacatatggcagtggccttgacccacatgaagagcaggagtg
ttttcaaggaggatggcgtgtctagagagtgtttcatctattacactgga
ttaggttgctcattcatctatgatgcttatggtttgtttgagctttgacc
cccagccttaaagatgaagcatgctctttctgtgagaaaggaaactcgag
aggtcttgtcactcacaggggtttcagttgagcgtgtcagctaaggtatg
atgtctcttgggttgtgtagtctctgttgagagtctctaagatgtattgc
ttcctgacttgaagccatgctgatccaggaagaacattttaaagggacag
aacatgtttggcttctcctttgcaagtctctagtgggaaagcaccttggt
ctttgttgagacatggcggcatggtgtcaattgtttacatgtacacgtga
gaggaagacagagagagtgtcagtgccatctttttttccttcaaaggtca
cttccctcattgtaaatccccaaaggacaggctcagtgattatccttata
tattctagctttccttaggggtgggtttgctgtcatagaattcatctgag
catgtttggatggaccataaagtgcacctgtttcctgttcgcttcctaga
caaggtagatagcactcttcttagcatctctcagcttctcattataagaa
agatttgaacaagtctctagatttccccagaccagagagagatgatatag
ggagggggttgaggagtattggcagggactgtaaaaatccttctcaaggt
tctgaacttgggtgcaggacagagagtgctgctgacgaaagaatctgtgg
agttctccgctctcttttcctctaccttacccagaccctaggtactggaa
cccgcatgaggat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_73701572_73702700
seq2: B6Ng01-276C23.b_47_1173

seq1  GAATTCATGGATCAGCTCATGGTAATAGCCTTCTTGGCCACGATATTGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGATCAGCTCATGGTAATAGCCTTCTTGGCCACGATATTGAC  50

seq1  TATGTGGCAAGCAATGCTGGTTCCCATGGAAAGGACTTTTGGTTGAATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGCAAGCAATGCTGGTTCCCATGGAAAGGACTTTTGGTTGAATCA  100

seq1  ATTACTTAATCTATTCATGATATATGCTGCTTCTCTGTTCTACCAATGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTAATCTATTCATGATATATGCTGCTTCTCTGTTCTACCAATGCT  150

seq1  GAAAACATTTAAATGTAAGTATGTTCATATGTGGAAACATACATGTGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACATTTAAATGTAAGTATGTTCATATGTGGAAACATACATGTGTTT  200

seq1  TACAGACCCAAGTGATGCCTTAATGGGTCACTCAACAGCCTGTAATAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACCCAAGTGATGCCTTAATGGGTCACTCAACAGCCTGTAATAACC  250

seq1  CATCCCATACAAGCCAAAGCAAACCAAGAAATTCAGAGGCACAGCTTACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCATACAAGCCAAAGCAAACCAAGAAATTCAGAGGCACAGCTTACA  300

seq1  CAACAGCTGAAACTGACGGGCCATAAAGGTCACAAAAAATTATTTGATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCTGAAACTGACGGGCCATAAAGGTCACAAAAAATTATTTGATTT  350

seq1  AACTTGAAATACAGCAAACTGTCTGGAAAAGGTCCAAAGAACATAAACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAAATACAGCAAACTGTCTGGAAAAGGTCCAAAGAACATAAACTA  400

seq1  TTCAGGTGAATGGCTCTATAATTCTGTTCCACCATTTCCGGTCCCACAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGTGAATGGCTCTATAATTCTGTTCCACCATTTCCGGTCCCACAAG  450

seq1  TTACCTAAGATTAGCAGAACAGAGCTGAGTTGCTTGGGTTGGGAAAGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTAAGATTAGCAGAACAGAGCTGAGTTGCTTGGGTTGGGAAAGAAT  500

seq1  ATCAAACTCAGGTGACTTCCTCCAAGAGTGAAAGAAACATATTGTGTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACTCAGGTGACTTCCTCCAAGAGTGAAAGAAACATATTGTGTTTG  550

seq1  TTTTGCTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTCCAGTGAGAGTCCACTCAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTCCAGTGAGAGTCCACTCAGAA  600

seq1  GGCAGCTGTTAAGAGAAAATACTGAATGTATTAAAAATACAACATACTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCTGTTAAGAGAAAATACTGAATGTATTAAAAATACAACATACTTG  650

seq1  TATAGACTGTGCCTAAATAAACTTGGATTGGAAATATCCCACATTGCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGACTGTGCCTAAATAAACTTGGATTGGAAATATCCCACATTGCTGG  700

seq1  AGGCTGGAAGGCCTCACTTGCACAGGTGTGAAGAACTGGAAGGAAACTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGAAGGCCTCACTTGCACAGGTGTGAAGAACTGGAAGGAAACTGA  750

seq1  GTTGGGGGAGCAGGAGGTAAGACCTCTATGAATGGAACCATTCAAAAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGGGAGCAGGAGGTAAGACCTCTATGAATGGAACCATTCAAAAGTC  800

seq1  AACATTTCTCTGGTTGTTCACTGTTCCACAAGTGCACACTCTACCAAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTCTCTGGTTGTTCACTGTTCCACAAGTGCACACTCTACCAAGCA  850

seq1  CATCTAATGAAGACCGGTGATAGGAGAGGCACCATCTAACTCAGGAAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAATGAAGACCGGTGATAGGAGAGGCACCATCTAACTCAGGAAGCT  900

seq1  GCTGGAAAAGTATAGTAACTCAATAAAGATGCTGAAGCATGAAGTTAGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAAAAGTATAGTAACTCAATAAAGATGCTGAAGCATGAAGTTAGAT  950

seq1  GGTTTCACTTGGCAGCAGCATCCCATGATGGGAT-ACAAGTTTTATTTTC  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  GGTTTCACTTGGCAGCAGCATCCCATGATGGGATAACAAG-TTTATTTTC  999

seq1  TCAAATTCCTCGGGATCTGGAGGCAGAGCTGTAGAGAAG-TGTTCAAAAG  1048
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCAAATTCCTC-GGATCTGGAGGCAGAGCTGTAGAGAAGTTGTTCAAAAG  1048

seq1  CTTGTTGTCCCCCAACAATTTGCCCATTGTGTAGGTCAAAGAACCCAGAG  1098
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTGTTGT-CCCCAACAA-TTGCCCATTGTGTAGGTCAAAG-ACCCAGAG  1095

seq1  CCAGGGAAA-CTCTTCAT-GGAGAGTAACGAGA  1129
       || ||||| |||||||| ||||||| ||||||
seq2  TCAAGGAAACCTCTTCATGGGAGAGT-ACGAGA  1127

seq1: chr1_73839018_73840131
seq2: B6Ng01-276C23.g_64_1176 (reverse)

seq1  ATCCTCAAGCGGGTT-CAGTACCTAGGG-CTGGGTAGGGGAGAGGAAAGA  48
      ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||  
seq2  ATCCTCATGCGGGTTCCAGTACCTAGGGTCTGGGTAAGGTAGAGGAAAAG  50

seq1  AGA-CGGAG-ACTCCACAGA-TCTCTCGTCAGCAGCAACTCTCTGTCCTT  95
      ||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |
seq2  AGAGCGGAGAACTCCACAGATTCTTTCGTCAGCAGC-ACTCTCTGTCC-T  98

seq1  GCACCCAAGTTTCAGAACC-TGAGAAGGATTTTTACAGTCCCTGCCAATA  144
      ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCAAG-TTCAGAACCTTGAGAAGGATTTTTACAGTCCCTGCCAATA  147

seq1  CTTCCTCAACCCCCTCCCTATTATCATCTTCTCTTCTGGTCTGGGGAAAT  194
      | |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  C-TCCTCAACCCCCTCCCTA-TATCATC-TCTC-TCTGGTCTGGGGAAAT  193

seq1  CTAGAGACTTGTTCAAATCTTTCTTATAATGAGAAGCTGAGAGATGCTAA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGACTTGTTCAAATCTTTCTTATAATGAGAAGCTGAGAGATGCTAA  243

seq1  GAAGAGTGCTATCTACCTTGTCTAGGAAGCGAACAGGAAACAGGTGCACT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTGCTATCTACCTTGTCTAGGAAGCGAACAGGAAACAGGTGCACT  293

seq1  TTATGGTCCATCCAAACATGCTCAGATGAATTCTATGACAGCAAACCCAC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGTCCATCCAAACATGCTCAGATGAATTCTATGACAGCAAACCCAC  343

seq1  CCCTAAGGAAAGCTAGAATATATAAGGATAATCACTGAGCCTGTCCTTTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGGAAAGCTAGAATATATAAGGATAATCACTGAGCCTGTCCTTTG  393

seq1  GGGATTTACAATGAGGGAAGTGACCTTTGAAGGAAAAAAAGATGGCACTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTTACAATGAGGGAAGTGACCTTTGAAGGAAAAAAAGATGGCACTG  443

seq1  ACACTCTCTCTGTCTTCCTCTCACGTGTACATGTAAACAATTGACACCAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCTCTCTGTCTTCCTCTCACGTGTACATGTAAACAATTGACACCAT  493

seq1  GCCGCCATGTCTCAACAAAGACCAAGGTGCTTTCCCACTAGAGACTTGCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGCCATGTCTCAACAAAGACCAAGGTGCTTTCCCACTAGAGACTTGCA  543

seq1  AAGGAGAAGCCAAACATGTTCTGTCCCTTTAAAATGTTCTTCCTGGATCA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAAGCCAAACATGTTCTGTCCCTTTAAAATGTTCTTCCTGGATCA  593

seq1  GCATGGCTTCAAGTCAGGAAGCAATACATCTTAGAGACTCTCAACAGAGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCTTCAAGTCAGGAAGCAATACATCTTAGAGACTCTCAACAGAGA  643

seq1  CTACACAACCCAAGAGACATCATACCTTAGCTGACACGCTCAACTGAAAC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACAACCCAAGAGACATCATACCTTAGCTGACACGCTCAACTGAAAC  693

seq1  CCCTGTGAGTGACAAGACCTCTCGAGTTTCCTTTCTCACAGAAAGAGCAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGAGTGACAAGACCTCTCGAGTTTCCTTTCTCACAGAAAGAGCAT  743

seq1  GCTTCATCTTTAAGGCTGGGGGTCAAAGCTCAAACAAACCATAAGCATCA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATCTTTAAGGCTGGGGGTCAAAGCTCAAACAAACCATAAGCATCA  793

seq1  TAGATGAATGAGCAACCTAATCCAGTGTAATAGATGAAACACTCTCTAGA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGAATGAGCAACCTAATCCAGTGTAATAGATGAAACACTCTCTAGA  843

seq1  CACGCCATCCTCCTTGAAAACACTCCTGCTCTTCATGTGGGTCAAGGCCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCCATCCTCCTTGAAAACACTCCTGCTCTTCATGTGGGTCAAGGCCA  893

seq1  CTGCCATATGTTAGCAAAACACAGGAAAGGGCAACTCCCTCCTCTGACGC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATATGTTAGCAAAACACAGGAAAGGGCAACTCCCTCCTCTGACGC  943

seq1  TCAGGGCCTCCATTGACAGTTATTCAAGTTGACACCACTAAAGAGATTGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGCCTCCATTGACAGTTATTCAAGTTGACACCACTAAAGAGATTGG  993

seq1  AGCTTTTATCTATCCCTCCTCCACACCTGGCACCATGTAGGCATACAAAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTATCTATCCCTCCTCCACACCTGGCACCATGTAGGCATACAAAT  1043

seq1  GCTAGGTGGGTGGGTTTTCAAGTTCAAGGGGATAAGCCAATTCATTACAC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGTGGGTGGGTTTTCAAGTTCAAGGGGATAAGCCAATTCATTACAC  1093

seq1  ATATCAGTGAAACAGAATTC  1114
      ||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGTGAAACAGAATTC  1113