BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280G04
Chromosome1 (Build37)
Map Location 84,869,026 - 85,028,866
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFbxo36, Slc16a14, LOC100039695, EG665317
Upstream gene5033414K04Rik, LOC100039638, Dner, Trip12
Downstream geneLOC100039723, A530032D15Rik, LOC100039742, LOC100040158, LOC621835, EG665378, C130026I21Rik, LOC100040135, LOC639868
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280G04.bB6Ng01-280G04.g
ACCGA080126GA080127
length4611,067
definitionB6Ng01-280G04.b B6Ng01-280G04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,869,026 - 84,869,492)(85,027,810 - 85,028,866)
sequence
tatctaaggagtttgagccaccttacatcagctccagtgtctccttggag
gtcctatggcagagttaggtctttcccactgcttgacaggttttggctgt
ggccaggcttcggatgtttcctccaccaagggactgctgggaatttccag
tgtcttaagagccattgtttcagttgtctggtagccataagaaggaacaa
aagtatttttttaaaatgtctttctcgggctggagacatggctcagtggg
taagagcactgactgctcttccaaaagtcctgagttccaatcccatcaac
catatggtggctcccaaccacccataatgagatctgacaccctcttctgg
tgtgtctgaagttagctacagtatacttatatataataataaattttttt
ttaaaaaatgtctttctctgtcccctccccccccccccaggatgggtgtg
ggggttgggtg

gaattctcttctgactctcttagaagattaggtccctctgctgaggtttc
gaagcacttgagttgagaggcacccactacattgatgctttccctcttct
ctccaaccccttccctggaagactgtatagttgtggaaattgcaattaat
taattaattttctatttgctttgagatagaacctcactatgtagcccatg
ctggcctggaactctcaaggtgaaaatcaagctagcctagaactcacctg
catctgcccactcttcccttcccctacctcccagggctgaagctacaggt
gtgcgctgtcatgcatggcttgagttccaggtgtgcactgtcatacatgg
ctgaggttgcaggtgtgctgtcatgcatggcttgagttacaggtgtgcac
tgtcatgcatggctgaggtggggactagctgtctgctcagaggtcagaga
attggggaatcctctcagctcaatgtccagggcctatgagaagaagaagg
cagtggctgctgtctgtgaaggaaggacctgtgtcatctatgcatctctc
tctttatccattccttaggtgatgggcacctaaggttgagggtgctggtt
gctctgtcccaggacaggtgctctgagtcacatccctaggatgctcctta
gagggaatccatactcctctccatccaatgtcttaacttagctgcttcaa
gtcatggtgcaataaacacaggggctcaggcatctctgccgtatgctgct
gacataggggccatttgcagctgtatttacttgttttcttttctttttct
ttcttttttttttttttgaggcagaattttatgtaacccaggttgggctt
ccaacttactgtatagctgaagacaacctttgaacataagaacttcctgc
ctcttatctcctaggtgctgggggttacaatttacatgtcaaatgggttt
ttatatagcaacagggaatggagcccaggatttttgtgcctacccagcag
aactcagctctactaactgaactaacacacctcagtctttcagttcttct
tctttttaaaaaagatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_84869026_84869492
seq2: B6Ng01-280G04.b_44_510

seq1  GAATTCTATCTAAGGAGTTTGAGCCACCTTACATCAGCTCCAGTGTCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATCTAAGGAGTTTGAGCCACCTTACATCAGCTCCAGTGTCTCC  50

seq1  TTGGAGGTCCTATGGCAGAGTTAGGTCTTTCCCACTGCTTGACAGGTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGTCCTATGGCAGAGTTAGGTCTTTCCCACTGCTTGACAGGTTTT  100

seq1  GGCTGTGGCCAGGCTTCGGATGTTTCCTCCACCAAGGGACTGCTGGGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGGCCAGGCTTCGGATGTTTCCTCCACCAAGGGACTGCTGGGAAT  150

seq1  TTCCAGTGTCTTAAGAGCCATTGTTTCAGTTGTCTGGTAGCCATAAGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTGTCTTAAGAGCCATTGTTTCAGTTGTCTGGTAGCCATAAGAAG  200

seq1  GAACAAAAGTATTTTTTTAAAATGTCTTTCTCGGGCTGGAGACATGGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAAAGTATTTTTTTAAAATGTCTTTCTCGGGCTGGAGACATGGCTC  250

seq1  AGTGGGTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAAGTCCTGAGTTCCAATCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAAAAGTCCTGAGTTCCAATCCC  300

seq1  ATCAACCATATGGTGGCTCCCAACCACCCATAATGAGATCTGACACCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCATATGGTGGCTCCCAACCACCCATAATGAGATCTGACACCCTC  350

seq1  TTCTGGTGTGTCTGAAGTTAGCTACAGTATACTTATATATAATAATAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTGTGTCTGAAGTTAGCTACAGTATACTTATATATAATAATAAAT  400

seq1  TTTTTTTTAAAAAATGTCTTTCTCTGTCCCCTCCCCCCCCCCCCAGGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTAAAAAATGTCTTTCTCTGTCCCCTCCCCCCCCCCCCAGGATG  450

seq1  GGTGTGGGGGTTGGGTG  467
      |||||||||||||||||
seq2  GGTGTGGGGGTTGGGTG  467


seq1: chr1_85027810_85028866
seq2: B6Ng01-280G04.g_69_1135 (reverse)

seq1  AATCTTTTTTAAAAAAGAAGAAGAACTGAAAGACTGA-GTGTG-TAGTTC  48
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  AATCTTTTTT-AAAAAGAAGAAGAACTGAAAGACTGAGGTGTGTTAGTTC  49

seq1  AGTTAGTAGAGCTGAG-TCTGCCGGGTAGGCAC-AAAATCCTGGGCTCCA  96
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGTTAGTAGAGCTGAGTTCTGCTGGGTAGGCACAAAAATCCTGGGCTCCA  99

seq1  -TCCCTG-TGCTATAT-AAAACCCATTTGACATGT-AATTGTAA-CCCCA  141
       |||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  TTCCCTGTTGCTATATAAAAACCCATTTGACATGTAAATTGTAACCCCCA  149

seq1  GCACCTAGGAGATAAGAGGCAGGAAGTTCTTATGTTC-AAGGTTGTCCTC  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  GCACCTAGGAGATAAGAGGCAGGAAGTTCTTATGTTCAAAGGTTGTCTTC  199

seq1  AGCTATACAGTAAGTTGGAAG-CCAACCTGGGTTACATAAAATTCTGCCT  239
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATACAGTAAGTTGGAAGCCCAACCTGGGTTACATAAAATTCTGCCT  249

seq1  CAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAAGAAAAGAAAACAAGTAAATACAGCT  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAAGAAAAGAAAACAAGTAAATACAGCT  299

seq1  GCAAATGGCCCCTATGTCAGCAGCATACGGCAGAGATGCCTGAGCCCCTG  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGGCCCCTATGTCAGCAGCATACGGCAGAGATGCCTGAGCCCCTG  349

seq1  TGTTTATTGCACCATGACTTGAAGCAGCTAAGTTAAGACATTGGATGGAG  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATTGCACCATGACTTGAAGCAGCTAAGTTAAGACATTGGATGGAG  399

seq1  AGGAGTATGGATTCCCTCTAAGGAGCATCCTAGGGATGTGACTCAGAGCA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTATGGATTCCCTCTAAGGAGCATCCTAGGGATGTGACTCAGAGCA  449

seq1  CCTGTCCTGGGACAGAGCAACCAGCACCCTCAACCTTAGGTGCCCATCAC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCTGGGACAGAGCAACCAGCACCCTCAACCTTAGGTGCCCATCAC  499

seq1  CTAAGGAATGGATAAAGAGAGAGATGCATAGATGACACAGGTCCTTCCTT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGAATGGATAAAGAGAGAGATGCATAGATGACACAGGTCCTTCCTT  549

seq1  CACAGACAGCAGCCACTGCCTTCTTCTTCTCATAGGCCCTGGACATTGAG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACAGCAGCCACTGCCTTCTTCTTCTCATAGGCCCTGGACATTGAG  599

seq1  CTGAGAGGATTCCCCAATTCTCTGACCTCTGAGCAGACAGCTAGTCCCCA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGGATTCCCCAATTCTCTGACCTCTGAGCAGACAGCTAGTCCCCA  649

seq1  CCTCAGCCATGCATGACAGTGCACACCTGTAACTCAAGCCATGCATGACA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCCATGCATGACAGTGCACACCTGTAACTCAAGCCATGCATGACA  699

seq1  GCACACCTGCAACCTCAGCCATGTATGACAGTGCACACCTGGAACTCAAG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCTGCAACCTCAGCCATGTATGACAGTGCACACCTGGAACTCAAG  749

seq1  CCATGCATGACAGCGCACACCTGTAGCTTCAGCCCTGGGAGGTAGGGGAA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCATGACAGCGCACACCTGTAGCTTCAGCCCTGGGAGGTAGGGGAA  799

seq1  GGGAAGAGTGGGCAGATGCAGGTGAGTTCTAGGCTAGCTTGATTTTCACC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGAGTGGGCAGATGCAGGTGAGTTCTAGGCTAGCTTGATTTTCACC  849

seq1  TTGAGAGTTCCAGGCCAGCATGGGCTACATAGTGAGGTTCTATCTCAAAG  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGTTCCAGGCCAGCATGGGCTACATAGTGAGGTTCTATCTCAAAG  899

seq1  CAAATAGAAAATTAATTAATTAATTGCAATTTCCACAACTATACAGTCTT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGAAAATTAATTAATTAATTGCAATTTCCACAACTATACAGTCTT  949

seq1  CCAGGGAAGGGGTTGGAGAGAAGAGGGAAAGCATCAATGTAGTGGGTGCC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAAGGGGTTGGAGAGAAGAGGGAAAGCATCAATGTAGTGGGTGCC  999

seq1  TCTCAACTCAAGTGCTTCGAAACCTCAGCAGAGGGACCTAATCTTCTAAG  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACTCAAGTGCTTCGAAACCTCAGCAGAGGGACCTAATCTTCTAAG  1049

seq1  AGAGTCAGAAGAGAATTC  1057
      ||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCAGAAGAGAATTC  1067


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |