BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276E03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 100,442,725 - 100,584,403
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666182
Upstream geneD1Ertd622e, Hisppd1, Zh2c2, Pam, LOC100041823, LOC666153, LOC100040887, Slco6d1, LOC100041868
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276E03.bB6Ng01-276E03.g
ACCGA077084GA077085
length3681,086
definitionB6Ng01-276E03.b B6Ng01-276E03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,442,725 - 100,443,092)(100,583,312 - 100,584,403)
sequence
ctgaggatctgaagtagtacatgatggtatgacaaagtgatcctgtgtag
ctcatttgtccattctctgtggaacactgaaatatgaccctggaagcaag
gtggtgattggcacctgtgtgccttagcagagctgatacacacaggaccc
taagcaatcatggtatttggacagaggtacaagtagttcccaaaataaaa
catttgttgctatggatgaaaaaaaaatggatgctataaagaaacagagg
aacctacaagatttagtgatatgtcctctcgggaactacagttgaaaggg
aactccatgtgcttgctactgtttcaagagctattttgcaggggatgctg
ggggggggtgagattgga

gaattcctttgaatctattgattgctttttgtgagatagccatttttact
attttaatggtgacatttacagagtagagccagacctaggattgatagtt
tattgagagaaagcttgcctctcatatgctaggccttgtgtctaattccc
agtcttagaaatagataaaagaggctaattttaaaagaaaagtctgaagt
gtcaggtatgctgatgtgtttttgtattgcaatgtcatctagatcaaggc
agtatggcccctgaaactggctagtcagtcaaacattgcttagttgtcag
gtttcagaccattgtgcaaatcagtctcaaaaagggaacaaaattgttgc
ctgaaaaatgacactaaggacatctgccatattctccatggagttacata
tatacttacacacatctgcataagtatatgcactcttacctacatgagta
aacatagagagacagatagtatacacacacgactttcacatcaggtgaag
acctgaagataagtccacaattatagattcaagagaacatgggctagatg
tcaccaggaatagtgtattgtcccttgtaggcagagctctgctttgtaca
ttttgatatgccagtccctctacaactttattattcattcctgtcatcac
cctaaatcaaatatctccttttaaccccttgtggtccttcctcaattttt
cctctgccatagactcctgagtcctttctttccccttcccttaaaaatcc
tgtatcttagtggtctcaaagacagaaatctataggagggaaggtaggag
ttacaccctcttccatattcctagacaaatatgtgtgttgtgttaaaagc
aagaaggaaagggaaattgccatgcccagaggtgacagtgttctgtctcc
tgaaaatttaagatggaaaataagccagaaataaagtaaggaaacacaga
aattaaaacccatattattatagcaactgagtaaggtcagtgcactcaaa
atgtcaatgacaaaaggattattttctctttcagcagtagcttaactgct
gcagctgagatgtgttgaaatcaatttattctttag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_100442725_100443092
seq2: B6Ng01-276E03.b_51_418

seq1  CTGAGGATCTGAAGTAGTACATGATGGTATGACAAAGTGATCCTGTGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGATCTGAAGTAGTACATGATGGTATGACAAAGTGATCCTGTGTAG  50

seq1  CTCATTTGTCCATTCTCTGTGGAACACTGAAATATGACCCTGGAAGCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTGTCCATTCTCTGTGGAACACTGAAATATGACCCTGGAAGCAAG  100

seq1  GTGGTGATTGGCACCTGTGTGCCTTAGCAGAGCTGATACACACAGGACCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGATTGGCACCTGTGTGCCTTAGCAGAGCTGATACACACAGGACCC  150

seq1  TAAGCAATCATGGTATTTGGACAGAGGTACAAGTAGTTCCCAAAATAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAATCATGGTATTTGGACAGAGGTACAAGTAGTTCCCAAAATAAAA  200

seq1  CATTTGTTGCTATGGATGAAAAAAAAATGGATGCTATAAAGAAACAGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTTGCTATGGATGAAAAAAAAATGGATGCTATAAAGAAACAGAGG  250

seq1  AACCTACAAGATTTAGTGATATGTCCTCTCGGGAACTACAGTTGAAAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTACAAGATTTAGTGATATGTCCTCTCGGGAACTACAGTTGAAAGGG  300

seq1  AACTCCATGTGCTTGCTACTGTTTCAAGAGCTATTTTGCAGGGGATGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCATGTGCTTGCTACTGTTTCAAGAGCTATTTTGCAGGGGATGCTG  350

seq1  GGGGGGGGTGAGATTGGA  368
      ||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGTGAGATTGGA  368


seq1: chr1_100583312_100584403
seq2: B6Ng01-276E03.g_67_1152 (reverse)

seq1  CTAAAGGAATAAATGAATTCAAACACATCTCAGCCTTGGCAGCAGTTAAG  50
      ||||| ||||||||  |||  |||||||||||||    ||||||||||||
seq2  CTAAA-GAATAAATTGATTTCAACACATCTCAGC---TGCAGCAGTTAAG  46

seq1  CTACTGCCTGAAAGAG-AAATTATCCTTTTGTCATTTGACATTTTGAGGT  99
      |||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  CTACTG-CTGAAAGAGAAAATAATCCTTTTGTCA-TTGACATTTTGA-GT  93

seq1  GCACTGACCTTTACTCAGTTGCTATAATATTAT-GGTTTTAATTTCTGTG  148
      ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  GCACTGACC-TTACTCAGTTGCTATAATAATATGGGTTTTAATTTCTGTG  142

seq1  TTTCCCTTACTTTATTTCTGGCTTATTTTCCATCTT-AATTTTCAGGAGA  197
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTT-CCTTACTTTATTTCTGGCTTATTTTCCATCTTAAATTTTCAGGAGA  191

seq1  CAGAACACTGTCACCTCTGGGCATGGCAATTTCCCTTTCCTTCTTGCTTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACACTGTCACCTCTGGGCATGGCAATTTCCCTTTCCTTCTTGCTTT  241

seq1  TAACACAACACACATATTTGTCTAGGAATATGGAAGAGGGTGTAACTCCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACAACACACATATTTGTCTAGGAATATGGAAGAGGGTGTAACTCCT  291

seq1  ACCTTCCCTCCTATAGATTTCTGTCTTTGAGACCACTAAGATACAGGATT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCCCTCCTATAGATTTCTGTCTTTGAGACCACTAAGATACAGGATT  341

seq1  TTTAAGGGAAGGGGAAAGAAAGGACTCAGGAGTCTATGGCAGAGGAAAAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGGAAGGGGAAAGAAAGGACTCAGGAGTCTATGGCAGAGGAAAAA  391

seq1  TTGAGGAAGGACCACAAGGGGTTAAAAGGAGATATTTGATTTAGGGTGAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGAAGGACCACAAGGGGTTAAAAGGAGATATTTGATTTAGGGTGAT  441

seq1  GACAGGAATGAATAATAAAGTTGTAGAGGGACTGGCATATCAAAATGTAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGAATGAATAATAAAGTTGTAGAGGGACTGGCATATCAAAATGTAC  491

seq1  AAAGCAGAGCTCTGCCTACAAGGGACAATACACTATTCCTGGTGACATCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGAGCTCTGCCTACAAGGGACAATACACTATTCCTGGTGACATCT  541

seq1  AGCCCATGTTCTCTTGAATCTATAATTGTGGACTTATCTTCAGGTCTTCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATGTTCTCTTGAATCTATAATTGTGGACTTATCTTCAGGTCTTCA  591

seq1  CCTGATGTGAAAGTCGTGTGTGTATACTATCTGTCTCTCTATGTTTACTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGTGAAAGTCGTGTGTGTATACTATCTGTCTCTCTATGTTTACTC  641

seq1  ATGTAGGTAAGAGTGCATATACTTATGCAGATGTGTGTAAGTATATATGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGGTAAGAGTGCATATACTTATGCAGATGTGTGTAAGTATATATGT  691

seq1  AACTCCATGGAGAATATGGCAGATGTCCTTAGTGTCATTTTTCAGGCAAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCATGGAGAATATGGCAGATGTCCTTAGTGTCATTTTTCAGGCAAC  741

seq1  AATTTTGTTCCCTTTTTGAGACTGATTTGCACAATGGTCTGAAACCTGAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGTTCCCTTTTTGAGACTGATTTGCACAATGGTCTGAAACCTGAC  791

seq1  AACTAAGCAATGTTTGACTGACTAGCCAGTTTCAGGGGCCATACTGCCTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGCAATGTTTGACTGACTAGCCAGTTTCAGGGGCCATACTGCCTT  841

seq1  GATCTAGATGACATTGCAATACAAAAACACATCAGCATACCTGACACTTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTAGATGACATTGCAATACAAAAACACATCAGCATACCTGACACTTC  891

seq1  AGACTTTTCTTTTAAAATTAGCCTCTTTTATCTATTTCTAAGACTGGGAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTTCTTTTAAAATTAGCCTCTTTTATCTATTTCTAAGACTGGGAA  941

seq1  TTAGACACAAGGCCTAGCATATGAGAGGCAAGCTTTCTCTCAATAAACTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACACAAGGCCTAGCATATGAGAGGCAAGCTTTCTCTCAATAAACTA  991

seq1  TCAATCCTAGGTCTGGCTCTACTCTGTAAATGTCACCATTAAAATAGTAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCCTAGGTCTGGCTCTACTCTGTAAATGTCACCATTAAAATAGTAA  1041

seq1  AAATGGCTATCTCACAAAAAGCAATCAATAGATTCAAAGGAATTC  1092
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGCTATCTCACAAAAAGCAATCAATAGATTCAAAGGAATTC  1086


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |